Puskesmas di wilayah Kota Yogyakarta telah menerapkan sistem informasi kesehatan sejak
tahun 2005 sebagai salah satu komponen pendukung paradigma sehat di dalam bidang
pembangunan kesehatan. Sistem informasi kesehatan yang digunakan beragam, meliputi:
1. sistem informasi manajemen puskesmas (SIMPUS)
2. sistem informasi tuberculosis terpadu (SITT)
3. software BPJS online
4. sistem informasi manajemen imunisasi terpadu (SIMUNDU)
5. software PWS KIA (KARTINI)
6. sistem informasi HIV/AIDS (SIHA)
7. sistem informasi gizi (SIGIZI).