INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI

JEMBER
Kholifatul Hannah T20178056
Choiriya Tri Mosrifa T201810017
Lucy Firdhyanti T201810022
Siti Anisatul Iriani T201810009
BIOTEKNOLOGI MIKROBA
DAN REMEDIASI
PENGERTIAN BIOTEKNOLOGI MIKROBA

Bioteknologi mikroba adalah

pemanfaatan mikroba dalam
prinsip-prinsip dan kerekayasaan
terhadap organisme, sistem,
atau proses biologis untuk
menghasilkan atau meningkatkan
potensi organisme maupun
menghasilkan produk dan jasa
bagi kepentingan hidup manusia.
 PERANAN BIOTEKNOLOGI MIKROBA
DALAM KEHIDUPAN SEHARI-HARI
Mikroba digunakan untuk memproduksi makanan seperi roti, keju, yogurt dan
minuman seperti bir, wine, sampanye. Salah satu cara untuk membuat keju dari susu
adalah dengan memberikan asam, tetapi untuk keju dengan rasa terbaik adalah dengan
menggunakan Enzim Renin.
Pada tahun 1980, dengan menggunakan teknik DNA rekombinan, para ahli mengklon
renin dan mengekspresikannya pada sel bakteri dan jamur seperti Aspergillus niger. Renin
rekombinan (chymosin) dari mikroba banyak digunakan untuk pembuatan keju.

Peranan Mikroba dalam Produksi Pangan

 Peranan Mikroba Dalam Mengubah Limbah Menjadi Energi
Listrik
Salah satu mikroba yang dapat dimanfaatkan oleh manusia adalah mikroorganisme
penghasil Bio-H₂. Gas Hidrogen yang dihasilkan melalui aktivitas mikroorganisme, dianggap
sebagai energi alternative dimasa depan. (Rahman, dkk. 2009)

Biohidrogen dianggap ramah

lingkungan karena dalam proses
produksinya tidak memerlukan
energi yang besar dan tidak ada
emisi karbon yang dihasilkan.
Energi hasil pembakaran Bio-H₂
dengan mudah disalurkan dalam
teknologi fuel cell menjadi energi
listrik yang dapat disimpan.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 PERANAN MIKROBA DALAM
1.
MIKROBIOLOGI
Rekayasa Genetika
Genetika Molekuler dapat dimanfaatkan untuk memanipulasi gen dalam rangka untuk
mengatur tingkat ekspresi dan produksi senyawa tertentu termasuk ekspresi protein
rekombinan.) Senyawa yang dihasilkan dari tumbuhan dan hewan dapat diproduksi dengan
memanfaatkan mikroba melalui teknologi rekayasa genetika sehingga mampu menghasilkan
senyawa atau metabolit dengan peningkatan hingga 1000 kali lebih tinggi dari sumber
lainnya.

Teknologi ini berbasis pada

pemanfaatan Enzim Restriksi,
Polymerase dan Ligase yang
masing-masing berfungsi untuk
memotong dan menggabungkan
fragmen DNA pada vector
(plasmid atau bacteriophage).
(Agustin Krisna, dkk. 2017
2. Elektroforesis
Elektroforesis adalah suatu teknik
pemisahan molekul seluler berdasarkan
ukurannya, dengan menggunakan medan
listrik yang dialirkan pada suatu medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan.
Teknik ini dapat digunakan dengan
memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromelekul, misalnya DNA yang bermuatan
negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif
dilewatkan melalui suatu medium.

Misalnya gel agarosa, kemudian dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya, maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif. Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada rasio muatan terhadap
massanya, serta tergantung pula pada bentuk molekulnya. (Triwibowo Yuwono. 2010)

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 PRINSIP-PRINSIP BIOTEKNOLOGI
1. MIKROBA
Screening mikroba adalah proses untuk
mendapatkan mikroorganisme yang potensial
untuk aplikasi industry. Screening meliputi
tahapan isolasi dan seleksi. Isolasi adalah
kegiatan pemisahan suatu kultur
mikroorganisme sari campuran biakan beberapa
jenis mokroorganisme yang terdapat di alam.

2. Teknologi bioproses adalah teknologi

yang berkaitan dengan segala operasi dan
proses yang memanfaatkan
mikroorganisme, baik dalam fasa hidupnya
maupun produk-produk enzimnya.
Teknologi bioproses merupakan gabungan
antara bioteknologi dan teknik kimia.
Contoh Teknologi Bioproses

1. Fermentasi
adalah proses terjadinya
penguraian senyawa-senyawa
organik untuk menghasilkan energi
serta terjadi pengubahan substrat
menjadi produk baru oleh mikroba.

Teknologi bioproses merupakan gabungan antara bioteknologi dan teknik kimia.

Fermentasi memegang peranan penting dalam bioproses, karena merupakan kunci
(proses utama) bagi produksi bahan-bahan yang berbasis biologis. Contoh
Teknologi Bioproses adalah fermentasi dan biokatalisis.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

Lanjutan…

Jenis-jenis Fermentasi : Homofermentatif, Heterofermentatif

Berdasarkan proses yang dihasilkan oleh mikroba, fermentasi dibagi menjadi tiga
jenis, yaitu:
• Fermentasi yang memproduksi sel mikroba (biomass)
• Fermentasi yang menghasilkan enzim dari mikroba
• Fermentasi yang menghasilkan metabolit mikroba

Keberhasilan fermentasi ditentukan oleh beberapa faktor, yaitu:

• Keasaman (pH)
• Mikroba
• Suhu
• Oksigen
• Waktu

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

Contoh Teknologi Bioproses
2. Biokatalisis
Suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis), merupakan
metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun
dalam tataran industri. Sampai saat ini, metoda tersebut banyak berperan dalam industri
kimia dan farmasi, industri pangan dan pakan, serta dalam pengelolaan limbah dan
remediasi lingkungan. . Dan tampaknya biokatalisis, secara ideal dapat memenuhi tuntutan
itu :
Enzim sebagai biokatalis
Enzim mikroba

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 Enzim Sumber Aplikasi
Amilase Aspergillus niger Industri roti, bir, sirup,
A. oryzae makanan lainnya.
Bacillus subtilis
Rhizophus sp
Mucor rouxii
Selulase A. niger Industri konsentrat kopi
TABEL 1 Trichoderma viridae
Enzim dan Dekstransukrase Leuconostoc Berbagai kegunaan destran
mesenteroides dalam industri pangan
sumber Glucose oksidase A. niger Penghilangan glukosa dari
telur (industri telur)
serta
Invertase Saccharomyces Madu tiruan cegah
aplikasinya cerevisiae pengkristalan permen
Lactase S. fragilis Industri susu (hidrolisis
bagi
laktosa)
pangan. Lipase A. niger Pembentukan cita rasa pada
Mucor sp keju
Rhizopus sp
Pektinase A. niger Penjernihan anggur dan sari
Penicillium sp buah
Rhizopus sp
Protease (Proteinase) A. oryzae Mencegah pengendapan
protein dalam industri bir
B. subtilis Industri roti, pengepukan
 Enzim yang diperoleh dari mikroba didapatkan dengan melalui serangkaian
proses panjang. Menurut Sumanti, Debby., dkk (2006), prosedur pembuatan
enzim yang berasal dari mikroba terdiri dari langkah-langkah sebagai berikut:

Isolasi suatu strain murni pada prinsipnya dapat

Seleksi. Seleksi dilakukan secara bertingkat. Tingkat pertama

dilakukan dalam bisa dilakukan secara manual yaitu dengan cara

dua tahap yaitu mengencerkannya. Tingkat kedua adalah dengan

seleksi primer dan isolasi dengan media yang bersifat selektif bagi

seleksi sekunder. mikroorganisme tertentu yang mungkin masih

satu golongan. Tingkat ketiga dari koloni yang
seolah-olah sudah murni mungkin masih perlu
diencerkan kembali atau diisolasi ulang agar
Pemurnian enzim yaitu
tingkat kemurniannya dapat lebih meyakinkan.
pemisahan enzim dari
substrat (bisa dengan cara
disentrifugasi) kemudian
tahap ekstraksi enzim.
 Penggunaan enzim secara luas ternyata menimbulkan
sebuah masalah yaitu bagaimana cara me-recover enzim untuk
digunakan kembali. Enzim umumnya sangat mahal untuk
diproduksi dan diekstrak. Maka, jawaban dari permasalahan
tersebut adalah dengan penggunaan teknologi immobilisasi
enzim dan sel.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

Pengertian Rekayasa Genetika
Rekayasa genetika (Ing. genetic engineering) dalam arti paling luas adalah
penerapan genetika untuk kepentingan manusia. Dengan pengertian ini kegiatan
pemuliaan hewan atau tanaman melalui seleksi dalam populasi dapat dimasukkan.
Demikian pula penerapan mutasi buatan tanpa target dapat pula dimasukkan. Walaupun
demikian, masyarakat ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih
sempit, yaitu penerapan teknik-teknik biologi molekular untuk mengubah susunan genetik
dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada
kemanfaatan tertentu.

Prinsip Dasar Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika adalah proses mengidentifikasi dan mengisolasi DNA dari suatu sel
hidup atau mati dan memasukkannya dalam sel hidup lainnya. Rekayasa genetika
merupakan suatu cara memanipulasikan gen untuk menghasilkan makhluk hidup baru
dengan sifat yang diinginkan. Rekayasa genetika disebut juga pencangkokan gen atau
rekombinasi DNA. Dalam rekayasa genetika digunakan DNA untuk menggabungkan sifat
makhluk hidup.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

Proses Rekayasa Genetika
Pada proses penyisipan gen diperlukan tiga faktor utama yaitu:

Vektor, yaitu pembawa gen asing yang akan disisipkan, biasanya berupa
plasmid, yaitu lingkaran kecil AND yang terdapat pada bakteri. Plasmid
diambil dari bakteri dan disisipi dengan gen asing.

Bakteri, berperan dalam memperbanyak plasmid. Plasmid di dalam tubuh

bakteri akan mengalami replikasi atau memperbanyak diri, makin banyak
plasmid yang direplikasi makin banyak pula gen asing yang dicopy sehingga
terjadi cloning gen.

Enzim, berperan untuk memotong dan menyambung plasmid. Enzim ini

disebut enzim endonuklease retriksi, enzim endonuklease retriksi yaitu
enzim endonuklease yang dapat memotong ADN pada posisi dengan
urutan basa nitrogen tertentu.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

_______ PENGERTIAN
BIOREMEDIASI_______

Menurut Cookson (1995) bioremediasi dapat didefinisikan sebagai penggunaan proses

biologi untuk mengolah tanah, air tanah dan lumpur (limbah padat) yang terkontaminasi
bahan-bahan kimia berbahaya. Dalam perkembangannya, bioremediasi lebih diarahkan pada
penggunaan mikroorganisme untuk membersihkan senyawa pencemar lingkungan dengan
mekanisme proses peruraian, degradasi, detoksifikasi, dan penyerapan.
 _______PROSES BIOREMEDIASI_______

.
 Reaksi-reaksi biologis yang utama
adalah reaksi metabolisme sel
 Senyawa polutan yang berbahaya
.
dapat didegradasi
mikroorganisme baik didalam atau
diluar sel dan reaksinya yaitu
oleh

.
reaksi redoks
 Reaksi ini dikatalisis oleh enzim-
enzim mikrobial yang dihasilkan

.
 Tetapi lambat laun mikroorganisme
oleh mikroorganisme pengurai
tersebut akan beradaptasi dan mengalami
 Mula-mula mikroorganisme ini
proses diagenesis yaitu perubahan secara
belum mempunyai kemampuan
kimia, biokimia, dan fisika sehingga
mendegradasi senyawa berbahaya
menghasilkan enzim-enzim pengurai

.
yang belum dikenal sebelumnya
karena belum memilki enzim
pendegradasi yang dibutuhkan
 PROSES METABOLISME
MIKROORGANISME
1. Proses Aerob 2. Proses Anaerob

.
Pada metabolisme aerob, reaksi pada proses anaerob, reaksi akan

.
akan terjadi apabila tersedia cukup terjadi jika tidak terdapat oksigen, dan
oksigen yang berguna sebagai
akseptor elektron. Reaksi ini juga
disebut respirasi.
.. mikroorganisme akan menggunakan
oksida organik dan anorganik sebagai
akseptor elektron.

Secara umum bioremediasi dapat dilakukan dengan 2 metode yaitu :

1. Menstimulasi populasi mikroorganisme indigenous yang disebut biostomulasi
2. Menambahkan populasi mikroorganisme eksogenous yang disebut bioaugmentasi
(Rahayu, 2017)

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 _______STRATEGI BIOREMEDIASI_______
Bioremediasi dapat diaplikasikan pada masalah lingkungan yang bervariasi dan
dapat dilakukan secara langsung pada lahan tercemar ( in situ) atau dengan
memindahkan atau mengeduk lahan untuk dilakukan pemulihan ( land treatment atau
landfarming) di suatu wilayah khusus, perlakuan composting, perlakuan fase padat dan
dapat menggunakan bioreactor di atas tanah (ex situ).
 1. Teknik Bioremediasi In Situ
• Bioventing : mengalirkan udara
dan nutrien melalui sumur
untuk menstimulasi
pertumbuhan mikroorganisme
asli
• Biosparging : menginjeksikan
udara dengan tekanan ke air
untuk meningkatkan
konsentrasi oksigen dalam air
• Bioaugmentasi : menambahkan
tanah dan meningkatkan
mikroorganisme baik asli
kecepatan biodegradasi
(indigenous) maupun dari luar
kontaminan oleh
(exogenous) ke dalam lahan yang
mikroorganisme
tercemar.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 2. Teknik Bioremediasi Ex Situ
• Landfarming : mengeduk
tanah yang tercemar dan
memperlakukannya dengan
mikroorganisme dan
menggalinya secara periodik
sampai polutan terdegradasi
• Composting : menggabungkan
tanah yang tercemar dengan
bahan organik tidak
• Bioreactor : perlakuan fase padat yang
berbahaya seperti pupuk atau
menggunakan reactor untuk
limbah pertanian
memanipulasi kondisi lingkungan untuk
• Biopiles : Penggabungan
memaksimalkan proses degradasi
landfarming dan Composting
senyawa beracun oleh mikroba

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

Faktor-faktor yang mempengaruhi Bioremediasi
Faktor-faktor yang harus dioptimalkan dan dipertahankan selama proses
bioremediasi :

Konsentrasi dan ketersediaan hayati polutan dalam kondisi lingkungan:

karena jika terlalu tinggi dapat berbahaya bagi mikroorganisme yang
sama yang memiliki kapasitas untuk mengubah biotransformasi.

Kelembaban: ketersediaan air sangat penting untuk organisme hidup,

serta untuk aktivitas enzimatik katalis biologis bebas sel. Secara umum,
kelembaban relatif 12 hingga 25% harus dipertahankan di tanah yang
mengalami bioremediasi.

Temperatur: harus dalam kisaran yang memungkinkan kelangsungan hidup

organisme yang diterapkan dan / atau aktivitas enzimatik yang diperlukan.

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

Lanjutan…

Nutrisi yang tersedia secara hayati: penting untuk pertumbuhan dan

multiplikasi mikroorganisme yang diminati. Terutama karbon, fosfor dan
nitrogen harus dikontrol, serta beberapa mineral penting.

Keasaman atau alkalinitas medium berair atau pH (pengukuran ion H + di

tengah).

Ketersediaan oksigen: dalam sebagian besar teknik bioremediasi,

mikroorganisme aerobik digunakan (misalnya dalam pengomposan, biopiles
dan "Penambangan Lahan"), dan aerasi media diperlukan. Namun,
mikroorganisme anaerob dapat digunakan dalam proses bioremediasi, di
bawah kondisi laboratorium yang sangat terkontrol (menggunakan
bioreaktor) (Boopathy, 2000).

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 Kelebihan Bioremediasi Kelemahan Bioremediasi
• Menghilangkan limbah secara permanen • Membutuhkan pemantauan yang
• Bioremediasi tidak menggunakan atau intensif
menambahkan bahan kimia berbahaya • Berpotensi menghasilkan produk yang
(ramah lingkungan).
tidak dikenal
• Tidak melakukan proses pengangkatan
• Membutuhkan lokasi tertentu
• Teknik pengolahannya mudah diterapkan
(Machdar, 2018)
dan murah
• Dapat dilaksanakan di lokasi atau di luar
• Menghapus resiko jangka panjang

_______ INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI JEMBER_______

 TERIMAKASIH
KELOMPOK 2

INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI

JEMBER