Studi Kasus Bordetella ….(Kambang dkk.

Studi Kasus Bordetella Pertussis pada Kejadian Luar Biasa

di Kabupaten Kapuas Kalimantan Tengah yang Dideteksi dengan PCR
Kambang Sariadji*, Aulia Rizki, Sunarno, Nelly P, Faika R, Fauzul Muna,
Khariri, Bambang H, Rudi HP.
Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Badan Litbangkes, Kemenkes RI
Jl. Percetakan Negara No. 23, Jakarta 10560
*Email: kambang_sar@yahoo.com

Abstract

Bordetella pertussis, negative gram bacteria is a pathogen bacteria that infect the upper respiratory tract and
highly contagious with rod-shaped cocci. These organisms produce toxins that damage the respiratory epithelium
and systemic effects with syndrome consisting of spasmodic and paroxysmal cough with wheezing tone as
patients struggled to breath. National Basic Health Research data 2013 showed the coverage of complete basic
immunization in Indonesia was 59.2%. Furthermore in Central Kalimantan province reported 42% of complete
basic immunization coverage. The impact of low immunization could be the appearance of disease which can
be prevented by immunization (PD3I), example pertussis. The aims of study to detect the etiology of suspected
pertussis case of a girl 11 years old in Kuala Kapuas, Kapuas, Central Kalimantan by polymerase chain reaction
(PCR) methode with primer pair (BP1 and BP2) with a spesific target gene (IS481). The nasopharingeal swabs
were collected by amies transport medium. We concluded that the suspected case was infected of Bordetella
pertussis.

Keywords : Bordetella pertussis, , PCR, Outbreak

Abstrak
Bordetella pertussis, bakteri gram negatif merupakan bakteri patogen yang menyerang saluran pernapasan dan
sangat mudah menular, berbentuk batang kokus. Organisme ini menghasilkan toksin yang merusak epitel
saluran pernapasan dan memberikan efek sistemik berupa sindrom yang terdiri dari batuk spasmodik dan
paroksismal disertai nada mengi karena pasien berupaya keras untuk menarik napas. Data Riskesdas 2013
menunjukkan cakupan imunisasi dasar lengkap di Indonesia 59,2%, sedangkan di provinsi Kalimantan Tengah
42,0%. Dampak rendahnya cakupan imunisasi dasar lengkap menimbulkan kekhawatiran terjadinya penyakit
yang dapat dicegah dengan imunisasi (PD3I) salah satunya pertusis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk
mendeteksi penyebab penyakit pertussis yang terjadi pada seorang anak perempuan umur 11 tahun di Kuala
Kapuas, Kabupaten Kapuas, Kalimantan Tengah menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) .
Pengambilan spesimen berupa swab nasofaring menggunakan medium transport amies. Hasil PCR
menggunakan sepasang primer (BP1 dan BP2) dengan target gen IS481 menyimpulkan bahwa kasus positif
terinfeksi Bordetella pertussis.

Kata kunci : Bordetella pertussis, PCR, Kejadian Luar Biasa

Pendahuluan yang khas. Serangan batuk seringkali

diikuti oleh muntah dan dapat berlangsung
Bordetella pertussis adalah bakteri
berbulan-bulan. Organisme ini dapat
gram negatif berbentuk batang kokus dan
menyerang segala usia, tetapi jika bayi
patogen yang menyerang saluran
yang terkena akan berakibat serius.1,2,3
pernapasan dan sangat mudah menular.
Manusia sampai saat ini adalah satu-
Organisme ini menghasilkan toksin yang
satunya pejamu bakteri pertusis dan
merusak epitel saluran pernapasan dan
penularannya melalui udara dan kontak
memberikan efek sistemik berupa sindrom
langsung dengan droplet penderita selama
yang terdiri dari batuk spasmodik dan
batuk. Pertusis salah satu penyakit paling
paroksismal disertai mengi karena pasien
menular yang dapat menimbulkan attack
berupaya keras untuk menarik napas,
rate sebesar 80-100% pada penduduk
sehingga pada akhir batuk disertai bunyi
yang rentan. Penyakit ini pertama kali
Diterima: 5 Januari 2016 Diperiksa: 17 Januari 2016 Disetujui : 28 April 2016 51
dikenal pada abad pertengahan (tahun
1640) oleh Guillaume de Baillou. Pada
tahun 1906 Bordet dan Gengou berhasil
mengisolasi B. pertussis dan melaporkan
bahwa B. pertussis sebagai etiologi
penyebab penyakit pertusis.1,2,3
Penyakit pertusis merupakan salah satu
penyakit yang dapat dicegah dengan
imunisasi (PD3I).1 Pada masa sebelum
vaksinasi, pertusis menyerang anak
prasekolah, dan kurang dari 10% kasus
terjadi pada bayi usia kurang 1 tahun.
Setelah mulai dilakukan imunisasi (tahun
1940), kejadian pertusis menurun drastis,
dari 200.000 kasus/tahun menjadi 1.010
kasus pada tahun 1976. Sejak itu,
imunisasi pertusis dianggap memiliki
kemampuan perlindungan seumur hidup,
sehingga tidak diperlukan vaksin pertusis
untuk usia ≥ 7 tahun.4 Pertusis di Amerika
Serikat menunjukkan 80% kematian terjadi
pada anak berumur kurang dari 1 tahun,
dan 70% terjadi pada anak berumur kurang
dari 6 bulan. Case Fatality Rate (CFR)
kurang dari 1% pada bayi di bawah 6
bulan. Kejadian luar biasa pertusis terjadi
pada tahun 1996 di Massachusett sebanyak
210 kasus dengan 67% kasus berusia 10-19
tahun. Pada tahun 2002–2003 di Wisconsin
ditemukan kasus wabah pertusis sebanyak
313 kasus pertusis dengan 70% berusia 10-
19 tahun.1,4 . Pada tahun 2006 di India juga
melaporkan ada 22.616 kasus pertusis,
umumnya adalah anak - anak .5 Kasus
pertusis di Indonesia juga pernah
dilaporkan pada tahun 2012, yakni kasus
bayi usia 5 bulan di daerah Papua dengan
cakupan imunisasi yang rendah .6
Data Riskesdas 2013 menunjukkan
data cakupan imunisasi dasar lengkap
Indonesia adalah 59,2 %, sementara
cakupan imunisasi dasar lengkap di
Provinsi Kalimantan Tengah menunjukkan
angka 42,0%.7 Rendahnya cakupan
imunisasi ini menimbulkan kekhawatiran
52
akan dampak timbulnya penyakit yang
dapat dicegah dengan imunisasi (PD3I).
Pada kelompok masyarakat yang tidak
diimunisasi, khususnya dengan kondisi
kurang gizi dan infeksi ganda pada saluran
pencernaan dan pernapasan, pertusis dapat
menjadi penyakit yang mematikan pada
bayi dan anak-anak. Angka kesakitan
sedikit lebih tinggi pada perempuan
dewasa dibandingkan laki – laki dewasa.1
Pada kasus pertusis yang terjadi pada
seorang anak perempuan umur 11 tahun di
Kuala Kapuas, Kabupaten Kapuas,
Kalimantan Tengah, mempunyai gejala
klinis yang timbul sejak 5 Februari 2015
meliputi batuk, disertai pengeluaran
lendir, dan tarikan napas, muntah, badan
panas, pusing, sakit tenggorok. Status
imunisasi pasien tidak diketahui dan pasien
telah diberikan antibiotik selama lebih dari
15 hari, namun tidak ada perbaikan. Pada
tanggal 27 Februari 2015 dilakukan
pengambilan spesimen berupa satu swab
nasofaring dan satu swab tenggorok oleh
petugas dinas kesehatan setempat. Petugas
dinas kesehatan setempat melakukan
penyelidikan epidemiologi dengan hasil
menunjukkan ke arah suspek batuk
pertusis.8
Diagnosis laboratorium pertusis yang
saat ini dilakukan adalah dengan metode
kultur sebagai standar baku, namun metode
kultur memerlukan waktu yang cukup
lama yakni 7 – 10 hari, dan memerlukan
ketersediaan media kultur yang khusus.
Metode kultur mempunyai spesifitas yang
tinggi namun kurang sensitif dibandingkan
dengan pemeriksaan Polymerase chain
reaction (PCR). Metode PCR merupakan
pilihan alternatif sebagai metode
diagnostik laboratorium. Polymerase chain
reaction mempunyai sensitifitas lebih baik
serta waktu pengerjaan yang cukup cepat
(2-4 jam) dibanding dengan pemeriksaan
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia . Vol.5.1.2016: 51-56

kultur untuk mendeteksi B. pertussis,
terutama setelah 3-4 minggu setelah batuk
dan sudah diberikan pengobatan antibiotik.
Pemeriksaan PCR didasarkan adanya
temuan DNA Bordetella pertussis. Hasil
pemeriksaan PCR dapat diketahui dengan
segera dan cepat. Pemeriksaan PCR tidak
seperti kultur yang memerlukan bakteri
hidup.9 Penelitian ini dilakukan untuk
mengetahui secara pasti penyebab penyakit
batuk yang diderita kasus menggunakan
metode polymerase chain reaction (PCR).
Metode
Sampel swab tenggorok dan swab
nasofaring diambil oleh petugas kesehatan
setempat menggunakan medium amies
dengan swab kapas yang terbuat dari
tangkai poliester, kemudian dikirim ke
Laboratorium Bakteriologi Pusat Biomedis
dan Teknologi Dasar Kesehatan,
Balitbangkes Kemenkes RI, dan diterima
pada tanggal 4 Maret 2015. Spesimen di-
periksa dengan metode Polymerase Chain
Reaction (PCR) menggunakan sepasang
primer (BP1 dan BP2) dengan target:
IS481 gene dengan urutan sekuens: BP1
(5′GATTCAATAGGTTGTATGCATGGT
T-3′) dan sekuens BP2 (5′-AATTGCTG
GACCATTTCGAGTCGACG-3′).9-12. Kon
trol negatif dan Kontrol positif dari strain
kontrol ATCC Bordetella pertussis 9344
digunakan sebagai validasi hasil. Ekstraksi
DNA menggunakan Qiamp DNA Mini Kit
(Qiagen) mengikuti prosedur yang
dikeluarkan pabrik pembuatnya. Langkah
selanjutnya dilakukan dengan PCR dengan
konsentrasi dan komposisi PCR untuk satu
kali reaksi meliputi penambahan master
mix 12,5 ul, Forward primer (BP1) 1,25 ul,
Reverse primer (BP2) 1,25 ul, dan
Molecular Water 5 ul, kemudian ditam-
bahkan DNA sampel sebanyak 5 ul,
sehingga total volume adalah 25 ul.
Penambahan kontrol positif pada tabung
kontrol dilakukan setelah penambahan
Diterima: 5 Januari 2016 Diperiksa: 17 Januari 2016
Studi Kasus Bordetella ….(Kambang dkk.)
sampel dan kontrol negatif di tabung
masing – masing. Hal ini dilakukan untuk
menghindari kontaminasi pemeriksaan.
Kondisi PCR dalam mesin thermalcycler
C1000 (Biored) adalah sebagai berikut:
Initial 95oC selama 5 menit , Denaturation
95oC selama 30 detik 30 cycle, Annealing
55oC selama 30 detik 30 cycle dan
Extention 72oC selama 60 detik sebanyak
30 cycle. Kemudian dilanjutkan dengan
final Extention 72oC selama 10 menit.
Produk PCR disparasi dengan
elektroforesis (Biored) pada Gel Agarose
2% yang diwarnai Gelred (Biored) 5 ul
dalam 100 ml TBE buffer (Invitrogen) 1X
dengan voltase 150 volt selama 30 menit.
Hasil
Hasil pemeriksaan pertusis metode
PCR berupa hasil elektroforesis dapat
dilihat pada Gambar 1. Pada Gambar 1
terlihat garis/pita sampel NS dari target
IS481 yang menunjukan sampel positif
Bordetella pertussis, sebagaimana tampak
juga pada kontrol positif, sebaliknya pada
kontrol negatif tidak tampak pita.
Pembahasan
Cakupan imunisasi dasar lengkap yang
rendah yakni 42,0 % (data Riskesdas
2013) di Kalimantan Tengah memung-
kinkan kasus penyakit yang dapat dicegah
dengan imunisasi (PD3I) akan sering
timbul. Kasus pertusis yang menyerang
kalangan bayi akan berdampak serius. Bayi
menjadi biru atau berhenti bernapas ketika
serangan batuk dan biasanya perlu dibawa
ke rumah sakit, seperti halnya kasus
pertusis yang terjadi di Papua.6 Anak yang
lebih besar dan orang dewasa yang terkena
pertusis menderita penyakit yang kurang
serius, dengan serangan batuk yang
Disetujui : 28 April 2016 53
 1
1

M NS TS KP KN

Gambar 1. Hasil Pembacaan Elektroforesis

Keterangan :
M : Marker 100 bp DNA Ladder
KP : Kontrol Positif
KN : Kontrol Negatif
NS : Nasopharing Swab Sampel
TS : Throat Swab Sampel

1. B. Pertussis IS481 Positif Target Gene

berlanjut selama berminggu-minggu tanpa tenggorok dilakukan setelah 22 hari

memperhatikan perawatan, namun
berdampak menjadi sumber penularan ke
orang lain serta lingkungan sekitarnya.
1,6,13
Pada pemeriksaan PCR terhadap kasus
pertusis menunjukkan hasil positif
Bordetella pertussis dari spesimen swab
nasofaring yang diambil setelah sebulan
timbulnya gejala batuk. Hal ini
dimungkinkan karena diawal gejala
dianggap sebagai batuk biasa. Diagnosis
infeksi Bordetella pertussis dapat
dilakukan dengan pemeriksaan kultur,
namun pemeriksaan kultur yang terbaik
adalah 2 minggu setelah onset timbulnya
batuk. Sementara pengambilan sampel
berupa swab nasofaring dan swab
setelah onset timbulnya batuk. Apabila
sampel tersebut dilakukan pemeriksaan
kultur, kemungkinan hasil kultur
menunjukkan hasil negatif. Hal ini
dikarenakan pengaruh pemberian
antibiotik yang dilakukan. Sebagai
alternatif metode pemeriksaan dalam
mendeteksi infeksi Bordetella pertussis,
maka dilakukan dengan PCR. Sampel
untuk pemeriksaan PCR yang terbaik bisa
mencapai sebulan setelah onset batuk.
Selain itu pada pemeriksaan PCR tidak
perlu bakteri hidup. 13,14
Pemeriksaan sampel terhadap kasus
pertusis yang direkomendasikan oleh
World Health Organization (WHO) tahun
2014 adalah sampel aspirate hidung

54 Jurnal Biotek Medisiana Indonesia . Vol.5.1.2016: 51-56


(nasopharingeal aspirate) dan swab
hidung (nasopharingeal swab)13,14. Namun
pada kasus ini swab tenggorok diambil
juga. Hal ini terjadi dikarenakan
kurangnya informasi tentang tata laksana
pengambilan spesimen pertusis di daerah.
Penggunaan medium amies sebagai
medium transport untuk pemeriksaan
kultur yang diperkenankan < 24 - 48 jam,
sehingga spesimen yang telah diambil
harus segera dikirim ke laboratorium.13
Inokulasi ke media spesifik untuk kultur
pertusis lebih baik dilakukan langsung
setelah pengambilan spesimen untuk
menghindari hasil negatif palsu.
Pemeriksaan kultur sebagai standar baku
mempunyai spesifitas 100% dan
mempunyai sensitifitas yang rendah
dibandingkan PCR yakni 50–70% dengan
waktu pemeriksaan 7–10 hari.12 - 14 Hasil
kultur negatif tidak menyingkirkan dugaan
infeksi pertusis. Metode PCR menjadi
alternatif pilihan diagnosis infeksi pertusis
apabila ada keterbatasan sarana dan
prasarana laboratorium untuk melakukan
kultur, serta jauhnya laboratorium rujukan.
Metode PCR tidak memerlukan bakteri
hidup dalam spesimen dengan sensitifitas
80 – 90 % dengan spesifitas 98%.14
Salah satu rujukan menyatakan bahwa
penggunaan medium amies komersial
untuk pemeriksaan PCR tidak direkomen-
dasikan, karena medium agar yang
terkandung di dalamnya akan menghambat
proses pemeriksaan PCR, khususnya
ketika perlakuan ekstraksi.15 Namun hasil
pemeriksaan PCR pada kasus ini yang
menggunakan spesimen dengan medium
transpor amies menunjukkan hasil positif
Bordetella pertussis. Hal ini kemungkinan
disebabkan medium amies tidak
sepenuhnya menghambat pemerik-saan
PCR, akan tetapi hanya menurunkan
sesnsitifitasnya saja. Kemungkinan lainnya
adalah jumlah sel bakteri Bordetella
pertussis pada medium amies cukup
banyak, sehingga pada pemeriksaan PCR
masih dapat terdeteksi. Analisis lebih
lanjut perlu dilakukan untuk menerangkan
mengapa tidak ada hambatan ketika proses
Diterima: 5 Januari 2016 Diperiksa: 17 Januari 2016
Studi Kasus Bordetella ….(Kambang dkk.)
pemeriksaan PCR berlangsung. Rujukan
lainnya melaporkan penggunakan medium
transpor stuart untuk pemeriksaan PCR
pertusis dapat dilakukan tanpa adanya
11
hambatan ketika ekstraksi .
Pengumpulan spesimen yang direkomen-
dasikan untuk pemeriksaan PCR pada
kasus pertusis adalah dengan menampung
aspirasi nasopharing dalam saline atau
pengambilan nasopharing swab harus
menggunakan swab yang terbuat dari
poliester, rayon atau nylon floked swab.
Penggunaan calcium alginate swab tidak
direkomendasikan karena akan mengham-
bat proses PCR. Alternatif lainnya untuk
pemeriksaan PCR, swab bisa langsung
dimasukkan ke dalam paket tabung steril
tanpa medium transpor. 10,13,14
Kesimpulan
Pemeriksaan spesimen yang berasal
dari swab nasofaring dengan medium
transpor amies dengan metode PCR dapat
menunjukkan hasil positif infeksi
Bordetella pertussis.
Saran
Pemeriksaan laboratorium dengan
metode PCR merupakan metode diagnosis
yang dapat digunakan pada kasus pertusis
dengan lokasi kejadian yang jauh dari
laboratorium
Ucapan Terima Kasih
Penulis mengucapkan terima kasih
kepada Kepala Pusat Biomedis dan
Teknologi Dasar Kesehatan, Badan
Litbangkes, Kemenkes RI yang telah
membantu dalam mendukung dan
memfasilitasi dalam pemeriksaan laborato-
rium kasus KLB pertusis. Ucapan terima
kasih juga ditujukan kepada seksi
Surveilans Dinas Kesehatan Provinsi
Kalimantan Tengah dan kawan–kawan
Laboratorium Bakteriologi Pusat Biomedis
dan Teknologi Dasar Kesehatan yang telah
membantu selama proses penanganan
spesimen
Disetujui : 28 April 2016 55
Daftar Rujukan
1. Kandun I N. Manual Pemberantasan Penyakit
Menular. Dirjen P2PL Departemen
Kesehatan. Jakarta; 2000.
2. Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia.
Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran.
Binarupa Aksara. 1993.
3. Jawetz, Melnick, Adelberg. Medical
Microbiology. Ed 23. Penerbit Buku
Kedokteran. Jakarta; 2007.
4. Centers for Disease Control and Prevention.
Guidelines for the Control of Pertussis
Outbreaks. Atlanta, GA: Centers for Disease
Control and Prevention; 2000. Pediatr Infect
Dis J. 2005;24(6 suppl):S109–S116
5. A J Chitkara, Kukreja S, Shah RC. Pertussis
and diphtheria immunization. Indian
Pediatrics. 2008; 45: 723.
6. Poerwanto IA. Case Report: A Papuan infant
with severe pertussis from the low coverage
of immunization. Med Hosp. 2012; 1 (1) :
60
7. Balitbangkes Kemenkes RI. Riset kesehatan
dasar masyarakat 2013
8. Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan
Tengah. Laporan Penyelidikan Epidemiologi
KLB pertussis di Kuala Kapuas, Kabupaten
Kapuas, Kalimantan Tengah. 2015.
9. California Department of Public Health.
Pertussis: Laboratory Testing.. 2011.
56
10. Fathima S, Ferrato C, Bonita E L, Simmonds
K, Lin Yan, Mukhi S, et al. Bordetella
pertussis in sporadic and outbreak settings in
Alberta, Canada, July 2004 –December 2012.
BMC Infectious Diseases 2014; 14:48
11. Vestrheim DF, Steinbakk M, Bjørnstad ML,
Moghaddam A, Nils Reinton, Mette L. D et
al. Recovery of Bordetella pertussis from
PCR-positive nasopharyngeal samples is
dependent on bacterial load. JCM . 2012;
50.(12). 4114-4115.
12. Dragsted DM, Dohn B, Madsen J, Jensen J
S. Comparison of culture and PCR for
detection of Bordetella pertussis and
Bordetella parapertussis under routine
laboratory conditions. Journal of Medical
Microbiology. 2004; 53. 749–54
13. Lingappa J R, Lawrence W, West S, Keefe,
Gautom R, Cookson B T. Diagnosis of
community-acquired pertussis infection:
comparison of both culture and fluorescent-
antibody assays with PCR detection using
electrophoresis or dot blot hybridization.
Journal Clinical Microbiology.2002; 40.(8).
2908–12.
14. World Health Organization. Laboratory
manual for diagnosis of whooping caugh
caused by Bordetella pertussis, Bordetella
parapertussis, 2014. Geneva.
15. Gibb AP, Wong S. Inhibition of PCR by
Agar from bacteriological transport
media.Journal of Clinical
Microbiology.1998; 36.(.1).. 275–76
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia . Vol.5.1.2016: 51-56