10/16/2016

Enzim

Kuliah Biokimia
Prof. Titania T. Nugroho, Ph. D.

Apa itu enzim?

• Biokatalis: Senyawa biologis yang dapat
mempercepat (mengkatalisis) reaksi
• Spesifik: Hanya akan mengkatalisis 1
macam reaksi.
• Selektif: Hanya mengkatalisis reaksi dengan
substrat tertentu

1
 10/16/2016

Reaksi
Enzim
• A+B C+D

• A dan B adalah Substrat

• C dan D adalah Produk
Reaksi enzim dapat juga ditulis sbb.:
S + E  ES  P + E

Ubur-ubur bersinar karena suatu

reaksi oksidasi yang dikatalisis oleh
enzim → Enzim Aequorin, yang
menghasilkan CO2 dan sinar

2
 10/16/2016

Reaksi hidrolisis ikatan peptida pada protein,

dapat dikatalisis oleh protease (enzim yang
memotong protein)

Reaksi hidrolisis ikatan peptida pada protein,

dapat dikatalisis oleh protease (enzim yang
memotong/menghidrolisis protein)

Terdapat berbagai protease yang bersifat spesifik

3
 10/16/2016

Tripsin adalah suatu protease yang menghidrolisis

protein secara spesifik memotong ikatan peptida pada
sisi karboksil dari Lys atau Arg

Tempat hidrolisis oleh

tripsin

Thrombin adalah protease yang hanya

menghidrolisis ikatan peptida antara Arg & Gly

4
 10/16/2016

Perbandingan reaksi yang tidak dikatalisis

dengan reaksi yang dikatalisis enzim

Enzim (katalis) mempercepat reaksi, dan setelah

reaksi akan kembali ke bentuk semula

5
 10/16/2016

Film time
ACTIVATION ENERGY &
PROFILES

Penomoran enzim berdasarkan

konvensi internasional
• Contoh: EC 2.7.1.1 untuk ATP:glucose
phosphotransferase.
• EC= Enzyme classification
• Digit pertama (2): Klas transferase
• Digit kedua (7): subklas fosfotransferase
• Digit ketiga (1): fosfotransferase dengan akseptor
gugus OH.
• Digit keempat (1): D-glucosa sebagai akseptor
gugus fosfat.

6
10/16/2016

7
 10/16/2016

Enzim hidrolase lainnya

• Karbohidrase, contoh: selulase, amilase,
maltase……memotong ikatan glikosidik
pada karbohidrat, dengan bantuan air.
• Lipase, memotong triasilgliserida, menjadi
asam lemak dan gliserol….juga dengan
melibatkan air.
• Amilase: Enzim yang memotong ikatan
glikosidik pati (starch) dengan bantuan air,
sehingga digolongkan dalam hidrolase

Informasi tentang berbagai enzim

• Dapat diperoleh dari website:
www.expasy.ch, pilih database: enzymes
• Atau dari website:
– www.brenda-enzymes.org

8
 10/16/2016

Film time
MEKANISME KERJA
AMILASE

Teori Mekanisme Kerja Enzim

• Enzim dapat mempercepat reaksi
karena mendekatkan secara ruang
substrat (atau 2 reaktan yang terlibat
reaksi)
• E + S  ES → E + P
• Situs aktif enzim
• Mekanisme kunci dan anak kunci (Lock
& Key
• Mekanisme induce fit

9
 10/16/2016

Sisi (situs) aktif enzim

• Bagian dari enzim yang mengikat
substrat dan terlibat langsung pada
proses katalitik
• Pusat katalitik enzim: Residu asam
amino yang berperan pada proses
katalitik
• Sisi pengikatan enzim: Residu asam
amino yang berperan untuk mengikat
substrat

Mekanisme enzime:
Teori lock & key

Sisi aktif enzim kaku, dan

enzim dan substrat seperti
kunci dan anak kunci

10
 10/16/2016

Mekanisme enzim:
teori induce fit

Terjadi perubahan konformasi enzim pada pembentukkan

kompleks ES ketika substrat semakin mendekat atau
mengikat enzim.

Asam amino pada sisi aktif suatu enzim tidak berdekatan

pada urutan rantai polipeptida, tetapi harus berdekatan
secara ruang. Contoh: Situs aktif pada lisozim, adalah asam
amino ke 35, 52, 62, 63, 101, 108 & 129. Dekat secara ruang
karena struktur sekunder, tersier & Kuartener protein

11
 10/16/2016

Film time

FILM INDUCE FIT

Enzim ada yg harus diaktifkan

• Kofaktor
• Koenzim
• Gugus Prostetik
• Holoenzim
• Apoenzim

12
 10/16/2016

Apa itu kofaktor enzim?

• Kofaktor enzim: • Ditinjau dari
Komponen kimia kebutuhannya akan
tambahan (non- kofaktor, enzim
enzim) yang dibagi dalam 2
diperlukan untuk golongan:
mengaktifkan 1. Yang perlu kofaktor
enzim untuk aktif
2. Yang tidak perlu
kofaktor untuk aktif

Apoenzim + Ko-faktor Holoenzim

• Apoenzim : Enzim tidak aktif (bagian

protein dari enzim tanpa kofaktornya)
• Holoenzim: Enzim aktif

13
 10/16/2016

Berdasarkan cara berikatannya

dengan enzim ada 2 jenis kofaktor
1. Yang tidak terikat secara kovalen dengan
enzimnya.
2. Yang terikat secara kovalen dengan enzim
= gugus prostetik

14
 10/16/2016

Berdasarkan senyawa kimia yang

membentuk kofaktor, ada 2 jenis kofaktor
1. Ion anorganik. Contoh: Fe2+,Mg2+, Mn2+,
Zn2+

2. Ko-enzim: kofaktor yang merupakan

senyawa organik (senyawa dengan atom C)
atau molekul metalloorganik (kompleks
senyawa atom C dengan metal seperti Zn
atau Fe. Ko-enzim ada yang molekulnya
merupakan protein.
Banyak vitamin adalah prekursor dari
koenzim.

15
 10/16/2016

= Aktivitas enzim

Aktivitas enzim: Kecepatan reaksi enzimatik =kecepatan

terbentuknya produk per satuan waktu yang dikatalisis
oleh enzim dengan jumlah tertentu
1 IU enzim: Jumlah enzim yg diperlukan untuk
menghasilkan 1 μmol prod (kehilangan 1 μmol substrat) per
menit pada kondisi konsentrasi substrat, pH dan temperatur
yang dinyatakan

16
 10/16/2016

FAKTOR-FAKTOR YANG DAPAT

MEMPENGARUHI AKTIVITAS ENZIM
1. pH
2. Temperatur
3. Aktivator (kofaktor, Koenzim)
4. Pengocokan hingga berbusa  denaturasi
5. Pelarut organik
6. Salting out: garam menarik air  kelarutan
enzim kurang
7. Inhibitor

Setiap enzim memiliki pH &

temperatur kerja optimum

Keterangan: Vo= kecepatan reaksi enzim (aktivitas enzim)

Mengapa pada pH atau temperatur ekstrim enzim tak aktif?

17
10/16/2016

18
10/16/2016

19
 10/16/2016

Grafik Michaelis-
Menten

KM = Konstanta
Michaelis-Menten=
Konsentrasi S yang
memberikan
kecepatan Vo=½ Vm

20
 10/16/2016

Km semakin kecil, semakin kuat ikatan E

dengan S, semakin cepat/baik reaksi enzim

21
 10/16/2016

Grafik Lineweaver-
Burk untuk
penentuan
KM & Vmax

=Bilangan produksi

Et = Konsentrasi Enzim total

22
 10/16/2016

Hubungan kcat, Km,Et

+[S]

• Semakin tinggi kcat : semakin efisien enzim,

atau semakin cepat kerja enzim

23
 10/16/2016

= Efisiensi Katalitik

Ukuran selektifitas dan efisiensi suatu

enzim terhadap suatu substrat→
konstanta spesifisitas = Kcat/KM
Konstanta spesifisitas maksimum 109M-1s-1

24
 10/16/2016

Substrat yang paling baik adalah yang memberikan

konstanta spesifitas tertinggi

25
 10/16/2016

Mekanisme kerja chymotrypsin pada situs aktifnya.

Terlihat situs aktifnya memiliki kantung untuk
substrat hidrofob aromatik seperti residu a.a. Phe
pada suatu protein

26
 10/16/2016

Inhibisi Enzim
• Inhibisi Reversibel: • Inhibisi
– Kompetitif Irreversibel:
– Non-kompetitif • Inhibitor (I)
– Unkompetitif terikat secara
• Inhibitor (I) kovalen pada enzim,
terikat secara non- sehingga sulit
kovalen dgn Enzim dihilangkan.
(E). Dapat
dihilangkan.

27
 10/16/2016

Inhibisi kompetitif:
inhibitor mirip substrat,
dan mengikat di tempat
pengikatan substrat/situs
katalitik. Dapat
dihilangkan dgn naikkan
konsentrasi substrat

Contoh inhibitor kompetitif yg

digunakan utk kemoterapi

Substrat dihidrofolat
reduktase,sintesis timin

28
 10/16/2016

Inhibisi
kompetitif

Grafik Lineweaver-Burk yang menunjukkan

inhibisi kompetitif

29
 10/16/2016

Inhibitor
mengikat
kompleks ES,
tapi tidak
mengikat enzim
bebas

INHIBISI
UNKOMPETITIF

30
 10/16/2016

Grafik Lineweaver-Burk yang menunjukkan

inhibisi unkompetitif

Inhibitor dapat
mengikat enzim
bebas dan kompleks
ES, pada tempat yg
berbeda dgn situs
aktif

31
 10/16/2016

Inhibisi
nonkompetitif

Grafik Lineweaver-Burk yang menunjukkan

inhibisi nonkompetitif

32
 10/16/2016

Inhibisi irreversibel-banyak organofluorofosfat

utk insektida/senjata kimia

Penicilin adalah inhibitor irreversibel suatu

enzim yg berperan pada sintesis dinding sel
bakteri

33
10/16/2016

34