6/4/2016

MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN

I. Ciri Ekosistem Mikroba

1. Keanekaragaman spesies mikrob

 Mikroorganisme dilingkungan tidak murni/kumpulan
mikroorganisme
 Sifat setiap mikroorganisme berbeda, karena adanya
interaksi

1
 6/4/2016

2. Dinamika Populasi

 Setiap mikroorganis akan tumbuh pd kondisi yg

menguntungkan utk pertumbuhannya

 Faktor yg mempengaruhi pertumbuhannya: fisik dan

kimiawi (pH, suhu, nutrien)

3. Adaptasi dan Mutasi

 Adaptasi fenotipik: respon mikroba terhadap

perubahan terbatas yg bersifat sementara

 Contoh, mikroba tumbuh pd rentang suhu tertentu,

tetapi aktivitas metaboliknya tdk selalu sama pd
rentang suhu tsb.

 Kemampuan adaptasi bergantung pada genotip

mikroorganisme

 Perubahan genotip mengakibatnya terjadinya mutasi,

yg dsb mutan

 Mutan yg mampu menyesuaikan diri akan bertahan

hidup

4. Hubungan antar mikrob dalam ekosistem

 Bermacam-macam tipe asosiasi dan interaksi di antara

spesies

 Netralisme (tidak berpengaruh), Simbiosis (hidup

bersama)

2
 6/4/2016

MIKROBIOLOGI TANAH
 Kemampuan adaptasi bergantung pada
genotip mikroorganisme

 Perubahan genotip mengakibatnya

terjadinya mutasi, yg dsb mutan

 Mutan yg mampu menyesuaikan diri akan

bertahan hidup

4. Hubungan antar mikrob dalam ekosistem

 Bermacam-macam tipe asosiasi dan

interaksi di antara spesies

 Netralisme (tidak berpengaruh), Simbiosis

(hidup bersama)

Netralisme •Tidak terpengaruh

•Keduanya saling
Mutualisme menguntungkan

• Salah satu menerima

Komensalisme keuntungan

• Salah satu dihambat

Antagonisme
• Kompetisi/parasit

3
 6/4/2016

Mycorizae

Antagonisme

Interaksi mikroba dengan tumbuhan di

rhizosfer
Aktiviti Mikroorganisme di dalam rizosfer

1. Dekomposisi sisa tumbuhan dan bahan organik:

• sintesis humus, mineralisasi N organik, S dan P

2. Meningkatkan nutrien tanaman, P, Mg, Fe, Zn, Co

• Meningkatkan area akar (symbiotik mycoriza)
• Produksi siderophore
• Oksidasi-reduksi
• Solubilize P

3. Fix biological dinitrogen (simbiotik dan nonsimbiotik

bakteria)

4
 6/4/2016

CFU mikroorganisme di dalam

rizosfer (R) gandum dan non
rizosfer (S)
Mikroorganis Rhizosfer Non rizosfer R/S ratio
me (cfu/g soil)

Bacteria 1,2 x 10 9 5,0 x 10 7 24,0

Fungi 1,2 x 10 6 1,0 x 10 5 12,0

Ammonifiers 5,0 x 10 8 4 x 10 6 125

Denitrifier 1,3 x 10 8 1,0 x 10 5 1260

Sylvia, 2005

Kegiatan Biokimia
Tanah “Nitrogen”
NO2, NH2
80%

Rizobiu
3 m 1
NO3 by
Nitrobacter
Anaero
b

Nitrifikasi Proteobacteria

Aerob

NO2 by
Nitromonas
2 Amonifikasi

5
 6/4/2016

Carbon Cycle
CO2

CO2
O2

CO2

Litter Crop Residues Animal

Organic Soil Manure
CO3, HCO3
Horizons Reactions

Microbial Activity

Carbon Dioxide
Microbial Activity

Leaching Losses

Pengaruh penambahan Mikrobe selulolitik dalam

pendegradasian jerami dan pertumbuhan tanaman
padi

6
 6/4/2016

PENGURAIAN MIKROBIOLOGIS HIDROKARBON,

PESTISIDA, HERBISIDA

 Mikroba berperan penting dalam proses

biodegradasi berbagai jenis limbah di lingkungan
 Jenis-jenis limbah di lingkungan dapat dibagi
berdasarkan berbagai kategori antara lain :
 Bentuk : padat, cair, lumpur, gas
 Jenis komposisi senyawa : organik dan anorganik
 Sumber : pemukiman, pertanian, industri,
pertambangan
 Penggunaan mikroba untuk berbagai kepentingan
misalnya : upaya bioremediasi limbah
membutuhkan upaya eksplorasi mikroba yang
berpotensi mendegradasi senyawa penyusun
limbah

KEANEKARAGAMAN JENIS MIKROBA

PENGURAI LIMBAH PENCEMAR
 Jenis-jenis mikroba yang telah diketahui
mempunyai peranan besar dalam proses
bioremediasi lingkungan dari pencemaran
utamanya dari golongan bakteri, khamir dan
kapang.
 Tingkat keanekaragaman jenis mikroba yang
mampu mendegradasi limbah pencemar adalah
sangat tinggi, dan bervariasi dari suatu tempat
ke tempat yang lain bergantung pada jenis,
karakteristik, dan kelimpahan kandungan
substrat bahan pencemar.
 Perbedaan kemampuan degradasi pada masing-
masing jenis mikroba bergantung pada variasi
jenis mikroba dan enzim yang dimilikinya.

7
 6/4/2016

BIOREMEDIASI MEMPUNYAI DUA TUJUAN YAITU

 menstimulasi pertumbuhan mikroba baik yang

indigenus yaitu mikroba asli maupun non indigenus
non indigenus atau mikroba yang sengaja
dimasukkan dari luar ke daerah yang
terkontaminasi, dan

 menciptakan kondisi lingkungan yang sesuai

untuk meningkatkan intensitas kontak langsung
antara mikroba dengan senyawa kontaminan di
lingkungan baik yang terlarut maupun yang terikat
oleh partikel untuk mengalami biotransformasi,
biodegradasi, bahkan sampai biomineralisasi.

LIMBAH PENCEMAR DI LINGKUNGAN

8
 6/4/2016

(Ni’matuzahroh et al

KLASIFIKASI
SENYAWA HIDROKARBON (1)
 Hidrokarbon
 hidrokarbon alifatik, jenuh dan tak jenuh
 hidrokarbon alisiklik
 hidrokarbon aromatik
 hidrokarbon polisiklik aromatic (PAHs)

 Senyawa terhalogenasi
 senyawa alifatik terhalogenasi
 senyawa aromatik terhalogenasi
 eter terhalogenasi
 senyawa terhalogenasi lainnya

9
 6/4/2016

KLASIFIKASI
SENYAWA HIDROKARBON (2)
F Asam dan Ester
- asam-asam karboksilat
- ester dari asam-asam karboksilat

F Senyawa-senyawa lain yang mengandung

Oxygen
- keton
- aldehida
- eter
- alkohol

F Senyawa-senyawa lain

CONTOH STRUKTUR
SENYAWA ORGANIK

Hidrokarbon polisiklik
Hidrokarbon aromatik aromatik
Alkana

Cincin
benzenoid tipe
bifenil

Organohalida
Senyawa nitro

10
 6/4/2016

KECEPATAN DEGRADASI
SENYAWA ORGANIK
Kondisi
Senyawa
Aerobic Anaerobic
Acetone 1 1
BTEX 1 2 to 4
PAH’s 1 3 to 4
BTEX: Benzene, Toluene,
Ethylbenzene, Xylene

1. Cepat terdegradasi 2. Agak lambat terdegradasi

3. Lambat terdegradasi 4. Tidak terdegradasi

HIDROKARBON ALIFATIK

11
 6/4/2016

DEGRADASI HIDROKARBON
ALIFATIK (JENUH MAUPUN TAK
JENUH) DAN ALISIKLIK (1)
 Senyawa alisiklik diubah menjadi senyawa alifatik
 Senyawa alifatik dioksidasi secara terminal maupun
subterminal
 Oksidasi secara terminal menghasilkan alkohol primer
(1-alkohol)
 Oksidasi secara subterminal menghasilkan alkohol
sekunder (2-alkohol)

DEGRADASI HIDROKARBON
ALIFATIK (JENUH MAUPUN TAK
JENUH) DAN ALISIKLIK (2)
 Oksidasi selanjutnya mengubah alkohol primer menjadi
asam alkanoat (asam lemak)
 Asam alkanoat didegradasi melalui oksidasi b seperti
halnya asam lemak

12
 6/4/2016

BTEX
Benzene, Toluene, Ethylbenzene,
Xylene
 Hidrokarbon monoaromatik volatil
 Sering ditemukan bersama-sama dalam
minyak bumi
 Penyebab utama pencemaran lingkungan

OKSIDASI BTEX

13
 6/4/2016

MIKROBIOLOGI DEGRADASI
BTEX SECARA AEROBIK
• Genera utama: Pseudomonas, Burkhoderia, dan
Xanthomonas
• Pseudomonas: kemoorganotrof, aerobik, bakteri
berbentuk batang
• Diisolasi dari lingkungan tercmar
• Beberapa bersifat patogen
• 1968: Telah diisolasi beberapa galur
Pseudomonas putida yang
• Tumbuh di etilbenzena, benzena, dan toluena
• Memiliki enzim toluena dioksigenase!

TOLUENE DIOXYGENASE

Mengkatalisis lebih dari 108 macam reaksi, termasuk

1. Senyawa aromatik monosiklik 2. Senyawa polisiklik aromatik

3. Senyawa aromatik terhubung 4. Senyawa lainnya
(bifenil)

14
 6/4/2016

MIKROBIOLOGI DEGRADASI
BTEX SECARA ANAEROBIK
• Mikroorganisme yang mampu mendegradasi
BTEX secara anaerobik
1. Pendenitrifikasi, misalnya Thauera aromatica
2. Pereduksi besi
3. Pereduksi sulfat, misalnya Desulfovibrio,
Desulfobacter
4. Penghasil metana
• Biasanya memerlukan kerjasama beberapa
jenis mikroorganisme

DEGRADASI BTEX SECARA

ANAEROBIK

15
 6/4/2016

MIKROBIOLOGI DEGRADASI
HIDROKARBON POLISIKLIK AROMATIK

 Bakteri  Jamur
 Pseudomonas  Phanerochaete
 Achromobacter  Cunninghamella
 Arthrobacter  Penicillium
 Mycobacterium  Candida
 Flavobacterium  Sporobolomyces
 Corneybacterium  Cladosporium
 Aeromonas
 Anthrobacter
 Rhodoccus
 Acinetobacter

TIDAK SATUPUN
MIKROORGANISME MAMPU
MENGATASI SEMUA
 Fenantrena
Arthrobacter polychromogens,

Mycobacterium sp., Phanerochaete
chrysosporium dan Bacillus sp.
 Naftalena
 Bacillus sp., dan Phanerochaete
chrysosporium
 Fluorantena dan pirena yang telah
terdegradasi secara parsial
 Mycobacterium sp.

16
 6/4/2016

Streaking Streaking phase

S. aureus

E. coli
Rhodotorula

KULTUR MIKROBA HIDROKARBONOKLASTIK

(Ni’matuzahroh et al.,

17
 6/4/2016

EKSPLORASI MIKROBA PENGURAI HIDROKARBON

Kapang
Khamir

“Bakteri potensial
penghasil
biosurfaktan”

18
 6/4/2016

PEMECAHAN BERTAHAP
HIDROKARBON POLISIKLIK
AROMATIK
 Oksidasi parsial
oleh jamur busuk
putih (white rot
fungi), mengubah
hidrokarbon
polisiklik aromatik
menjadi lebih larut
air dan tersedia
bagi jasad hidup,
 bakteri kemudian
melanjutkan proses
degradasinya

STRUKTUR
KIMIA
PESTISIDA
AROMATIK
TERKLORINA
SI

19
 6/4/2016

KECEPATAN DEGRADASI SENYAWA

ORGANIK TERKLORINASI
Kondisi
Senyawa
Aerobik Anaerobik
PCB sangat
tersubstitusi 4 2
Kurang tersubstitusi 2 4
Etena terklorinasi
PCE 4 1-2
TCE 3 1-2
DCEs 3 2-3
Vinil klorida 1-2 3-4

1. Highly biodegradable 2. Moderately biodegradable

3. Slow biodegradation 4. Not biodegraded

2,4-D DAN 2,4,5-T

(2,4,5-TRICHLOROPHENOXYACETIC ACID)

 Dapat didegradasi oleh jamur

pendegradasi lignin
Diachromitus squalens

20
 6/4/2016

PENTACHLOROPHENOL (PCP)

 Herbisida yang digunakan sejak 1920an

 Lebih meracun dibandingkan DDT
 Dapat didegradasi oleh Lentinus edodes (shiitake
mushroom)

ATRAZIN
(2-CHLORO-4-ETHYLAMINO-6-
SOPROPYLDIAMINO-1,3,5-TRIAZINE)

 Herbisida yang sering digunakan

 Sering mencemari air tanah

 Dapat didegradsi oleh Pleurotus pulmonarius

21