Museum soekarno berada di kawasan Danau Limboto, tepatnya di Desa Iluta Kecamatan
Batudaa, Kabupaten Gorontalo. Desa Iluta merupakan pintu masuk ke wilayah Kabupaten
Gorontalo dari Kota Gorontalo, tidak jauh dari tapal batas wilayah Desa Iluta terdapat cagar
budaya atau situs rumah pendaratan Soekarno tersebut yang berdekatan dengan dermaga
pendaratan pesawat amfibi dan catalina.
Lokasi cagar budaya ini sangat strategis yakni terletak di tepi jalan arah Kota Gorontalo
dan Batudaa, jaraknya sekitar ± 10 Km dari pusat Kota Gorontalo. Bangunan situs sejarah ini
telah ada sekitar tahun 1936 yang merupakan peninggalan tentara Belanda, lalu dijadikan rumah
persinggahan Presiden Soekarno sekitar tahun 1950 dan 1956 untuk mengkampanyekan
kemerdekaan Indonesia. Selama 30 tahun lebih kondisi dermaga pendaratan pesawat amphibi
dan rumah persinggahan Presiden Soekarno tersebut terbengkalai dan tidak terurus, hingga
Pemerintah Provinsi Gorontalo memperbaiki dan menambahkan fasilitas ditempat yang sangat
bersejarah ini, seperti area parkir, taman, toilet, dan gazebo yang dibangun di sekitar dermaga
pendaratan. Bangunan tersebut telah diperbaiki dengan ukuran 5x15 Meter untuk dilestarikan,
demikian pula dermaganya yang telah diperbaiki. Pada 29 Juni 2002 rumah pendaratan pesawat
amphibi itu diresmikan Presiden RI ke-5 Megawati Soekarno Putri, ketika itu Presiden Megawati
berkesempatan mengunjungi Gorontalo dalam rangka pelaksanaan hari keluarga nasional.