1 Enzim 1
1 Enzim 1
E N Z I M
Mohammad Hanafi, MBBS (Syd)., dr., MS.
1.Pendahuluan
Dalam sel tubuh yang masih hidup, terjadi reaksi biokimia yang disebut metabolisme.
Metabolisme adalah suatu proses kimia dan fisika yang terjadi secara kontinu; diantaranya
membentuk jaringan baru, membuang jaringan yang lama, mengubah makanan menjadi energi,
membuang hasil katabolisme yang tidak diperlukan tubuh, proses repropduksi dan banyak lagi.
Semua proses tadi merupakan tanda-tanda bahwa sel atau organisme tersebut hidup.
Sebagian besar proses atau reaksi tersebut tidak terjadi secara spontan. Reaksi tersebut
memerlukan suatu katalis. Katalis adalah senyawa yang dapat mempercepat reaksi. Katalis
dalam tubuh mahluk hidup disebut enzim. Tanpa enzim reaksi dalam tubuh mahluk hidup akan
sangat lambat, dan tidak bisa untuk memenuhi kebutuhan hidup.
Adapun ciri-ciri enzim itu adalah:
1.Sebagai biokatalisator mempercepat reaksi dalam mahluk hidup
2.Suatu protein
3.Diperlukan dalam jumlah kecil
4.Ikut bereaksi tapi kembali ke bentuk semula
5.Terdapat di dalam tubuh sesuai dengan fungsinya.
6.Lebih besar dari substrat (S)
7.Bekerja dengan menurunkan energi aktivasi
8.Bereaksi spesifik
9.Tidak tahan panas dan pH ekstrim
2.Kerja enzim
Ahli kimia telah lama mengetahui bahwa agar reaksi bisa terjadi, suatu energi dalam bentuk
tertentu diperlukan. Energi yang diperlukan dalam reaksi itu disebut energi aktivasi. Diyakini
bahwa enzim bekerja dengan menurunkan energi aktivasi. Diluar tubuh mahluk hidup energi
itu bisa dalam bentuk panas. kead. transisi
G tanpa katalisator
E. level
Ea
=
Ea''
kead. awal G = Perubahan
E. bebas
kead. akhir
Gambar 1.
Ea Energi aktivasi
Perjalanan
reaksi
Dalam gambar di atas, energi aktivasi ( Ea ) tanpa enzim ( warna hitam) lebih besar bila
dibandingkan dengan adanya enzim (warna merah).
Enzim bereaksi spesifik, artinya :
Suatu enzim hanya dapat bekerja dengan suatu substrat tertentu atau dengan sejumlah kecil
senyawa sejenis.
Spesifitas atau kekhususan enzim
– Kekhususan Absolut: enzim hanya akan mempercepat reaksi (mengkatalisis) satu
macam reaksi saja. Contoh Glukokinase
Glukokinase
Glukose + ATP Glukosa 6 P (fosfat) + ADP
– Kekhususan Relatif : enzim bekerja pada lebih dari satu macam reaksi.
Contoh Heksokinase. Selain glukosa bisa memakai Fruktose
– Kekhususan Optik (Stereochemical specificity): Amilase hanya bisa memecah
amilosa atau amilopektin yang alfa saja.
– Kekhususan Gugus (group specifisity): enzim bekerja pada molekul yang
mempunyai gugus yang berfungsi spesifik, misalnya asam amino, fosfat, metil.
Contoh
Alkohol dehidrogenase
Banyak hal yang mempengaruhi kerja enzim. Secara umum kerja enzim dipengaruhi oleh,
iktatan antara Enzim dan Substrat (E-S komplek), sifat gugus katalitik dan kofaktor.
3.Pembagian enzim
Pemberian nama suatu enzim yang paling lazim adalah menurut reaksi yang dikatalisis, yang
diikuti akhiran ase. Sebagai contoh dehidrogenase, reaksinya membuang hidrogen, protease
menghidrolisis protein. Kadang dengan nama substrat yang dipakai, misalnya amilase
substratnya amilum (terdiri dari amilosa dan amilopektin), xanthine oksidase (hypoxanthine
dan xanthine). Bisa dengan memakai sumber enzim tersebut, contoh ribonuklease pankreas
yang diproduksi oleh pankreas. Bisa juga dengan memakai regulatornya (yang mengatur
kecepatan reaksi), misalnya hormon sensitive lipase. Dan banyak lagi.
Karena jumlah enzim makin banyak yang ditemukan, untuk mempermudah serta mengurangi
kerancuan dalam pemberian nama maka International Union of Biochemists, mengatur
pemberian nama Enzim.
Tata nama Enzim menurut IUB,
1.Reaksi dan enzimnya dibagi dalam 6 kelas utama
2.Nama enzim ada dua bagian:
Bagian pertama, nama substrat
Bagian ke dua, jenis reaksi + ase
Mis: Alkohol : NAD Oksidoreduktase = alkohol dehidrogenase
Bila ada informasi tambahan diberi kurung ( )
Mis: L-Malat : NAD Oksidoreduktase (decarboxylating)
L-Malat + NAD+ Piruvat + CO2 + NADH + H+
L-Malat : NAD Oksidoreduktase
L-Malat + NAD+ Oksaloasetat + NADH + H+
3.Nomor Kode Sistematik
Contoh enzim di bawah ini mempunyai kode EC.2.7.1.1
ATP:D-hexose 6-phosphotransferase
Angka 2 menunjukkan enzim tersebut termasuk kelas yang ke dua yaitu Transferase
Angka 7 yang ditransfer (sub klas yaitu fosfat)
Angka 1 pertama, akseptor gugus (sub-subklas , alkohol)
Angka 1 kedua, enzim yang dimaksud (heksokinase)
Heksosa 6, alkohol yang terfosforilasi pada C yang ke 6 dari heksosa.
Contoh : ATP:D-hexose 6-phosphotransferase Nama sehari-hari heksokinase
-D-GLUKOSA + ATP -D-GLUKOSA 6-P + ADP
++
Mg
Pembagian Enzim
3.1.Oksidoreduktase:
Mengkatalisis reaksi oksidasi reduksi
Contoh : Enzim-enzim pada proses oksidasi biologis.
Laktat dehidrogenase
Piruvat + NADH + H+ Laktat + NAD+
3.2.Transferase :
Mengkatalisis transfer/pemindahan gugus fungsional (bukan hidgrogen) antara sepasang
substrat.
S–G + S’ S’–G + S
Heksokinase/Glukokinase
-D-GLUKOSA+ATP -DGLUKOSA-6-P +ADP
3.3.Hidrolase :
Mengkatalisis pembelahan hidrolitik.
Contoh : Enzim Amilase
- Lipase
- Karboksi peptidase A
-D-Galaktosida + H2O suatu alkohol + D-galaktosa
3.4.Liase (Lyase) :
Mengkatalisis reaksi pembentukan atau pemecahan ikatan rangkap dua, atau pembelahan
lain yang menyangkut penyusunan kembali elektron.
Contoh:
Aldolase : Ketosa-I-P Aldosa + Dihidroksi Aseton-P
Fumarase : Malat Fumarat
3.5.Isomerase :
Mengkatalisis penyusunan kembali intramolekuler
All Trans – retinin 11 – cis – retinin
3.6.Ligase :
Menggabungkan 2 molekul, disertai pemutusan ikatan pirofosfat pada ATP atau senyawa
senjenis.
Contoh:
~ Piruvat karboksilase: Piruvat + CO2 + ATP Oksaloasetat + ADP
4.Struktur Protein
Agar kita bisa membayangkan dan dapat mengerti cara kerja enzim secara fisik atau dalam
bentuk tiga dimensi, maka kita perlu mempelajari struktur enzim itu sendiri. Enzim adalah
suatu protein yang tersusun dari asam amino. Maka secara bertahap kita membangun struktur
enzim. Secara teoritis, struktur protein itu ada beberapa bentuk, yaitu:
4.1.Struktur primer protein.
H O H O H O H
O
| || | || | || |
+H N – C – C – N – C – C – N – C – C – – – N – C – C
3
| | | | | | |
O–
R1 H R2 H R3 H R
ujung
ujung karboksil bebas
amino bebas IKATAN PEPTIDA
* L a in 2 : * L I P IT = - P L E A T E D
* K UM P AR AN A C AK = R A N D O M CO IL
4.3.Struktur tersier
Struktur tersier suatu protein adalah bentuk tiga dimensi dari suatu polipeptida. Hal ini
menunjukkan adanya penempatan ruangan tiga dimensi. Struktur sekunder, seperti helices,
sheets, bends, turns, dan loops bergabung membentuk suatu domains berhubungan dalam
ruang tiga dimensi.
Pada temperatur yang tinggi, dan pH yang ekstrim enzim akan mengalami kerusakan atau
denaturasi.
Struktur protein kecuali yang primer akan mengalami kerusakan.
5.Cara enzim bekerja ditinjau dari struktur tiga dimensi
c e la h a k t if = c e la h k a t a lit ik
= c e la h p e n g ik a t s u b s t r a t
E
+ S
E
+
P
K o m p le k s
E : EN Z IM E - S
S : S U B S T R AT
P : PRO DU K
U KU RA N M O LEKU L E : BE SAR
U K U RA N M O L E K U L S : K E C IL
D A LA M S IS T E M B IO LO G IS :
K A D A R E < < K A D A R S U B S T R AT
Ada dua teori tentang bagaimana cara enzim itu bekerja bila ditinjau dari segi fisik atau
mekaniknya, yaitu pertama teori “Lock and Key” dari Emil Fischer. Menurut Emil Fischer
kesesuaian bentuk antara substrat dan enzim telah ada sebelum terjadi interaksi antara
substrat dan enzim (E-S komplek). Namun teori ini tidak bisa menjawab pertanyaan
mengapa kalau pH atau temperaturnya dirubah kecepatan reaksinya berubah. Maka diajukan
teori kedua oleh Daniel Kushland yang mengatakan bahwa kesesuaian bentuk antara substrat
dan enzim terjadi setelah keduanya berinteraksi.
Perhatikan gambar berikut!
PERUBAHAN KONFIRMASI
PENGIKATAN S
(SUSUNAN ATOM DLM RUANG)
5 4 3 2 1 C
5 4 3 2 1
I5: M 4 I1= H 4
A – In fa rk m io k a rd
B – N
E le k t ro fo re sis C – p e n y a k it h a t i
S e lu l o s a a s e t a t
p H 8 ,6
44
LDH elektroforesis
Kec di 0 = tg
A
= __ = Kec di A
A’
Kec di B = tg
S C
Kec rata-rata
( P) B B
d i B = __
B’
A
Kec rata-rata
Gambar 3 C
0 A’ B’ C’ t di C = __
C’
Kecepatan pada titik 0 adalah tangen sudut alfa A / A’, demikian pula untuk titik B dan C.
Makin kecil sudutnya makin pelan jalan reaksinya, sehingga apabila datar maka tidak ada
reaksi.
Kecepatan awal (Vo):
Pada waktu kadar substrat, produk dan enzim, suhu, pH dapat diketahui dengan tepat.
Pada awal reaksi. Pada waktu kurve perjalanan masih lurus. Biasanya berkurangnya
substrat < 10%.
Cara mengukur kecepatan awal:
Ambil bagian pada kurve perjalanan yang masih berupa garis lurus (pada awal reaksi).
Kecepatan awal berbanding lurus dengan kadar enzim
Dalam sistem biologi, enzim hanya mempercepat tercapainya keseimbangan tetapi tidak
mengubah konsentrasi akhir dari masing-masing reaktan.
Faktor-faktor yang mempengaruhi kecepatan reaksi atau kecepatan katalisis suatu enzim:
9.1.Kadar substrat.
K2 + K3
Km = ------------- Michaelis constant
K1
Persamaan Michaelis-Menten bisa ditulis juga sebagai berikut:
Vomax x [S]
Vo = ------------------
Km + [S]
Gambar 4
Ada tiga keadaan yang bisa kita pelajari dari diagram parabola di atas, yaitu:
1.Apabila kadar S atau [S] sangat kecil bila dibandingkan dengan Km
2.Apabila kadar S atau [S] sama dengan harga Km
3.Apabila kadar S atau [S] sangat besar bila dibandingkan dengan Km
9.1.1.[S] <<< Km
Gambar 5
Apabila [S] sangat kecil dalam rumus bisa dianggap nol, sehingga rumusnya berubah
menjadi:
Vomax x [S]
Vo = ------------------
Km
Vo max
Vo = ------- x [S]
Km
Artinya kecepatan awal berbanding lurus dengan kadar substrat
9.1.2.[S] = Km
Rumus persamaan berubah menjadi:
Vomax x [S] [S]
Vo = ------------------ = Vomax x ------
[S] + [S] 2 [S]
1
Vo = ----- x Vomax = ½ Vomax
2
9.1.3.[S] >>> Km
Rumus persamaan berubah menjadi:
Vomax x [S]
Vo = ------------------ = Vomax
[S]
Gamabr 6
9.1.4.Pengukuran harga Km
Untuk membuat suatu hiperbola dalam diagram diatas sedikitnya diperlukan sembilan titik.
Lineweaver-Burk mengambar kembali, namun bukan sebagai hiperbola akan tetapi sebagai
suatu garis lurus. Persamaan Hiperboilanya diubah menjadi persamaan garis linier.
1 Km 1 1
--- = ----- x --- + ---
Vo Vomax [S] Vomax
Gambar 7
Gambar 8
S 0
700 C
nonkovalennya sehingga struktur tiga dimensinya ( P) 40 C
0
80 C
Suhu
reaksi non enzimatik. Gambar 9
Pada gambar di atas, makin tinggi temperatur makin cepat rusak suatu enzim (∆S / ∆P
versus). Enzim pada percobaan tersebut mempunyai kecepatan rata-rata tertinggi pada
temperatur 50oC
Q10, atau koeffisien temperatur adalah faktor yang menunjukkan peningkatan kecepatan
reaksi enzimatik dalam proses biologis pada tiap kenaikan temperatur 10oC. Biasanya
menjadi dua kali lipat tiap kenaikan 10oC. Ini bisa terjadi pada binatang seperti kadal atau
ikan. Temparatur tubuhnya bisa berubah sesuai dengan temperatur sekitar. Suatu cara untuk
mempertahankan hidup.
9.4.Pengaruh Inhibitor.
Inhibitor adalah senyawa yang menghambat aktivitas enzim. Inhibitor mengurangi kecepatan
reaksi enzimatik. Inhibitor bisa ditemukan secara natural atau sengaja dibuat manusia
misalnya obat-obatan, atau senyawa untuk penelitian.
Ada dua macam inhibitor:
9.4.1.Inhibitor kompetitif.
Inhibitor kompetitif mempunyai struktur mirip
dengan substrat, sehingga bisa pas (fit) masuk
ke active site atau tempat katalitik. Dengan
demikian berkompetisi dengan substrat untuk
mencapai tempat katalitik, sehingga kecepatan Suksinat dehidrogenase
10.Bahan bacaan
10.1.Harper's Illustrated Biochemistry, by Robert K. Murray, David A Bender, Kathleen M.
Botham, Peter J. Kennelly, Victor W.Rodwell, P. Anthony Wei., twenty eigth edition,
2009
10.2.Principles of Biochemistry by Lehninger A.L. et al, third edition, 2000
10.3.Biochemistry by Lubert Stryer, fourth edition, 2000
10.4. http://www.biologymad.com/resources/Ch%204%20-%20Enzymes.pdf
Latihan soal:
1.Enzim
1.Apakah makromolekul itu? Supra molekul?
2.Apakah fungsi enzim?
3.Sebutkan ciri-ciri enzim!
4.Bagaimana enzim bekerja ditinjau dari segi Energi?
5.Apa artinya ∆ G < 0 ?
6.Apaka energi akttivasi itu?
7.Terangkan apa artinya “active side”!
8.Ada enam kelas enzim, sebutkan apa saja!
9.Berilah contoh struktur protein sekunder! Dipertahankan oleh ikatan apa saja?
10.Terangkan Teori Ficher dan teori Koshland tentang cara kerja enzim menurut bentuk protein
yang empat demensi!
11.Apa kofaktor itu? Apa bedanya dengan koenzim?
12.Apa Holo-enzim itu?
13.Sebutkan koenzim pembawa H!
14.Apa artinya enzim non plasma fungsional?
15.Kalau terjadi serangan jantung, enzim apa yang mungkin kadarnya meningkat dalam plasma?
2.Kinetika Enzim
2.1.Tulislah rumus Michaelis Menten!
2.2.Apabila kedalam larutan ditambah substrat yang sangat banyak, berapakah kecepatan V0
nya?
2.3.Kalau [S] = Km berapakah V0?
2.4.Pada pH yang tinggi bagaimana muatan sutau protein dalam larrutan?
2.5.Sebutkan ciri-ciri Inhibitor kompetitif reversibel!
2.6.Sebutkan beberapa contoh inhibitor kompetitif revesibel dari asam suksinat terhadap enzim
suksinat dehidrogenase!
2.7.Bagaimana pengaruh inhibitor kompetitif reversibel terhadap Kmnya?