Dalam sistem perencanaan program di Puskesmas Kuta Selatan, terdapat P1
(Perencanaan), P2 (Penggerakan dan Pelaksanaan), dan P3 (Pengawasan, Pengendalian, dan Penilaian). Dalam fase P1, diadakan evaluasi program pada bulan Desember dan awal Januari. RUK (Rencana Usulan Kegiatan) akhir dilakukan pada bulan Desember, RUK akhir nantinya akan digunakan sebagai RPK (Rencana Pelaksanaan Kegiatan). Di saat yang bersamaan, dilakukan persiapan RPK dan awal RUK untuk tahun selanjutnya. Ketika RUK dan RPK sudah selesai, maka RUK stahun selanjutnya akan dibahas sepanjang tahun. Bahan untuk perencanaan program diperoleh dari laporan kinerja, MMD (Musyawarah Masyarakat Desa) yang diadakan pada bulan Januari, SMD (Survei Mawas Diri) yang diadakan bulan Desember, hasil survei, dan hasil tinjauan manajemen. Pada fase P2, puskesmas mengadakan Lokmin (Lokakarya Mini) setiap bulannya. Lokmin pada bulan pertama, membahas program di tahun sebelumnya, dan pada bulan kedua baru memasuki fase P2. Pada bulan Februari, Mei, Juli, dan November diadakan Lokmin LS (Lokakarya Mini Lintas Sektor). Lokmin LS diadakan bersama dengan PKK, kecamatan, kelurahan, banjar, dan KB. Selain itu, pada bulan Februari diadakan pembagian untuk seluruh staff, masing-masing staff menjadi penanggung jawab kegiatan dan daerah binaan. Lokmin bulanan biasanya diadakan setiap tanggal 6 dan pada tanggal 5 semua persiapan sudah selesai dan sudah melapor ke dinas kesehatan. Pada fase P3 dilakukan Monev (Monitoring Evaluasi) yang diadakan setiap bulan. Sesuai Permenkes minimal dilakukan tinjauan sebanyak 2 kali dalam 1 tahun, sehingga Puskesmas Kuta Selatan telah memenuhi syarat tersebut. Adapun contoh evaluasi yang dilakukan oleh tim audit internal, yaitu terkait dengan keselamatan pasien, penanggung jawab keselamatan pasien akan membuat laporan mengenai jumlah kecelakaan selama dilakukan tindakan yang nantinya akan ditinjau oleh tim audit internal. Untuk evaluasi oleh tim audit eksternal biasanya dilakukan oleh tim survei akreditasi. BPK, dan inspektorat.