NUKLEUS

• STRUKTUR ULTRA NUKLEUS

• FUNGSI NUKLEUS
• ASAM NUKLEAT DAN SINTESIS
PROTEIN

BIOSEL 2010 1
STRUKTUR ULTRA NUKLEUS

BIOSEL 2010 2
 • Berbentuk bulat
•Ukuran  5 µm
• Terbungkus oleh dua lapis membran (luar
& dalam)
• Terdapat nuclear pore complex
• Didalamnya terdapat nucleolus dan
matriks nucleus
• Mengandung sebagian besar gen

BIOSEL 2010 3
NUCLEAR PORE COMPLEXES

15 - 20
pores/
m2

BIOSEL 2010 4
DIAGRAM SKEMATIK NUKLEUS

BIOSEL 2010 5
BIOSEL 2010 6
STRUKTUR SELUDANG NUKLEUS

BIOSEL 2010 7
BAGIAN2 NUKLEUS

 Membran nukleus
 Nukleolus
 Nukleoplasma
 Kromatin

BIOSEL 2010 8
 • Seludang nukleus tersusun atas
membran luar, membran dalam dan
komplex pori-pori/lubang
• Antara membran luar dan dalam
terdapat rongga yang disebut perinuclear
compartement (40 nm)
• Perinuclear compartement berhubungan
langsung dengan cisternae dari RE

BIOSEL 2010 9
• Membran luar berhubungan langsung
dengan Ribosom dan RE
• Kompleks pori terdiri dari lubang/ pori
dan annulus
Diameter pori tersebut 80 - 90 nm
• Diameter kompleks pori 120 - 140 nm
• Annulus terdiri dari 8 membran protein

BIOSEL 2010 10
 Perinuclear
compartement

20 - 40 nm

BIOSEL 2010 11
NUKLEOLUS
 Nukleolus tidak bermembran
 Bentuk bulat, Ukuran  0,3 mikron
 Fungsi sintesa ribosom
 DNA r RNA
transkrip

BIOSEL 2010 12
NUKLEOPLASMA
 Sifat lebih kental dari sitoplasma
 Berisi butir-butir kromatin, nukleolus,
nukleoprotein
 Asam nukleat : DNA dan RNA
 Protein dan garam2 mineral

BIOSEL 2010 13
 Nukleoprotein
* Protamin, * Histon
* Non histon
* Enzim nukleus
DNA polimerase,
RNA polimerase
adenosin diaminase, guanase,
nukleofosforilase

BIOSEL 2010 14
KROMATIN
 Butir2 atau benang2 halus dalam nukleus
yg dapat mengikat zat warna basa
= basofil
 Mitosis : kromatin kromosom
 Kromatin terdiri dari DNA dan
Protein Histon, sbg teras

BIOSEL 2010 15
ASAM NUKLEAT DAN SINTESIS
PROTEIN

BIOSEL 2010 16
STRUKTUR ASAM NUKLEAT

• Asam nukleat terdiri atas: Gula 5 karbon

(pentosa): Deoksiribosa (DNA) atau
ribosa (RNA); Basa nitrogen; dan osfat

BIOSEL 2010 17
STRUKTUR ASAM NUKLEAT
Gula pentosa
5’

OH CH2 OH
O

4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH H
Deoksiribosa
BIOSEL 2010 18
 5’

OH CH2 OH
O

4’
H H 1’
H
H

3’ 2’
OH OH

Ribosa

BIOSEL 2010 19
 Basa nitrogen

NH2
O
H
6 N 6 N
N N
1 5 7 1 5 7
8 8
2 4 9 2 4 9
3 N NH2 3 N
N N
H H

Adenin Purin Guanin

BIOSEL 2010 20
 NH2 O

H
4 4 CH3
N N
3 5 3 5

2 2 6
6
1 1
O O
N N

H
H

Sitosin Pirimidin Thymin

BIOSEL 2010 21
 O

H
4 H
N
3 5

2 6
1
O
N

Urasil

BIOSEL 2010 22
• Nukleosida adalah struktur yang terbentuk
oleh adanya ikatan antara gula pentosa dan
basa nitrogen dengan ikatan glikosidik
• Basa akan selalu terikat pada posisi 1’ dari
pentosa
• Titik ikatan pada basa adalah
posisi-1 (N-1) pada Pirimidin
dan posisi-9 (N9) pada Purin

BIOSEL 2010 23
BIOSEL 2006 24
 • DNA: adalah sebuah polinukleotida
• Terbentuk ketika 5’ fosfat dari satu
nukleotida berikatan dengan 3’ -OH dari
nukleotida yang lain, dengan cara
menghilangkan gugus -OH dari posisi 3’
• Ikatan 3’ - 5’ disebut ikatan posphodiester

BIOSEL 2010 25
 NH2

4
5 N
3
-O
6 2
5’ 1
-O P
O
O CH2 N
O NH2
O 4’
H H
H
H N 6
N
3’ 2’
7 5 1
O H 8
5’ 2
-O 9 4
P O CH2 N 3
O N
O
4’
H H
H
H

3’ 2’
OH H
26
• Pada umumnya DNA adalah double helix
• Kedua rantai yang terpisah saling memilin,
searah jarum jam (right-handed), dan
terdapat 10 bp/putaran
• Ikatan gula dan fosfat berada diluar dan
basa-basa bertumpuk satu dengan lainnya di
bagian tengah
• Dua pita dalam double helix membentuk
major dan minor grooves

BIOSEL 2010 27
• Kedua pita DNA dihubungkan secara non-
kovalen oleh ikatan hidrogen antara dua basa
dari dua pita yang berlawanana
• Kedua pita tersusun antiparallel
• Kedua pita bersifat komplimen
• Ikatan hidrogen bersifat khusus/unik

BIOSEL 2010 28
 H NH

N 6
N
7 5 1
8
4 2
9
N 3
N

BIOSEL 2010 29
 O
H
N 6
N
7 5 1
8
9 2 H
4
N 3 N
N
H H

30
31
• Sekuen basa pada DNA mengkode
informasi genetik

BIOSEL 2010 32
 SINTESIS PROTEIN

Gen adalah segmen DNA yang mengkode

sebuah protein tertentu / segmen DNA yang
dapat ditranskripsi

BIOSEL 2010 33
 DNA

3’ Template/antisense/noncoding strand 5’

5’ Nontemplate/sense/coding strand 3’

BIOSEL 2010 34
 • Sekuen DNA selalu ditulis 5’ - 3’
• Sekuen DNA biasanya adalah dari
Nontemplate/coding/sense strand

BIOSEL 2010 35
 mRNA protein Sifat

translasi ekspresi

transkripsi

BIOSEL 2010 36
 • Kode genetika: 43 = 64 kodons
• Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam
dikodekan oleh lebih dari satu kodon; dikenal
dengan Degenerasi/redundansi
• Kodon berbeda yang mengkode Asam
amino yang sama disebut sinonim
• Variasi kodon tersebut terjadi pada basa
ketiga. Gejala ini disebut Wobble position
• Valin: GUU, GUC, GUA, GUG

BIOSEL 2010 37
 • Dari ke 64 kodon tsb, hanya 61 yang
mengkode AA.
• 1 start kodon = Metionin (AUG)
• 3 termination kodon UAG, UGA, UAA

BIOSEL 2010 38
• ORF (Open Reading Frame) adalah satu set
kodon yang berjalan berturutan, yang
dimulai dengan start kodon dan diakhiri
dengan stop kodon

BIOSEL 2010 39
Promoter coding Termination
sequence sequence

Promoter initiates transcription; affects

when, where, and how much gene product
is produced.
Termination sequence marks end of gene

BIOSEL 2010 40
 TRANSKRIPSI

• Adalah proses sintesis RNA dari sekuen

DNA sebuah gen oleh ensim RNA polymerase
• RNA diproduksi dengan menggunakan
template/anti-sense/non-coding strand
• RNA merupakan copy dari non-
template/sense/coding strand

BIOSEL 2010 41
 mRNA PROCESSING
• Hasil proses transkripsi sebuah gen
yang mengkode protein adalah sebuah
pre-mRNA
• Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri
dari intron dan exon

42
 mRNA PROCESSING
1. Langkah pertama: Splicing, yaitu
menghilangkan sekuen non-coding
(intron), sehingga menghasilkan mRNA
tanpa intron
2. Langkah kedua: 5’Capping, yaitu
menambahkan 7-methylguanosin (GTP
+ CH3), pada ujung 5’ untuk
menghindari degradasi exonuklease
pada ujung 5’

43
 mRNA PROCESSING
3. Langkah ketiga: 3’ Polyadenilatin,
yaitu menambahkan ± 250 Adenin
pada ujung 3’, sehingga membentuk
ekor poli-A, untuk menghindari
degradasi exonuklease pada ujung 3’
Setiap mRNA pasti mengandung ekor
poli-A.

BIOSEL 2010 44
BIOSEL 2010 45
 tRNA PROCESSING
• Sebanyak 74 – 95 nukleotida RNA
membentuk struktur berbentuk daun
cengkih (cloverleaf structure)

BIOSEL 2010 46
 tRNA
3’
A
C
Acceptor arm
C
5’

TC arm
dHU arm
Optional arm

Anticodon arm

47
• Acceptor arm: memiliki ujung CCA3’,
yang tidak berpasangan, dan
merupakan titik pengikatan tRNA
dengan Asam Amino
• Anticodon arm: berperan untuk
mengenali dan melekatkan diri pada
codon dalam mRNA

BIOSEL 2010 48
 rRNA PROCESSING
• rRNA terbentuk dari asosiasi antara
ribosom dengan RNA
• Ribosom Prokariotik 70S
• Ribosom Eukariotik 80S

BIOSEL 2010 49
 TRANSLASI

• Adalah proses sintesis protein dalam sel

• mRNA akan menentukan sekuen AA
dalam sebuah protein
• Peran tRNA sangat penting karena akan
mengantarkan AA ke dalam ribosom

BIOSEL 2010 50
 • terdapat 31 – 40 tRNA
• Sehingga 1 AA kemungkinan akan
dibawa oleh > 1 tRNA
• tRNA berbeda yang membawa AA yang
sama disebut Isoacceptors

BIOSEL 2010 51
 PROSES TRANSLASI

1. AA akan berikatan dengan tRNA pada

proses yang disebut
Aminoacylation/charging, yang
kemudian akan mengenali kodon pada
mRNA
2. Pengenalan antikodon (tRNA) dengan
kodon (mRNA) dengan prinsip
komplementaritas pasangan basa

BIOSEL 2010 52
3. Tahapan translasi:
a. Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan
ssRibosom dengan mRNA membentuk
sebuah “inisiation complex”
• Proses ini dimulai dari AUG (met)
sehingga kodon ini disebut ‘translation
initiation codon”

BIOSEL 2010 53
b. Pemanjangan/elongation:
• Dimulai dengan penggabungan
lsRibosom pada inisiation complex
• Sehingga terbentuk 2 buah ruangan
pada kompleks, dimana satu ruangan
telah diisi oleh tRNA Met, dan ruangan
yang kedua diisi oleh tRNA yang
ditentukan oleh kodon kedua dari
mRNA.

BIOSEL 2010 54
• Kompleks ini kemudian akan bergeser
kearah 3’ (downstream) sehingga
ruangan pertama akan disi oleh tRNA
kedua, dan ruangan kedua akan diisi
oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh
kodon ketiga dst.

BIOSEL 2010 55
c. Terminasi (termination):
• tRNA tidak akan mampu berikatan
dengan termination codon
• Terdapat beberapa protein yang
disebut “Release Factors” yang akan
mengenali kodon stop (UAA, UAG,
UGA), dan akan menambahkan air
pada polipeptida, sehingga terjadi
pelepasan polipeptida.

BIOSEL 2010 56
BIOSEL 2010 57