REVIEW PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

BIOINFORMATIKA (PENGENELAN NCBI)

Dosen Pengampu :

Dr. Yustinus Ulung Anggraito, M.Si

Dr. Noor Aini Habibah, S.Si., M.Si.

Oleh:

Salwa Nurafifah 4401416004

13 Mei 2019

Rombel 2 Pendidikan Biologi

PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG
2019
 ISTILAH-ISTILAH

Pengenalan NCBI (National Center for Biotechnology Information

NCBI kepanjangan dari National Center for Biotechnology

Information adalah sebuah situs layanan yang menyediakan berbagai
informasi hasil dari penelitian-penelitian seputar bioteknologi yang
dilakukan oleh para ilmuan bari berbagai belahan dunia. NCBI
didirikan pada tahun 1988 di Bethesda, Maryland yang disponsori
oleh senator Claude Pepper. NCBI merupakan server yang memuat
data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base
terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA,
Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, ncbi juga menyediakan
berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian
conserve doamain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein
dan literature khususnya dib dang kesehatan yang terlengkap dan di acu oleh para peneliti
didunia.

Deskripsi Istilah
1. BLAST
Software yang dapat digunakan untuk menentukan homologi suatu urutan DNA atau
asam amino dengan data yang ada di NCBI, terdiri dari beberapa macam yaitu:
a. Nucleotide blast (blastn)
membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen
nukleotida
b. Protein blast (blastp)
membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen
protein
c. Blastx
membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida
(translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
 d. Tblastn
membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen
nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
e. Tblastx
membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Hasil blast umumnya akan menghasilkan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian.
Informasi dari hasil BLAST tersebut berupa Score, Query Coverage, E-
value dan Maximum identity.

2. QUERY
Berfungsi memberikan informasi tentang kesesuaian sekuens dengan nukleotida dengan
database pada BLAST.
3. FASTA
FASTA adalah DNA dan protein urutan keselarasan paket perangkat lunak pertama kali
dijelaskan (sebagai FASTP) oleh David J. Lipman dan William R. Pearson pada tahun
1985. Program FASTA asli dirancang untuk pencarian urutan kesamaan pada protein .
FASTA menambahkan kemampuan untuk melakukan pencarian DNA, DNA
diterjemahkan protein: pencarian DNA, dan juga memberikan program menyeret lebih
canggih untuk mengevaluasi signifikansi statistik. Ada beberapa program dalam paket ini
yang memungkinkan penyelarasan protein urutan dan urutan DNA .
4. SEQUENCE
Sekuensing DNA atau pengurutan DNA adalah proses atau teknik penentuan urutan basa
nukleotida pada suatu molekul DNA. Urutan tersebut dikenal sebagai sekuens DNA,
yang merupakan informasi paling mendasar suatu gen atau genom karena mengandung
instruksi yang dibutuhkan untuk pembentukan tubuh makhluk hidup.
5. GEN BANK
Gen Bank NCBI (National Center for Biotechnology Information) adalah tempat
penyimpanan berbagai materi genetik (kromosom, gen, DNA, asam amino, dan protein)
pada organisme hidup yang sudah berhasil di identifikasi dan dipetakan sedangkan
Program Mega 4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 4.0) adalah suatu
program yang berfungsi untuk membantu menganalisis gen, DNA, kromosom, ataupun
 protein pada berbagai organisme, sehingga dapat disusun kesamaan dan perbedaan materi
tersebut pada organisme, serta kedekatan kekerabatan antar spesies dengan penyusunan
pohon phylogenetik.
6. MAX IDENTIFY
Max identity adalah nilai tertinggi dari persentasi identitas atau kecocokan antara
sekuen query dengan sekuen database yang tersejajarkan

7. QUERY COVER
Query coverage adalah persentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database
yang terdapat pada BLAST.
8. E-VALUE
Nilai E-value merupakan nilai dugaan yang memberikan ukuran statistic yang signifikan
terhadap kedua sekuen. Nilai E-value yang semakin tinggi menunjukkan tingkat
homologi anta sekuens semakin rendah, sedangkan nilai E-value yang semakin rendah
menunjukkan tingkat homologi antar sekuens semakin tinggi. Nilai E-value bernilai 0
(nol) menunjukkan bahwa kedua sekuens tersebut identik
9. AKSENS NUMBER
Adalah kuadrat matriks (dua susunan dimensi) yang terdiri dari jarak, pasangan basa,
elemen-elemen. Tergantung pada aplikasi yang terlibat, jarak digunakan untuk
menetapkan matrik dapat ditetatapkan sebagai sebuah matrik atau tidak.
10. MATRIKS DISTANCE
Adalah kuadrat matriks (dua susunan dimensi) yang terdiri dari jarak, pasangan basa,
elemen-elemen. Tergantung pada aplikasi yang terlibat, jarak digunakan untuk
menetapkan matrik dapat ditetatapkan sebagai sebuah matrik atau tidak.
11. BOOTSTRAP
Bootstrap merupakan sebuah framework CSS, yang menyediakan kumpulan komponen-
komponen antarmuka dasar pada web yang telah dirancang sedemikian rupa untuk
digunakan bersama-sama.
12. UPGMA
UPGMA (Unwight Pair Group Method with Arithmetic Average) atau
metode kelompok pasangan unweight dengan rataan aritmatika adalah metode
 paling sederhana dari semua metode clustering yang digunakan untuk membangun
pohon filogenetik
13. PHYLOGENY/CLADOGRAM
Diagram percabangan atau "pohon" yang menunjukkan hubungan evolusiantara
berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik
dan/atau genetik mereka.

Langkah 1

 Membuka Google Web Searching

 Mengetik www.ncbi.nlm.nih.gov pada kolom pencarian dan klik

Langkah 2
  Muncul halaman depan NCBI
 Mengganti kolom All Database dengan Nucleotide, dan mengetik Caulerpa ke kolom pencarian
 Mengklik search

Langkah 3

 Mencari 5 data nukleotida Genus Caulerpa dengan spesies yang berbeda

 Mengklik data yang muncul seperti pada gambar diatas

Langkah 4

 Data spesies pertama yang dicari adalah Caulerpa racemosa

 Mengklik FASTA pada halaman tersebut untuk melihat hasil nukleotida pada Caulerpa racemosa
Langkah 5

 Membuka Notepad

Langkah 6

 Muncul nukleotida Caulerpa racemosa seperti pada gambar diatas

 Mengkopi nukleotida ke dalam notepad
Langkah 7

 Nukleotida yang sudah dicopy

Langkah 8

 Menyimpan file dalam bentuk .txt

 Data diberi nama sesuai spesies yang tertera, misal Caulerpa racemosa
Langkah 9

 Mencari 4 nukleotida dari spesies lain dan disimpan dengan cara mengulangi langkah 3-7 hingga
didapat 5 spesies Caulerpa yang berbeda

Langkah 10
  Pada tahap BLAST ini bertujuan untuk mengetahui kesamaan sekuen yang dibandingkan
 Garis berwarna merah menunjukkan bahwa sekuen tersebut memiliki ururtan yang sangat
mirip

Langkah 11

 Membuka aplikasi Mega7 seperti gambar diatas

Langkah 12

 Mengklik align, kemudian mengklik Edit/Build Alignment

Langkah 13

 Akan muncul tampilan seperti gambar diatas

 Mengklik Create a new alignment, kemudian mengklik OK
Langkah 14

 Muncul pilihan seperti gambar diatas, mengklik pilihan DNA

Langkah 15

 Muncul halaman baru, yaitu tampilan M7: Alignment Explorer

Langkah 16

 Mengklik Edit, kemudian mengklik Insert Sequence From File (Ctrl+I)

Langkah 17

 Akan muncul File Explorer

 Memilih 5 file .txt yang berisi data mengenai nukleotida Caulerpa sp. yang telah dicari di laman
NCBI sebelumnya
 Mengklik open
Langkah 18

 Muncul tampilan seperti pada gambar

Langkah 19

 Memblok seluruh data yang ada (Ctrl+A)

 Akan muncul tampilan seperti gambar diatas
Langkah 20

 Mengklik Alignment
 Mengklik Alignment By CrustalW (Codons)

Langkah 21

 Muncul pilihan seperti gambar diatas

 Mengklik OK
Langkah 22

 Muncul pilihan Abort/Abort

 Mengklik Ignore

Langkah 23

 Muncul tampilan seperti gambar diatas, kemudian data disimpan

 Mengklik Data, kemudian mengklik Export Alignment, kemudian mengklik FASTA format
Langkah 24

 Muncul pilihan save as

 Menyimpan file dalam bentuk Fasta Files dan diberi nama (ini yang baru)
 Mengklik save

Langkah 25

 Kembali ke halaman Mega 7.026

 Mengklik Distance
 Menglik Compute Pairwise Distances
Langkah 26

 Memilih file FASTA yang telah disimpan seperti langkah 20

 Mengklik Open

Langkah 27

 Muncul tampilan seperti gambar diatas

 Mengklik Nukleotide Sequences
 Mengklik OK
Langkah 28

 Muncul tampilan seperti pada gambar

 Mengklik OK pada pilihan yang tersedia

Langkah 29

 Muncul tampilan seperti gambar diatas

 Mengubah Variance Estimated method dari none menjadi Bootstrap method dengan No of
Bootstrap Replications
 Mengklik Compute
Langkah 30

 Muncul tampilan seperti gambar diatas

Langkah 31

 Kembali ke laman Mega 7.026

 Mengklik Phylogeni
 Mengklik Construct/Test UPGMA Tree
Langkah 32

 Muncul tampilan seperti gambar diatas

 Mengubah Variance Estimated method dari none menjadi Bootstrap method dengan No of
Bootstrap Replications
 Mengklik Compute

Langkah 33

 Muncul tampilan seperti di atas dan seteah proses didapatkan pohon filogeny dari kelima spesies
Caulerpa sp.
 5 spesies tersebut yaitu: Caulerpa sertularioides, Caulerpa scalpelliformis, Caulerpa numularia,
Caulerpa filicoides, Caulerpa racemosa