LAPORAN PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI TANAH

Fakultas Pertanian UMY

Semester Genap Tahun 2019/2020

ACARA I
TEKNIK ISOLASI, PEMURNIAN DAN DETERMINASI
MIKROBIA
I. IDENTITAS MAHASISWA
Nama :Hibatulloh azizi No. Mhs : 20190210133
Golongan :c2 Kelompok :1
Hari :senin Tanggal : 9 maret 2020

II. TUJUAN
Melakukan isolasi dan karakterisasi bakteri serta jamur, tanah, air, dan
udara.

III. BAHAN & ALAT

1. suspensi tanah yang mengandung jamur
2. medium potato dextrose agar (pda), medium Potato Dextrose Cair (POC)
3. suspensi tanah yang mengandung bakteri
4. mikroskop, gelas benda, gelas penutup, cawan patri, medium agar miring,
driglass, pipet steril, jarum ose, termometer, air steril 10ml, kultur murni
jamur, bunsen, alkohol 70%, gelas preparat, gelas penutup.

IV. CARA KERJA :

V. HASIL PENGAMATAN

a. Mikrobia Air
Isolasi Mikrobia air : air tanah/sumur

1. Koloni Bakteri/Jamur di Petridis

Keterangan :
1. kuning pekat bulat
2. orange bulat
3. putih bulat

PREPARAT : jamur
PERBESARAN :

b. Mikrobia Udara
Isolasi Mikrobia di udara : udara terbuka di laboratorium

1. Koloni Bakteri/Jamur di Petridis

Keterangan :
1.
1. bintik hitam
2. bintik putih
3. bintik kuning

PREPARAT : bakteri
PERBESARAN :
c. Mikrobia Jamur Tanah
Isolasi Jamur pada Tanah :

1. Koloni Jamur di petridis

Keterangan :

1. Warna : putih tulang

2. Diameter : 0,5 cm

PREPARAT : jamur
PERBESARAN : 40

2. Morfologi Jamur (Preparat di gelas benda)

Keterangan :
1. Hifa : terdapat
2. Konidium : -
3. Spora : -
4.
5.

PREPARAT : jamur
PERBESARAN : 40

d. Mikrobia Bakteri Tanah

Isolasi Bakteri pada Tanah :
 1. Koloni Bakteri di Petridis
Keterangan :
1. Warna : putih tulang
2. Diameter : 0,3cm
3.
4.
5.

PREPARAT : Bakteri
PERBESARAN : 40

2. Determinasi Morfologi koloni Bakteri

Keterangan :
1. Bentuk Koloni:circular
2. Tepi : Entire
3. Elevasi :Effuse
4. Struktur dalam : transparent

PREPARAT : Bakteri
PERBESARAN : 40

3. Pemurnian Bakteri Tanah & Uji Aerobisitas

Keterangan :
 1. Aerob
1 2 2. Aerob

4. Determinasi Morfologi Sel Bakteri Tanah & Sifat Gram

Keterangan :
1. Bentuk sel :
2. Warna Cat Gram :
3.
4.
5.

PREPARAT :
PERBESARAN :

5. Uji Fisiologi Bakteri Tanah

No Pengujian Hasil
1 Aerobisitas Aerob
2 Kalatase Positif
3 Sifat Gram Tidak dilakukan
4 Nitrifikasi Negatif
5 Amonifikasi Negatif

VI. PEMBAHASAN
 1. Mikrobia air :
Pada praktikum mikrobiologi tanah, proses isolasi mikroba air dilakukan
dengan menggunakan air kran yang ditanam di media NA. Medium yang
digunakan dalam praktikum dalam praktikum ini adalah media nutrient agar
yang merupakan media padat. Media NA adalah suatu medium yang
digunakan untuk budidaya bakteri dan untuk perhitungan bakteri dalam air,
limbah, kotoran, dll. Medium NA ini digunakan untuk menstimulasi
pertumbuhan bakteri ( pelezar, 1996)
Pada praktikum yang dilakukan menggunakan air kran sebagai isolat
yang berguna untuk tempat hidup bakteri. Air kran yang digunakan sebanyak
0,1ml kemudian diletakka kedalam petridish yang telah berisi media NA
kemudian di ratakan dengan driglasky. Setelah itu dibungkus menggunakan
kertas dan di inklubasi selama 48 jam. Setelah inklubasi dilakukan, terdapat
banyak bakteri yang ada di dalam petridish. Bakteri berwarna kuning pekat
dan berbentuk bulat, berwarna orange dan berbentuk bulat, serta berwarna
putih dan berbentuk bulat. Namun tidak ditemukan koloni jamur pada
petridish. Perbesaran yang digunakan pada mikroskop adalah 0
Bakteri yang terdapat pada air kran dapat hidup dan berkembang pada
media NA karena Na menyediakan nutrisi yang dibutuhkan bakteri, dan
petridish yang dibungkus kertas membuat petridish steril serta membuat
bakteri tidak terkontaminasi. Air kran dapat mengandung bakteri dikarenakan
kondisi air, ph air serta mikroorganisme yang tumbuh di air. Faktor faktor
yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri adalah zat makanan, ph air,
oksigen, dan senyawa penghambat pertumbuhan bakteri(Ferdiaz, 1992).

2. Mikrobia udara :
Udara merupakan media penyebaran bagi mikroorganisme. Mereka
terdapat dalam jumlah yang relatif kecil bila dibandingkan dengan di air atau
di tanah. Udara tidak mengandung komponen nutrisi yang penting untuk
bakteri, adanya bakteri udara kemungkinan terbawa oleh debu, tetesan uap
air kering ataupun terhembus oleh tiupan angin. Menurut Lisyastuti (2010),
kelompok mikroba yang paling banyak di udara bebas adalah bakteri, jamur
(termasuk di dalamnya ragi) dan juga mikroalga. Kehadiran jasad hidup
tersebut di udara, ada yang dalam bentuk vegetatif (tubuh jasad) ataupun
dalam bentuk generatif (umumnya spora). Mikroba udara dapat dipelajari
dalam dua bagian, yaitu mikroba di luar ruangan dan mikroba di dalam
ruangan. Mikroba paling banyak ditemukan di dalam ruangan.
Pada praktikum isolasi mikroba udara di dalam ruangan digunakan
yaitu medium NA, medium NA adalah medium umum digunakan karena cocok
sebagai tempat tumbuh dan berkembangbiaknya bakteri. Dari hasil
pengamatan diperoleh beberapa koloni bakteri yang tumbuh di medium NA.
Koloni pertama berbentuk circulair dengan bintik hitam, kedua berbentuk
circulair dengan bintik putih, dan ketiga berbentuk circulair dengan bintik
kuning. Hasil yang diperoleh menunjukan bahwa udara didalam ruangan
laboraturium mengandung mikroba udara yang cukup banyak karena jumlah
koloni mikroorganisme di udara tergantung aktifitas dalam ruangan serta
banyaknya debu dan kotoran lain (moerdjoko, 2004)
1. isolasi jamur tanah regosol.

Pada praktikum yang dilakukan tanah yang digunakan adalah tanah

regosol yang diencerkan dengan aquades serta dibagi menjadi dua yaitu
dengan di suntikan pada preparat setelah itu di inklubasi dan dengan
dilakukan metode streak pada medium yaitu dengan mengoreskan bagian
atas media PDA, sesuai dengan teori bahwa isolasi jamur menggunakan
medium PDA (Potato Dextrose Agar). Jamur lebih tahan terhadap PH suasana
asam jika dibandingkan dengan bakteri atau aktinomisetes, sehingga dengan
cara ini juga telah terjadi seleksi terhadap mikroba yang sedang diisolasi
(Saryono, dkk. 2002). Hasil dari isolasi jamur yang dilakukan selama 3 hari di
petridish dan ditutupi kertas alumunium foil terdapat banyak jamur akan
tetapi yang satu koloni jarang jamur tumpang tindih.

Pada saat pengamatan di mikroskop terlihat konidium, hifa tapi tidak

jelas. Akan tetapi pada spora tidak terlihat karena jamur pada tumpang tindih
sehingga menjadi susah untuk diamati. Dengan percabaan isolasi jamur
dengan perlakuan streak di petridish menggunakan jarum ose hanya terdapat
sedikit koloni jamur yang bisa diamati setelah 3 hari diisolasi dan ditutupi
kertas alumunium foil. Metode steak adalah cara yang paling sering digunakan
untuk memisahkan bakteri dari permukaan media NA untuk memperoleh
koloni terisolasi, metode ini merupakan metode yang paling cepat dan mudah
(susilowarno, 2008). Pada praktikum kali ini menggunakan metode kuadran
atau membagi empat PDA. Kemudian dengan cara mengoreskan jarum ose
pada permukaan medium yang telah dibagi 4 secara zig-zag dan silang.
Setelah itu di tutup bungkus dengan alumunium foil dan inkubasi selama 3
hari. Setelah di inkubasi selama 3 hari didapatkan satu koloni jamur. Jamur
berbentuk bulat dengan diameter 0,5 cm dan berwarna putih tulang. Hal ini
dipengaruhi oleh faktpr lingkungan yang mendukung, seperti suhu, dan
lingkungan yang steril sehingga jamur dapat berkembang biak dengan baik.

Pada praktikum mikroba tanah, morfologi jamur diamati dibawah

mikroskop dengan perbesaran 40x. Kelompok kami hanya mendapatkan hifa
walaupun tidak terlalu jelas dan kelompok kami tidak berhasil menemukan
dimana spora karena jamur terlalu banyak dan tumpang tindih.

2. isolasi bakteri tanah regosol

Pada praktikum isolasi bakteri ini menggunakan tanah regosol sebagai

isolat dan NA sebagai media. Media NA adalah suatu medium yang digunakan
untuk budidaya bakteri dan untuk perhitungan bakteri dalam air, limbah,
kotoran, dll. Medium NA ini digunakan untuk menstimulasi pertumbuhan
bakteri (pelezar, 1996). Pada praktikum ini menggunakan metode surface.
Metode surface merupakan pemupukan dengan metode permukaan,terlebih
dahulu dibuat agar cawan kemudian sampel yang telah diencerkan
dipipet pada permukaan agar tersebut. kemudian diratakan dengan batang ge
las melengkung yang steril. Perhitungan jumlah koloni akan lebih mudah dan
tepat jika pengenceran dilakukan secara decimal. semakin tinggi jumlah
mikroba yangterdapat di dalam sample, semakin tinggi pengenceran yang har
us dilakukan (fardiaz. 1988)
Pada praktikum kali ini menggunakan isolat tanah regosol yang
dilarutkan dalam 99ml air steril. Media yang digunakan adalah nutrien agar
yang cocok untuk tempat tumbuh bakteri. Kemudian letakkan suspense
regosol diatas medium NA. Kemudia ratakan dengan drigalsky pada petridish.
Setelah itu, tutup petridish dan bungkus menggunakan kerta alumunium foil
kemudian inkubasi selama 3 hari. Setelah diinkubasi selama 3 hari, hasilnya
koloni terlihat menumpuk dan tidak ada koloni bakteri yang terpisah atau
spindle. Hal ini terjadi karena faktor tidak strelinnya alat atau praktikan saat
melakukan praktikum atau saat membuka tutup cawan petridish terlalu lebar
sehingga udara masuk. Namun masih ada satu koloni kecil yang berbentuk
bulat dan berwarna putih tulang dengan diameter 0,3cm.
Karena koloni bakteri tidak ada yang terpisah atau spindle, maka bisa
dikatakan inkubasi gagal. Hal ini terjadi karena faktor tidak sterilnya alat dan
tangan praktikan saat melakukan praktikum atau tutup petridish yang terlalu
lebar saat terbuka sehingga banyak udara yang masuk kedalam petridish dan
mempengaruhi proses inkubasi(Djie, N. 2006). Namun masih ada satu koloni
kecil yang ada dan dapat diamati di bawah mikroskop. Untuk mengamati
bentuk koloni, bentuk tepi, elevasi, dan struktur dalamnya walaupun hanya
terlihat bentuk lingkaran dengan pinggiran hitam. Dihasilkan bahwa bentuk
koloni masuk dalam jenis circular, bentuk elevasi yaitu effuse, tepi yaitu
entire, dan struktur dalamnnya transparant.

3. Mikrobia tanah (sesuai kelompok masing-masing)

Isolasi jamur hasil identifikasi tanah

Tanah adalah produk transformasi mineral dan bahan organik yang

terletakdi permukaan yang dipengaruhi oleh faktor-faktor genesis dan
lingkungan,yakni bahan induk, iklim, organisme, topografi dan kurun waktu sa
ngat panjang, yangdapat dibedakan dari ciri-ciri bahan induk aslinya baik
secara fisik, kimia, biologimaupun morfologinya (Winarso 2005). Organisme
tanah merupakan organisme berupa flora dan fauna yang hidup didalam
tanah. Kandungan organisme tanah berkisar antara 1-10% dari total
berat bahan organik kering. Flora tanah meliputi bakteri, actinomicetes, fungi,
algae dan lichens. Fauna tanah berdasarkan atas makro fauna, mesofauna,
dan mikrofauna (Sutanto, 2005)
Tanah regosol merupakan tanah yang muda hampir tanpa
perkembangan. Tanah regosol adalah tanah yang berasal dari bahan aluvial
berbagai sumber seperti abu vulkanik, sedimen sungai maupun endapan laut
sehingga banyak terdapat di sekitar sungai, bertekstur pasir, struktur lepas,
kapasitas menahan air dan unsur hara rendah, kandungan bahan organik
rendah, permeabilitas cepat, konsentrasinya dapat bersifat gembur dan lepas.
Kecenderungan oksidasi bahan organik begitu cepat dan tanah lebih cepat
menjadi kering, koloid-koloid tanah dan unsur hara mudah hilang. Tanah
regosol termasuk tanah yang mempunyai potensi kesuburan rendah, tetapi
masih bisa ditingkatkan dengan input seperti pasokan air dan pupuk. (munir,
1996)
A. Isolasi bakteri hasil identifikasi tanah (Uji aerobisitas)

1. Medium nutrien agar miring (padat)

Medium nutrien agar miring merupakan medium nutrien cair yang
diberi agar sehingga menjadi padat. Medium nutrien agar miring diletakkan
pada posisi miring sehingga padat pada posisi miring. Fungsi medium ini
adalah untuk melihat kebutuhan bakteri pada oksigen.
Pada medium ini, menggunakan metode goresan ose yang berujung
bulat, ose digoreskan pada permukaan media. Setelah itu, tabung reaksi
segera ditutup dengan kapas dan diinkubasi selama 3 hari. Setelah itu,
dilakukan pengamatan pada bakteri.

a. pertumbuhan : tebal
b. bentuk koloni : rhizoid
c. elevasi : low convex
d. warna : putih keruh
e. kolom : offuse
f. topografi : cembung

berdasarkan hasil pengamatan di atas, bakteri tersebut merupakan

bakteri bacillus subtilis tumbuh dengan lambat karena bakteri ini tumbuh baik
pada keadaan medium agar miring yang banyak mengandung oksigen. Dari
hal tersebut maka dapat di simpulkan bahwa bakteri bacillus subtilis bersifat
fakultatif aerobik (dapat hidup tanpa oksigen, tetapi pertumbuhan optimum
pada lingkungan yang menyediakan oksigen). Pada pengamatan yang
dilakukan bacillus subtillis pertumbuhannya lambat, mempunyai bentuk
berupa rhizoid, tipe elevasi low convex, dan berwarna putih keruh.
Bakteri bacillus subtilis merupakan bakteri gram positif yang ditemukan
di tanah dan termasuk genus baccilus. Bakteri ini juga memili kemampuan
endospora yang melindunginnya dari perubahan lingkungan dengan kondisi
yang ekstrim. Koloni Bacillus subtilis bersifat aerobik sampai fakultatif
anaerobik, berbentuk koloni kasar, tidak dapat ditembus cahaya pertumbuhan
tidak merata, terjadi kekeruhan, permukaan halus, dan tipis. Berwarna kuning
sampai coklat (bread dkk, 1957)

2. Medium nutrien cair

Medium nutrien cair merupakan medium yang tidak ditambah dengan
agar sehingga bersifat cair. Medium nutrien cair merupakan medium yang
terbuat dari campuran nutrien dengan aquades. Fungsi dari medium ini adalah
untuk melihat proses metabolik, pertumbuhan mikrobia, dan mengetahui
kebutuhan bakteri akan oksigen.
Pada pengamatan yang dilakukan mendapatkan hasil bahwa bacillus
subtillis memiliki pertumbuhan pada permukaannya. Pada pengamatan yang
telah dilakukan, didapatkan beberapa morfologi yang akan dijabarkan pada
uraian berikut ini. Untuk parameter ukuran, koloni bakteri ini termasuk dalam
kategori sedang. Warnanya putih dan berukuran 0,5 cm. Tempat tumbuhnya
adalah di permukaan karena bakteri ini termasuk dalam kategori aerob.
 Namun pada kondisi tertentu Bacillus subtilis
juga bisa bertahan di lingkungan anaerob menjadi aerob fakultatif. Konfigurasi
koloni yang dihasilkan adalah bentuk L. Sedangkan elevasi yang terbentuk
yaitu cembung. Untuk tepiannya, tipe yang dihasilkan adalah ciliate. Koloni
Bacillus subtilis bersifat aerobik sampai fakultatif anaerobik, berbentuk koloni
kasar, tidak dapat ditembus cahaya pertumbuhan tidak merata, terjadi
kekeruhan, permukaan halus, dan tipis. Berwarna kuning sampai coklat (bread
dkk, 1957)

B. Uji Katalase
Praktikum kali ini dilakukan uji katalase pada plat tetes, 1 tetes nutrient
cair dan 1 tetes H2O2 alasan menggunakan H2O2 adalah kebanyakan bakteri
memproduksi enzim katalase yang dapat memecah H 2O2 menjadi H2O dan O2.
H2O2 dapat didekomposisi oleh katalase dalam mitokondria sel. Hal ini dapat
disimpulkan bahwa isolasi bakteri tanah regosol mengandung katalase.
Katalase tersebut berfungsi untuk melindungi sel dari efek toksik hidrogen
peroksida. (Suhartanti, dkk. 2010).

C. Uji Nitrifikasi
Mikroba nitrifikasi didapatkan positif, maka akan terjadi perubahan
warna media menjadi kemerahan. Pada praktikum kali ini, setelah isolate
ditambahkan sulfanilat dan napthylamint tidak ada perubahan warna,
sedangkan adanya bakteri penghasil nitrat diindikasikan dengan perubahan
warna media dari bening menjadi keruh. (Fatmawaty, 2015). Hal ini
menunjukan bahwa pada bakteri tanah regosol tidak mengandung nitrit

D. Uji Amonifikasi
Pada praktikum uji amonifikasi kertas lakmus biru dengan dibakar
diatas bunsen sampai kertas lakmus basah dan amati perubahannya. Untuk
menguji isolat terhadap kemampuan amonifikasi maka dilakukan pengujian
pada pertumbuhan di medium nitrat cair yang dipanaskan menjadi gas
amonia maka akan timbul warna biru pada kertas lakmus merah, sedangkan
pada lakmus biru warna akan menjadi biru. Dari hasil praktikum ini tidak ada
perubahan warna pada lakmus, dan hal ini menunjukan bahwa bakteri tanah
regosol tidak mengandung ammonia.
VII. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang dilakukan dapat diketahui bahwa bakteri
dan jamur pada tanah pada medium NA dan PDA yang paling banyak
ditemukan bakteri dan sedikit jamur, pada isolasi mikroba udara hanya
ditemukan bakteri, dan pada isolasi mikroba air hanya ditemukan bakteri saja.
Serta setiap bakteri dan jamur memiliki karakteristik yang berbeda sesuai
dengan lingkungan dan medium yang digunakan.

REFERENSI :
Breed, R.S., Murray, E.G.D., Smith, N.R. 1957. Bergeys Manual of Determinative
Bacteriology. 7th ed. Baltimore: The Williams and Wilkins Co.
Djie, M.N. dan E. Wahyudin. (2008). Isolasi Bakteri Asam Laktat dari Air Susu Ibu
dan Potensinya dalam Penurunan Kadar Kolesterol Secara In Vitro. Majalah
Farmasi dan Farmakologi Vol 12, No. 3.
Dwidjoseputro, D. 2005. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta.Djambatan
Fardiaz, S. 1988. Fisiologi Fermentasi. Bogor: Pusat Antar Universitas Lembaga
Sumberdaya Informasi. Institut Pertanian Bogor.
Fatmawaty, B. 2013. Isolasi Bakteri Nitrifikasi Pada Tanaman Rhizosfer Tanaman
Padi Aromatik Lokal (Oryza sativa L) Di Kabupaten Tana Toraja Sulawesi
Selatan. Skripsi. Jurusan Biologi FMIPA Universitas Hasanuddin Kampus
Tamalanrea Makassar 90425. 36 Hal.
Lisyastuti, E. 2010. Jumlah Koloni Mikroorganisme Udara dalam Ruang dan
Hubungannya dengan Kejadian SickBuilding Syndrome (SBS) pada Pekerja
Balai BesarTeknologi Kekuatan Struktur (B2TKS) BPPTdi Kawasan
Puspiptek Serpong. [Tesis]. Depok:FKM UI.
Moerdjoko, 2004. Kaitan Sistem Ventilasi Bangunan dengan Keberadaan 8
Mikroorganisme Udara. Vol.32 No.1 hal 89 -94 .
Munir. 1996. Tanah – Tanah Utama di Indonesia. Jakarta : Pustaka Jaya
Pelczar, Michael J dan Chan, E. C. S. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi Jilid II.
Jakarta: UI Press.
Sutanto R. 2005. Dasar – Dasar Ilmu Tanah. Yogyakarta : Kanisius
Suhartanti, Dwi, dkk. 2010. Ilmu Pengetahuan Alam untuk SD Kelas III. Jakarta:
Mentari Pustaka.
Winarso S. 2005. Kesuburan Tanah : Dasar Kesehatan dan Kualitas Tanah.
Yogyakarta : Gava Media.

Yogyakarta, 9 maret 2020

Asisten Praktikan

( ) ( hibatulloh azizi )
 LAMPIRAN

Proses streak Proses Pengenceran 10-4

Proses pengenceran
tanah

Proses surface
Proses membungkus

Sterilisasi alat Proses pemasukan bakteri

Proses pengambilan isolat

Amonifikasi Katalase Hasil katalase dan nitrifikasi

 Hasil pemurnian Hasil aerobisitas

Hasil isolasi bakteri udara Hasil isolasi bakteri air kran Hasil isolasi jamur pada preparat

Hasil isolasi bakteri metode Hasil isolasi jamur metode streak Bentuk jamur dilihat dari
surface mikroskop

Bentuk bakteri dilihat dari

mikroskop