Pemetaan Fitur-Fitur Farmakofor Berbasis Ligan dan Kompleks

Protein-Ligan Antara Beberapa Ligan Terhadap Reseptor

Estrogen Alfa
Andrey Lawrence1, Anita Rahma Diansari1, Arief Adi Nugroho1*, Bramanti Nadya
Kausara1 dan Brilliant Kharisma Apritadila1
1.
Farmasi Sains dan ABSTRAK
Teknologi, Fakultas Farmasi, Modul Pharmacophore Modeling dalam MOE mendeterminasi
Universitas Gadjah Mada fitur-fitur kimiawi dan penataan spasialnya secara 3-dimensi
Submitted: 30-10-2018 yang berperan penting pada ikatan/interaksi ligan terhadap
Revised: reseptor. Model pharmacophore dapat di-generate dari data
Accepted: struktural kompleks protein-ligan, kumpulan ligan-ligan saja (bila
informasi reseptor belum tersedia), atau dari struktur reseptor
*Corresponding author
saja (bila ligan tak tersedia). Model pharmacophore bisa
Author Correspondent
digunakan sebagai penapis virtual pustaka senyawa yang
Email: potensial aktif. Percobaan ini bertujuan untuk memetakan fitur-
arief.adi.n@mail.ugm.ac.id fitur farmakofor dengan metode yang berdasarkan struktur ligan
(ligand-based), struktur kompleks protein-ligan (complex-based)
serta gabungan dari kedua metode tersebut (ligand- and
complex-based). Dalam penelitian ini, dilakukan pemetaan
farmakofor berdasarkan ligan dari reseptor estrogen alfa (ERα),
yakni 3ERT. Pemetaan farmakofor berdasarkan struktur ligan
dilakukan melalui alignment antar ligan. Selain itu dilakukan pula
pemetaan berdasarkan kompleks protein-ligand menggunakan
protein reseptor estrogen alfa (ERα) diantaranya 4zn9,4znh,
4zns, 4znt, 4znu, 4znv, 4znw yang diperoleh dari Protein Data
Bank (PDB). Pemetaan farmakofor berdasarkan kompleks
protein-ligan dianalisis melalui perhitungan dengan PLIF (Protein
Ligand Interaction Fingerprint). Pemetaan farmakofor dengan
metode gabungan dilakukan dengan melalukan kedua prosedur
metode tersebut secara berurutan sehingga didapatkan
pemetaan kombinasi dari kedua metode tersebut. Dari hasil
pemetaan, diperoleh fitur-fitur farmakofor yang bermanfaat
dalam pembentukan ikatan. Dari pemetaan farmakofor berbasis
ligan, diperoleh fitur-fitur penting seperti Aro|Hyd, Aro|Hyd (2)
Don&Acc, dan Acc. Sedangkan pemetaan complex-based
menggambarkan terdapat 2 fitur farmakofor yaitu dua fitur
Don&Acc&ML.

Kata kunci: RESEPTOR ESTROGEN-α, PEMETAAN FARMAKOFOR,

LIGAND-BASED, COMPLEX-BASED.

PENDAHULUAN yang merupakan bagian dari family

Reseptor Estrogen adalah receptor nuclear dari reseptor
bagian dari grup protein yang intraseluler dan reseptor membran
ditemukan dalam sel. Reseptor estrogen (mERs) (GPER (GPR30),
tersebut diaktivasi oleh hormone ER-X, and Gq-mER) yang sebagian
estrogen (17β-estradiol). Ada dua besar merupakan reseptor protein
subkelas dari ER yakni reseptor G-coupled. (Dahlman-Wright K,
estrogen nuclear (ERα and ERβ) 2006). Ketika diaktivasi oleh
1
Pemetaan Fitur-Fitur Farmakofor Berbasis Ligan dan Kompleks Protein-Ligan Antara Beberapa Ligan
Terhadap Reseptor Estrogen Alfa
estrogen, ER dapat mentranslokasi
ke dalam nukleus dan berikatan
dengan DNA untuk meregulasi
aktivitas berbagai gen yang
berbeda (salah satu DNA-binding
factor transkripsi) serta memiliki
fungsi yang independent dari DNA
binding (Levin ER, 2005).
Pharmacophore mapping
merupakan hal yang penting dalam
menentukan dan memetakan fitur –
fitur farmakofor apa saja yang
paling penting / berperan dalam
aktivitas suatu senyawa.
Farmakofor dapat menggambarkan
tipe dan lokasi interaksi antara
ligan dan reseptor (protein) target.
Dalam percobaan ini akan
dilakukan pemetaan farmakofor
berdasarkan struktur ligan dan
berdasarkan struktur kompleks dari
reseptor estrogen alfa dengan ligan
serta gabungan dari keduanya.
Pada pemetaan farmakofor ligand
based digunakan senyawa uji agonis
reseptor estrogen alfa (ERα).
Sedangkan, pemetaan berdasarkan
kompleks dengan kompleks protein-
ligan, analog, dan enantiomer dari
estradiol. Pemetaan farmakofor
secara complex based dianggap
lebih nyaman karena diketahui
interaksi target makromolekulnya
(Yang, 2010). Dengan demikian,
hasil farmakofor dapat digunakan
sebagai petunjuk untuk membuat
senyawa baru yang memiliki tipe
dan lokasi interaksi yang sama
dengan estradiol dan reseptor
estrogen.
METODE PENELITIAN
Alat yang digunakan berupa
seperangkat komputer dan software
program berupa Molecular
Operating Enviroment (MOE).
Bahan yang digunakan berupa
kompleks protein yang
diperolehdari Protein Data Bank
(PDB) dengan ID 4ZN9, 4ZNH,
4ZNS, 4ZNT, 4ZNU, 4ZNV, dan
4ZNW yang masing-masing
mempunyai ligan dengan ID OBH,
OBC, OFB, OBB, 4Q9, 4Q7, dan
OBM beserta kompleks reseptor
estrogen alfa dengan ligannya dari
PDB dengan kode PDB 3ERT yang
telah dipreparasi sebelumnya. File
tersebut diunduh dari
www.rcsb.org.
Pemetaan ligan dari protein
dengan reference 3ERT
Pemetaan dilakukan dengan
menggunakan kompleks protein
ligan dari 4ZN9, 4ZNH, 4ZNS,
4ZNT, 4ZNU, 4ZNV, dan 4ZNW.
Preparasi dilakukan dengan
memilih Chain A dari semua
kompleks protein dan ligannya dan
align and superpose dengan fungsi
menyamakan koordinat dari ligan
yang sebelumnya dipreparasi.
Quick Preparation dipilih angka
0,01. Penghapusan ribbon
dilakukan untuk membuat tampilan
menjadi lebih sederhana. Reseptor
dipilih pada menu RHS kemudian
dihapus sehingga menyisakan ligan
saja.
Farmakofor berbasis ligan
Preparasi data dilakukan
dengan flexible alignment ligan,
ligan aktif dipilih berasal dari 4ZN9,
4ZNH, 4ZNS, 4ZNT, 4ZNU, 4ZNV,
dan 4ZNW terhadap molekul
referensi (4OHT) dari 3ERT. Proses
ini dilakukan dengan menu MOE –
compute – flexible alignment.
Flexible alignment bertujuan untuk
meng-align senyawa yang dimiliki
dengan senyawa reference (3ERT).
Iteration limit dipilih 100. Dalam
hal ini akan dihasilkan output
database dengan konformasi –
konformasi yang bermacam –
macam. Konformasi yang yang
2
1

paling match dengan senyawa ligan dilakukan dan ditampilkan

referensi dipilih. Konformasi yang backbone protein dan dipilih warna
dipilih adalah berdasarkan nilai s pada menu Color serta by Chain.
yang mengandung similaritas Pembuatan database dilakukan
dimana semakin negatif maka akan untuk menghitung PLIF dengan
semakin similar. Tampilan dapat MOE – Database. Dalam Database
diatur dengan menu MOE agar Viewer dilakukan penambahan
lebih mempermudah pengamatan. Entry dan diatur mode sebagai
Generate pharmacophore query Chain Tag.
dilakukan dengan membangkitkan
fitur farmakofor melalui cara Perhitungan PLIF dilakukan
otomatis pada tool Consensus dan dengan membuka database file.mdb
dilakukan pemilihan fitur yang akan dan dipilih PLIF Setup. Langkah
dipertahankan Pembangkitan fitur pertama adalah dengan
farmakofor dilakukan dengan menspesifikasikan reseptor dan
consensus sehingga muncul ligan kemudian analisis raw contact
tampilan Pharmacopore Consensus. untuk skoring interaksi untuk setiap
Generate fitur farmakofor dilakukan kompleks protein – ligand. Eksekusi
dengan memilih calculate. Fitur – dilakukan dengan tombol prepare
fitur terpilih dapat dikirim ke query sehingga PLIF_raw akan
dengan menekan tombol Load ditambahkan dalam database.
Selected. Pharmacopore query Langkah terakhir adalah
dipilih dengan skor yang mencapai perhitungan PLIF yang akan
100% atau mendekati 100%. memilih interaksi penting dalam
Pharmacopore query disimpan seri kompleks protein – ligan.
dalam bentuk format file.ph4.
Proses akan diakhiri dengan meng-
Farmakofor berbasis kompleks generate Pharmacopore Query dari
protein-ligan PLIF dengan Query Generator pada
menu droplist Tools. Generate ini
Preparasi data dilakukan akan mengasilkan pharmacopore
dengan memilih chain protein query berdasarkan frekuensi
terbaik dari file PDB kemudian protein – ligand contact. Tombol
dilakukan align / superposisi Build dipilih untuk proses
kompleks terhadap geometri membangun farmakofor.
molekul kompleks protein referensi Pharmacopore Query dapat
yaitu 3ERT, sehingga kompleks dihasilkan dengan tombol create
protein 3ERT dilakukan Freeze. pada panel Query Generator
Pembuatan database kompleks sehingga menghasilkan
untuk perhitungan PLIF. Pharmacopore Query Editor.
Perhitungan PLIF dilakukan dengan
tool PLIF Setup pada database yang Kombinasi
dibuat sebelumnya. Dilakukan
File.ph4 hasil pencarian
generate dari data PLIF dengan
farmakofor berbasis ligan dan
membangkitkan fitur-fitur
farmakofor berbasis kompleks-
farmakofor untuk dibuat
protein divisualisasi secara
pharmacophore query. Kompleks
bersamaan maka diperoleh
yang telah dipreparasi sebelumnya
geometri yang saling berdekatan.
yaitu pemetaan kompleks protein
Dilakukan pengamatan masing-
dengan reference 3ERT. Isolasi
masing hasil Pharmacophore Query
3
Pemetaan Fitur-Fitur Farmakofor Berbasis Ligan dan Kompleks Protein-Ligan Antara Beberapa Ligan
Terhadap Reseptor Estrogen Alfa

dan dilakukan perhitungan jarak

antar fitur farmakofor.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Pemetaan farmakofor
(Pharmacophore Mapping) suatu
struktur molekul yang digunakan
untuk menentukan bagian dari Gambar 1. Visualisasi hasil
struktur molekul yang mungkin flexible alignment (Merah:
berinteraksi dengan reseptor dapat OHT, hijau: OBH, biru tua:
dilakukan dengan beberapa cara. OBC, kuning: OFB, merah
Beberapa cara pharmacophore muda: OBB, oranye: 4Q9, biru
mapping di antaranya adalah
Selanjutnya pharmacophore
pemetaan farmakofor berdasarkan
query dilakukan untuk mengetahui
ligan (ligand-based), berdasarkan
bagian-bagian yang merupakan
kompleks protein-ligan (complex-
suatu farmakofor. Fitur farmakofor
based), dan kombinasi antara
yang dapat ditemukan pada semua
pemetaan berdasarkan ligan dan
ligan merupakan fitur yang
kompleks.
kemudian ditampilkan pada jendela
Ligand-based Pharmacophore aplikasi. Fitur-fitur farmakofor yang
Mapping diperoleh kemudian diukur radius
fitur dan jarak antarfitur.
Pemetaan farmakofor dapat
dilakukan berdasarkan struktur
suatu ligan. Dalam percobaan ini
digunakan ligan OBH, OBC, OFB,
OBB, 4Q9, 4Q7, dan OBM yang
merupakan ligan dari estrogen
receptor-α yang berupa Oxabicyclic
Heptene Sulfonate (OBHS) dan
turunannya. Ligan yang digunakan Gambar 2. Visualisasi
sebagai referensi dalam pemetaan farmakofor
farmakofor ini adalah ligan OHT.
Tahap pertama yang dilakukan
adalah preparasi ligan. Ligan yang
diperoleh kemudian disejajarkan
dengan flexible alignment agar
diperoleh struktur ligan yang
sejajar satu sama lain. Dari
sekumpulan data yang diperoleh
dari alignment tersebut dipilih Gambar 3. Visualisasi jarak
konformasi yang paling sama antarfitur farmakofor
dengan ligan referensi, sehingga
diperoleh visualisasi ligan yang Tabel 1. Hasil pharmacophore
mirip. query dan jarak antarfitur
farmakofor

I Exp R Jarak Antarfitur

D res ad (Å)

4
1

iu sejajar sehingga dapat diketahui

sio s letak farmakofor yang sama.
F1 F2 F3 F4 Kompleks-kompleks protein-ligan
n (Å
) kemudian dihitung menggunakan
Aro modul PLIF dan dilakukan generate
F 0. 5.0 2.7 7.1 pharmacophore query. Dari hasil
| 0
1 6 1 5 5 pharmacophore query, diperoleh
Hyd
Aro fitur-fitur farmakofor yang ada.
F 0. 5.0 7.1 2.7
| 0
2 7 1 7 4
Hyd
Don
F 0. 2.7 7.1 8.7
&Ac 0
3 6 5 7 3
c
F 0. 7.1 2.7 8.7
Acc 0
4 9 5 4 3
Pada pemetaan farmakofor
berdasarkan struktur ligan,
diperoleh 4 fitur yang dimiliki oleh
semua ligan. 4 fitur tersebut adalah Gambar 4. Visualisasi fitur
dua fitur Aro | Hyd yang farmakofor Complex-based
menunjukkan bahwa terdapat
gugus aromatic yang hidrofobik
pada ligan, fitur Don&Acc yang
menunjukkan bahwa terdapat
gugus pendonor dan penerima
terbentuknya ikatan hidrogen, serta
fitur Acc yang menunjukkan bahwa
terdapat gugus penerima ikatan Gambar 5. Visualisasi jarak
hidrogen yang sama pada semua antarfitur farmakofor
struktur ligan yang dipetakan
farmakofornya. Tabel 2. Hasil Pharmacophore
Query dan jarak antarfitur
Complex-based Pharmacophore farmakofor
Mapping Jarak Antarfitur
Expr Rad
I (Å)
Cara lain pemetaan farmakofor essi ius
D F
adalah pemetaan menggunakan on (Å) F1 F2 F4
struktur kompleks protein-ligan. 3
Pada pemetaan farmakofor Don
F 9.4
berdasarkan kompleks ini, &Acc 1.3 0 - -
1 1
digunakan kompleks protein 4ZN9, &ML
4ZNH, 4ZNS, 4ZNT, 4ZNU, 4ZNV, Don
F 9.4
dan 4ZNW untuk dilakukan &Acc 1 0 - -
2 1
pemetaan farmakofor. Kompleks &ML
protein-ligan yang digunakan Pemetaan farmakofor
sebagai referensi adalah 3ERT. berdasarkan kompleks yang
Semua protein tersebut di-align dan dilakukan menunjukkan bahwa
dilakukan superposisi terhadap semua kompleks yang dipetakan
3ERT untuk menyejajarkan posisi mempunyai fitur Don&Acc&ML
protein sehingga semua protein yang sama lokasinya. Fitur tersebut

5
Pemetaan Fitur-Fitur Farmakofor Berbasis Ligan dan Kompleks Protein-Ligan Antara Beberapa Ligan
Terhadap Reseptor Estrogen Alfa

adalah fitur penerima ikatan (Don&Acc) dan fitur F2

hidrogen, pendonor ikatan (Don&Acc&ML) berdekatan dengan
hidrogen, dan gugus yang berfungsi fitur F4 (Acc). Sehingga fitur yang
sebagai metal ligator. berdekatan tersebut mungkin
merupakan fitur farmakofor yang
Kombinasi Ligand-based dan sama pada molekul tersebut.
Complex-based Pharmacophore
Mapping KESIMPULAN
Hasil pemetaan farmakofor
Pemetaan farmakofor dapat ligand based dan complex based
dilakukan dengan kombinasi terdapat 6 fitur yang dianggap
pemetaan berdasarkan ligan serta penting dari aktivitasnya terhadap
kompleks protein-ligan. Hasil reseptor estrogen alfa yaitu Aro|
pemetaan digabungkan dan Hyd, Aro|Hyd (2) Don&Acc, dan Acc
divisualisasikan. Jarak antar merupakan fitur yang didapat dari
farmakofor dihitung agar terlihat metode ligand-based dan 2 fitur
fitur yang memiliki posisi yang Don&Acc&Ml dan Don&Acc&ML
dekat. (2) didapat dari complex-based.

ACKNOWLEDGEMENT
Penulis mengucapkan terima
kasih kepada Dr. Hari Purnomo,
MS., Apt.. dan Dr. Ari Bambang S.,
S.Si., M.Si. sebagai Dosen
Pengampu Praktikum Kimia
Medisinal 2 dan Naufa Hanif dan
Fajar sebagai Asisten Praktikum
Gambar 5. Jarak antarfitur Kimia Medisinal 2.
farmakofor kombinasi
REFERENSI
Tabel 3. Hasil Pharmacophore Dahlman-Wright K, Cavailles V,
Query dan jarak antarfitur Fuqua SA, Jordan VC,
farmakofor Katzenellenbogen JA, Korach
Jarak Antarfitur KS, Maggi A, Muramatsu M,
(Å) Parker MG, Gustafsson JA .
I Expre F2 2006. "International Union of
F1
D ssion (Don& Pharmacology. LXIV. Estrogen
(Don&A
Acc&M receptors". Pharmacological
cc&ML)
L) Reviews.
F Aro | Levin ER .2005. "Integration of the
2.90 7.32
1 Hyd extranuclear and nuclear
F Aro | actions of estrogen". Molecular
7.56 3.38
2 Hyd Endocrinology.
F Don& Yang, S. Y.2010. Pharmacophore
1.29 9.31
3 Acc modeling and applications in
F drug discovery: challenges and
Acc 9.32 3.64
4 recent advances. Drug
Dari hasil pemetaan yang Discovery Today. 15; 444-450.
dilakukan, fitur F1 (Don&Acc&ML)
berdekatan dengan fitur F3

6
1