CENTRAL DOGMA DAN SINTESA

PROTEIN SERTA PERANANNYA

DALAM MEMAHAMI PATOGENESIS
PENYAKIT
dr. Mitayani, M.Si. Med.
 TUJUAN PEMBELAJARAN
• Mahasiswa diharapkan mampu memahami
dan menjelaskan proses replikasi DNA,
transkripsi DNA, splicing RNA, dan translasi
RNA.
• Mahasiswa diharapkan mampu memahami
dan menjelaskan proses pasca translasi
protein.
 TUJUAN PEMBELAJARAN
• Mahasiswa diharapkan mampu memahami
dan menjelaskan proses sintesis protein.
• Mahasiswa diharapkan mampu memahami
dan menjelaskan aplikasi central dogma dan
sintesis protein dalam ilmu kedokteran
 OUTLINE
• Replikasi DNA
• Transkripsi DNA
• Splicing RNA
• Translasi RNA
• Sintesa protein
• Pasca translasi protein
 PENDAHULUAN
• Semua organisme harus menduplikasi DNA
sebelum terjadi pembelahan sel (mitosis dan
meiosis)
• Tujuan: agar semua sel memiliki “bank data
gen” yang sama.
• Replikasi DNA adalah suatu proses pengopian
untaian nukleotida DNA oleh nukleotida
komplemennya dimana
A  T; T  A G  C; C G
 REPLIKASI DNA
• Untai ganda DNA (double helix ) bersifat
sangan kuat  dibutuhkan suhu hampir 100°C
untuk memisahkannya di tabung reaksi.
• Untuk membuka untaian DNA tersebut,
dibutuhkan 2 protein pembantu yaitu enzim
DNA helicase dan single-strand DNA-binding
proteins.
Enzim DNA Helicase
 Single-strand DNA-binding proteins
• Disebut juga helix-destabilizing proteins
• Berikatan dengan sangat erat pada untai
tunggal DNA
• Mencegah terbentuknya hairpin pada untai
tunggal DNA saat proses replikasi. Hairpin
dapat menghambat kerja DNA polimerase.
HAIRPIN DNA
 REPLIKASI DNA
• Untuk memulai replikasi DNA, diperlukan
enzim RNA primase yang akan menginduksi
enzim DNA polimerase untuk memulai proses
replikasi DNA.
RNA PRIMASE
• http://highered.mheducation.com/sites/0072
943696/student_view0/chapter3/animation__
dna_replication__quiz_1_.html
 LEADING DAN LAGGING STRAND
• Pada saat replikasi, akan terbentuk replication
fork.
• Untaian DNA akan terbagi 2 menjadi leading
strand dan lagging strand.
• Leading strand adalah untaian DNA yang
direplikasi secara berkesinambungan, tidak
terputus.
 FRAGMEN OKAZAKI
• Lagging strand adalah untaian DNA yang
direplikasi secara terputus karena arahnya
yang berlawanan dengan arah utama
pemisahan untaian double helix DNA.
• Pada lagging strand akan terbentuk fragmen
Okazaki berukuran 1000–2000 nukleotida.
• Fragmen okazaki akan disambung dengan
bantuan enzim DNA ligase.
OKAZAKI FRAGMENT
 DNA PROOFREADING
• Selama replikasi DNA kemungkinan terjadi
kesalahan pengopian sekuens hanya 1 dari
109nukleotida.
• Untuk mencegah terjadinya kesalahan
pengopian data, diperlukan mekanisme
pengecekan kesalahan  proofreading.
 DNA PROOFREADING
• Langkah pertama proofreading dilakukan oleh
enzim DNA polimerase tepat sebelum
nukleotida baru ditambahkan pada untaian
DNA.
• Enzim DNA polimerase akan melakukan
perubahan konformasi  nukleotida yang
salah akan melepaskan diri
 DNA PROOFREADING
• Langkah kedua adalah exonucleolytic
proofreading  terjadi segera setelah adanya
nukleotida yang salah menempel di untaian
DNA yang sedang bereplikasi
Kebutuhan energi saat proses ligasi
fragmen Okazaki
 ENZIM DNA TOPOISOMERASE
• Merupakan suatu enzim nuklease yang
bersifat reversibel.
• Enzim ini berikatan dengan gugus fosfat DNA
 menghancurkan ikatan fosfodiester pada
rantai DNA.
• Reaksi penghancuran ikatan fosfodiester ini
bersifat reversibel.
 DNA TOPOISOMERASE
• Enzim topoisomerase I menghasilkan single-
strand break yang bersifat sementara.
• Enzim topoisomerase II membentuk ikatan
kovalen antara kedua untaian  double-
strand break yang bersifat sementara.
 RESUME
• Replikasi DNA bertujuan agar semua sel
memiliki “bank data” yang sama.
• Replikasi DNA terjadi dalam bentuk replication
fork.
• Penambahan nukleotida dengan arah dari 5’
ke 3’ pada masing-masing untai.
 RESUME
• Karena untai ganda DNA bersifat antiparalel,
maka replikasi dengan arah 5’ ke 3’ hanya
dapat terjadi pada 1 untai saja (leading
strand). Sementara pada untai yang satu lagi
(lagging strand), replikasi DNA dengan arah 5’
ke 3’ akan membentuk fragmen-fragmen kecil
yang disebut fragmen Okazaki.
 RESUME
Replikasi DNA membutuhkan hal berikut ini:
• DNA helicase
• SSBP
• DNA primase
• DNA polimerase
• DNA topoisomerase
• DNA ligase
 OUTLINE
• Replikasi DNA
• Transkripsi DNA
• Splicing RNA
• Translasi RNA
• Sintesa protein
• Pasca translasi protein
 TRANSKRIPSI
• Adalah suatu proses pengubahan informasi
dari untaian DNA menjadi messenger RNA
(mRNA).
• DNA sifatnya stabil dan tersimpan dengan
aman di dalam inti sel dan bersifat sebagai
referensi.
 TRANSKRIPSI
• Hanya satu untai yang akan ditranskripsi 
non-coding strand
• Untaian DNA yang tidak disalin ulang disebut
coding strand karena sekuens-nya akan sama
dengan sekuens mRNA.
 TRANSKRIPSI
• mRNA bukan merupakan bentuk
penyimpanan informasi jangka panjang,
namun dapat keluar dari inti sel dengan
mudah.
• Transkripsi dibantu oleh enzim RNA
polimerase dan beberapa protein tambahan
yang disebut faktor transkripsi.
 TRANSKRIPSI
• Faktor transkripsi akan berikatan dengan
sekuens DNA spesifik yang disebut promoter
sequences (TATA box).
• Ikatan ini akan mengundang RNA polimerase
untuk menempel pada titik awal transkripsi.
• Faktor transkripsi + RNA polymerase =
kompleks inisiasi transkripsi.
 TRANSKRIPSI
• Kompleks tersebut akan memulai transkripsi
 pembentukan mRNA dengan sekuens
komplemen dari untaian DNA.
• Untaian mRNA akan menjadi blueprints untuk
sintesis protein pada tahap translasi.
 ENZIM RNA POLIMERASE
• Pada eukariot terdapat 3 macam RNA
polimerase.
• RNA polimerase I membantu transkripsi
ribosomal RNA (rRNA).
• RNA polimerase II membantu transkripsi
messenger RNA (mRNA).
• RNA polimerase III membantu transkripsi
transfer RNA (tRNA).
 Tipe RNA
• Messenger RNA (mRNA): merupakan duplikat
DNA untuk dikode menjadi protein.
• Transfer RNA (tRNA): berikatan dengan mRNA
dan asam amino yang sesuai dengan untaian
mRNA.
 TRANSKRIPSI
• Ketika proses transkripsi diinisiasi  untai
ganda DNA terbuka  RNA polimerase
mengopi untaian DNA dengan arah dari 5’ ke
3’.
• Proses transkripsi akan berhenti ketika RNA
polimerase bertemu dengan sekuens tertentu
pada ujung untaian DNA  mekanismenya
berbeda-beda untuk masing-masing RNA
polimerase.
• RNA polimerase II  terbentuknya poly-A tail
• RNA polimerase I  adanya faktor terminasi.
• RNA polimerase III  setelah mengopi poly-U
sekuens.
• Proses akhir transkripsi adalah terbentuknya
pre-mRNA.
 OUTLINE
• Replikasi DNA
• Transkripsi DNA
• Splicing RNA
• Translasi RNA
• Sintesa protein
• Pasca translasi protein
 PENDAHULUAN
• Apa itu ekson?
• Apa itu intron?
 SPLICING
• Pre-mRNA perlu diubah menjadi mRNA matur
dengan melalui proses splicing.
• Adalah suatu proses pemotongan intron-
intron dari untaian RNA  tersisa ekson-
ekson  mRNA matur  lanjut ke translasi.
• Dibantu oleh spliceosome.
 SPLICING
• Jadi, apa guna intron?
 OUTLINE
• Replikasi DNA
• Transkripsi DNA
• Splicing RNA
• Translasi RNA
• Sintesa protein
• Pasca translasi protein
 TRANSLASI
• Adalah proses pembentukan protein
berdasarkan kode yang dibawa mRNA.
• Tiga buah nukleotida  kodon.
• Kodon  kode bagi masing-masing protein
 UTR
• Untranslated region (UTR): terletak antara
nukleotida pertama mRNA dan start codon
AUG.
• UTR tidak ditranslasikan menjadi protein.
• Berfungsi sebagai tempat perlekatan ribosom.
TABEL KODON
KODE IUPAC* UNTUK ASAM AMINO
*International Union of Pure and Applied Chemistry
 TRANSLASI
• mRNA keluar dari nukleus  sitoplasma
masuk ke ribosom  translasi RNA ke
protein.
• Ada 2 tipe ribosom: ukuran besar (50S) dan
ukuran kecil (30S).
• Subunit ribosom mengandung rRNA dan
tRNA.
• rRNA  mengatalisis pengikatan asam amino
baru dalam pembentukan protein.
TRANSLASI
 FASE ELONGASI DAN TERMINASI
• Setelah asam amino pertama menempel,
rantai asam amino akan terus terbentuk
sepanjang mRNA yang ada  fase elongasi.
• Proses translasi akan berhenti ketika tRNA
bertemu dengan stop codon: UAA, UAG, dan
UGA.
 OUTLINE
• Replikasi DNA
• Transkripsi DNA
• Splicing RNA
• Translasi RNA
• Sintesa protein
• Pasca translasi protein
 STRUKTUR PRIMER
• Struktur
primer
protein
dibentuk
oleh rantai
asam amino
hasil
translasi.
• Protein dibentuk oleh 20 jenis asam amino 
masing-masing memiliki rantai yang unik.
• Jenis asam amino: nonpolar, polar tapi tidak
bermuatan, rantai samping bermuatan positif,
dan rantai samping bermuatan negatif.
• Struktur rantai samping ini penting dalam
pembentukan struktur final protein  asam
amino bermuatan akan membentuk ikatan ion,
asam amino polar akan membentuk ikatan
hidrogen.
 STRUKTUR SEKUNDER
• Struktur sekunder protein
dibentuk oleh ikatan
hidrogen antara gugus
amino asam amino A
dengan gugus karboksil
asam amino B  alpha
helix dan beta sheet.
 STRUKTUR TERSIER
• Struktur tersier
(polypeptida) dibentuk
dari gabungan beberapa
struktur sekunder di
sepanjang rantai asam
amino.
STRUKTUR KUARTENER

Struktur
kuartener
dibentuk oleh
gabungan
beberapa
subunit.
 BENTUK AKHIR PROTEIN
• Bentuk akhir protein disesuaikan dengan
fungsi protein itu sendiri.
• Protein yang bekerja di sitoplasma bagian
hidrofilik dari protein akan berada di luar
sementara bagian hidrofobik akan dilipat ke
dalam struktur protein.
 OUTLINE
• Replikasi DNA
• Transkripsi DNA
• Splicing RNA
• Translasi RNA
• Sintesa protein
• Pasca translasi protein
 PENDAHULUAN
• Apa yang terjadi pasca translasi?
• Post translational modification
• Berperan dalam banyak proses selular seperti
diferensiasi selular, degradasi protein,
pengaturan sel dan penghantaran sinyal sel,
pengaturan ekspresi gen, dan interaksi
protein-protein.
 JENIS PTM
• Jenis pertama melibatkan proses proteolitik 
membelah ikatan peptida  penghapusan
beberapa fragmen polipeptida yang telah
terbentuk.
• Jenis kedua melibatkan proses modifikasi
rantai samping dari residu asam amino.
PTM
 TIPE PTM
• Asetilasi: penambahan gugus asetil

HDACs: enzim histon deasetilase; KAT: enzim lisin asetiltransferase

 EFEK ASETILASI
• Muatan positif akan hilang pasca asetilasi 
meningkatkan sifat hidrofobik protein dan
ukuran rantai samping asam amino.
• Histon menggunakan asetilasi sebagai sinyal
pengikatan faktor transkripsi  inisiasi
transkripsi.
• Asetilasi residu lisin melindungi protein dari
modifikasi oleh ubiquitin  meningkatkan
masa hidup protein.
 TIPE PTM
• Fosforilasi:
 TIPE PTM
• Asilasi: terdiri dari myristoylasi, palmitoylasi
• Myristoylasi: penambahan gugus
CH3-(CH2)12-CO- pada rantai N glisin.
• Palmitoylasi: penambahan gugus
CH3-(CH2)14-CO- pada rantai SH asam amino
sistein.
• Berperan dalam penghantaran sinyal sel,
apoptosis, dan aktivitas transportasi protein
ekstraseluler.
 TIPE PTM
• Ubiquitinasi: penambahan ubiquitin pada
protein  Ubiquitin adalah polipeptida yang
terdiri dari 76 asam amino

• Ubiquitinasi berfungsi dalam mengubah

protein sehingga mejadi sinyal kuat bagi
proteasom untuk mengenali dan
menghancurkan protein tersebut.
 TIPE PTM
• Alkilasi terdiri dari metilasi dan prenilasi.
• Metilasi berperan dalam aktivasi atau represi
gen.
• Prenilasi berperan dalam meningkatkan
afinitas protein terhadap membran plasma
dan juga membuat protein menjadi titik
penanda untuk interaksi protein-protein yang
spesifik.
 TIPE PTM
• Glikosilasi: memodifikasi rantai OH dari asam
amino serine dan threonine (O-glycosylation)
serta memodifikasi fungsi rantai samping
asparagin (N-glycosylation).
• Glikosilasi membantu inisiasi transkripsi DNA
dan penghantaran sinyal sel.
 TIPE PTM
• Sulfasi: penambahan sulfat pada rantai OH
asam amino tyrosine.
• Salah satu peran sulfasi adalah meningkatkan
afinitas reseptor terhadap ligand-nya.
 TIPE PTM
• Mono dan poli(ADP-ribosilasi).
• Berperan dalam proses reparasi DNA,
apoptosis, dan fungsi spindle selama
pembelahan sel.
 TIPE PTM
• Oksidasi sistein
• Berperan dalam regulasi proses reduksi-
oksidari sel  mempengaruhi proliferasi,
diferensiasi, dan apoptosis.
 REFERENSI
• Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Molecular Biology of
the Cell. 4th edition. New York: Garland Science; 2002.
• Cooper GM. The Cell: A Molecular Approach. 2nd
edition. Sunderland (MA): Sinauer Associates; 2000.
• Clancy, S. & Brown, W. (2008) Translation: DNA to mRNA
to Protein. Nature Education 1(1):101.
• Seo J and Lee KJ. Post-translational modifications and
their biological functions: proteomic analysis and
systematic approaches. Journal of Biochemistry and
Molecular Biology 2004; 37(1): 35-44.
 REFERENSI
• Knorre DG, Kudryashova NV, GodovikovaTS.
Chemical and functional aspects of
posttranslational modification of proteins.
Acta Naturae 2009: 1(3): 29-51.
• Bonifacino JS dan Weissman AM. Ubiquitin
and the Control of Protein Fate in the
Secretory and Endocytic Pathways. Bethesda
(MD): National Center for Biotechnology Information
(US); 2002.
TERIMA KASIH