M.

K Bioteknologi Hasil Perairan Hari/tanggal: Senin, 15 November 2021

TUGAS RESUME JURNAL

ANNISA DIAH LIKANDI

C34190065
Putative and Unique Gene Sequence Utilization for the Design of
Species Specific Probes as Modeled by Lactobacillus plantarum

Microorganism sources :
Lactobacillus plantarum

Genetic engineering method:

Species specific DNA probes

Materials and tools :

Bakteri asam laktat, stafilokokus, dan streptokokus strain dipindahkan dari stok
beku ke Lactobacilli deMan Rogosa dan Sharpe agar. Fragmen dari produk PCR
csh dari L. plantarum, diamplifikasi menggunakan primer/dasaran yaitu CSHup
dan CSH146 yang terdiri dari 50-AGAAATGCTCAAGTATCGCCACAA-30,
digunakan untuk menghasilkan probe berlabel digoxigenin (DIG). Dasar untuk
urutan gen yang akan diduga dan memiliki karakteristik yang unik, dirancang
menggunakan Lasergene PrimerSelect (DNASTAR, Inc., Madison, WI).
Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan kromosom DNA dari
Lactobacillus plantarum LA0219 sebagai templat (10 lg/mL), yang diekstraksi
menggunakan komersial kit pemurnian DNA genom.

Expression result :
Konsep memanfaatkan putatif dan sekuens gen yang unik untuk mendesain probe
spesifik spesies telah diuji. Profil kelimpahan fungsi yang ada dalam genom
Lactobacillus plantarum digunakan untuk meng-identifikasi urutan gen yang
diduga dan unik, yaitu csh. Gen yang ditargetkan (csh) digunakan sebagai
template untuk amplifikasi PCR dan konstruksi non-radioaktif probe berlabel
DIG. Probe turunan csh membantu dalam identifikasi L. plantarum awal dan
cepat dari kultur campuran dengan hibridisasi koloni. Metode dijelaskan di sini
untuk identifikasi L. plantarum dengan cepat juga dapat diterapkan untuk deteksi
cepat bakteri lain jika sekuens gen unik dapat diidentifikasi dari sekuens genom
lengkapnya.

DAFTAR PUSTAKA
Diaz PIM. 2013. Putative and unique gene sequence utilization for the design of
species specific probes as modeled by Lactobacillus plantarum. Current
Microbiology. 66(3):266-270