Abnormalitas utama dari perkembangan suatu encephalocele adalah defek mesodermal yang

berakibat defek pada calvarium dan dura yang berhubungan dengan herniasi cairan serebrospinal,
jaringan otak, dan meninges melalui defek tersebut. Akar penyebabnya adalah kegagalan
permukaan ektoderm berpisah dengan neuroektoderm pada perkembangan embriologik. Pada
calvarium, mungkin terdapat defek pada proses induksi pembentukan tulang atau erosi penekanan
akibat massa intracranial. Defek pada dasar tengkorak mungkin berhubungan dengan kegagalan
penutupan neural tube atau kegagalan ossifikasi basilar.

a. Gangguan perkembangan Neuropor anterior pada ujung sefalik dari neural tube seharusnya
menutup pada ketinggian foramen sekum pada tulang frontal sekitar 24 hari masa
perkembangan. Kegagalan neuropor  untuk menutup biasanya menghasilkan malformasi
letal dan aborsi spontan, berbeda dengan kegagalan neuropor posterior untuk menutup
yang menyebabkan myeloschisis. Kelainan ini biasa jadi suatu anensefali, eksensefali,
akrania, kranioskisis, kraniorakiskisis jika tulang belakang ikut terlibat, yang ditemukan pada
hampir 50% kasus. Sifat utama dari defek ini ialah bahwa lipatan neural sefalik terpapar
dengan cairan amnion karena dura, kranium,dan kulit gagal untuk membungkus jaringan
saraf. Otak akan membentuk massa berupa jaringan saraf yang protrusi yang mengalami
degenerasi selama masa gestasi sehingga hanya terdapat massa hemoragik dari parut glia,
ependima, pleksus koroid, elemen saraf dan meninges saat kalahiran (anensefali). Kegagalan
neural tube untuk menutup mungkin dapat menjelaskan terjadinya anensefali, namun tidak
dapat menjelaskan encefalokel dimana tidak terdapat bukti terjadinya disrafisme otak.
b. Teori hidrodinamik  Teori ini menduga bahwa encephalocele terjadi karena distensi tabung
neural yang berlebihan akibat keterlambatan terjadinya permeabilitas pada atap ventrikel ke
empat sehingga akhirnya tetap meninggalkan celah. Namun teori ini juga tidak dapat
menjelaskan kejadian detail mekanisme kejadian bentuk disrafisme kranial dan spinal yang
lain.  Neuroskisis Teori ini dipublikasikan oleh St. Hillare dimana menjelaskan bahwa
terbentuk semacam bleb pada tabung neural yang telah menutup, dan selama
penyembuhannya perlengketan antara ektoderm kulit dan neuroektoderm mencegah
mesoderm membentuk kranium yang normal sehingga terbentuklah celah pada kranium
yang dilewati menings dan otak yang mengalami herniasi.
c. Herniasi sekunder  Teori ini menyatakan bahwa defek cranial terbentuk sebelum terjadinya
perkembangan hemisfer otak yang berkumpul di bagian posterior dan tentorium dan sinus-
sinus dura ke posisi normalnya. (Ilmu bedah. 2011)