Plasmid dan Episom

Materi genetik bakteri dibawa dalam satu kromosom utama. Dari beberapa
kasus, beberapa molekul DNA ekstrakromosomal atau minikromosom yang sering
disebut dengan nama plasmid. Plasmid merupakan suatu replika (unit materi yang
mampu melakukan replikasi secara mandiri atau independen) yang diwariskan
secara stabil (dipertahankan tanpa adanya seleksi yang spesifik) dalam keadaan
ekstrakromosomal. Namun tidak semua plasmid tidak dapat disingkirkan karena
diperlukan untuk kelangsungan hidup sel tersebut. Plasmid juga diperlukan untuk
kondisi lingkungan tertentu.

Palsmid telah diidentifikasi hampir disemua jenis bakteri. Plasmid diketahui

telah memiliki signifikansi praktis dalam bidang: 1) penyebaran beberapa antibiotik
dan resistensi obat pada bakteri patogen dan 2) ketidakstabilan di bidang industri
karena mikroorganisme penting. Sebagai contoh Streptococcus lactis dan bakteri
lain yang terkait dalam pembuatan keju, banyak plasmid yang telah diidentifikasi
dan ternyata terbukti membawa gen yang menkode enzim penting dalam proses
fermentasi dalam pembuatan keju, dari pengamatan tersebut menjelaskan tentang
“biakan starter” keju dari bakteri tidak stabil dan seringkali harus dibuang.

Tiga jenis utama plasmid bakteri yang dipelajari: 1) F dan F’ plasmid,

merupakan faktor kesuburan konjugasi yang telah dibahas sebelumnya, 2) Plasmid
R (sebelumnya disebut RTF, atau bisa faktor transfer resistensi) plasmid ini bisa
membawa gen untuk resistensi terhadap antibiotik, dan 3) Col plasmid (sebelumnya
disebut faktor colicinogenic) kode plasmid untuk colcins yang merupakan protein
pembunuh sel-sel E. Coli yang sensitif. Plasmid ini juga dikenal pada bakteri yang
dapat mengkode bakteriocin selain colicin. Dalam beberapa hal, kromosom
mitokondria serta kloroplas pada eukariota juga dapat didefinisikan sebagai
plasmid.

Plasmid dibagi menjadi dua kelompok berdasarkan mediasi perpindahan

diri konjugasi. 1) plasmid konjugatif, plasmid yang dapat ditransmisikan memediasi
transfer DNA dengan konjugasi. Hal tersebut ditandai dengan semua plasmid F dan
F’, banyak plasmid R, dan beberapa plasmid Col bersifat konjugatif. Sifat
konjugatif dari banyak plamid R memiliki peran penting dalam penyebaran cepat
dari gen resistensi antibiotik. 2) plasmid nonkonjugatif, plasmid yang tidak
memediasi tarnsfer DNA dengan konjugasi. Hal ini ditandai dengan banyak
plasmid R dan Col yang bersifat nonkonjugatif.

Beberapa dan tidak semua plasmid, seprti faktor F memiliki definisi elemen
genetik yang disebut episom. Episom merupakan elemen geneti yang mampu
mereplikasi di salah satu dari dua keadaan alternatif yaitu: 1) sebagai bagian yang
terintegrasi (dimasukkan secara kovalen) dari kromosom induk utama atau 2)
sebagai elemen genetik otonom, independen dari kromosom induk utama. Istilah
episom ini bukanlah sinonim dari plasmid. Banyak plasmid yang tidak ada dalam
keadaan terintegrasi oleh karena itu bukan episom.

Banyak dari sifat plasmid dan episom diketahui bergantung pada

keberadaan sekuens DNA pendek yang disebut elemen IS atau disebut sekuens
insersi. Elemen IS juga ada didalam kromosom induk utama. Urutan yang pendek
ini sekitar 800-1400 panjang nukleotida dapat transposable, yaitu mereka dapat
bergerak dari satu posisi ke posisi yang lain dalam kromosom, atau dari kromosom
satu ke kromosom yang lain. Selain itu, element IS juga dapat memediasi
rekombinasi antara element genetik yang tidak homolog. Empat element IS pertama
secara luas dikarakterisasi dan diurutkan IS1, IS2, IS3, IS4 masing masing adalah
768,1327, 1300, dan 1426 nukleotida berpasangan.

Materi Transposable

Pada mulanya, pemetaan genetik tergantung pada asumsi bahwa gen tidak
berpindah dari satu posisi ke posisi yang lain. Sebagian besar gen menempati lokasi
tetap pada kromosom, dan keseluruhan stuktur dari peta genetik praktis tidak
berubah, namun setelah tahun 1940-an, ditemukan bukti bahwa beberapa sekuens
DNA sebenarnya dapat merubah posisi.

Sekuens mobile ini disebut element genetik transposable, atau bisa disebut
transposon dengan ukuran sekitar 500-10.000 nukleotida berpasangan. Namun ada
juga yang berukuran lebih besar di makhluk hiduo yang lain yang menunjukkan
bahwa unsur transposabel tersebar luas di antara prokariota dan eukariota. Pada
tingkat molekuler, unsur ini menunjukkan terdapat suatu variasi struktur dan funsgi
yang lumayan besar.

Ketidakstabilan Genetik dan Penemuan Unsur Transposable

B. Meclintock melalui analisis ketidakstabilan genetik pada jagung

menemukan adanya unsur transposable. Ketidakstabilan ini melibatkan kerusakan
kromosom yang ditemukan dimana element transposable berada. Dalam percobaan
Mcclintock, dia menggunakan spidol yang mengontrol deposisi pigmentasi didalam
aleuron dari lapisan terluar endosperma biji jagung. Penanda Mcclintok ini adalah
alel dari lokus C pada lengan pendek yang jumlah kromosomnya 9. Alel ini, disebut
C1 merupakan suatu inhibitor dominan pewarnaan aleuron.. Mcclintock
menilangkan silang antara CC dengan C1C1, menghasilkan biji yang dimana hasil
percobbanya menunjukkan endospermanya adalah C1CC. Meskipun banyak dari
biji ini tidak berwarna, namun pada beberapa hasilnya menunjukkan bercak pigmen
ungu kecoklatan (Gambar. 9.1). McClintock menduga bahwa dalam mosaik terbeut,
inhibitor alel C1 telah hilang ketika pengembangan endospermanya, yang mengarah
ke klon jaringan yang mampu menghasilkan pigmen. Genotipe dari klon tersebut
adalah CC, dimana tanda hubung itu menunjukkan bahwa alel C1 telah menghilang.
Analisis lebih ditemukan bahwa alel ini telah hilang dikarenakan adanya kerusakan
kromosom.

Situasi rusaknya kromosom ini telah digambarkan pada (Gambar. 9.2.)

yang melepaskan segmen kromosom dari sentromernya, lalu membuat para ahli
sitologi menyebutnya sebagai fragmen asentrik. Fragmen ini cenderung akan hilang
selama terjadinya pembelahan sel, sehingga membuat semua keturunan sel ini
kekurangan bagian dari kromosom yang diturunkan dari ayah. Karena fragmen
yang hilang membawa alel C1, tidak ada sel dalam klon ini yang akan dihambat
untuk membentuk pigmen

McClintock menemukan juga bahwa mosaik biji seperti itu sering

dihasilkan dari jeda di situasi tertentu pada kromosom 9. faktor yang menghasilkan
jeda ini disebut Dissociation atau Ds. Dalam eksperimennya, kromosom yang
membawa alel C1 ternyata juga membawa faktor Ds. Namun, faktor ini tidak
mampu menginduksi kerusakan kromosom. McClintock menemukan bahwa Ds
harus diaktifkan oleh faktor lain, yang disebut dengan Activator atau Ac. Faktor Ac
ino dapat dikombinasikan dengan Ds, menciptakan kondisi dimana dapat terjadi
kerusakan kromosom.

Sistem dua faktor Dc dan Ac ini telah memberikan penjelasan untuk

ketidakstabilan genetik yang telah diamati McClintock pada kromosom 9. Namun,
percobaan tambahan menunjukkan bahwa ini hanya satu dari banyak
ketidakstabilan yang ada dalam genom jagung. Penjelasan sederhananya adalah
bahwa Ds bisa ada di banyak situs berbeda dalam genom, dan bahwa mungkin bagi
Ds untuk mengubah posisinya. Melalui analisis genetik, McClintock menunjukkan
bahwa Ac dan Ds dapat bergerak. Ketika salah satu elemen ini dimasukkan ke
dalam atau di dekat gen, McClintock menemukan bahwa fungsi gen bisa diubah.
Dalam kasus ekstrem, fungsi itu sepenuhnya dapat dihapuskan. Karena pengaruh
ini yang berpengaruh pada ekspresi gen, McClintock menyebut faktor Ac dan Ds
ini sebagai elemen pengontrol.

mutasi bisa disebabkan oleh pemasangan elemen kontrol tidak stabil pada
(Gambar. 9.3). Mutasi ini disebabkan karena adanya penyisipan elemen Ac dan
setelah elemen Ac dikeluarkan. Dalam kasus ini, pembalikan terjadi jika elemen Ac
hadir di tempat lain dalam genom. Perbedaan antara kedua alel menunjukkan peran
penting dari faktor Ac dan Ds. Elemen Ac dapat mengaktifkan dirinya sendiri,
namun elemen Ds tidak bisa mengaktifkan dirinya sendiri. Setiap transposon
mengaktifkan dirinya sendiri, maka dapat dikatakan bekrja secara otonom dan jika
Setiap transposon tidak dapat mengaktifkan dirinya sendiri, maka tidak bekerja
secara otonom.

Unsur Yang Dapat Dipindahkan Di Bakteri

Ketidakstabilan genetik juga terjadi pada bakteri. Transposon bakteri yang

paling oaling sedderhana adalah uruntan penyisispan atau ekement IS .Kadang dua
element IS homolog bergabung gen lain untuk membentuk tansposon komposit
dilambangkan dengan simbol TN. Simbol tersebut menunjukkan adanya transposon
yang tidak mengandung elememnt IS, seperti elemen yang dikenal sebagai Tn3,
sebagai transposon komposit
Unsur-Unsur IS

Elemen-elemen IS disusun secara bersama. Biasanya ada urutan

pengkodean tunggal dengan urutan pendek, identik, atau hampir identik di kedua
ujungnya. Urutan terminal ini disebut termial bertulang dimana urutan terminal ini
selalu dalam orientasi inert terhadap satu sama lain yang panjangnya berkisar 9-40
pasang nukleotida. Ketika element IS menyisispkannya ke dalam kromosom
ataupun plasmid maka akan menciptakan duplikasi urutan DNA di lokasi
penyisipan. Satu salinan duplikasi ini dijumpai di setiap sisi element, oleh sebab itu
sekuennsya pendek (3-12 nukleotida) yang akan diulang secara langsung yang
disebut duplikasi.

Transposon komposit dibuat ketika dua elemnt IS yang saling menyisipkan

berdekatan. Urutsan antara mereka kemudian dapat ditransposisikan bersama dari
element yang mngapit. Gambar 9.6 memberikan tiga contoh. Dalam Tn9, elemen-
elemen IS yang mengapit berada dalam orientasi langsung terhadap satu sama lain,
sedangkan Tn5 dan Tn10, orientasinya terbalik. Masing-masing dari transposon
komposit ini membawa gen untuk resistensi antibiotik, resistensi kloramfenikol
pada Tn9, resistensi kanamisin pada Tn5, dan resistensi tetrasiklin pada Tn10.
Kadang-kadang elemen IS mengapit dalam transposon komposit tidak cukup
identik.

Keluarga Tn3

Tn3 adalah contoh yang paling banyak dipelajari. Unsur-unsur dalam

kelompok transposon ini memiliki terminal berulang yang berulang 38-40
nukleotida dan menghasilkan duplikasi situs target 5 pasang nukleotida pada saat
penyisipan sehingga tampak lebih lebih besar dari elemen IS serta biasanya
mengandung gen aksesori serta gen yang diperlukan untuk transposisi.

Organisasi genetik Tn3 ditunjukkan pada (Gambar 9.8). ada tiga gen yang
masing-masing menjadi transposase, repressor, dan enzim yang disebut betta
lactamase, tiga gen tersebut adalah tnpA, tnpR dan bla. Beta laktamase memberikan
resistensi terhadap antibiotik ampisilin, sedangkan dua protein lainnya memainkan
peran penting dalam transposisi. Transposisi Tn3 terjadi dalam dua tahap yaitu 1)
transposase memediasi fusi dua molekul yang membentuk struktur yang disebut
kointegrasi. 2) transposisi, resolusi berkode tnpR memediasi peristiwa rekombinasi
khusus situs antara dua elemen Tn3.

Signifikansi Medis Dari Transposon Bakteri

Transposon bakteri bertanggung jawab atas transposisi gen yang

mengendalikan resistensi terhadap antibiotik dari satu molekul ke molekul yang
lain. Mereka diyakini memmiliki peran dalam evolusi cepat Plasmid R yang
diamati. Semua plasmid R konjugatif memiliki setidaknya dua komponen yaitu: 1)
satu segmen membawa satu set gen yang terlibat dalam transfer DNA konjugatif
dan 2) segmen kedua yang membawa gen atau gen antibiotik dan resistensi obat.
segmen yang membawa gen pemindahan disebut komponen RTF (resistance
transfer factor). Komponen RTF dari beberapa plasmid R konjugatif yang berbeda
tampaknya memiliki sejumlah besar homologi, berdasarkan pada percobaan
hibridisasi silang DNA-DNA. Komponen penentu-R menunjukkan lebih banyak
perbedaan. Dalam beberapa plasmid R, determinan R diapit oleh elemen-elemen IS
yang bersifat homolog, yang dapat memediasi transposisi penentu R dari satu
plasmid R ke yang lain. Unsur-unsur IS ini yang bertanggung jawab atas evolusi
cepat plasmid bakteri yang membawa banyak faktor resistensi antibiotik dan
obat.Transmisibilitas R plasmid, transposabilitas penentu-R, dan evolusi cepat
senyawa R plasmid, yang membawa gen untuk ketahanan terhadap seluruh baterai
antibiotik dan obat yang paling efektif.

Meningkatnya frekuensi bakteri yang membawa plasmid dengan

determinan R, yang menghasilkan resistensi terhadap antibiotik seperti penisilin,
tetrasiklin, streptomisin, dan kanamisin. Hasil penelitian di Jepang yang
menunjukkan bahwa, dalam waktu kurang dari 10 tahun, populasi alami bakteri
telah berevolusi dari frekuensi sangat rendah resistensi antibiotik yang dimediasi
plasmid R menjadi frekuensi yang relatif tinggi (50-80 persen). Hasil dari penelitian
ini membuatnya sangat jelas bahwa kita harus membatasi penggunaan antibiotik
murni untuk infeksi bakteri serius dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi
kecil yang datang. Jika kita tidak membatasi penggunaan, antibiotik dan obat yang
sangat efektif saat ini mungkin memiliki sedikit utilitas di masa depan.
Pertanyaan

Mengapa plasmid mempunyai suatu peran penting dalam pewarisan suatu sifat pada
organisme?

Jawaban

Karena plasmid adalah kromosom utama berupa molekul DNA ekstrakromosomal

yang memeiliki fungsi melakukan replikasi secara independen sehingga dapat
diwariskan secara stabil dalam keadaan ekstrakromosomal.