Aplikasi Asam Nukleat

Kesehatan

Terapi Gen
Terapi
gen
adalah
teknik
untuk
memperbaiki gen-gen mutan yang
bertanggung jawab terhadap terjadinya
suatu
penyakit,
memungkinkan
terjadinya pengobatan atau perbaikan
suatu penyakit genetik yang terjadi
karena mutasi atau kerusakan gen
dengan memasukan gen ke dalam sel
pasien sebagai pengganti

Cara kerja Terapi gen

Menggantikan gen yang bermutasi dengan sel
baru
Memperbaiki gen yang bermutasi
Menambahkan gen pada sel
Menambahkan gen sehat pada sel yang tidak
lengkap
Menambahkan gen pada sel kanker agar menjadi
peka terhadap kemoterapi
Menambah gen pada sel kanker agar mudah
dikenali dan dihancurkan oleh sistem kekebalan
tubuh.

Cara Memasukan Gen ke

dalam Sel
Ex vivo
Sel dari sejumlah organ atau jaringan (kuit,
sistem hemopoletik, hati) atau jaringan
tumor diambil dari pasien kemudian di
biakkan dalam laboratorium. Selama
pembiakkan, sel tersebut dimasukkan gen
tertentu untuk terapi penyakit. Kemudian
diikuti dengan reinfusi atau reimplementasi
sel penderita untuk di transduksi ke pasien.

 In vivo
Terapi
in
vivo
dilakukan
dengan
menyuntikkan virus pembawa gen ke
dalam tubuh penderita. Virus tersebut
telah
diprogram
sehingga
dapat
mencari danmenyerang sel yang dituju.
Terapi ini dilakukan untuk organ yang
selnya tidak melakukan pembelahan
terus menerus seperti sel paru-paru,
otak, dan jantung.

Manfaat Terapi gen

Terapi gen dapat berperan bagi
penyembuhan beberapa penyakit seperti
penyakit hemofilia atau memperlambat
pertumbuhan pertumbuhan kanker. Terapi gen
dapat digunakan dengan mensubstitusikan gen
pembuat protein yang rusak. Terapi gen juga
berpotensi untuk menyembuhkan dan merawat
Muscular dystrophy atau kelainan genetik yang
ditandai dengan progresif pemborosan dan
kelemahan otot.

Kelemahan Terapi Gen

Seorang pasien yang menerima terapi gen mungkin

menghadapi resiko yang membahayakan. Salah satu resiko
besar adalah virus vektor atau cara memberikan gen untuk
sel dapat menyebabkan infeksi atau peradangan jaringan,
dan pengenalan virus dapat memulai penyakit lain. Resiko
lain adalah bahwa gen baru mungkin diperkenalkan di
posisi yang salah dalam DNA sehingga menyebabkan
mutasi genetik yang merusak DNA atau bahkan kanker.
Selain itu terdapat kemungkinan gen yang masuk secara
tidak sengaja diperkenalkan ke sel reproduksi sehingga
perubahan akan berlanjut ke keturunan.

Vaksinasi Genetik/Vaksinasi
DNA
Vaksinasi
DNA
adalah
teknik
perlindungan dari penyakit dengan cara
menginjeksi sel dengan DNA yang telah
di rekayasa genetiknya sehingga sel
secara langsung menghasilkan antigen
dan respon protektif imunologi. Vaksin
DNA menggunakan plasmid bakteri
sebagai vektornya.

Mekanisme
Sebuah vektor plasmid yang
mengekspresikan protein yang dibutuhkan
dibawah kendali promotor yang tepat
disuntikkan ke dalam kulit atau otot taget.
Protein yang diproduksi secara endogen
kemudian diolah secara intraseluler menjadi
peptida antigenik kecil oleh enzim protease
target. Peptida kemudian dimasukkan ke
dalam RE.

Mekanisme (cont.)
Dalam RE, peptida mengikat molekul MHC kelas
I (Major Histocompability Complex, protein
esensial yang dibutuhkan untuk mendeteksi
molekul asing) dan di keluarkan pada
permukaan sel dalam konteks MHC kelas I. hal
tersebut merangsang CTL (Cytotoxic T Cell)
membangkitkan imunitas seluler. CTL
menghambat virus melalui dua cara; sitolisis
dari sel yang terinfeksi dan nonsitolisis seperti
produksi sitokin.

Metode Injeksi
Injeksi Air Garam / Saline Injection
Tembakan Gen / Gene Gun

Saline Injection
Injeksi ini biasa dilakukan secara
intramuskular dengan jarum
hypodermic pada otot rangka atau
intradermal dengan mengirimkan DNA
ke ruang ekstraseluler. Hal ini dibantu
dengan sementara merusak serat-serat
otot dengan miotoksin atau larutan
hipertonik seperti air garam atau
sukrosa.

Gene Gun
Gene gun bertujuan untuk
mempercepat DNA plasmid yang
telah terserap oleh mikropartikel ke
sel target menggunakan helium yang
dikompres sebagai akseleran.

Dosis
Metode injeksi menentukan jumlah dosis yang
dibutuhkan. Suntikan air garam membutuhkan
variabel DNA 10g-1mg. Sedangkan gene gun
membutuhkan DNA sekitar 0.2g-20g. Suntikan air
garam membutuhkan lebih banyak DNA karena DNA
akan dikirim ke ruang ekstraseluler sehingga harus
melewati hambatan seperti lamina basal dan jaringan
ikat. Sedangkan tembakan gen membombardir DNA
langsung ke dalam sel. Jumlah tersebut juga
disesuaikan dengan spesie yang di tuju.

Respon Imun
Respon sel T-Helper
Jenis bantuan T-helper dipengaruhi oleh metode injeksi
dan jenis imunogen yang tampak, serta penargetan
kompartemen limfoid yang berbeda. Injeksi saline
cendering menginduksi respon TH1 sedangkan gene
gun menimbulkan respon TH2. polarisasi sel T
membantu dalam memengaruhi respon alergi dan
penyakit autoimun. Pada menyakit autoimun,
polarisasi sel T bertujuan untuk mengubah respon TH1
yang merusak menjadi tidak merusak.

Respon Imun (cont.)

Respon CTL (Cytotoxic T-cell)
Vaksin DNA dapat merangsang limfosit T
(CTL) tanpa resiko terkait dengan
vaksin hidup. Penargetan antigen untuk
degradasi intraseluler dengan
penambahan urutan sinyal terbukti
efektif meningkatkan respon CTL.

Kelebihan Vaksinasi DNA

Kelebihan
Vektor plasmid dapat dibangun dan diproduksi dengan
cepat dan urutan coding dapat dimanipulasi dengan
berbagai cara.
Produksi dalam skala besar lebih cepat dan murah
dibanding vaksin tradisional.
Dapat memberikan rangsangan untuk respon imun
pada penderita hepatitis B dan C dan AIDS.
Kekurangan
Keterbatasan mikroba yang digunakan karena banyak
mikroba yang plasmidnya terbentuk dari polisakarida.

Rekayasa
Genetika

Genetically Modified Organism

(GMO)
GMO adalah organisme yang secara
genetik telah direkayasa untuk
mendukung
ekspresi
sifat-sifat
fisiologis yang dibutuhkan. Teknik
yang
digunakan
adalah
DNA
rekombinan dengan DNA dari spesies
yang tak terkait ke plasmid gen
target.

Pembuatan GMO
1. Mengidentifikasi
sifat
yang
dibutuhkan
2. Mengisolasi gen dengan sifat yang
dibutuhkan
3. Menyisipkan gen dengan sifat yang
diinginkan
4. Menumbuhkan GMO

Kelebihan GMO
Berpotensi mengandung gizi dan varian rasa lebih
banyak
Dapat menghilangkan sifat penyebab alergi
Resistensi organisme terhadap hama, gulma, dan
penyakit
Mampu berkembang pada kondisi iklim yang tidak
ideal
Ramah lingkungan karena lebih sedikit pestisida dan
herbisida yang dipakai
Lebih tahan lama sehingga dapat dikirim jarak jauh
dan disimpan lebih lama
Dapat tumbuh pada bidang yang kecil dan disesuaikan
dengan keberadaan lahan

Kelemahan GMO
Memiliki resiko respon gen yang salah sehingga
ekspresi gen tidak dapat dikendalikan
Tanaman yang resistan terhadap hama dan gulma
dapat menyebabkan super-hama dan super-gulma
yang lebih kuat sehingga membutuhkan bahan kimia
yang lebih keras
Penyerbukan asing tanaman normal dan transgenik
dapat menimbulkan masalah ekologi
Perusahaan transgenik mematenkan tanaman dan
bibit transgenik sehingga merugikan petani lokal

Kloning
Kloning
adalah
proses
reproduksi
aseksual untuk menciptakan replika
yang secara genetik sama persis
dengan induknya. Kloning dilakukan
dengan proses transfer inti sel somatik.
Transfer ini mengacu pada transfer inti
sel dari sel somatik ke sel telur yang
telah dibuang intinya.

Teknik Kloning
Teknik Roslin
Tahapan yang dilakukan adalah sel
somatik dibiarkan terus tumbuh dan
membelah sehingga kehilangan nutrisi,
kemudian sel ini didekatkan dengan sel
telur tak berinti yang kemudian
memanfaatkan listrik yang
memungkinkan akan berkembang
menjadi embrio.

Teknik Kloning (cont.)

Teknik Honolulu
Prinsip teknik ini adalahmenghapus inti dari
sel somatik yang kemudian dimasukkan
kedalam sel telur yang intinya telah
dihapus. Telur kemudian ditetesi larutan
kimia tertentu yang biasanya akan tumbuh
menjadi embrio. Hasil penelitian ini adalah
mengubah genetik hewan untuk
memproduksi organ transplantasi.

Jenis Kloning
Kloning DNA rekombinan
Prinsipnya
adalah
memindahkan
sebagian rantai DNA yang diinginkan
dari suatu organisme pada suatu
elemen replikasi genetik.
kloning reproduktif
Prinsipnya adalah menghasilkan hewan
yang identik dengan sel donor.

Jenis Kloning (cont.)

Kloning Terapeutik
Merupakan teknik kloning yang tujuannya
untuk memproduksi embrio manusia
yang nantinya dijadikan bahan
penelitian dalam menilai
perkembangan manusia serta
penyembuhan penyakit.

Kelebihan Kloning
Kloning memungkinkan untuk
mengambil bagian kecil dari organ
dan membuat organ baru
Membantu pasangan tidak subur
untuk memiliki anak dengan kualitas
dari kedua orang tuanya

Kelemahan Kloning
Efek samping dan respon gen dari
kloning belum diketahui
Timbulnya penyakit baru akibat
mutasi gen
Penolakan organ baru karena terjadi
mutasi

Forensik

DNA Fingerprinting / DNA

Profiling
DNA profiling adalah teknik yang
digunakan untuk mengidentifikasi
individu dengan karakteristik DNA. Profil
DNA adalah satu set kecil variasi DNA
yang berbeda pada semua individu
yang tidak berhubungan sehingga
menjadi ciri khas seseorang.
Pengaplikasian DNA profiling antara lain
adalah RFLP dan PCR.

Restriction Fragment Length

Polymorphism (RFLP)
RFLP adalah teknik pertama yang digunakan
untuk analisis DNA dalam ilmu forensik.
Teknik ini mengacu pada variasi dalam
urutan DNA yang terdeteksi melalui
elektroforesis gel. Pada RFLP panjang yang
berbeda dari fragmen DNA di analisis.
Fragmen ini berasal dari pencernaan sampel
NA dengan enzim restriksi endonuklease.

Restriction Fragment Length

Polymorphism (RFLP) (cont)
hasil RFLP menunjukan variasi dalam
jumlah VNTR (Varible Number Tandem
Repeats, merupakan sekuen DNA yang
berulang dan sangat berbeda tiap
individu) dari potongan kecil DNA. VNTR
ini berguna untuk menspesifikasi
keunikan individu yang dapat
diaplikasikan dalam Fingerprinting dan
uji keturunan.

Metode Deteksi RFLP

Southern Blotting
Fragmen DNA dari hasil pencernaan restriksi
endonuklease dapat dipisahkan dengan agarosa
atau polyacrylamide gel electrophoresis.
Fragmen DNA yang hancur akan di transfer ke
membran nitroselulosa. Fragmen dalam
membran akan di hibdridasi dengan beberapa
penguji. Lalu membran dicuci untuk
menghilangkan penguji yang tidak terhibdrisasi
dan lapisan yang terhibridasi akan terdeteksi
oleh autoradiografi.

Metode Deteksi RFLP (cont.)

Polymerase Chain Reaction (PCR)
Pada teknik ini, pecahan dari hasil pencernaan
restriksi endonuklease diperkeras sebanyak
sejuta-semilyar kali tergantung pada jumlah
siklus sintesis DNA pada enzim polimerase
saat suhu stabil, dan denaturasi untuk
memisakan rantai DNA yang baru disintesis.

Manfaat RFLP
RFLP memungkinkan para ilmuwan
untuk memetakan genom manusia
serta memberikan informasi tentang
penyakit genetik. Analisis RFLP
berguna untuk menemukan dimana
gen spesifik penyakit terletak pada
kromosom

Kelemahan RFLP
Analisis RFLP membutuhkan proses
yang lambat dan sampel yang besar
sekitar sebesar koin 1 pon.

Polymerase Chain Reaction

(PCR)
PCR adalah teknik yang digunakan untuk
memperbanyak sepotong salinan sepotong
DNA menjadi ratusan salinan urutan DNA
tertentu. Saat PCR berlangsung, DNA yang
dihasilkan digunakan sebagai template
untuk replikasi. PCR umumnya tidak
dianggap sebagai DNA rekombinan karena
tidak melibatkan pemotongan dan
penyisipan DNA.

Komponen PCR
Primer adalah sepotong pendek DNA yang
dibuat di laboratorium. Primer dibuat secara
bebas sehingga dapat memiliki urutan DNA
yang diinginkan. Dalam sebuah PCR, dua primer
dirancang untuk menyesuaikan dengan segmen
DNA yang ingin disalin. Melalui pasangan basa
komplementer, salah satu primer menempel
pada untaian atas salah satu ujung segmen dan
primer lainnya menempel pada ujung bawah.

Komponen PCR (cont)

DNA Polimerase adalah kompleks
alami dari protein yang berfungsi untuk
menyalin DNA sel sebelum membagi
dua. Ketika DNA polimerase bertemu
primer yang berpasangan dengan
sepotong DNA, DNA polimerase
menempel dekat ujung primer dan
mulai menambahkan nukleotida.

Komponen PCR (cont)

Nukleootida adalah
blok pembentuk DNA.
DNA polimerase meraih
nukleotida dan
menempel pada ujung
primer.

Proses PCR
1. Memisahkan DNA target menjadi dua
helai terpisah dengan denaturasi.
2. Mengikat primer dengan urutan DNA
sehingga siap disalin (annealing)
3. Membuat salinan DNA dengan
nukleotida yang ditambahkan oleh
DNA polimerase.

Aplikasi PCR
Mengisolasi DNA spesifik untuk membuat
proses hibridasi dan kloning DNA hanya
dengan sampel yang sedikit.
Dapat digunakan untuk analisis bukti
forensik dimana hanya tersedua sampel
yang sedikit.
Dapat menganalisis keberadaan penyakit
genetik, dan untuk tes kecocokan saat
transplantasi organ.

DNA Microarray
DNA microarray yang diketahui sebagai
DNA chip adalah kumpulan dari DNA
mikroskopis pada suatu permukaan datar.
Biochip ini digunakan untuk menentukan
apakah DNA dari individu tertentu
mengandung mutasi gen. chip dibuat dari
kaca yang dibungkus plastik. Setiap chip
berisi ribuan urutan DNA helai tunggal yang
pendek dan saling mengakumulasi menjadi
gen normal yang bersangkutan.

Protokol DNA Microarray

1.
2.
3.
4.
5.

Dua sampel yang akan dibandingkan dibiakkan terlebih

dahulu (sampel dan kontrol).
Asam nukleat kemudian dimurnikan (RNA atau DNA)
As. Nukleat yang dimurnikan kemudian diukur secara
kuantitatid dan kualitatif menggunakan Nanodrop, atau
Nanophotometer spectrometer.
Produk didapat dari transkripsi terbalik atau dengan PCR
opsional.
Produk sampel kemudian dicampur dengan larutan
hibdrisasi yang mengandung SDS (sodium dodesil sulfat),
SSC (asam sitrit), dekstran sulfat, Denhardts solution,
atau formanin.

Protokol DNA Microarray (cont)

6.

Campuran kemudian didenaturasi dan dimasukan ke

dalam lubang pada microarray kemudian disegel dan
dihibridasi dalam hyb oven ataupun dengam mixer.
7. Pengikat yang tidak spesifik dihilangkan.
8. Microarray dikeringkan dan di scan menggunakan
mesin berlaser untuk mengukur lever emisi dengan
detektor
9. Dihasilkan gambar dengan intensitas yang berbeda
10. Data mentah di normalkan

Daftar pustaka
http://britannica.com/science/DNA-fin
gerprinting
http://sitn.hms.harvard.edu
Lupa ndri