PEMBAHASAN

Praktikum isolasi DNA ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh macam buah dan
jenis deterjen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Berdasarkan analisis
diatas dapat diketahui bahwa pada praktikum isolasi DNA ini menghasilkan hasil yang berbeda
secara kuantitas, bentuk dan durasi waktu yang diperlukan dalam mengisolasikan DNA. Pada
praktikum kali ini digunakan tiga jenis detergen yaitu bubuk, cair, cream dan menggunakan tiga
jenis buah yang berbeda yaitu melon, jeruk, semangka. Penggunaan deterjen tersebut berfungsi
sebagai pelisis barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang
mampu merusak dinding dan membran sel. Menurut Jamilah (2005) detergen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar
yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat
yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.

Berdasarkan prinsipnya terdapat 3 tahap isolasi DNA yakni pelisisan sel, ekstraksi dan
pemurnian. Melisiskan sel pada praktikum ini dilakukan dengan cara mekanik yakni memblender
atau memeras buah. Kemudian sari buah dicampurkan dengan larutan deterjen yang telah diberi
NaCl. Pemberian NaCl berfungsi untuk memberi kondisi ionik sehingga reaksi dapat berjalan
lebih stabil (Harley, 2005). Garam juga dapat digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+
yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA. Kutub
ini dapat menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat
ikatan ion Na+ terbentuk dengan ikatan kutub negatif fosfat DNA, maka DNA tersebut akan
terkumpul (Jamilah, 2005). Pemberian garam memungkinkan untai DNA untuk tetap bersama-
sama atau “mengendap”, karena muatan positif natrium/sodium berinteraksi dengan gugus fosfat
yang bermuatan negatif pada ujung 5’ untai DNA untuk menetralisir molekul, sehingga membuat
DNA kurang larut terhadap campuran air / alkohol (Isis, 2004),

Penambahan alkohol dingin menyebabkan ditemukannya kabut awan putih (beberapa detik
setelah penambahan alkohol dingin). Alkohol dingin berfungsi untuk memisahkan DNA dari sel.
DNA akan naik ke lapisan yang berisi alkohol sebagai benang-benang putih yang halus. DNA
yang tampak ini masih tercampur dengan berbagai protein dan molekul-molekul lain yang
terjerat padanya (Listyorini, dkk, 2014). Selain itu penggunaan alkohol yang dingin juga
berfungsi untuk menonaktifkan beberapa enzim yang membungkus DNA (DNAase) sehingga
enzim tersebut akan mudah dihilangkan (G. Carboni, 2007). DNA tidak akan larut dalam
alkohol, ketika DNA berada di campuran garam akan berbentuk larutan, tetapi ketika terpapar
dengan alkohol akan membentuk endapan, sedangkan semua komponen sel lainnya akan
tertinggal dalam larutan garam (Stueber, 2007).

Berdasarkan hasil praktikum waktu yang diperlukan untuk mengisolasi DNA berbeda-beda
setiap buah dan detergen yang digunakan. Selain itu terdapat perbedaan bentuk DNA pada
masing-masing jenis buah dan detergen yang digunakan. Kecepatan untuk mengisolasi DNA
dipengaruhi oleh jenis detergen dan kadar air pada setiap buah. Jumlah DNA terbanyak yang
dapat terisolasi adalah melon dengan detergen cair, jeruk dengan detergen cream dan semangka
dengan detergen cair. Isolasi DNA yang berasal dari buah melon memiliki kuantitas serabut
DNA yang lebih banyak karena kadar air yang terdapat didalamnya lebih sedikit dibanding pada
buah jeruk dan semangka. Hal ini sesuai dengan teori yang menyebutkan semakin sedikit kadar
air pada buah, semakin banyak isolasi DNA yang dihasilkan (Jamilah, 2005: 21). Waktu
pengisolasian tercepat adalah pada buah melon dengan detergen bubuk dan yang paling lama
adalah pada buah jeruk dengan detergen bubuk. Sedangkan untuk struktur beranekaragam yaitu
berupa benang, dan kapas. Adanya perbedaan tersebut karena pada buah terdapat perbedaan
pigmen yang masih berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan
yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap detergent, sehingga perbedaan
waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent
dalam merusak membran sel tidak sama. (Jamilah, 2005).

KESIMPULAN
DISKUSI

1. Apa yang dimaksud dengan isolasi DNA?

Jawab:
Isolasi DNA adalah proses pemisahan molekul DNA dari molekul-molekul lain di inti sel,
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prosedur ini memiliki beberapa tujuan analisis yaitu
visualisasi DNA, peninjauan pola fragmentasi DNA, pembuatan pustaka genomik, rekayasa
gen, dan amplifikasi DNA. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran
(lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta
pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008).
2. Apakah fungsi penambahan detergen?
Jawab:
Fungsi penambahan detergen dalam isolasi DNA adalah detergen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi
polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan
lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Jamilah,2005).
Detergen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa
”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan
lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga
dapat membentuk suatu ikatan kimia (Machmud, 2006)
3. Apakah fungsi penambahan garam?
Jawab:
Pemberian garam memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel
darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil.
(Harley 2005: 410). Garam juga dapat digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+
yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative fosfat DNA.
Kutub ini dapat menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain
sehingga pada saat ikatan ion Na+ terbentuk dengan ikatan kutub negative fosfat DNA,
maka DNA tersebut akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Jadi dapat
disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan karbohidrat,
menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan DNA.
4. Apakah fungsi penambahan alkohol? Mengapa alkohol yang ditambahkan harus dalam
keadaan dingin?
Jawab:
Penggunaan alkohol ini berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul
karena pemekatan oleh garam. Alkohol yang dingin juga berfungsi untuk menonaktifkan
beberapa enzim yang membungkus DNA (DNAase) sehingga enzim tersebut akan mudah
dihilangkan (G. Carboni, 2007).
Alkohol yang ditambahkan harus dalam kondisi dingin karena dengan adanya garam (kation
kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20 ⁰C atau kurang, ethanol absolut akan
mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik. Selain itu disebutkan juga bahwa
semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat. Dari pernyataan-
pernyataan tersebut dapat diketahui bahwa semakin dingin alkohol, maka konsentrasi DNA
yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau tinggi sehingga DNA yang
terisolasi dapat terlihat dengan jelas (Jamilah, 2005: 14).
5. Mengapa pengadukan campuran setelah ditambahkan detergen tidak boleh sampai berbusa?
Jawab:
Karena akan menyebabkan terhambatnya isolasi DNA. Dengan adanya buih maka DNA
akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan
campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan
oleh adanya buih.
6. Mengapa pada macam detergen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawab:
Karena kandungan dalam sutatu detergen berbeda produk satu dengan produk yang lain,
sehingga kecepatan pembentukan DNA berbeda karena kecepatan pemecah sel juga
berbeda.
7. Mengapa pada macam buah yang berbeda kuantitas DNA dan waktu pembentukan yang
berbeda?
Jawab:
Adanya perbedaan tersebut karena pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih
berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda
 dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap detergent, sehingga perbedaan waktu
terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent
dalam merusak membran sel tidak sama. (Jamilah, 2005).

Daftar Rujukan

Corkill, G., Rapley, R. (2008). The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools & Techiques in
Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed: Walker, J.M., Rapley, R. Humana
Press, NJ,USA.
Dolphin, W. D. 2008. Biological Investigations.
G. Carboni. 2007. How to Extract DNA From Fruits. Text editing by Donald Desaulniers, Ph.D.
Harley, J.T. 2005. Regulatory Exercises in Microbiologi. Boston: McGraw-Hill Company.
Isis M. Ramírez., N. N. Rodríguez., Juliette Valdés-Infante., Maricela Capote., D. Becker and W.
Rohde. 2004. ISOLATION OF GENOMIC DNAs FROM THE TROPICAL FRUIT
TREES AVOCADO, COCONUT, GUAVA AND MANGO FOR PCR-BASED DNA
MARKER APPLICATION. Cultivos Tropicales. vol. 25, no. 1, p. 33-38
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak Nanas
(Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah Sebagai
Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Universitas
Negeri Malang.
Listyorini, Dwi, dkk. 2014. Teknik Analisis Biologi Molekuler. Malang: Jurusan Biologi FMIPA
UM

Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya Terhadap

Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe Ploidi Yang Berbeda.
Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi.
Stueber, Nancy. 2007. DNA Extraction. Portland: OMSI.
LAMPIRAN

Proses Pembentukan DNA pada buah Jeruk Pembentukan DNA pada buah melon

Pembentukan DNA pada buah semangka