LEMBAR KERJA MAHASISWA

FISIOLOGI TUMBUHAN
(BIOKIMIA PENAMBATAN NITROGEN)

1. Identitas
Kelompok : 6

1) Ajeng Retno Astrini (200341617248)

2) Dian Wahyu Nurjannah (200341617217)
3) Ismawati (200341617216)
4) Maulidatul Masruroh (200341617249)
5) Rifda Ahadina Aulia (200341417293)

2. Tujuan Pembelajaran
1. Mahasiswa mampu menjelaskan biokimia penambatan nitrogen
2. Mahasiswa mampu memahami pembentukan asam amino dari penambatan
nitrogen

3. Materi Pokok
1. ASIMILASI NITROGEN

4. Petunjuk Belajar
Bentuklah kelompok yang terdiri dari 4-5 orang
mahasiswa!
Kerjakanlah LKM yang telah diberikan
Waktu mengerjakan LKM adalah 40 menit melalui group
whatsapp
Diskusikanlah hasil diskusi kelompok saudara dan
sajikan hasil diskusi kelompok melalui gmeet.
 Orientasi Pada Permasalahan

Link artikel

Nitrogen adalah unsur yang diperlukan untuk membentuk senyawa penting di dalam sel, di
antaranya protein, DNA dan RNA. Kandungan atmosfer sekitar 80% adalah nitrogen (N2),
namun tidak ada yang secara langsung dapat digunakan oleh tanaman. Sementara itu,
keberadaan dan ketersediaan senyawa nitrogen dalam tanah sangat terbatas, terlebih dari sifat
senyawa nitrogen yang mudah hilang (leaching). Untuk itu, pemanfaatan N2 bebas dari udara
melalui penambatan (fiksasi) merupakan hal penting untuk meningkatkan ketersediaan
nitrogen bagi tanaman. Penambatan nitrogen merupakan proses biokimiawi di dalam tanah
yang memainkan salah satu peranan paling penting, yaitu mengubah nitrogen atmosfer (N2,
atau nitrogen bebas) menjadi nitrogen dalam persenyawaan/ nitrogen tertambat yang
melibatkan peran mikroba tertentu. Bakteri yang mampu mengikat N2 bebas adalah genus
Rhizobium, tetapi hanya dapat hidup jika bersimbiosis dengan tanaman dari suku
Leguminoceae. Bakteri Rhizobium merupakan mikroba tanah yang mampu mengikat nitrogen
bebas di udara menjadi ammonia (NH3) yang akan diubah menjadi asam amino yang
selanjutnya menjadi senyawa nitrogen yang diperlukan tanaman untuk tumbuh dan
berkembang. Bila unsur N cukup tersedia bagi tanaman maka kandungan klorofil pada daun
akan meningkat dan proses fotosintesis juga meningkat sehingga asimilat yang dihasilkan lebih
banyak, akibatnya pertumbuhan tanaman lebih baik.Tanaman dan kebanyakan mikroba tidak
mempunyai cara untuk mengikat nitrogen menjadi senyawa dalam selnya. Tanaman dan
mikroba umumnya mendapatkan nitrogen dari senyawa seperti ammonium dan nitrat dalam
tanah. Untuk memanfaatkan nitrogen dalam bentuk gas, pakar bioteknologi memusatkan
perhatiannya pada hubungan antara tanaman dengan jenis mikroba tertentu yang dapat
menambat nitrogen dari udara dan menyusun atom nitrogen ke dalam molekul ammonium,
nitrat, atau senyawa lain yang dapat digunakan oleh tumbuhan. Beberapa keuntungan dapat
diperoleh dengan memanfaatkan kelompok bakteri penambat nitrogen sebagai pupuk hayati.
Menurut Khairul (2001) dalam Surtiningsih et al. (2009), pemanfaatan bakteri Rhizobium:
Pemanfaatannya Sebagai Bakteri Penambat Nitrogen Ramdana Sari dan Retno
Prayudyaningsih tersebut tidak mempunyai bahaya atau efek samping. Selain itu, efisiensi
penggunaan dapat ditingkatkan tanpa menimbulkan bahaya pencemaran terhadap lingkungan,
harga yang relatif murah, dan menggunakan teknologi yang cukup sederhana. Salah satu
bakteri tanah yang mempunyai peran penting dalam penambatan N2 bebas dari udara
sehingga menjadi senyawa nitrogen yang bermanfaat bagi pertumbuhan tanaman
adalah Rhizobium.

Sumber : Info Teknis EBONI Vol. 12 No.1, Juli 2015: 51 – 64.

 Permasalahan yang dapat diidentifikasi adalah:

1. Mengapa bakteri dari genus Rhizobium hanya dapat hidup jika bersimbiosis dengan
tanaman dari suku Leguminoceae dalam mengikat N2 bebas?

2. Bagaimana cara bakteri genus rhizobium dalam mengikat molekul nitrogen bebas? Dan
bagaimana proses konversinya

3. Bagaimana proses asimilasi nitrogen?

4. Bagaimana aktivitas bakteri rhizobium dalam mengikat nitrogen bebas di udara?

5. Apa pengaruh ketersediaan unsur N dalam proses fotosintesis tumbuhan?

6. Bagaimana proses atau cara bakteri Rhizobium dalam pemanfaatannya sebagai bakteri
penambat nitrogen?

Mengorganisasi dalam belajar kelompok

Bentuklah kelompok yang terdiri dari maksimal 5 orang anggota. Lalu berdiskusilah untuk
menyelesaikan permasalahan yang diberikan!

Melakukan penyelidikan

Diskusikan dengan kelompok kalian mengenai:

a. Rumusan Masalah:
b. Solusi yang saudara tawarkan dalam bentuk berpikir secara kreatif dan keterampilan
kolaborasi.
 Mengembangkan/Menyajikan Hasil Diskusi
Tuliskan penjelasan hasil diskusi anda dibawah ini!

1.

1. Bakteri Rhizobium adalah salah satu contoh kelompok bakteri yang mampu menyediakan hara
bagi tanaman. Apabila bersimbiosis dengan tanaman legum, kelompok bakteri ini akan
menginfeksi akar tanaman dan membentuk bintil akar di dalamnya. Rhizobium hanya dapat
memfiksasi nitrogen atmosfer bila berada di dalam bintil akar dari mitra legumnya.

Bakteri Rhizobium merupakan mikroba yang mampu mengikat nitrogen bebas yang berada di
udara menjadi ammonia (NH3) yang akan diubah menjadi asam amino yang selanjutnya menjadi
senyawa nitrogen yang diperlukan tanaman untuk tumbuh dan berkembang, sedangkan
Rhizobium sendiri memperoleh karbohidrat sebagai sumber energi dari tanaman inang.

Bakteri Rhizobium bersifat kemoorganotropik, yaitu dapat menggunakan berbagai karbohidrat

dan garam-garam asam organik sebagai sumber karbonnya. Organisme ini memiliki ciri khas
yaitu mendorong akar tanaman kacang-kacangan untuk memproduksi bintil-bintil akar yang
menjadikan bakteri sebagai simbiosis intraseluler. Kehadiran bakteri pada bintil-bintil akar
sebagai bentuk pleomorfik di mana secara normal termasuk dalam fiksasi nitrogen atmosfer ke
dalam suatu bentuk penggabungan yang dapat dimanfaatkan oleh tanaman inang.

Bakteri Rhizobium memiliki keunikan dibanding mikroorganisme tanah lainnya dalam

kemampuannya bersimbiosis dengan tanaman legum untuk menambat N2. Bakteri Rhizobium
secara umum termasuk golongan heterotrof, yaitu sumber energinya berasal dari oksidasi
senyawa-senyawa organik seperti sukrosa dan glukosa. Dengan demikian, untuk mendapatkan
senyawa organik tersebut, bakteri membutuhkan tanaman inang. Bakteri Rhizobium memperoleh
makanan berupa mineral, gula/karbohidrat dan air dari tanaman inangnya, sedangkan bakteri
memberi imbalan berupa nitrogen yang ditambatnya dari atmosfer. Bakteri Rhizobium
mendapatkan karbohidrat dalam jaringan akar, sedangkan tumbuhan memanfaatkan sebagian
bahan bernitrogen yang dibuat oleh bakteri dari nitrogen dalam udara yang ada di atas partikel
tanah. Simbion menjadikan tumbuhan pasangan simbiosisnya sebagai sumber nitrogen yang
berharga untuk tanah (Sari & Prayudyaningsih, 2015).

Sumber:

Sari, R., & Prayudyaningsih, R. (2015). Rhizobium: Pemanfaatannya Sebagai Bakteri Penambat
Nitrogen. Info Teknis EBONI, 12(1), 51–64.
2. Bakteri Rozhobium sebagai salah satu contoh kelompok bakteri yang berkemampuan sebagai
penyedia hara bagi tanaman. Apabila bersimbiosis dengan tanaman legum, kelompok bakteri ini
akan menginfeksi akar tanaman dan membentuk bintil akar. Bakteri Rhizobium bersimbiosis
dengan tanaman legum, kelompok bakteri ini akan menginfeksi akar tanaman dan membentuk
bintil akar di dalamnya. Bakteri Rhizobium hanya dapat memfiksasi nitrogen atmosfer bila
berada di dalam bintil akar dari mitra legumnya. Bentuk bakteri (rhizobia) dalam satu sel akar
yang mengandung nodul aktif (bila dibelah melintang akan terlihat warna merah muda hingga
kecoklatan dibagian tengahnya) disebut bakteroid. Pemanfaatan Rhizobium sebagai inokulan
dapat meningkatkan ketersediaan Nitrogen bagi tanaman, yang dapat mendukung peningkatan
produktivitas tanaman kacang-kacangan. Kemampuan Rhizobium dalam menambat nitrogen dari
udara dipengaruhi oleh besarnya bintil akar dan jumlah bintil akar. Semakin besar bintil akar
atau semakin banyak bintil akar yang terbentuk, maka semakin besar nitrogen yang ditambat.
Awalnya bakteri Rhizobium akan menginfeksi tanaman inang. Sebelumnya tanaman inang akan
mengeluarkan senyawa protein spesifik yaitu inducer sebagai signal yang dikenal oleh bakteri.
Selanjutnya untuk pembelahan sel inang, bakteri akan mengeluarkan senyawa lipo-oligosakarida.
Jika antara inang dan bakteri terjadi kecocokan, maka bakteri akan memperbanyak diri di dalam
sel akar (bacteroid). Sel akar yang mulai terinfeksi akan membengkak membentuk bintil-bintil.
Leghemoglobin akan melapisi struktur di antara sel inang dan bacteroid yang berfungsi untuk
pengikatan nitrogen. Nitrogen bebas di udara akan diikat oleh Leghemoglobin, kemudian
mengubah gas nitrogen tersebut menjadi gas amoniak (NH3) atau bisa disebut proses fiksasi.
Setelah proses fiksasi, bakteri kemudian akan mengubah amoniak tersebut dalam bentuk
ammonium (NH4+) atau yang disebut dengan proses amonifikasi. Dilanjutkan dengan proses
nitrifikasi yang dibantu oleh enzim nitrogenase yang dihasilkan oleh bakteri. Pada proses ini
akan ada dua tahap, yaitu ammonium menjadi nitrit (NO2-) dan nitrit (NO2-) menjadi nitrat
(NO3-). Tahap terakhir dari siklus nitrogen yaitu proses asimilasi. Proses yang terjadi adalah
bakteri akan mengubah nitrat (NO3-) menjadi asam amino yang dapat diserap oleh tumbuhan
(Adnyana, 2014).

Sumber: Adnyana, G. M. (2014). Mekanisme Penambatan Nitrogen Udara oleh Bakteri

Rhizobium Menginspirasi Perkembangan Teknologi Pemupukan Organik yang Ramah
Lingkungan. Agrotrop: Journal on Agriculture Science, 2(2), 145–149.

3. Tumbuhan menyerap nitrogen dari tanah dalam bentuk nitrat (NO 3 -) dan amonium (NH 4 +).
Di tanah aerobik, nitrifikasi dapat terjadi, nitrat biasanya merupakan bentuk utama nitrogen
tersedia yang diserap. Namun di beberapa tempat amonia lebih dominan tersedia seperti di
padang rumput dan di tanah anaerobik yang tergenang air seperti sawah . Akar tumbuhan dapat
mempengaruhi kelimpahan berbagai bentuk nitrogen dengan cara mengubah pH dan
mengeluarkan senyawa organik atau oksigen. Hal tersebut mempengaruhi aktivitas mikroba
seperti konversi nitrogen berbagai spesies bakteri nitrogen, pelepasan amonia dari bahan organik
di dalam tanah dan fiksasi nitrogen oleh bakteri non-pembentuk bintil.
Ion amonium diserap oleh tumbuhan melalui pengangkut amonia. Nitrat diambil oleh beberapa
pengangkut nitrat yang menggunakan gradien proton yang mendorong terjadinya perpindahan
molekul. Nitrogen diangkut dari akar ke pucuk melalui xilem dalam bentuk nitrat, amonia
terlarut, dan asam amino. Biasanya (tetapi tidak selalu) Sebagian besar reduksi nitrat dilakukan
di tajuk sementara akar hanya mereduksi Sebagian kecil nitrat yang diserap menjadi amonia.
Amonia (diserap dan disintesis) disintesis ke dalam asam amino melalui jalur sintetase glutamin-
sintase glutamat (GS-GOGAT). Hampir semua amonia di akar biasanya disintesis ke dalam asam
amino di akar. Sejumlah besar ion amonium diangkut dalam xilem untuk difiksasi di tajuk. Hal
ini dilakukan untuk menghindari pengangkutan senyawa organik ke akar hanya untuk membawa
nitrogen kembali sebagai asam amino.

Reduksi nitrat dilakukan dalam dua langkah. Nitrat pertama-tama direduksi menjadi nitrit (NO 2
- ) di dalam sitosol oleh enzim nitrat reduktase menggunakan NADH atau NADPH. Nitrit
kemudian direduksi menjadi amonia dalam kloroplas ( plastida di akar) oleh enzim nitrit
reduktase yang bergantung pada ferredoxin. Pada jaringan fotosintetik, reduksi terjadi
menggunakan isoform ferredoxin (Fd1) yang direduksi oleh fotosistem I, sedangkan pada akar
menggunakan bentuk ferredoxin (Fd3) yang memiliki potensial negatif lebih rendah dan dapat
mudah direduksi oleh NADPH. Dalam jaringan non fotosintetik, NADPH dihasilkan oleh
glikolisis dan jalur fosfat pentosa.

Dalam kloroplas, glutamin sintetase memasukkan amonia sebagai gugus amida glutamin
menggunakan glutamat sebagai substrat. Glutamat sintase ( Fd-GOGAT dan NADH-GOGAT )
mentransfer gugus amida ke molekul 2-oksoglutarat yang menghasilkan dua glutamat.
Transaminasi lebih lanjut dilakukan untuk membuat asam amino lain (paling sering asparagine )
dari glutamin. Enzim glutamat dehidrogenase (GDH) tidak memainkan peran langsung dalam
asimilasi, tetapi melindungi fungsi mitokondria selama periode metabolisme nitrogen tinggi dan
mengambil bagian dalam remobilisasi nitrogen.

4. Bakteri Rhizobium dalam mengikat nitrogen bebas di udara yaitu dengan menginfeksi
akar tanaman dan membentuk bintil akar di dalamnya. Rhizobium hanya dapat memfiksasi
nitrogen atmosfer bila berada di dalam bintil akar dari mitra legumnya. Kehadiran bakteri pada
bintil-bintil akar sebagai bentuk pleomorfik di mana secara normal termasuk dalam
fiksasi nitrogen atmosfer ke dalam suatu bentuk penggabungan yang dapat dimanfaatkan oleh
tanaman inang. Semua galur bakteri bintil akar menunjukkan afinitas terhadap inang. Suatu
pigmen merah yang disebut leghemoglobin dijumpai dalam bintil akar antara bakteroid dan
selubung membran yang mengelilinginya. Jumlah leghemeglobin di dalam bintil akar
memiliki hubungan langsung dengan jumlah nitrogen yang difiksasi. Bintil akar merupakan
bengkakan jaringan akar tumbuhan yang berisi bakteri. Bakteri tersebut mendapatkan
karbohidrat dalam jaringan akar, sedangkan tumbuhan memanfaatkan sebagian
bahan bernitrogen yang dibuat oleh bakteri dari nitrogen dalam udara yang ada di atas partikel
tanah. Simbion menjadikan tumbuhan pasangan simbiosisnya sebagai sumber nitrogen yang
berharga untuk tanah. Waktu mulai terbentuknya nodul/bintil akar berbeda - beda untuk tiap
jenis tumbuhan inang. Bakteroid membutuhkan sejumlah energi untuk membentuk tenaga
reduksi (misalnya NDPH2 , feredoksin) dan ATP untuk mengendalikan reaksi. Energi
didapatkan dari fotosintat tanaman inang. Sukrose, glukose, dan asam-asam organik
ditranslokasikan ke dalam nodul dan oksidasi dari bahan-bahan ini menghasilkan energi
(fosforilasi oksidatif). Proses respirasi ini membutuhkan sejumlah oksigen, yang diikat oleh
leghaemoglobin di sekitar bakteroid. Mekanisme kerjanya sama dengan leghaemoglobin yang
terdapat pada darah mamalia yaitu sebagai pembawa oksigen yang dibutuhkan untuk proses
respirasi. Enzim nitrogenase, yang mengkatalis reduksi N2 terdiri atas dua komponen yaitu
protein Fe-Mo dan protein Fe-S. Hasil akhir dari reaksi reduksi N2 adalah amonia (NH3 )
melalui hasil antara berupa senyawa diimida dan hidrasin. Amonia (NH3) tersebut
selanjutnya akan diubah menjadi asam amino yang akan menjadi senyawa nitrogen yang
diperlukan tanaman untuk tumbuh dan berkembang.

Sumber : Sari, Ramdana, dan Retno Prayudyaningsih. 2015. Rizhobium: Pemanfaatannya

sebagai Bakteri Penambat Nitrogen. Info Teknis EBONI Vol. 12 No.1: 51 – 64.

5. Unsur N biasanya digunakan dalam bahan pembuatan pupuk tanaman. Unsur N yang diserap
tanaman biasanya lebih banyak menghasilkan asam amino yang berfungsi meningkatkan ukuran
sel-sel daun muda. Hal inienunjukkan bahwa semakin tinggi posisi daun maka semakin besar
pengaruh pemupukan N terhadap ukuran daun. Peningkatan nitrogen akan meningkatkan ukuran
daun tanaman namun menurunkan kualitas atau mutu tanaman. Apabila nitrogen terbatas maka
daun bagian atas tanaman berwarna hijau kekuningan sedangkan apabila nitrogen meningkat
maka warna daun bagian atas menjadi lebih hijau. Tingginya unsur N yang diterima tanaman
juga mempengaruhi pertumbuhan daun. Semakin tinggi unsur N yang terkandung pada tanaman
maka semakin cepat pula pertumbuhan daun pada tanaman. Kondisi daun yang dapat tumbuh
dengan cepat menyebabkan daun tanaman saling menaungi yang berpengaruh terhadap cahaya
yang diterima oleh tanaman sehingga tanaman merespon dengan memperpanjang batang untuk
mendapatkan cahaya dengan posisi daun yang lebih tinggi. Tanaman membutuhkan unsur N
untuk melakukan proses-proses metabolisme terutama pada masa vegetatif. Unsur N berfungsi
untuk meningkatkan pertumbuhan pada daerah aktif pertumbuhan. Tanaman yang kekurangan
nitrogen akan mengalami pertumbuhan akar yang terbatas berbeda dengan tanaman yang
mendapat nitrogen cukup akan mengalami pertumbuhan akar dengan baik. Keadaan ini akan
menguntungkan tanaman karena dengan semakin besarnnya volume akar yang dimiliki tanaman
maka jangkauan akar juga semakin luas, sehingga mengakibatkan pengambilan unsur hara dan
air oleh tanaman dapat lebih banyak. Unsur hara dan air dimanfaatkan tanaman sebagai substrat
fotosintesis tanaman, dan hasil fotosintesis (fotosintat) akan digunakan untuk pertumbuhan
tanaman.

6. Konversi N2 dari udara menjadi amonia dimediasi (dibantu) oleh enzim nitrogenase.
Banyaknya N2 yang dikonversi menjadi amonia sangat tergantung pada kondisi fisik, kimia, dan
biologi tanah. Ketersediaan sumber energi (C-organik) di lingkungan rizosfir merupakan faktor
utama yang menentukan banyaknya nitrogen yang dihasilkan. Penambahan sisa-sisa tanaman
(biomassa) sebagai sumber C ke dalam tanah memacu perkembangan populasi bakteri penambat
N. Ini menjelaskan mengapa jumlah nitrogen yang ditambat oleh bakteri bervariasi di tiap
tempat tergantung pada ketersediaan energi dan kemampuan bakteri penambat N bersaing
dengan mikroba lain yang hidup dan perkembang- biakannya juga bergantung kepada sumber
energi yang sama. Mekanisme penambatan nitrogen secara biologis dapat digambar- kan melalui
persamaan di bawah ini. Dua molekul amonia dihasilkan dari satu molekul gas nitrogen dengan
menggunakan 16 molekul ATP dan pasokan elektron dan proton (ion hidrogen). N2 + 8 H+ + 8
e- + 16 ATP = 2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi Reaksi ini hanya dilakukan oleh bakteri
prokariot, menggunakan suatu kompleks enzim nitrogenase. Enzim ini mengandung dua
molekul protein yaitu satu molekul protein besi dan satu molekul protein molibden- besi. Reaksi
ini berlangsung ketika molekul N2 terikat pada kompleks enzim nitrogenase. Protein Fe mula-
mula direduksi oleh elektron yang diberikan oleh ferredoksin. Kemudian protein Fe reduksi
mengikat ATP dan mereduksi protein molibden-besi, yang memberikan elektron kepada N2,
sehingga menghasilkan NH=NH. Pada dua daur berikutnya proses ini (masing-
masing membutuhkan elektron yang disumbangkan oleh ferredoksin) NH=NH direduksi
menjadi H2N-NH2, dan selanjutnya direduksi menjadi NH3. Tergantung pada jenis mikrobanya,
ferredoksin reduksi yang memasok elektron untuk proses ini diperoleh melalui fotosintesis,
respirasi atau fermentasi.

Sumber : Sari, Ramdana, dan Retno Prayudyaningsih. 2015. Rizhobium: Pemanfaatannya

sebagai Bakteri Penambat Nitrogen. Info Teknis EBONI Vol. 12 No.1: 51 – 64.

Mengevaluasi Proses Pemecahan Masalah

Berilah kesimpulan apa yang saudara dapatkan pada materi hari ini!

Kesimpulan yang dapat kelompok kami ambil adalah nitrogen adalah unsur yang diperlukan
untuk membentuk senyawa penting di dalam sel, di antaranya protein, DNA dan RNA.
Sementara itu, keberadaan dan ketersediaan senyawa nitrogen dalam tanah sangat terbatas,
terlebih dari sifat senyawa nitrogen yang mudah hilang (leaching). Bakteri Rhizobium
merupakan mikroba tanah yang mampu mengikat nitrogen bebas di udara menjadi ammonia
(NH3) yang akan diubah menjadi asam amino yang selanjutnya menjadi senyawa nitrogen yang
diperlukan tanaman untuk tumbuh dan berkembang.