Sintesis Asam Nukleat

Meliputi :
Replikasi DNA
Transkripsi RNA
Sintesis Basa Nitrogen

REPLIKASI DNA

Model Replikasi DNA

Model Konservatif

Rantai ganda DNA induk langsung membentuk salinan

berupa rantai ganda DNA baru tanpa ada pemisahan rantai
ganda DNA induk terlebih dahulu.
Replikasi pertama menghasilkan dua rantai ganda DNA,
terdiri dari satu rantai ganda DNA induk dan satu rantai
ganda DNA yang benar-benar baru.
Pada replikasi kedua, masing-masing rantai ganda DNA
tersebut langsung membentuk salinan DNA yang baru lagi.
Akhirnya, menghasilkan empat buah DNA; satu DNA induk
dan 3 DNA baru.

Model Semi Konservatif

Rantai ganda DNA induk membuka atau memisah terlebih
dahulu sehingga terbentuk dua buah rantai tunggal DNA.
Masing-masing rantai tunggal tersebut berfungsi sebagai
cetakan untuk membentuk rantai tunggal DNA baru,
melalui pembentukan pasangan basa yang komplementer
dengan basa nitrogen DNA induk.
Masing-masing DNA terdiri dari satu rantai tunggal induk
dan satu rantai tunggal yang baru.
Pada replikasi kedua, masing-masing rantai ganda DNA
tersebut membuka kembali sehingga dihasilkan empat
buah DNA.
Dua buah DNA mengandung rantai tunggal induk dan dua
buah DNA yang lain merupakan rantai DNA baru.

 Model Dispersif
Rantai ganda DNA hasil replikasi pertama
maupun replikasi ke dua dari DNA induk
mengandung segmen campuran antara rantai
DNA induk dan rantai DNA baru.
Rantai ganda DNA salinannya terdiri dari dua
rantai tunggal DNA yang masing-masing
mengandung segmen (bagian atau potongan)
DNA induk dan segmen DNA baru.

Mekanisme Replikasi DNA

Inisiasi
Pada tahapan ini enzim Helicase memutus ikatan kimia
yang paling lemah yaitu ikatan hydrogen diantara basa
komplementer.
Hasil pemutusan ikatan hydrogen ini menghasilkan dua
DNA dengan rantai tunggal.
Masing-masing rantai untaian tunggal atau rantai
polinukleotida tersebut akan menjadi rantai dasar
(template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru.
Disaat helicase memisahkan untaian rantai DNA, masingmasing rantai DNA bereaksi dengan single-strand binding
protein agar masing-masing rantai tersebut menjadi stabil.

 Sintesis Primer
Untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada
sebagai template yang dibawa oleh DNA polimerase.
Pada tahap ini, DNA polimerase membutuhkan 3 gugus
hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer yang disediakan DNA primase yang
mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada.
segmen pendek tersebut disebut primer, dan terdiri dari 912 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform
yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA.
Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase
dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.

 Sintesis leading strand

Pada tahapan ini dilakukan proses konstruksi
rantai komplementer yang baru. Proses kontruksi
ini meliputi basa-basanya akan berikatan dengan
basa-basa yang ada di dalam rantai dasar
(template), yang berdasarkan aturan Chargaff,
akan berpasangan hanya dengan basa lain yang
merupakan pasangannya.

Sintesis lagging strand

Kedua rantai komplementer dari molekul DNA terorientasi
pada arah yang berlawanan dan DNA polimerase hanya
dapat mereplikasi dalam satu arah (hanya bekerja dari
ujung 5 ke ujung 3) sehingga muncul dua mekanisme
duplikasi dari rantai DNA.
Salah satu rantai direplikasi secara kontinu seiring dengan
proses pemisahan untaian rantai DNA, sementara itu rantai
yang lainnya tereplikasi secara diskontinu dalam arah yang
berlawanan dengan dibentuknya sepotong segmen DNA
yang disebut dengan fragmen Okazaki. Dalam setiap
fragmen okazaki mengandung RNA primer yang terseparasi

Penghapusan primer dan ligase

Selanjutnya fragmen ozaki tersebut akan terisi oleh
nuklotida dari DNA polymerase III dan RNA primer yang
telah terpasangkan pada tahapan awal digantikan dengan
DNA nukleotida yang benar oleh DNA polimerase I.
Setelah itu, DNA ligase menyematkan fosfat kedalam
segmen yang belum lengkap.
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan
dua molekul DNA yang persis sama dengan molekul DNA
asal.

 Terminasi
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus
yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik.
Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut,
sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat
terdekat

TRANSKRIPSI RNA

Mekanisme Transkripsi RNA

Inisiasi
Proses transkripsi dari molekul RNA dimulai dengan diurainya kedua untaian
dari molekul DNA. Pemisahan kedua untaian DNA pertama kali terjadi di
suatu tempat di dalam molekul DNA yang disebut dengan promoter.
Proses transkripsi ini mulai terjadi ketika RNA polimerase menyadari dan
mengikat daerah promotor yang terdapat dalam molekul DNA. RNA
polimerase melekat atau berikatan dengan promoter dibantu oleh adanya
faktor sigma.
Setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein (kofaktor-kofaktor).
Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan kofaktor-kofaktor ini
disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase
membuka rantai ganda DNA.
Setelah proses inisiasi terjadi maka faktor sigma akan berdisosiasi dari RNA
polimerase, bersama-sama dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru
disintesis), akan membentuk kompleks terneratau kompleks yang terdiri
atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner ini RNA polimerase
dapat berjalan di sepanjang molekul DNA.

Elongasi
Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan
memanjang seiring dengan pembentukan pasangan basa
nitrogen DNA pada ujung 3 nya.
Sehingga, proses elongasi RNA berlangsung dari arah 5 ke
3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari
arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA template.
Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan
basa nitrogen pada replikasi.
RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin
pada rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin,
guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan dengan
basa komplemennya masing-masing sesuai dengan
pengaturan pemasangan basa. Adenin berpasangan
dengan urasil dan guanin dengan sitosin.

 Terminasi
Selanjutnya dalam proses ini, primer RNA
dihapus dan nukleotida RNA digantikan
oleh nukleotida DNA oleh polimerase DNA
enzim.
Celah antara fragmen ditutup oleh enzim
DNA ligase.

Perbedaan Proses Transkripsi pada

Prokariotik dan Eukariotik

No
1

Replikasi DNA prokariotik

Hal ini terjadi di dalam sitoplasma

Replikasi DNA eukariotik

Hal ini terjadi di dalam nukleus

Hanya ada satu asal replikasi per molekul DNA Asal replikasi banyak (lebih dari 1000) dalam
setiap kromosom eukariotik

Asal replikasi terbentuk sekitar 100-200 atau Setiap asal replikasi terbentuk dari sekitar 150
lebih nukleotida
nukleotida

Replikasi DNA terjadi pada satu titik di setiap Replikasi DNA terjadi di beberapa titik secara
molekul DNA prokariotik
bersamaan di setiap kromosom.

Hanya dua cabang replikasi dibentuk di setiap Sejumlah cabang replikasi terbentuk secara
kromosom prokariotik replikasi, replikasi DNA bersamaan di setiap DNA replikasi.
adalah dua arah

kromosom prokariotik memiliki satu replikon

Satu replikasi gelembung terbentuk selama Banyak gelembung replikasi terbentuk dalam
replikasi DNA
satu molekul DNA bereplikasi.

Inisiasi replikasi DNA di prokariota dilakukan Inisiasi replikasi DNA dilakukan oleh protein
oleh DnaA protein dan DnaB
multisubunit

Enzim girase DNA diperlukan

10

Okazaki fragmen besar, 1000-2000 nukleotida Okazaki fragmen pendek, 100-200 nukleotida
panjang.
panjang.

11

Replikasi sangat cepat, ditambahkan sekitar Replikasi lambat, ditambahkan sekitar 100
2000 nukleotida per detik
nukleotida per detik

Molekul DNA eukariotik memiliki sejumlah

besar replikon (50.000 dan di atas), tetapi
replikasi tidak terjadi secara bersamaan pada
semua replikon

Enzim girase DNA diperlukan

Proses Pasca Transkripsi

Trimming
Proses ini menyebabkan residu
nukelotida dihilangkan dari 3 dan 5
akhir dari transkrip primer. Enzim
yang berperan dalam proses ini
adalah nuklease yang mengkatalisasi
hidrolisis dari ikatan fosfodiester
dalam asam nukleat.

 Splicing
Splicing merupakan proses pembuangan intron
dan penyambungan ekson.
RNA hasil transkripsi pada eukariot yang disebut
pre-RNA dikarenakan RNA hasil dari transkripsi
masih mengandung intron yang tidak
mengkodekan asam amino, sehingga perlu
dibuang.
Pada proses ini, intron akan dipotong oleh
spliceosome dan penyambungan ekson dilakukan
oleh enzim ligase

 Poliadenilasi dan Capping

Poliadenilasi adalah proses penambahan poliA (rantai
AMP) pada ujung 3 nukleotida mRNA. Fungsinya untuk
meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan
efisiensi translasinya.
Capping adalah penambahan tudung dari mRNA
berupa molekul 7-metilguanosin
Capping berfungsi untuk melindungi mRNA dari
degradasi, meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukelus ke
sitoplasma dan meningkatkan efisiensi prosessplicing

 Retrovirus
Retrovirus adalah virus yang membawa
transkripsi terbalik.
Virus ini dapat mengkonversi RNA mereka
menjadi salinan DNA.
Proses ini dikatalisis oleh enzim reverse
transcriptase. Kemudian DNA ini terintegrasi
kovalen ke dalam genom inang dengan
menggunakan enzim integrase, yang dikodekan
oleh reverse transcriptase.

Transkripsi balik dan

Retrovirus

Transkripsi Balik
Transkripsi balik (Reverse transcription) merupakan
proses kebalikan transkripsi yaitu mengkopi RNA
menjadi DNA. Transkripsi balik adalah proses yang
mentranskripsikan untai tunggal RNA menjadi DNA
komplemennya (cDNA) dengan katalisator enzim
reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim
RNAase Inhibitor.
Proses transkripsi balik dimulai ketika RNA dari
retrovirus memasuki sel inang, RNA genomik dari
retrovirus tersebut akan ditranskripsikan menjadi
DNA rantai ganda dan nantinya akan diinfeksikan ke
DNA inang

Mekanisme Transkripsi Balik

1. tRNA dari sebuah retrovirus akan berhibridisasi dengan sebuah
area komplementer yang disebut dengan primer binding site (PBS).
2. Sebuah segmen DNA diperpanjang dari tRNA berdasarkan pada
sekuens dari RNA genomik retrovirus.
3. Sekuens R dan U5 dari RNA virus akan dihapuskan oleh RNase H.
4. Lompatan pertama: DNA berhibridisasi dengan sekuens R yang
tersisa dari RNA virus di ujung 3
5. Sebuah rantai DNA diperpanjang dari ujung 3.
6. Hampir seluruh RNA virus dihapus oleh RNase H.

7. Rantai kedua dari DNA diperpanjang dari RNA virus

8. tRNA dan sisa dari RNA virus dihapuskan oleh RNase H.
9. Lompatan kedua: area PBS dari rantai kedua berhibridisasi dengan
area PBS dari rantai pertama
10. Perpanjangan pada kedua rantai.LTRmerupakan "long terminal
repeat".