Asam nukleat & kromatin

Prof DR H Zaenal Nang Agus

Dr.Danu Yudistira,MMR
Introduction
Informasi genetis ditera sepanjang rantai
molekul polimer yang terdiri dari 4 unit monomer
Molikel polimer = DNA yang merupakan dasar
kimiawi dari heriditas.
Avery, Mc Leod & Mc Carthy menemukan DNA
mengandung informasi genetis.
Penentuan genetis dari suatu tipe kapsul
pneumococcus lain yang mempunyai tipe kapsul
berbeda dengan jalan memasukkan DNA murni
dari coccus pertama ke coccus kedua. DNA
disebut transforming factor.

DNA
DNA = molecule of heridity
Mengandung basa-basa purin dan pirimidin yang
membawa informasi genetis.
Gugus sakar & fosfat berperan pada
stuktur/bentuk
Isi informasi genetik terletak pada urutan
deoksiribonukleotida purin & pirimidin.
Ada 2 bagian
1. Bagian tetap/tulang
belakang terdiri dari
deoksiribosa & fosfat
yang dihubungkan oleh
jembatan 3
1
-5
1
fosfodiester.
2. Bagian variabel: basa
purin & pirimidin
6.jpg
Merupakan makromolekul yang sangat panjang
terdiri dari basa:
A = Deoksi adenilat
G = Deoksi guanilat
T = Thimidilat
C = Deoksi citidilat
Rantai DNA mempunyai 2 kutub
- Satu ujung 5
1
OH/fosfat
- Ujung lain 3
1
OH/fosfat
Kedua ujung tidak terikat pada nukleotida yang lain.
Nomenklatur
ACG berarti:
Ujung 5
1
terikat pada deoksi adenosin
Ujung 3
1
terikat pada deoksi guanosin.
Urutan basa selalu ditulis dari arah 5
1
3
1
Molekul DNA sangat panjang chromosom E coli
mengandung 3,4 juta pasang basa, panjang 1,2 mm
Chromosom Drosophila Melanogastger 6,2x10
7
pasang,
panjang 2,1 cm.



Kolagen protein paling panjang 3000.
Karena informasi genetik terletak pada urutan unit-unit
monomer (A-G-T-C) di dalam polimer, maka pasti ada
mekanisme untuk memproduksi/mereplikasi informasi
spesifik ini dengan kecermatan yang baik.
Dalam molecule DNA, konsentrasi nukleotida
deoksiadenosin (A)= Nukleotida timidin(T) A=T
Konsentrasi nukleotida deoksiguanosin(G) =
Deoksicitidin (C) G=C
Watson & Crick mengajukan model dari molekul DNA
yaitu double stranded DNA (=untaian ganda dari DNA).
Kedua strand (untai) diikat oleh ikatan hidrogen antara
basa purin &pirimidin
Pasangan-pasangan antara nukleotida purin dan
pirimidin pada untai yang berlawanan adalah sangat
spesifik & tergantung pada ikatan hidrogen antara A&T
& antara G dgn C.
A hanya dapat berpasangan dengan T dan G
hanya berpasangan dgn C karena:
Hambatan yang disebabkan ikatan fosfodiester.
Ikatan glikosidis konfigurasinya lebih banyak
berbentuk anti.
Bentuk predominan dalam polimer A-G-T-C sebab
jumlah A=T;G=C.
Kedua untai molekul double helix tadi masing-masing
punya polaritas
Keduanya anti paralel yaitu satu untai berjalan dari
kediuukan 5
1
ke 3
1
dan untai yang lain 3
1
ke 5
1 .
3 ikatan hidrogen mengikat nukleotida G&C dan 2
ikatan hidrogen mengikat A&T ikatan G-C lebih kuat
+ 50% makin banyak kandungan G-C dari molekul
DNA, makin padat molekul tersebut.
Dalam larutan, stuktur untaian ganda dapat
dilarutkan oleh:
Temperatur yang meningkat
Konsentrasi garam yang menurun
Kedua pasang basa akan terpisah dan masing-
masing basa akan merenggangkan diri dari basa
dalam untaiannya meskipun masih terikat oleh
ikatan-ikatan fosfodiester. Terjadi denaturasi.

Karena letak basa-basa yang bertumpuk tadi dan
adanya ikatan hidrogen antara ke 2 tumpukan, maka
mol DNA menunjukkan sifat sebagai fiber/serabut & dlm
larutan berbentuk viscous/kental. Kekentalan hilang
dengan denaturasi.
Pada mol DNA terdapat 2 lekukan (groove) mayor &
minor yang berjalan sepanjang molekul & sejajar
dengan ikatan fosfodiester. Pada lekukan ini protein-
protein khusus berinteraksi dgn DNA.
Kromatin
Kromatin bahan kromosom yang diekstraksi
dari inti/nukleus sel organsime eukariotik.
Terdiri dari molekul untai ganda DNA yang
sangat panjang & protein histon dalam jumlah
yang hampir sama, juga sejumlah kecil protein
non histon & sedikit RNA.
Dengan elektron mikroskop tampak adanya
partikel-partikel padat disebut nukleosom yang
dihubungkan oleh filamen-filamen DNA.
Bila satu histon (H1) diambil ari kromatin,
nukleosom menjadi kurang padat histon
bertanggung jawab terhadap pemadatan
nukleosom dalam inti.
Histon & nukleosom
Histon H1 (kaya akan lysin) adalah heterogen,
terdiri dari protein-protein dasar.
Diantara histon-histon, histon H1 yang paling
longgar ikatannya dengan kromatin sehingga
mudah dilepaskan dengan larutan garam.
Inti nukleosom mengandung:
H2A-H2B agak kaya lysin
H3B-H4 kaya arginin
Ke 4 histon ini dapat mengalami 5 macam modifikasi
kovalen yaitu asetilasi-metilaso-fosforilasi-ADP
ribosilasi dan ikatan kovalen ke prot inti.
Bila diangkat/diambil dari kromatin, histon akan saling
berinteraksi satu sama lain.
H3&H4 beragregrasi membentuk tetramer yang
mengandung masing-msing 2 molekul (H32-H42) H2A
& H2B membentuk dimer (H2A-H2B) & komplek-
komplek oligomerik (H2A-H2B)n.
Dalam nukleosom DNA tergulung sebagai helix
yang berputar ke kiri melingkari oktamer histon
yang berbentuk cakaram.
Oktamer terdiri dari satu tetramer H3-H4 (H32-
H42) dan dua H2A-H2B dimer.
H32-H42 sendiri memperlihatkan sifat-sifat DNA
sehingga merupakan peran utama pada
pembentukan nukleosom.
H32-H42 sendiri memperlihatkan sifat-sifat DNA
sehingga merupakan peran utama pada pembentukan
nukleosom.
H32-H42 dpt melindungi 80 pasangan basa dari DNA
yang melingkari bagian pusat nukleosom dari serangan
nuklease.
Penambahan H2A-H2B menstabilkan bentuk awal tadi
dan mengikat erat tambahan berupa 2 buah setengah
putaran DNA yang mula-mula hanya terikat secara
longgar pada H32-H42.
Jadi 1,75 putaran superhelix dari DNA
membungkus bagian luar permukaan oktamer
histon, melindungi 146 pasangan basa DNA dan
membentuk inti nukleosom.
Waktu DNA melingkari permukaan oktamer
histon untuk membentuk nukleosom, DNA
bersentuhan dengan histon dengan urutan sbb:
H2A-H2B-H4-H3-H3-H4-H2B-H2A
Histon H1 terikat pada DNA, ia masuk & keluar
dari inti nukleosom untuk melekatkan 2 putaran
DNA yang terdiri dari 166 pasang basa DNA
membentuk nukleosom.

Sintesa molekul RNA dari DNA merupakan suatu
proses yg sangat kompleks & melibatkan RNA
polimerase & sejumlah protein.
Tahap umum yang diperlukan untuk mentranskrip
primer adalah tahap inisiasi, elongasi & terminasi
Prinsip dasar pada metabolisme RNA harus dipahami
katena pengaturan proses ini akan mengakibatkan
berubahnya kecepatan sintesa protein & perubahan
metabolisme cara makhluk hidup beradaptasi.
Pemrosesan & penyambungan transkrip m RNA
yang keliru merupakan penyebab penyakit
misalnya: Thalassemia.

Sifat kimia dari RNA
RNA adalah polimer ribonukleotida purin &
pirimidin yang dihubungkan satu sama lain oleh
jembatan-jembatan 3
1
5
1
fosfodiester (sama dgn
DNA).
Meskipun banyak kemiripan dengan DNA, RNA
juga mempunyai beberapa perbedaan spesifik
yaitu:

1. Bagian sakar pada mana fosfat dan basa
purin/pirimidin melekat adalah ribosa, bukan 2
1

deoksiribosa seperti DNA.
2. Meskipun RNA mengandung ribonukleotida
Adenin-Guanin dan Sitosin, ia tidak
mengandung Timin kecuali pada beberapa
kasus yang jarang. RNA mengandung Urasil.
3. RNA ada dalam bentuk satu untai (single
stranded) dan bukan untai ganda (double
stranded) seperti DNA. Tapi bila diberi basa
komplemen yang cocok urutannya dengan
polaritas berlawanan satu untai RNA ini dapat
melipat dirinya sendiri dan mendapatkan bentuk
seperti double strand.
4. Karena mol RNA berupa satu untai dan
berkomplemen hanya dengan satu dari kedua
untai gene, maka jumlah guanin tidak harus
sama dengan jumlah sitosin. Jumlah adenin
tidak harus sama dengan urasil.
5. RNA dapat dihidrolisa oleh alkaki menjadi 2
1
,3
1

cyclic diester dari mononukleotida.

Informasi yang terdapat dalam satu untai RNA
terletak pada urutan (stuktur primer) dari
nukleotida purin &pirimidin
Urutan ini berkomplemen dengan sense strand
dari gene, darimana ia ditranskripsi. Ia tidak
akan berkomplemen dengan anti sense strand
dari DNA.
DNA Strand

Anti Sense 5
1
TGGAATTGTGAGCD
Sense 3
1
ACCYYAACACTCGC
RNA
Transkript 5
1
UGGAAUUGUGACGC
Jadi urutan molekul RNA kecuali U yang
menggantikan T, adalah sama dengan urutan
anti sense strand dari gene tersebut.
Sejumlah kecil dari double stranded RNA selain t
RNA ditemukan juga pada manusia. Double
stranded RNA ini mungkin mempunyai fungsi
fisiologis sperti berlaku sebagai perangsang
pembentukan interferon.
Interferon = Suatu protein antivirus yang
dihasilkan oleh banyak sel-sel binatang sebagai
mekanisme pertahanan.

Stuktur Organisasi RNA
Pada semua organisme prokariotik dan
eukariotik, ada 3 kelas molekul RNA yaitu:
Messenger RNA (m RNA)
Transfer RNA (t RNA)
Ribosomal RNA (r RNA)
Tiap kelas berbeda dari yang lain yaitu
ukurannya, fungsinya, dan stabilitasnya.
Messenger RNA (m RNA)
Yang paling heterogen dalam ukuran dan stabilitasnya
Semua anggota kelas ini berfungsi sebagai
utusan/pembawa yang memindahkan informasi dari
suatu gene ke mekanisme sintesa protein, dimana tiap
m RNA berlaku sebagai template (cetakan), pada mana
suatu urut-urutan asam amino yang spesifik
dipolimerisasikan untuk membentguk mol protein yang
spesifik.
Transkripsi informasi genetik yang ada dalam
DNA ke m RNA. Kemudian ditranslasi oleh
ribosom untuk membentuk molekul protein
spesifik.
M RNA ini single stranded dan komplementer
dengan sense strand dari gene-nya.
Molekul RNA terutama pada mamalia
mempunyai sifat yang khas.
Ujung 5
1
dari m RNA ditutup oleh 7 metil guanosin
tripospat yang terikat pada 2-0-metil ribonukleosida
pada gugus OH 5
1
nya dengan perantaraan ke 3
phosphatnya.
Mol m RNA sering mengandung 6 metil adenilat &
nukleosida mengandung 2 metil ribosa.
Meski tutup RNA ini belum jelas tetapi mungkin
berhubungan dengan pengenalan m RNA ini oleh
mekanisme translasi terhadap m RNA menjadi protein
pada 5
1
ini/ujung yang tertutup
Ujung lain dari mol RNA, yaitu ujung 31 hidroxil,
melekat pada satu polimer adenilar yang
panjangnya 20-250 nukleotida. Fungsi khusus
dari buntut poly-A ini tidak jelas, mungkin
untuk mendapatkan stabilitas intraseluler dari m
RNA yang khas. M RNA dari histon tidak
mengandung poly A.
Transfer RNA (t RNA)
Terdiri dari 75 nukleotida sehingga BM=25.000
Molekul t RNA berlaku sebagai adaptor untuk
translasi informasi dari urut-urutan nukleotida m
RNA menjadi asam-asam amino spesifik. Paling
sedikit ada 20 mol t RNA dalam tiap sel, masing-
masing untuk tiap asam amino dari 20 asam
amino yang diperlukan untuk sintesis prot.
Meskipun tiap t RNA urutan nukleotidanya
berbeda dari yang lain, tapi mempunyai sifat
umum yang sama. Stuktur primer (yaitu urutan
nukleotida) dari semua mol t RNA dapat melipat-
lipat dan menghasilkan komplementer antara
strand itu sendiri (intra strand) sehingga
menghasilkan stuktur sekunder
Semua mol t RNA mempunyai urutan ACC pada ujung
3
1
.
Gugus karboxil dari asam amino dilekatkan dengan
ikatan ester pada gugus hidroxil 3
1
dari gugus adenosil.
Anticodon loop yang terdapat pada bagian akhir dari
pasangan basa akan mengenali triplet ukuran
nukleotida atau kodon dari template m RNA. Pada
hampir semua mol t RNA ada loop yang mengandung
nukleotida ribothimin dan pseudouridin (T loop) &
loop lain mengandung dehidrourasil (DHU loop)
Ribosomal RNA (r RNA)
Ribosom adalah stuktur nukleoprotein sitoplasma yang
merupakan mesin untuk sintesa protein dari template
RNA.
Dalam ribosom, molekul-molekul m RNA & t RNA
berinteraksi untuk melakukan translasi molekul protein
spesifik, informasi yang ditranskripsi dari gen.
Partikel2 ribosom sangat kompleks, dibentuk dari paling
sedikit 4 RNA berbeda & hampir 100 molekul protein
spesifik.

Fungsi sebenarnya dari r RNA dalam partikel
ribosom belum jelas dimengerti, tapi mereka
diperlukan untuk membentuk ribosom dan
rupanya menyediakan urut-urutan spesifik di
mana m RNA dapat terikat agar dapat ditranslasi
Replikasi-transkripsi& processing
Pada waktu terjadi replikasi, tiap strand dari
double strand DNA akan terpisah satu sama
lain/terpisah dari komplemennya. Kemudian
masing2 dapat berlaku sebagai template pada
mana strand baru akan terbentuk.
Molekul double strand yang baru akan
mengandung masing2 satu untai dari DNA asal.
Awal dari sintesa DNA terjadi setelah terbentuk
rantai pendek dari RNA, kira2 sepanjang 10
nukleotida. Pada ujung 31 hidroksil akan
melekat deoxiribonukleotida yang pertama.
Proses ini merupakan serangan nukleofilik oleh
gugus 31 hidroksil dari RNA terhadap fosfat
dari deoksinukleosida trifosfat dengan lepasnya
Ppi.

Gugus 3
1
hidroksil dari deoksi ribonukleosida
monofosfat yang baru melekat, kemudian dapat
melakukan serangan nukleofilik terhadap
deoksiribonukleosida trifosfat dengan cara yang sama.
Pemilihan deoksiribonukleosida yang harus dilekatkan
tergantung pada pasangan dari template strand dari
molekul DNA.
Yang menentukan urutan yang hrs melekat
TEMPLATE!!!
TERIMA KASIH
Fragmen2 DNA yang melekat pada RNA awal
ditemukan oleh Okasaki disebut OKASAKI PIECES.
Setelah terbentuk banyak okasaki poieces ini,
mekanisme replikasi kemudian akan melepaskan RNA
primer tersebut, kemudian mengisi kekosongannya
dengan deoksi nukleotida yang cocok pasangannya.
DNA yang baru dibentuk kemudian disegel oleh enzim2
yang disebut DNA ligase.
Ke 2 strand molekul DNA adalah anti paralel.
Replikasi DNA terjadi bersama-sama sekaligus
pada ke dua strand. Tapi enzim yang dapat
melakukan polimerisasi DNA dengan arah 3
1
-5
1

tidak ada. Jadi strand DNA yang baru
mengalami replikasi tidak dapat tumbuh
bersama-sama dalam 1 arah.
Satu enzim akan melakukan replikasi terhadap kedua
strand secara serentak. Enzim ini akan melakukan
replikasi terhadap satu strand (leading strand) dengan
arah 5
1
dan 3
1
secara berturutan.
Enzim tersebut akan melakukan replikasi terhadap
strand yang satu lagi (lagging strand) secara terputus2
dengan cara membelakangi arah replikasi yang
pertama.
Pada inti sel pengambilan RNA primer
merupakan bagian dari proses replikasi
sedangkan pada mitokondria RNA tetap tinggal
sebagai bagian dari stuktur DNA.
Pada sel mamlia didapatkan macam2
polimerase:
Maxi polimerase (polimerasi alfa)utk replikasi
kromosom
Mini polimerase (polimerase beta) terdapat dalam
intitidak berfugnsi pada replikasi tapi berfungsi
reparasi DNA.
Polimerase ganna replikasi DNA mitokondria,
yaitu mol DNA yang berbantuk lingkaran.
Pada waktu tjd replikasi dari double strand DNA,
harus terjadi pemisahan dari ke 2 strand supaya
tiap strand dapat berlaku sebagai template untuk
deoksinukleosida trifosfat yang akan masuk.

Pemisahan tsb dilakukan oleh mol prot spesifik
yang menstabil;kan stuktur single strand tsb
selama replikasi tjd.
Selain pemisahan ini, hrs tjd jg pelepasan btk
spiral (unwinding). Supaya replikasi DNA yang
baru bisa membentuk spiral (rewinding)
Melihat waktu yang diperlukan, maka unwinding
harus terjadi 400.000 putaran/detik tidak
mungkin terjadi.
Solusi dengan enzim lubang yang
mempermudah unwinding. Lubang tersebut
disebut DNA topoisomerase yang akan ditambal
setelah unwinding selesai.
Regulasi Sintesa DNA
Pada binatang & manusia, replikasi DNA hanya
terjadi pada saat tertentu dalam sel. Periode ini
disebut fase sintetik/fase S.
Fase S terpisah dari phase mitosis oleh fase G1
dan fase G2 yaitu sebelum dan sedudah fase S.

G2

PHASE S MITOSIS

G1

Sel melakukan regulasi sendiri terhadap sintesa
DNA-nya yaitu sebagai persiapan menjelang
pemecahan sel oleh mitosis.
Selama phase S, sel banyak mengandung
polimerase alpha, juga enzim yang membentuk
deoxiribonukleosida triphosphat.
Setelah fase S keaktifan enzim2 tersebut
sampai tiba fase S berikut.

Selama fase S, DNA nukleus mengalami
replikasi seluruhnya dan hanya 1 kali.
Jadi sekali kromatin mengalami replikasi, ia
ditandai supaya tidak mengalami replikasi lagi
sampai selesai mitosis.
Penundaan ini dilakukan oleh metilasi.
Degradasi & Reparasi DNA
Keutuhan informasi genetis dalam RNA
merupakan hal yang penting untuk kehidupan
suatu organisme/species.
Harus ada mekanisme untuk memperbaiki
kerusakan2 pada DNA yg tjd akibat kesalahan
replikasi &gangguan lingkungan.
Kerusakan DNA oleh lingkungan dapat
diklasifikasi dalam 4 tipe:
1. Perubahan 1 basa
2. Perubahan 2 basa
3. Putusnya rantai
4. Ikatan silang/cross linkage
Kerusakan ini dapat diperbaiki, diganti, tetap
(= mutasi, Ca, kematian sel).
Kunci dari perbaikan ini terletak pada
pengenalan yang dini terhadap kerusakan &
memperbaikinya dgn segera atau menandai
untuk diperbaiki nanti.
Replikasi perbaikan ini dapat tampak sbg
unscheduled DNA Syntesis (Sintesa DNA bukan
pada waktunya masuknya prazat2 DNA ke
dalam DNA pada waktu sel berada di luar fase
S).
Contoh penyakit karena kerusakan DNA:
- Xeroderma pigmentosum penyakit genetik
autosomal recessive. Gejala: hipersensitif thd sinar
matahari (UV) & poembentukan multiple skin
cancers & kematian yang dini.
- Ataxia-teleangiectasi penyakit autosomal
recessive. Terjadi cerebellar ataxia &
lymphoreticular neoplasma. Terdapat
hipersensitivitas sampai kerusakan oleh x Ray.


Fanconis anemia anemia disertai kemungkinan
kanker yang meninggi.
Perubahan pada urut-urutan basa purin dan
pirimidin akibat hal-hal tsb mengakibatkan
perubahan apda pembentukan protein mutasi
Sintesa RNA
Urut-urutan ribonukleotida dalam mol RNA
komplementer dgn urut-urutan
deoksiribonukleotida dalam satu strand DNA
template. Strand yg ditranskripsi ke mol RNA
disebut sense strand dari DNA. Strand satu lagi
disebut anti sense strand.
Bila molekul DNA mengandung banyak gen, sense
strand untuk setiap gene tidak selalu harus satu.
Strand dari DNA dapat berlaku sebagai sense strand
untuk beberapa gene & merupakan anti sense.
Yang bertanggung jawab terhadap polimerisasi
ribonukleotida menjadi urut-urutan yang komplementer
dengan sense strand dari gene adalah DNA dependent
RNA polimerase.
Enzim tsb akan melekat pada tempat khusus yg
disebut promoter, yg letaknya di arah ujung 3
1

dari strand gene yg akan ditranskripsi.
Inti dari RNA polimer ini mempergunakan suatu
protein faktor spesifik yg disebut faktor sigma yg
membantu inti enzim untuk melekat erat2 pada
urutan2 deoksinukleotida spesifik dari daerah
promoter.
Inti polimerase + faktor sigma = holoenzim
Dg adanya keempat ribonukleosida triposfat (ATP-GTP-
CTA-UTP), holoenzim ini memulai gerakan sepanjang
sense strand ke arah ujung 5
1
, enzim melakukan
polimerisasi dgn urutan2 spesifik seperti yang telah
diatur oleh template & aturan pasangan 2 basa.
Pada reaksi polimerisasi ini dilepaskan pirofosfat.
Yang pertama dipolimerisasikan ke arah molekul RNA
adalah ribonukleotida purin.
Proses Sintesis RNA
Mula2 holo RNA polimerase terikat pada
template yaitu pada promoter.
Terjadi awal pembentukan mol RNA pada ujung
5
1
dgn melepaskan faktor sigma.
Perpanjangan mol RNA terus terjadi dari ujung
5
1
ke 3
1
anti paralel dgn templatenya.
Akhir sintesa RNA ditandai oleh urutan spesifik dalam
sense dari DNA, tanda ini dikenali oleh termination
protein, faktor rho
Setelah sintesa RNA berakhir, inti enzim akan
mengenali suatu promoter lagi untuk memulai lagi
sintesa RNA baru.
Lebih dari 1 molekul RNA polimerase dapat melakukan
transkripsi sense strand yang sama dari suatu gene,tapi
proses ini diatur sedemikian rupa sehingga pada suatu
saat masing2 melakukan transkripsi thd bagian2
berlainan dari urut-urutan DNA tsb.
Antibiotik rifampicin menghambat ikatan
prokariotik DNA dependent RNA polimerase ke
promoter dari gene.
Sel mamalia mempunyai beberapa DNA
dependent RNA polimerase, masing-masing
bertanggung jawab untuk transkripsi gen yang
berbeda.
Toxin dari jamur amanita Phalloides ( amanitin)
merupakan inhibitor spesifik thd DNA dependent
RNA polimerase dalam nukleoplasma organisme
eukariotik.
Nuklease = Enzim2 yg dpt memecah as. Nukleat
Yang memecah DNA Deoxiribonuklease
Yang memecah RNARibonuklease
Ada enzim yg sewaktu memecah ikatan
fosfodiester menghasilkan ujung 3
1
hidroksil dan
5
1
fosforil atau 5
1
hidroksil & 3
1
fosforil disebut
endonuklease.
Beberapa enzim dapat menghidrolisa kedua
strand dari mol double stranded. Ada yg hanya
dapat memecah as nukleat yg single stranded.
Nuklease yg menghidrolisa nukleotida hanya bila
ia ada di ujung molekul disebut exonuklease.
Sintesis RNA meliputi Inisiasi, elongasi,
terminasi.

Inisiasi
Pembentukan molekul RNA pada ujung 5
1
-nya,
disertai pelepasan faktor sigma.
Elongasi molekul RNA terjadi dari ujung 5
1
ke 3
1

berlanjut anti paralel thd cetakannya.
Enzim tersebut mengadakan polimerisasi
ribonukleotida dalam suatu rangkaian spesifik
yang didikte oleh benang cetakan dan ditafsirkan
oleh kaidah pembentukan basa watson-crick.

Pirofosfat dilepaskan dalam reaksi polimerisasi.
Baik dalam organisme prokariot maupun
eukariot, ribonukleotida purin biasanya
merupakan unsur pertama yang akan
mengalami polimerisasi ke dalam molekul RNA.
Elongasi
Ketika kompleks elongasi yang mengandung RNA
polimerasi inti berlanjut di sepanjang molekul DNA,
peristiwa pembukaan gelungan DNA harus terjadi untuk
mencapai pembentukan pasangan basa yang tepat dari
nukleotida benang pengkode.
Derajat DNA yang tdk terbuka selalu tetap selama
transkripsi. Dan diperkirakan ada + 17 psg basa
permolekul polimerase.

Ukuran regio DNA yg blm dibuka ditentukan
oleh polimerase & tdk tgt pada rangkaian DNA
dlm kompleks tsb.
Menunjukkan RNA polimerase mempunyai
kaitan dengan aktivitas enzim unwindase yg
membuka helix DNA.
Terminasi
Terminasi sintesis molekul RNA ditentukan lewat sinyal
dari suatu rangkaian dalam benang cetakan mol DNA,
dan sinyal yang dikenali oleh protein terminasi ini
adalah faktor Rho.
Setelah terminasi enzim tersebut terpisah dari
cetakan DNA.
Enzim inti kemudian mengenali promoter, dimana
sintesis molekul RNA yang baru itu dimulai.
Lebih dari 1 enzim DNA polimerase dpt
mentranskripsi benang cetakan yg sama pada
suatu gen bersamaan.
Proses tersebut akan diatur fase dan jarak
diantaranya shg pada saat yg sama masing2
enzim melakukan transkripsi bag yang berbeda
pada rangkaian DNA.
Rangkaian DNA tertentu sangat penting sbg
sinyal transkripsi.
Analisis rangkaian DNA pada gen spesifik (lewat
teknologi rekombinan DNA) memungkinkan
pengenalan akan sejumlah rangkaian yg penting
dlm transkripsi gen.
RNA primer (RNAP) dpt menemukan tmp yag
benar utk memulai transkripsi;
Krn walaupun RNAP dpt berikatan dgn byk regio
pada DNA, tapi RNAP akan melacak rangkaian
DNA dg kec 10
3
Bp/detik sampai mengenali
regio spesifik DNA tmp RNAP berikatan
padanya dgn afinitas yg tinggi.
Regio tsb dinamakan promoter, & ikatan RNAP
dgn promoter inilah yg menjamin proses inisiasi
transkripsi yang akurat.

Modifikasi RNA
Molekul2 RNA sering diproses terlebih dahulu
sebelum menjadi molekul yang fungsional m
RNA, t RNA, r RNA.
Modifikasi m RNA
Dalam organisme prokariot, transkrip primer
pada gen yang mengkode m RNA sudah mulai
berfungsi sebagai cetakan translasi bahkan
sebelum proses transkripsinya selesai.
Hal tsb tjd akibat tmp transkripsi blm diformat ke
dlm nukleus sebagaimana yg tjd pada eukariot.

Jadi translasi &transkripsi dirangkai dalam sel
prokariot.
Akibat: m RNA prokariot hanya mengalami
sedikit modifikasi & pemrosesan sebelum
melaksanakan fungsinya dlam sintesa protein.
Molekul r RNA & t RNA prokariot
ditranskripsikan dalam unit yag lebih panjang
daripada molekul akhirnya.
Dalam organisme prokariot diperlukan pemrosesan mol
prekursor r RNA & t RNA utk pembentukan molekul
fungsional yg matur.
Hampir semua transkrip primer RNA eukariot
menjalani proses yg ekstensif di antara saat transkrip
tsb disintesis & pada saat melaksanakan fungsi
akhirnya, apakah sebagai m RNA atau sbg molekul
stuktural seperti r RNA, t RNA, dsb.
Pemrosesan tjd di nukleus
Pemrosesan itu adalah:
Pembentukan tutup
Reaksi nukleolisis & ligasi
Penambahan terminal nukleotida
Modifikasi nukleotida.
Pada sel mamalia 50-70% dari RNA nukleus termasuk
RNA dgn tutup terminal 5
1
tidak turut membentuk m
RNA sitoplasma

Kehilangan RNA nukleus secara bermakna > yg
selayaknya ditimbulkan oleh rangkaian penyela sendiri.
Jadi fungsi yang tepat pada transkrip yang berlebihan
belum diketahui.
Pola alternatif pada penyambungan RNA akan
dikendalikan perkembangannya.
Contoh: m RNA sitoplasma utk amilase dlm kel
salivarius tikus& dlm hati menunjukkan perbedaan pada
rangkaian nukleotida 5
1
, sedangkan gen2 m RNA lain
yg mengandung regio pengkode & tmp penambahan
poly A tampak identik.
Sekalipun transkrip primer itu sangat besar dan
tumpang tindih, tmp2 penyambungan yg berbeda
digunakan untuk merangkaikan 2 tutup yag berlainan &
sejumlah rangkaian pendahulu pada bagian m RNA yg
sama.
Pola alternatif pada penyambungan RNA digunakan
untuk menghasilkan 2 m RNA rantai berat
imunoglobulin yg berbeda, yaitu satu m RNA kode
untuk prot rantai berat yg terikat pada membran. Yang
lain kode prot rantai berat untuk diekspresikan.
Penyambungan RNA biasanya diperlukan bagi
pembentukan molekul2 m RNA, & syarat proses
penyambungan ini mekanisme tambahan dalam
pengaturan diferensial ekspresi gen.
Thalassemia: penyakit dimana gen globin pada
hemoglobin sangat kurang dihasilkan/diekspresikan.
Terjadi akibat perubahan nukleotida akibat kerusakan
pada kerangka pembacaan translasi fundamental
mengurangi nilai ketepatan yg hrs dipertahankan dlm
proses penyambungan RNA-RNA.
RNA sebagai katalisator
Disamping fungsi katalisis yg dilaksanakan oleh m RNA
dakan pembentukan m RNA, sedikitnya 3 reaksi
pemrosesan RNA dikatalisis oleh RNA (dapat betindak
sbg enzim).
RNA dimodifikasi pada ujung 5
1
& 3
1
Molekul m RNA mengandung stuktur bertutup pada
ujung terminal 5
1
-nya, dan poly A pada ujung terminal
3
1
.
Tutup 5
1
fungsinya berhubungan dgn pengenalan
oleh mekanisme translasi.

Pembentukan kompleks ribonukleoprotein yg
dibutuhkan utk reaksi penyambungan.
Pengangkutan m RNA serta inisiasi translasi
Melindungi ujung 5
1
m RNA thd serangan oleh
enzim 5
1
-3
1
eksonuklease.
Fungsi poly A blm jelas, diduga berhubungan
dengan kestabilan melindungi ujung m RNA
terhadap eksonuklease.

Ukuran molekul2 m RNA sitoplasma > dari
ukuran yg diperlukan utk memberi kode bagi
protein spesifik yg merupakan cetakannya,
bahkan setelah poly A dikeluarkan.
Nukleotida tambahan tjd dlm regio yg tidak
ditranslasikan.Fungsi ? Diduga terlibat dlm
pemrosesan, pengangkutan, penguraian &
translasi.
Modifikasi t RNA
t RNA dimodifikasi secara ekstensif
t RNA merupakan molekul penyelaras utk translasi m
RNA menjadi rangkaian protein.
Mengandung banyak modifikasi pada basa standar A,
U, G, C.
Sebagian merupakan derivat termetilasi, sebagian
mempunyai ikatan glikosida yang disusun kembali.
Ditranskripsi sebagai molekul prekursor yang besar dan
mengandung rangkaian > 1 m RNA, yang kemudian
mengalamai pemrosesan nukleotisis dikurangi
ukurannya oleh suatu ribonuklease spesifik.
Modifikasi t RNA alkilasi nukleotida dan perlekatan
terminus ACC pada ujung molekul 3
1
.
Meripakan titik perlekatan AA spesifik yg akan masuk
ke dlm reaksi polimerisasi pada sintesa protein.
Metilasi berlangsung dalam nukleus
Proses pembelahan & perlekatan ACC tugas di
sitoplasma pertukaran terminus > cepat dari
pertukaran molekul t RNA sendiri.
Perlekatan AA pada residu ACC membutuhkan
enzim (dlm sitoplasma)
Modifikasi r RNA
R RNA disintesis sebagai molekul prekursor yang
besar.
Prekursor diproses dalam nukleolus untuk
menghasilkan komponen RNA bagi sub unit ribosom yg
ditentukan dalam plasma.
Gen r RNA tdp dlm nukleolus, kopi gen terdapat dlm
tiap sel.
Gen r RNA ditranskripsikan sebagai unit-unit, masing-
masing mengkode (5
1
-3
1
) ribosomal RNA 18 S, 5 S, 8
S, & 28 S.
Separuh transkrip primer degradasi
Selama pemrosesan r RNA terjadi metilasi
lebih lanjut & akhirnya di dalam nukleolus,
rantai tersusun menjadi sub unit yg lebih
besar.