LAPORAN PRAKTIK KERJA LAPANGAN DI LABORATORIUM DNA BIDOKPOL MABES POLRI

PROSES PEMBUATAN PROFIL DNA DARI SAMPEL BUCCAL SWABS

Disusun oleh Nama NIM : Muhamad Itqan Adiguna : 4411411030

Jurusan/prodi : Biologi/Biologi

FAKULTAS MATEMATIKA DAN PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG TAHUN 2014

HALAMAN PENGESAHAN

Laporan Praktik Kerja Lapangan telah di syahkan oleh laboratorium DNA bidokpol MABES POLRI dan jurusan Biologi Hari : Tanggal :

Dosen pembimbing Lapangan

Pembimbing

NIP

NIP

Mengetahui , Ketua Jurusan Pimpinan/Ketua Institusi mitra

Mengetahui ,

NIP

NIP

Abstrak Queen kartika ayu marthani Proses Pembuatan Profil DNA dari Sampel Buccal Swabs Bidokpol MABES POLRI

Biologi biologi Universitas Negeri Semarang 2014

KATA PENGANTAR

Puji syukur Alhamdulillah penulis panjatkan kehadirat Allah SWT karena atas ridhoNya laporan praktik kerja lapangan di laboratorium DNA bidokpol MABES POLRI ini dapat diselesaikan. Ucapan terimakasih penulis ucapkan kepada Kepala laboratorium DNA bidokpol MABES POLRI yang telah mengijinkan kami melaksanakan praktik kerja lapangan di laboratorium DNA bidokpol MABES POLRI serta dosen pembimbing yang telah membimbing ini. Dan tak lupa pula ucapan

dalam pelaksanaan praktik kerja lapangan

terimakasih , kami ucapkan kepada seluruh kakak- kakak dan teman yang telah mendukung membantu dan membimbing kami dalam pelaksannan Praktik Kerja Lapangan . Laporan praktik kerja lapangan ini menjelaskan tentang proses pembuatan profil DNA manusia yang dilakukan di laboratorium DNA bidokpol MABES POLRI. Pembahasan yang dikemukakan meliputi proses pengambilan sampel, sampling, ekstraksi, quantifikasi, amplifikasi, dan kemudian capillary

electroforesis . Semoga laporan praktik kerja lapangan ini memberikan banyak manfaat kepada para pembacanya. Selanjutnya, demi kesempurnaan makalah ini sangat diharapkan segalah masukan dan saran yang sifatnya membangun.

Semarang , Februari 2014

Penulis

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL

DAFTAR GAMBAR

ARTI LAMBANG DAN SINGKATAN

BAB 1 PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Laboratorium DNA Biddokpol Pusdokkes Polri dirintis oleh Dr. Christanto TH, dr. Slamet Poernomo, drg. Alphonsus Q, dr. Lukman Hakim pada kurun waktu tahun 1990-2005 dengan kegiatan seperti Uji Serology : Dot Blot (1992);

Organic Isolation Validation (1993);HLA DQ-A(awal 1994); PolyMarker (pertengahan 1994); D1S80 (akhir 1994) dan SA Gel Electrophoresis. Pada tahun 2006 hingga 26 Maret 2007 dilakukan rehabilitasi dan pembangunan Laboratorium DNA yang baru oleh Polri bekerja sama dengan Australian Federal Police, dan pada tanggal 26 Maret 2007 diresmikanlah Laboratorium Dna Forensik Biddokpol Pusdokkes Polri yang baru oleh Kapolri dan Commissioner Australian Federal Police.Laboratorium DNA Pusdokkes Polri merupakan laboratprium DNA forensik, di mana laboratorium DNA forensik memiliki standar pemeriksaan tertinggi dan dapat dipergunakan dalam kasus-kasus pidana, namun dapt juga dimanfaatkan untuk kepentingan proses identifikasi seperti kasus- kasus DVI. Sejak tahun 2007 Laboratorium DNA Biddokpol Pusdokkes Polri telah mampu menangani tipe kasus pembunuhan, mutilasi, pemerkosaan, paternitas, orang hilang, DVI maupun terorisme dengan jumlah lebih dari 160 kasus dengan sampel lebih dari 1000 buah. Diantara kasus kasus yang dapat tertangani tersebut terdapat kasus Pembunuhan Berantai oleh Veri Idham H. alias Ryan di Jombang, WNI korban kebakaran hutan di Negara bagian Victoria, Australia, serta kasus terorisme . Laboratorium DNA Biddokpol Pusdokkes Polri juga akan membangun Database DNA pelaku kriminal di Indonesia yang pembangunannya akan dilakukan secara bertahap dan berkelanjutan mulai tahun 2009. Laboratorium DNA Biddokpol Pusdokkes Polri mempunyai 9 ruangan pokok yang berbeda-beda fungsinya, namun keberadaan ruangan-ruangan tersebut merupakan suatu kesatuan yang tidak dapat dipisah-pisahkan, karena fungsinya saling berkaitan. Masing-masing ruangan terletak berurutan sesuai dengan

peranannya.Laboratorium DNA Forensik sendiri harus mempunyai cara pemeriksaan yang standar sehingga dapat digunakan sebagai alat bukti di pengadilan dan hasil yang diperoleh dapat diuji ulang oleh laboratorium DNA forensik lainnya atau lebih dikenal dengan laboratorium pembanding. Standar laboratorium DNA forensik internasional minimal harus mempunyai ruangan penyimpanan sampel, ruangan sampling, ruang ekstraksi, ruang amplifikasi, ruang typing, ruang pencampuran kimia dan ruang administrasi. Dilihat dari jumlah ruangan dan kelengkapannya, Laboratorium DNA Biddokpol Pusdokkes Polri sudah memenuhi standar internasional. Laboratorium DNA Biddokpol Pusdokkes Polri mempunyai storage room, examination room I, examination room II, extraction room, pre amplification room, amplification room, capillary examination room, preparation room dan administration room.

1.2 Rumusan masalah Bagaimana proses pembuatan profil DNA manusia yang dilakukan di laboratorium DNA forensik BIDOKPOL MABES POLRI ?

1.3 Maksud dan Tujuan Maksud dari penelitian ini untuk mengetahui proses pembuatan profil DNA manusia.

1.4 Tempat pelaksanaan Laboratorium DNA biddokpol MABES POLRI ,Cipinang baru raya No 3B

1.5 Pengumpulan Data

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

1.6 Sejarah DNA DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut.Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal men-transform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA

dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen yang dilakukan Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan pencari jejak radioaktif (bahasa Inggris: radioactive tracers).

Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: "bagaimanakah struktur DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik". Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar X pada DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin.Pada tahun 1953, James Watson dan Francis Crick mendefinisikan DNA sebagai polimer yang terdiri dari 4 basa dari asam nukleat, dua dari kelompok purina:adenina dan guanina; dan dua lainnya dari kelompok pirimidina:sitosina dan timina. Keempat nukleobasa tersebut terhubung dengan glukosa fosfat.[5]Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin menemukan bahwa molekul DNA berbentuk heliks yang berputar setiap 3,4 nm, sedangkan jarak antar molekul nukleobasa adalah 0,34 nm, hingga dapat ditentukan bahwa terdapat 10 molekul nukleobasa pada setiap putaran DNA. Setelah diketahui bahwa diameter heliks DNA sekitar 2 nm, baru diketahui bahwa DNA terdiri bukan dari 1 rantai, melainkan 2 rantai heliks.Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini.Konfirmasi akhir mekanisme replikasi DNA dilakukan lewat percobaan Meselson-Stahl yang dilakukan tahun 1958.

1.7 DNA

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus).

Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenina dengan timina dan guanina dengan sitosina) yang membentuk DNA beruntai ganda.

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama,

gugus fosfat gula deoksiribosa basa nitrogen, yang terdiri dari:[1]

o

Adenina (A)

o o o

Guanina (G) Sitosina (C) Timina (T)

Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.Rantai DNA memiliki lebar 22-24 , sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 [2]. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida[3].Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.

DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenina (dilambangkan A), sitosina (C, dari cytosine), guanina (G), dan timina

(T). Adenina berikatan hidrogen dengan timina, sedangkan guanina berikatan dengan sitosina. Segmen polipeptida dari DNA disebut gen, biasanya merupakan molekul RNA.[4]

1.8 DNA dalam forensik

Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, sperma, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire, Inggris.

Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling tepercaya untuk mengidentifikasi seorang pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang.

1.9 ekstraksi DNA 1.10 1.11 1.12 1.13 kuantifikasi DNA pcr ce

BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Alat dan Bahan 3.1.1 Alat 3.1.2 Bahan 3.2 Prosedur 3.2.1 Pengambilan Sampel 3.2.2 ekstraksi DNA BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL

Uraian kegiatan

Paparan laporan Hari ke -1 27 Januari 2014 Bertemu dengan kepala lab dna , akp ifan dan akp hastanto Berkenalan dengan teman magang yg lain dr ui kak zatta dan kak dwi Perkenalan laboratorium Sampling darah Open packaged sampel tulang Studying paternitas: kecocokan, ketidakcocokan, identik. Ekstraksi sampel darah menggunakan qiagen bio robot Z Hari ke-2 28 januari Maintanance schedule Sampling tulang Sampling bucal swab Mencuci peralatan laboratorium Sealing peralatan laboratorium Hari ke 3 29 januari 2014 Maintanance schedule Open packaged kasus X Sampling darah di kain kasa Sampling bucal swab

Hari ke 4 30 januari 2014 Open packaged dan sampling rambut dan darah Sealing peralatan laboratorium Maintanance schedule