Luciferases from bacteria

http://pdb101.rcsb.org/motm/78

Rahmat Eko SANJAYA

rahmat.eko.sanjaya@gmail.com
KBK BIOKIMIA
FKIP ULM
 Overview
• Teori enzim (lock and key & induced fit)
• Kelas enzim
• Apoenzim – Holoenzim
• Pengaruh suhu dan temperatur
• Kinetika enzim
• Inhibitor enzim
• Tugas
Photinus pyralis (North American fireflay)
https://www.jungledragon.com/image/10971/waiting_for_cupid_photinus_pyralis.html

Efisiensi lampu hanya 10%, sisanya menjadi panas

Kunang-kunang, 100% menjadi cahaya
 Kompleks substrat
Luciferase

Light

Nakatsu et al., (2006). Nature 440, 372-376

Luciferin & Luciferase,
(first introduced by Horace Raphael Dubois, 1849-1929, pharmacologist)

Latin word, Lucifer = Lightbringer

 Nakatsu et al., (2006). Nature 440, 372-376
Luciferase structure from the Japanese Genji-botaru (Luciola cruciata)
STRUCTURE, FUNCTION,
AND MECHANISM

Apakah semua ENZIM adalah PROTEIN?

e.g.
Hairpin Ribozyme
HDV Ribozyme
Hammerhead Ribozyme

Fedor & Williamson

(2005)
Nature Reviews.
Molecular Cell
Biology.6,
399–412
Ribozyme, A CATALYTIC RNA
(Thomas R. Cech and Sidney Altman, 1989, get Nobel Prize in
Chemistry for their "discovery of catalytic properties of RNA”)

“chicken-and-egg problem”
What is enzyme?
• Enzyme is protein or nucleic acid (ribozymes),
catalyse a chemical reactions: Breaking, Forming
and Rearranging Bonds.
• Specificity
– Dictated by the enzyme active site.
– Some active sites allow for multiple substrates.
• Cofactors/coenzymes
– Amino acid side chains have a limited chemical
repertoire.
– Vitamin derivatives, metals (minerals) can bind as
co-substrates or remain attached through multiple
catalytic cycles
 Keunggulan Enzim Sebagai Biokatalis

1. Daya katalitik tinggi

2. Spesifitas tinggi
(jenis reaksi maupun substrat yg dikatalisis)
3. Dapat bekerja pd kondisi lunak
(suhu & pH yang tidak ekstrim)
4. Aktifitas katalitik beberapa enzim dapat dikendalikan
5. Dapat diproduksi, memudahkan penyediaan.
7 Kelas Enzim
No Kelas Tipe reaksi
Oksidoreduktase memisahkan dan menambahkan
1
(nitrat reduktase) elektron atau hidrogen
Transferase memindahkan gugus senyawa kimia
2
(Kinase)
Hidrolase memutuskan ikatan kimia dengan
3 (protease, lipase, penambahan air
amilase)
Liase membentuk ikatan rangkap dengan
4
(fumarase) melepaskan satu gugus kimia
Isomerase mengkatalisir perubahan isomer
5
(epimerase)
Ligase/sintetase menggabungkan dua molekul yang
6
(tiokinase) disertai dengan hidrolisis ATP
Polimerase menggabungkan monomer-monomer
7
(tiokinase) sehingga terbentuk polimer
Enzyme Comission (EC) Number
Enzymes
are proteins or nucleic acid
found in any living organism, everywhere in nature
functions:
biological catalysts with an enormous capacity
play an essential role, for instance in degrading the food
play a vital role in keeping our body working properly
and can be easily degraded in natural environments
as well as in wastewater treatment facilities
are produced industrially today and are used in
many industries
Active site: bagian kecil dari struktur enzim
Enzymes have been used in ….
• leather industry
• poultry industry
• cereal industry
• cheese industry
• sweeteners/glucose/HFS industry
• pharmacy industry
• baking industry
• detergen industry
• toothpaste industry, etc
Active Site of
Enzyme

Small relative to the total volume

of the enzyme.

DNA Ligase
Xylosidase from Geobacillus thermoleovarans IT-08
(Rohman et al., 2018)
 Apoenzim + Kofaktor ↔ Holoenzim
(non aktif) (aktif)

• Kofaktor anorganik, misalnya Fe3+, Mn2+, Zn2+ .

• Kofaktor organik kompleks, disebut Koenzim.
 PROTEIN
NON-AKTIF
(Apoenzim)
+ Ca2+

Target

PROTEIN
AKTIF
(Holoenzim)
 APOENZIM KOENZIM

BM Tinggi Rendah
Stabilitas suhu Termolabil Termostabil
Pada dialisis Tertahan di dalam Terlepas
Spesifitas Penentu jenis S Penentu reaksi E
yang dapat dan S
bereaksi dengan
enzim
 Kofaktor
• Misal: pembawa elektron, gugus fosfat, gugus asetil.
• Nikotinamid Adenin Dinukleotida (NAD+) pembawa ion
hidrida (elektron).
NAD+ NADH.
H-
• ADP dan ATP sebagai pembawa gugus fosfat.
• Banyak koenzim yang berbentuk nukleotida yaitu
ATP, NAD+, NADP+, FAD, Ko-A dan lain-lain.
• Banyak juga koenzim yang merupakan derivat vitamin
khususnya kelompok vitamin B, contohnya : Tiamin
• Cari 5 contoh koenzim vitamin yang lain!
ISOZIM
• Isozim adalah sekelompok enzim (sifat fisik, kimia dan
imunologi berbeda) yang mengkatalisis reaksi yang sama.
• Enzim yang dapat membentuk isozim memiliki sifat-sifat
sebagai berikut:
– berupa oligomer yang terdiri dari 2 atau lebih monomer
(sub-unit),
– atau monomer dengan dua jenis struktur dan sifat yang
sedikit berbeda (serupa tapi tidak sama).
• Masing-masing jenis monomer tersebut disintesis
berdasarkan gen yang berbeda.
• Contoh, LDH ( Laktat Dehidrogenase )
– merupakan tetramer (BM: 134.000) terdiri dari 4 monomer
(BM: 33.500 ). Ada dua jenis monomer masing-masing : M
dan H. Ada 5 isozim LDH, masing-masing dengan
komposisi monomer M4, M3H, M2H2, MH3 dan H4.
 When the active enzymes
Structural a b are polymers containing
genes more than one subunits,
mRNA hybrid isoenzymes
consisting of mixtures of
A B different subunits may be
Polypeptides formed. One such
isoenzyme is formed in
A B
subunits the case of a dimeric
enzyme, such as CK, and
Possible
dimers
three if the enzyme is a
tetramer, such as LD. In
both cases two
Possible
homopolymeric
tetramers isoenzymes also exist.
CK, Creatine kinase
LD, lactate dehydrogenase
PROENZIM / ZIMOGEN
• beberapa enzim disekresi/disintesis dalam bentuk inaktif,
• bentuk inaktif ini disebut Proenzim atau Zimogen.
• tujuan pembentukan proenzim adalah untuk mencegah
degradasi/hidrolisis protein sel/jaringan organisme itu sendiri
(auto-digestion).
• Untuk aktivasi proenzim diperlukan:
– enzim proteolitik lain
– ion H+ atau
– enzim yang dibentuk oleh pro-enzim itu sendiri ( auto-
katalisis), Tujuan auto katalisis adalah mempercepat aktivasi
pro-enzim
• Contoh:
– enzim proteolitik dalam saluran pencernaan ( lambung,usus)
yang berperan untuk mencerna protein makanan.
– Enzim yang terdapat dalam darah yang berperan dalam
penggumpalan darah.
METALLO-ENZYME
• Sebagian enzim (± 25 %) mengandung logam
yang terikat erat pada protein enzim disebut,
metallo-enzim.
• Sebagian yg lain memerlukan logam untuk
aktivasinya. Perbedaannya dengan metallo-
enzim terletak pada keeratan ikatan antara
logam dan protein enzim.
• Logam-logam yang sering berperan adalah : Zn,
Mg, Co, Cu, Mo, Mn dan Fe.
Logam ini diperlukan dalam jumlah tertentu,
yang disebut sebagai ’trace mineral’.
Specificity
• Kekhususan Sterik.
Enzim bekerja berdasarkan stereokimia struktur molekul
substratnya. Misal:
– amilase (α-glukosidase) hanya bekerja pada ikatan glikosida α, tidak
pada β.
– fumarase hanya bekerja terhadap asam fumarat (trans) tidak pada
asam maleat (cis).
• Kekhususan Reaksi.
Dua golongan enzim yang bekerja berdasarkan jenis reaksi:
1. Kekhususan relatif, enzim bekerja terhadap substrat-
substrat yang memiliki gugus fungsional sejenis. Contoh
heksokinase adalah enzim yang bekerja pada subtrat:
glukosa, fruktosa,galaktosa dan manosa.
2. Kekhususan absolut, enzim ini hanya bekerja terhadap
satu substrat saja. Contoh Glukokinase adalah enzim yang
bekerja pada hanya substrat glukosa.
Enzyme Specificity
Faktor2 penentu aktivitas enzim:
1. Kosentrasi Enzim
2. Konsentrasi Substrat
3. Suhu
4. pH
5. Efektor
Enzyme Concentration
Substrate Concentration
Temperature
Effect of pH
Optimum pH
 Medical Applications
Clinical Diagnosis

Isoenzymes
Clinical Diagnosis
Isoenzymes
Isoenzymes
 Kinetika Enzim
Parameter utama
• Km (konstanta Michaelis-Menten
• kkat (konstanta katalitik)
 Tugas Individu
Cari artikel Nasiona/Internasional (10 tahun terakhir) berkaitan dengan enzim
(TIDAK BOLEH ADA ARTIKEL YANG SAMA)
Setiap artikel, cari dan jelaskan informasi tentang:
• Nama enzim dan EC-nya
• Jenis/kelas enzim
• Berat enzim/jumlah asam amino pembentuk enzim
• Substrat yang dihidrolisis dan produk yang dihasilkan
• Asal enzim (bakteri/jamur/dll)
• Suhu dan pH optimum untuk enzim bekerja
• Monomer/dimer/tetramer?
• Kofaktor dan Koenzim
• Mekanisme enzim terhadap substrat
• Inhibitor dan sifat inhibisi (reversibel atau irreversibel)
• Km dan kkat
• Aplikasi enzim
Dikumpul saat minggu tenang.
File dalam bentuk .pdf dan compress menajdi .rar (Artikel dan Analisisnya)