Protestan membentuk suatu perkumpulan minoritas penting di beberapa

wilayah. Sebagai contoh, di pulau Sulawesi, 17% penduduknya adalah

Protestan, terutama di Tana Toraja dan Sulawesi Utara. Sekitar 80%
penduduk di Tana Toraja adalah Protestan. Di beberapa wilayah,
keseluruhan desa atau kampung memiliki sebutan berbeda terhadap aliran
Protestan ini, tergantung pada keberhasilan aktivitas para misionaris.[42]
Di Indonesia, terdapat tiga provinsi yang mayoritas penduduknya adalah
Protestan, yaitu Papua, Sulawesi Utara, dan Papua Barat, dengan persentase
berurutan 65,48%, 63,60%, dan 53,77% dari jumlah penduduk.[1] Di Papua,
ajaran Protestan telah dipraktikkan secara baik oleh penduduk asli. Di Ambon,
ajaran Protestan mengalami perkembangan yang sangat besar beriringan
dengan agama Islam. Di Sulawesi Utara, kaum Minahasa, berpindah agama
ke Protestan pada sekitar abad ke-18. Saat ini, kebanyakan dari
penduduk Suku Batak di Sumatra Utara menjalankan beberapa aliran
Protestan. Selain itu, para transmigran dari pulau Jawa dan Madura yang
beragama Islam juga mulai berdatangan.[38][17][43][42] Saat ini, 6,69% dari jumlah
penduduk Indonesia adalah penganut Protestan.[1]