Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–

https://doi.org/10.17221/251/2020-

Peran genetika molekuler dalam pemuliaan hewan: A

minireview Jitka Kyselová1 , Ladislav Tich1,2, Kateřina Jochová1,2
1
Institut Ilmu Hewan, Praha, Republik
2
CekoUniversitas Ilmu Kehidupan Ceko Praha, Praha, Republik Ceko
Penulis koresponden : kyselova.jitka@vuzv.cz

Kutipan: Kyselová J., Tich L., Jochová K. (2021): Peran genetika molekuler dalam pemuliaan hewan: Tinjauan mini. Ceko J.
Anim. Sci., 66: 107–111.

Abstrak: Pendekatan pemuliaan hewan saat ini sangat terkait dengan perkembangan metode dan teknik genetika
molekuler yang canggih. Perluasan seleksi genom di seluruh dunia dapat dicapai dengan identifikasi penanda DNA
genetik dan penerapan teknologi microarray (“chip”). Kemajuan lebih lanjut dikaitkan dengan metode sekuensing generasi
berikutnya, platform genotipe throughput tinggi, teknik pengeditan genom yang ditargetkan, dan studi mekanisme
epigenetik. Perkembangan teknologi “omics” yang luar biasa, seperti genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik dan
metabolomik, telah memungkinkan prediksi genomik individu dari kinerja hewan, identifikasi gen penyebab penyakit dan
biomarker untuk pencegahan dan pengobatan dan kualitatif keseluruhan kemajuan dalam produksi hewan.

Kata kunci: variasi nomor salinan; ontologi gen; asosiasi genom-lebar; lokus sifat kuantitatif; RNASeq; SNP
 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–

https://doi.org/10.17221/251/2020-
Pendahuluan

Genetika molekuler dapat berkontribusi pada sifat kompleks dengan mengidentifikasi gen penyebab,
memahami mekanisme regulasi ekspresi gen, mengidentifikasi jaringan dan jalur genetik dan memahami peran
struktur dan mekanisme genom "lain", misalnya, variasi struktural , microRNAs, metagenome dan epigenome
(Simianer 2019).
Pengurangan biaya pengurutan dan pembuatan algoritma perakitan seluruh genom yang canggih
mempercepat jumlah organisme yang berhasil diurutkan. Genom referensi dari semua spesies hewan ternak
tersedia melalui NCBI Reference Sequence Database (RefSeq). Rilisan terakhir ARS-UCD1.2 (sapi),
Oar_rambouillet_1.0 (domba), ARS1 (kambing), dan Sscrofa 11.1 (babi) merupakan hasil kolaborasi ekstensif
antara

kelompok akademis dan konsorsium internasional. Proyek 1000 Banteng Genom internasional yang sukses
mengurutkan seluruh genom dari 234 individu sapi dan memberikan komunitas ilmiah sejumlah besar data
tentang varian polimorfisme nukleotida tunggal (SNP). Proyek ini memungkinkan pembuatan database varian
urutan dari pendiri breed modern untuk studi asosiasi genome-wide (GWAS) tingkat skala besar dan
penggunaan data ini untuk dengan cepat mengidentifikasi mutasi yang penting bagi kesehatan, kesehatan dan
kinerja (Daetwyler et al. 2014).
Data RefSeq dapat digunakan sebagai set referensi untuk memasukkan sekuens seluruh genom dalam set
data individu kawanan dengan genotipe susunan SNP untuk memungkinkan genotipe hemat biaya untuk
estimasi nilai pemuliaan genom. Illumina (San Diego, CA, USA) adalah penyedia layanan sekuensing dan
genotipe terkemuka dan telah bekerja sama dengan

dukungan kelembagaan yang didukung oleh Kementerian Pertanian Republik Ceko (MZE-RO0718).
 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–

https://doi.org/10.17221/251/2020-
ety konsorsium internasional untuk mengembangkan Infinium BeadChips dengan ribuan lokus SNP yang
mewakili keragaman genetik. Chip BovineHD adalah susunan genotip seluruh genom terlengkap yang
menampilkan 777 962 SNP yang secara seragam menjangkau seluruh genom sapi. Selain itu, panel genotipe
SNP kambing internasional 50K, chip OvineSNP50 dengan lebih dari 54.000 SNP dan chip PorcineSNP60
dengan lebih dari 62.000 SNP memungkinkan interogasi variasi genetik di seluruh genom untuk setiap breed
untuk melakukan studi keseluruhan genom yang komprehensif. .
Basis data lokus sifat kuantitatif hewan (QTL) adalah sumber daya genom penting lainnya yang berisi total
190.838 QTL atau asosiasi dari 2.293 publikasi untuk lebih dari 690 sifat berbeda pada sapi, ayam, kuda, babi,
dan domba. QTLdb hewan berusaha untuk mengumpulkan semua data pemetaan sifat yang tersedia untuk
umum, yaitu, QTL (fenotipe/ekspresi, eQTL), gen kandidat dan data GWAS, dan variasi nomor salinan (CNV)
yang dipetakan ke genom hewan ternak, untuk memudahkan pencarian dan perbandingan penemuan di dalam
dan di antara spesies. Alat database terus dikembangkan untuk menyelaraskan berbagai data pemetaan sifat ke
fitur genom berbasis peta, seperti gen beranotasi (www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/ indeksx).

“Pemuliaan molekuler” dan anotasi fungsional genom

Munculnya genomik sebagai suatu disiplin ilmu pada tahun 1980-an mengarah pada konsep seleksi
berbantuan penanda, di mana varian genetik dan gen yang mempengaruhi sifat kuantitatif penting pertanian
diidentifikasi dan digunakan untuk meningkatkan respon genetik. Pencarian global untuk QTL dimulai di
semua spesies ternak. Lokus kuantitatif dengan efek besar pada sifat-sifat penting secara ekonomi pada awalnya
dipetakan dengan analisis keterkaitan dan kemudian studi asosiasi genom (Georges et al. 2019).
Sebuah studi oleh Cai et al. (2019) dapat dianggap sebagai contoh pendekatan kompleks untuk identifikasi
gen kandidat penyebab. Dalam studi ini, 15.551.021 SNP ditemukan terkait dengan indeks kesuburan betina
pada 5.038 sapi Nordic Holstein, dan QTL pada enam kromosom diidentifikasi. Gen terdekat dengan hit
GWAS, analisis berbasis gen, dan informasi ketidakseimbangan linkage

digunakan untuk menghasilkan daftar kandidat gen potensial yang mempengaruhi fertilitas pada sapi.
Informasi sebelumnya tentang gen yang terkait dengan kesuburan diperoleh dari istilah Ontologi Gen,
Ensiklopedia Kyoto analisis jalur Gen dan Genom, database fenotipe mamalia, dan data RNASeq yang tersedia
untuk umum dan digunakan untuk memperbaiki daftar kandidat gen yang terkait dengan kesuburan. Anotasi
varian digunakan untuk menyelidiki mutasi kandidat dalam gen kandidat yang diprioritaskan. Gen kandidat
dengan relevansi biologis untuk masing-masing dari tujuh QTL ini diusulkan berdasarkan berbagai sumber
informasi.
Pendekatan lain menggunakan chip domba kustom untuk genotipe SNP yang terletak di wilayah QTL yang
dikenal untuk resistensi mastitis. Sebuah studi asosiasi tindak lanjut didasarkan pada catatan fenotipik kejadian
mastitis klinis dan indikatornya, yaitu, jumlah sel susu somatik, jumlah bakteri yang layak dalam susu, dan uji
mastitis California. Gugus gen fungsional resistensi mastitis telah dikonfirmasi, dan 14 kandidat gen relevan
yang terlibat dalam imunitas bawaan telah diidentifikasi dalam wilayah yang dianalisis (Banos et al. 2017).
Aguilar dkk. (2017) mengidentifikasi wilayah genomik dengan penanda CNV menggunakan chip komersial
klasik Illumina BovineHD Bead Chip. Analisis asosiasi mengkonfirmasi hubungan yang signifikan antara
CNV dan nilai pemuliaan untuk skor sel somatik pada populasi Holstein. Gen kandidat yang termasuk dalam
jalur biologis fungsional dari inisiasi inflamasi, respon imun, stres, dan kematian sel diidentifikasi di wilayah
ini. Kombinasi analisis deteksi/asosiasi CNV berdasarkan dua algoritma berbeda membantu mengidentifikasi
gen yang terkait dengan perubahan fenotip dalam jumlah sel somatik.
Komposisi lemak intramuskular (IMF) dan asam lemak adalah karakteristik yang digunakan sebagai
indikator penting untuk evaluasi daging berkualitas tinggi dan berkontribusi pada manfaat ekonomi dari
produksi daging. Dalam sebuah studi oleh Kim et al. (2019), pemetaan halus QTL dari kromosom 12
dilakukan pada populasi persilangan F2 dari persilangan antara babi asli Yorkshire dan Korea dengan
mengadopsi metode gabungan keterkaitan dan ketidakseimbangan keterkaitan menggunakan chip SNP densitas
tinggi. Lokus sifat kuantitatif untuk IMF dan asam oleat (C18:1) terletak di dalam kromosom 12. Selain itu, 31
gen kandidat dalam wilayah QTL IMF dan 28 kandidat gen dalam wilayah QTL C18:1
 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–

https://doi.org/10.17221/251/2020-
dipilih. Untuk memahami fungsi gen kandidat ini pada tingkat molekuler, gen-gen ini secara fungsional
dikategorikan berdasarkan ontologi gen dan analisis jaringan dan jalur.
Menurut sebuah studi oleh Killeen et al. (2014), gen yang diekspresikan secara berbeda (DEG) adalah gen
kandidat potensial untuk identifikasi perubahan genetik yang mempengaruhi kesuburan sapi yang dapat
dimasukkan dalam program pemuliaan di masa depan. Analisis microarray dari jaringan endometrium
mendeteksi 419 DEG dan mengukur perbedaan kesuburan, yang berpotensi mempengaruhi fungsi endometrium
rahim. Penulis menekankan bahwa mekanisme molekuler yang dijelaskan dapat mempengaruhi keberhasilan
fertilisasi dan indikator reproduksi pemuliaan dengan mengontrol fungsi endometrium.
Sandri dkk. (2015) menggunakan teknologi microarray expression profiling untuk mempelajari seluruh
transkriptom leukosit dalam darah tepi sapi Holstein dan Simental laktasi sehat dengan nilai pemuliaan (BV)
yang berbeda untuk kandungan protein susu. Jalur metabolisme dan imunologi spesifik yang terkait dengan BV
tertentu telah diidentifikasi. Perbandingan gen yang diekspresikan secara berbeda dengan berbagai BV menjadi
pendekatan yang menjanjikan untuk identifikasi respons molekuler yang terkait dengan sifat produksi.
Untuk menentukan jalur molekuler yang terkait dengan variabilitas genetik pada lemak intramuskular,
Albrecht et al. (2016) membandingkan transkriptom musculus longissimus dorsi ototbanteng Hitam Jepang dan
sapi jantan Holstein-Friesian. Sebanyak 569 DEG telah diidentifikasi, dan mayoritas (433) DEG diregulasi pada
breed sapi Jepang yang dicirikan oleh kapasitas ekstrim untuk menyimpan lemak intramuskular. Data penelitian
ini disimpan dalam repositori yang dapat diakses publik dari database NCBI Gene Expression Omnibus.
Profil transkriptom RNASeq paru-paru babi dalam dua ras babi sebagai respons terhadap Mycoplasma
hyopneumoniae infeksimengidentifikasi 2 250 dan 3526 DEG pada babi Jiangquhai dan Duroc yang terlibat
dalam jalur yang relevan dengan kekebalan, termasuk interaksi reseptor sitokin-sitokin dan pensinyalan
kemokin. Fungsi biologis DEG penting ini memerlukan konfirmasi tambahan dan dapat digunakan sebagai
penanda molekuler untuk meningkatkan kesehatan babi (Ni et al. 2019).
MicroRNAs (miRNAs) adalah RNA noncoding kecil yang terlibat dalam regulasi ekspresi gen. Wicik dkk.
(2016) mengidentifikasi berbagaimiRNA
https://doi.org/10.17221/251/2020-CJAS

molekulyang mempengaruhi perkembangan kelenjar susu pada breed sapi perah versus daging. Hasil analisis
microarray disempurnakan oleh PCR kuantitatif, yang menurutnya 54 miRNA yang diekspresikan secara
berbeda pada sapi dara mengatur jalur pensinyalan perkembangan kelenjar susu. Data ini menunjukkan bahwa
potensi perkembangan yang signifikan dari kelenjar susu pada sapi perah, yang mengarah pada produktivitas
susu yang tinggi, tergantung pada pola spesifik ekspresi miRNA.
Proyek Anotasi Fungsional dari Genom Hewan adalah inisiatif internasional yang baru dikembangkan yang
secara global mengoordinasikan anotasi fungsional di seluruh spesies peliharaan. Penemuan fungsi gen yang
terkait langsung dengan sifat-sifat penting secara ekonomi pada hewan pertanian akan memfasilitasi
identifikasi penanda biokimia dan genetik yang dapat diindeks dalam program perbaikan genetik. Tugas
berikut diperlukan:

1. Katalog ekspresi gen.

2. Menghubungkan gen untuk berfungsi.
3. Temukan dan eksploitasi faktor epigenetik.
4. Standarisasi kerangka kerja untuk data genom fungsional.

Teknologi transkriptomik, proteomik, dan metabolisme yang lebih baik diperlukan untuk sepenuhnya
menjembatani kesenjangan antara sekuens DNA dan fenotipe, untuk membantu mengidentifikasi gen, protein,
dan modifikasi epigenetik yang mengendalikan berbagai fenotipe dan untuk menentukan perubahan DNA yang
bertanggung jawab atas berbagai fenotipe (Rexroad dkk. 2019).

Apakah pengeditan genom masa depan pembiakan hewan?

 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–
Teknologi pengeditan genom berada di garis depan alat baru dalam pemuliaan hewan. Kemajuan teknologi
https://doi.org/10.17221/251/2020-
semakin cepat; meningkatkan efisiensi, menghilangkan pengeditan yang tidak sesuai target, dan
memperkenalkan acara pengeditan multipleks dapat membuat penggunaan teknologi lebih praktis dalam
program seleksi ternak (Fleming et al. 2018). Inovasi dalam sistem penyuntingan gen, seperti nuklease jari
seng (ZFNs), nuklease efektor seperti aktivator transkripsi, dan sistem pengulangan palindromik pendek
(CRISPR)/CRISPR-associated 9 (Cas9) yang terinterspasi secara teratur telah meningkatkan efisiensi secara
dramatis. siensi produksirekayasa genetika (RG)

babi(Ryu et al. 2018). Penggunaan endonuklease yang direkayasa ini memberikan keberhasilan yang lebih
tinggi dalam modifikasi genetik dan kesempatan untuk memperkenalkan modifikasi spesifik lokasi selama
embriogenesis, sehingga melewati kebutuhan untuk transfer inti sel somatik. Pengeditan genom yang berhasil
digunakan untuk menghasilkan sapi Holstein yang disurvei (Carlson et al. 2016) dan untuk mengganggu gen
myostatin dan fibroblast growth factor 5 pada kambing (Wang et al. 2015) untuk meningkatkan kinerja hewan.
Kalds dkk. (2020) menyebutkan bahwa genom ovine dan caprine telah direkayasa menggunakan sistem
berbasis CRISPR untuk banyak tujuan, seperti generasi breed pertanian unggul, ekspresi agen terapeutik di
kelenjar susu, dan pengembangan model hewan untuk studi tentang kelainan genetik manusia dan kedokteran
regeneratif. Dalam sebuah studi oleh Bi et al. (2020), MSTN mutasi frameshiftpada ekson 2 diperkenalkan ke
babi Meishan dengan teknologi zinc finger nuclease (ZFN).diedit nuklease seng MSTNBabi Meishan/−
yangberhasil diproduksi dengan metode kloning transfer inti sel somatik. Hasil
pemotongan menunjukkan bahwa hasil daging tanpa lemak meningkat sebesar
16,53% pada sekitar 80 kg (berusia 10 bulan) MSTN/− Meishan ditabur dibandingkan
dengansesuai
rekan-rekan tipe liar yang.
Namun demikian, generasi hewan transgenik sangat merepotkan dan mahal; hanya sedikit konstruksi transgen
yang berguna yang tersedia, dan banyak konsumen takut pada organisme yang dimodifikasi secara genetik.
Jenko dkk. (2015) mengusulkan strategi yang menggabungkan pengeditan genom dengan seleksi genom
(promosi alel dengan pengeditan genom; HALAMAN). Banteng pada awalnya dipilih berdasarkan perkiraan
nilai pemuliaan genomik mereka. Sebelum diseminasi, genom banteng diedit untuk menghasilkan sejumlah
varian penyebab untuk menghasilkan alel yang menguntungkan homozigot. Dalam kondisi optimal,
diperkirakan bahwa PAGE dapat meningkatkan respons genetik 2–4 kali lipat dibandingkan seleksi genom saja
(Georges et al. 2019).

Kesimpulan

Perkembangan luar biasa di bidang genetika molekuler dan sumber daya genomik dalam beberapa tahun
terakhir telah memungkinkan perubahan yang signifikan dalam paradigma pemuliaan hewan klasik. Saat ini,
kombinasi canggih dari data silsilah dan
https://doi.org/10.17221/251/2020-CJAS

ge SNP-notyping telah memberikan kemajuan genetik yang dipercepat bagi pemulia dalam kawanannya.
Anotasi gen fungsional sehubungan dengan kesehatan hewan dan sifat-sifat penting secara ekonomi akan lebih
memperluas penerapan penanda genetik dalam program perbaikan genetik. Meskipun teknologi penyuntingan
genom hewan masih memiliki keterbatasan yang sulit diatasi, teknologi ini diharapkan dapat menjadi strategi
pertanian yang penting untuk meningkatkan kesejahteraan hewan dan produksi pangan global di masa depan.

Konflik kepentingan

Para penulis menyatakan tidak ada konflik kepentingan.

 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–
REFERENSI https://doi.org/10.17221/251/2020-

Aguilar MD, Ponce SIR, Lopez FJR, Padilla EG, Pelaez CGV, Bagnato A, Strillacci MG. Studi asosiasi genom-lebar untuk skor
sel somatik susu pada sapi holstein menggunakan variasi jumlah salinan sebagai penanda. J Anim Breed Genet. 2017
Februari;134(1):49-59.
Albrecht E, Komolka K, Ponsuksili S, Gotoh T, Wimmers K, Maak S. Pembuatan profil transkriptom Musculus longissimus
dorsi di dua breed sapi dengan deposisi lemak intramuskular yang berbeda. Data Genom. 2016 1 Maret;7:109-11.
Banos G, Bramis G, Bush SJ, Clark EL, McCulloch MEB, Smith J, Schulze G, Arsenos G, Hume DA, Psfidi A. Arsitektur
genomik resistensi mastitis pada domba perah. Genom BMC. 2017 16 Agustus;18(1): [18 hal.].
Bi H, Xie S, Cai CH, Qian L, Jiang S, Xiao G, Li B, Li X, Cui W. Mutasi frameshift pada gen myostatin oleh zinc-finger
nucleases menghasilkan peningkatan massa otot yang signifikan pada babi Meishan . Ceko J Anim Sci. 2020 31
Mei;65(5):182-91.
Cai ZX, Guldbrandtsen B, Lund MS, Sahana G. Memprioritaskan gen kandidat untuk fertilitas pada sapi perah menggunakan
analisis berbasis gen, anotasi fungsional, dan ekspresi gen diferensial. Genom BMC. 2019 Des 1;20(1): [9 hal.]. Carlson DF,
Lancto CA, Zang B, Kim ES, Walton M, Oldeschulte D, Seabury C, Sonstergard TS, Fahrenkrug SC.
Produksi sapi perah tanpa tanduk dari garis sel yang diedit genom. Nat Bioteknologi. 2016 Mei 6;34(5):479-81.
Daetwyler HD, Capitan A, Pausch H, Stothard P, Van Binsbergen R, Brondum RF, Liao X, Djari A, Rodriguez SC, Grohs C,
Esquerre D, Bouchez O, Rossignol MN, Klopp Ch, Rocha D, Fritz S , Eggen A, Bowman PJ, Coote D, Chamberlain AJ,
Anderson Ch, VanTassell CP,
 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–

https://doi.org/10.17221/251/2020-
Hulsegge I, Goddard ME, Guldbrandtsen B, Lund MS, Veerkamp RF, Boichard DA, Fries R, Hayes BJ. Urutan seluruh genom
dari 234 sapi jantan memfasilitasi pemetaan sifat monogenik dan kompleks pada sapi. Nat Gent. 2014 Juli 13;46(8):858-65.
Fleming A, Abdalla EA, Maltecca C, Baes CF. Tinjauan yang diundang: Teknologi reproduksi dan genomik untuk
mengoptimalkan strategi pemuliaan untuk kemajuan genetik pada sapi perah. Arsip Anim Breed. 2018 Jan 23;61(1):43-57.
Georges M, Charlier C, Hayes B. Memanfaatkan informasi genomik untuk perbaikan ternak. Nat Rev Genet. 2019 Mar;20(3):135-
56.
Jenko J, Gorjanc G, Cleveland MA, Varshney RK, Whitelaw CBA, Woolliams JA, Hickey JM. Potensi promosi alel dengan
pengeditan genom untuk meningkatkan sifat kuantitatif dalam program pemuliaan ternak. Gent Pilih Evol. 2015 Des;47(1): [4
hal.].
Kalds P, Gao YW, Zhou SW, Cai B, Huang XX, Wang XL, Chen YL. Mendesain ulang genom ruminansia kecil dengan toolkit
CRISPR: Tinjauan dan perspektif. Teriogenologi. 2020 15 April;147:25-33.
Killeen AP, Morris DG, Kenny DA, Mullen MP, Diskin MG, Waters SM. Ekspresi gen global pada endometrium sapi dara
dengan fertilitas tinggi dan rendah selama fase pertengahan luteal dari siklus estrus. Genom BMC. 2014 Des;15(1): [18 hal.]. Kim
S, Lim B, Kim K, Do K. Pemetaan halus QTL untuk komposisi lemak dan asam lemak
intramuskular menggunakan susunan chip SNP kepadatan tinggi pada SSC12 pada populasi babi asli Korea × Yorkshire F2.
Ceko J Anim Sci. 2019 9 April; 64(4):180-8.
Ni LG, Song CY, Wu XS, Zhao XT, Wang XY, Li BC, Gan Y. RNA-seq transkriptom profiling paru-paru babi dari dua ras babi
sebagai respons terhadap infeksi Mycoplasma hyopneumoniae. rekanJ. 2019 Okt 21;7: [21 hal.].
Rexroad C, Vallet J, Matukumalli LK, Reecy J, Bickhart D, Blackburn H, Boggess M, Cheng H, Clutter A, Cockett N, Ernst C,
Fulton JE, Liu J, Lunney J, Neibergs H, Purcell C,
 Rev Czech Journal of Animal Science, 66, 2021 (04): 107–
https: //doi.org/10.17221/251/2020-CJAS https://doi.org/10.17221/251/2020-
Smith TPL, Sonstegard T, Taylor J, Telugu B, Van Eenennaam A, Van Tassell CP, Wells K, Martin A, Murdoch B, Sayre B,
Keel B, Schmidt C, Hostetler C, Seabury C, Tuggle C, Elsik C, Gill C, Ciobanu D, Bailey D, Hamernik D, Grings E, Connor
E, Rohrer G, Plastow G, Rosa G, Zhou HJ, Koltes J, Decker J, Weller J, Woodward-Greene J, Steibel J, Long J, Lee K, Kuehn
L, Worku M, Salem M, McCue M, Serao N, Riggs P, Sponenberg P, Schnabel R, Brooks S, Fernando S, McKay S, Schmitz-
Esser S, White S, Lamont S, Kurt T, Palti Y. Genom hingga fenomena: Meningkatkan kesehatan, produksi, dan kesejahteraan
hewan – Cetak biru USDA baru untuk penelitian genom hewan 2018–2027. Gen depan. 2019 Mei 16;10: [29 hal.].
Ryu J, Prather RS, Lee K. Penggunaan teknologi penyuntingan gen
untuk memperkenalkan modifikasi yang ditargetkan pada babi. J Anim Sci Biotechnol. 2018 Jan;9(1): [10 hal.].
Sandri M, Stefanon B, Loor JJ. Profil transkriptome darah utuh pada sapi laktasi Holstein Italia dan Simmental Italia yang
berbeda untuk manfaat genetik protein susu. Ilmu Susu J. 2015 1 Sep;98(9):6119-27.
Simianer H. Dapatkah genetika molekuler membantu meningkatkan pemuliaan untuk sifat-sifat kompleks? [abstrak]. Dalam:
Buku abstrak37ke- Konferensi Internasional Masyarakat untuk Genetika Hewan; 2019 7-12 Juli; Lleida, Spanyol [Kampanye,
IL, AS]: ISAG; 2019. hal. 1.
Wang X, Yu H, Lei A, Zhou J, Zeng W, Zhu H, Dong Z, Niu Y, Shi B, Cai B, Liu J, Huang S, Yan H, Zhao X, Zhou G, He X,
Chen X, Yang Y, Jiang Y, Shi L, Tian X, Wang Y, Ma B, Huang X, Qu L, Chen Y. Generasi kambing yang dimodifikasi gen
yang menargetkan MSTN dan FGF5 melalui injeksi zigot sistem CRISPR/Cas9. Sci Rep. 2015 10 Sep;5(1): [9 hal.].
Wicik Z, Gajewska M, Majewska A, Walkiewicz D, Osin- ska E, Motyl T. Karakterisasi profil microRNA di jaringan susu sapi
perah dan sapi. J Anim Breed Genet. 2016 Februari;133(1):31-42.

Diterima: 1 Oktober 2020

Diterima: 3 Februari 2021
GENETIKA MOLEKULER DAN SELEKSI TERNAK
Pendekatan, peluang, dan risiko

John L. Williams
Department of Genomics and Bioinformatics, Roslin Institute (Edinburgh), Roslin, Midlothian, Scotland EH25 9PS, UK.

Abstrak: Setelah domestikasi, ternak dipilih baik secara alami melalui adaptasi terhadap lingkungannya maupun oleh manusia
sehingga dapat memenuhi kegunaan tertentu. Karena metode seleksi menjadi lebih canggih, kemajuan pesat telah
dibuat dalam meningkatkan sifat-sifat yang mudah diukur. Namun, seleksi juga mengakibatkan penurunan
keragaman. Dalam beberapa kasus, breed yang lebih baik telah menggantikan breed lokal, dengan resiko hilangnya
ciri-ciri kelangsungan hidup yang penting. Munculnya genetika molekuler memberikan kesempatan untuk
mengidentifikasi gen yang mengontrol sifat-sifat tertentu dengan pendekatan pemetaan gen. Namun, seperti halnya
seleksi, studi pemetaan awal berfokus pada sifat-sifat yang mudah diukur. Di mana genetika molekuler dapat
memainkan peran yang berharga dalam produksi ternak adalah dengan menyediakan sarana untuk memilih secara
efektif sifat-sifat yang sulit diukur. Mengidentifikasi gen yang mendukung sifat-sifat tertentu membutuhkan populasi
di mana sifat-sifat ini memisahkan. Untungnya, beberapa populasi eksperimental telah dibuat yang memungkinkan
berbagai sifat dipelajari. Pekerjaan pemetaan gen dalam populasi ini telah menunjukkan bahwa peran gen tertentu
dalam mengendalikan variasi dalam sifat tertentu dapat bergantung pada latar belakang genetik. Temuan kedua adalah
bahwa alel yang paling menguntungkan untuk suatu sifat mungkin sebenarnya ada pada hewan yang berkinerja buruk
untuk sifat tersebut. Dalam jangka panjang, pengetahuan tentang gen yang mengendalikan sifat tertentu, dan cara
mereka berinteraksi dengan latar belakang genetik, akan memungkinkan introgresi antara breed dan perakitan
genotipe yang paling cocok untuk lingkungan tertentu, menghasilkan hewan dengan karakteristik yang diinginkan.
Jika digunakan dengan bijak, pendekatan ini akan mempertahankan keragaman genetik sambil meningkatkan kinerja
pada berbagai sifat yang diinginkan.
73
HPS Makkar dan GJ Viljoen (eds.), Aplikasi Teknologi Berbasis Gen untuk
Meningkatkan Produksi dan Kesehatan Hewan di Negara Berkembang, 73-88.
© 2005 IAEA. Dicetak di Belanda.
74 JL Williams

1. PENDAHULUAN

Sapi pertama kali didomestikasi sekitar 12.000 tahun yang lalu (Grigson, 1989; Loftus et al., 1994;
Bradley et al., 1998), dan sekarang ada lebih dari 1.200 juta sapi di seluruh dunia yang menyediakan sumber
makanan, kekuatan motif dan pakaian. Untuk berkembang biak, sapi secara alami beradaptasi dengan
lingkungan setempat. Peningkatan populasi lokal kemudian dicapai dengan pembiakan selektif, yang pada
awalnya dilakukan di tingkat lokal dengan menggunakan sejumlah kecil pejantan bersama. Pemuliaan
selektif ini mengarah pada pengembangan hewan dengan fenotipe karakteristik yang sesuai dengan
penggunaan dan lingkungan lokal, yang kemudian diidentifikasi sebagai breed. Pada tahun 1993 terdapat
783 breed sapi yang diakui di seluruh dunia (FAO, 1993). Keragaman fenotipe yang luas yang ditunjukkan
oleh berbagai breed memberikan peluang untuk pemilihan hewan dengan produksi yang lebih baik, sesuai
dengan kebutuhan dan kegunaan lokal.

1.1 Perbaikan versus keragaman genetik

Perbaikan breed telah ditingkatkan selama beberapa tahun terakhir dengan penggunaan inseminasi buatan
dan pengembangan metode statistik untuk memaksimalkan perolehan genetik. Program seleksi, ditambah
dengan perbaikan dalam manajemen, telah menghasilkan peningkatan dramatis dalam sifat-sifat produksi
sederhana yang dapat dengan mudah diukur. Akibatnya, di mana lingkungan ekonomi mendukung pertanian
input tinggi, telah terjadi peningkatan dramatis dalam produksi susu dan daging yang dihasilkan dari
peningkatan stok. Konsekuensi yang tidak menguntungkan adalah pengurangan keragaman genetik, baik di
dalam breed-breed yang ditingkatkan, karena individu-individu unggul lebih disukai digunakan sebagai stok
pemuliaan, dan juga melalui perpindahan breed-breed tradisional yang “tidak berkembang”. Yang terakhir
adalah penyebab keprihatinan yang lebih besar di daerah yang kurang berkembang dan lingkungan yang
kurang disukai. Breed tradisional sering beradaptasi untuk berkembang di lingkungan lokal mereka,
misalnya dengan peningkatan toleransi suhu yang ekstrim, atau dalam menghadapi penyakit tertentu atau
tantangan parasit. Dengan mengganti breed lokal dengan stok yang lebih baik, diharapkan produksi akan
meningkat, ketika pada kenyataannya upaya untuk memperkenalkan breed sapi perah yang lebih baik ke
beberapa daerah telah menemui konsekuensi bencana. Penggantian stok lokal yang diadaptasi untuk bertahan
hidup dalam menghadapi tantangan penyakit, dengan stok yang peka terhadap penyakit dapat berarti
hilangnya basis resistensi penyakit yang dikendalikan secara genetik yang tidak dapat diperbaiki. Resistensi
genetik alami memungkinkan stok untuk bertahan hidup tanpa memerlukan tindakan perlindungan yang
mahal. Daerah di mana resistensi ini sangat penting adalah mereka yang tidak memiliki sumber daya untuk
memberikan perawatan veteriner ekstensif yang diperlukan untuk mempertahankan "meningkatkan", tetapi
penyakit-