Pengaruh Proses Rekombinasi DNA terhadap Status Gen

Rudy Setiady
10.2012.323, Kelompok D-7
Mahasiswa Kedokteran
Fakultas Kedokteran, Universitas Kristen Krida Wacana
Alamat : Fakultas Kedokteran - Universitas Kristen Krida Wacana, Jalan Arjuna Utara Nomor 6, Kebon Jeruk
Jakarta Barat 11510
email : setiadyrudy@hotmail.com

Pendahuluan
Tubuh manusia pada dasarnya tersusun atas sel. Sel yang berkumpul membentuk sebuah
jaringan, jaringan membentuk sebuah organ dan kumpulan organ inilah yang disebut manusia.
Maka setiap sel yang berekeja sama ini lah yang membentuk manusia tersebut. Seiring dengan
perkembangan teknologi biologi molekuler maka bagian dalam sel dapat diamati lebih lanjut. Di
dalam sel ini sebenarnya terkandung banyak sekali organel didalamnya yang cara kerjanya diatur
oleh nukleus.
Nukleus ini adalah pusat utama dari sebuah sel yang menjadi dasar pembuatan manusia.
Proses pembuatan manusia ini tidaklah mudah, ada banyak langkah yang harus dilewati sebuah
sel agar dapat berkembang dan bertambah banyak. Dalam proses yang panjang ini memiliki
kemungkinan kesalahan dalam perakitan manusia tersebut.
Pada era sekarang ini teknologi biomolekuler atau yang biasa disebut biomol sering
digunakan untuk mengobati penyakit tertentu dengan teknik rekayasa genetika maupun dengan
teknik lainnya. Dalam melakukan teknik ini diperlukan bahan-bahan tertentu yang salah satu
bahan utamanya adalah enzim, karena enzim memiliki berbagai macam fungsi tertentu.
Di dunia kedokteran sekarang ini diagnosa tingkat sel juga sudah mulai ditinggalkan dan
berali ke tingkat molekuler karena molekul ini memiliki potensi yang luar biasa dalam berbagai
bidang. Maka dengan dikembangkannya teknologi biomolekuler, diharapkan kelainan ini dapat
didiagnosa, dicegah, atau bahgan diobati agar dapat meningkatkan kualitas hidup penderitanya.

Pembahasan
2.1 Penjelasan Sel
1

Sel merupakan satuan terkecil penyusun makhluk hidup yang jumlahnya rata-rata sekitar
10^14 sel. Sel ini memiliki bentuk, ukuran dan fungsi yang berdea-beda dalam tubuh. Sel ini juga
dapat diibaratkan sebagai pabrik kimia tubuh yang tidak pernah berhenti karena selalu
melakukan aktifitas seperti sintesis dan aktifitas kimiawi lainnya di dalam sitoplasma. 1 Di dalam
sitoplasma ini terdapat komponen sel yang disebut sebagai organel sel.
Organel ini dilindungi oleh membran sel sehingga sel tidak mudah hancur. Diantara
organel-organel lainnya, yang terlihat paling menonjol adalah nukleus. Nukleus ini merupakan
inti dari sel yang tugasnya mengatur semua aktifitas sel mulai dari metabolisme, hingga
pembelahan sel itu sendiri. Nukleus ini juga memiliki selubung nukleus yang menyelebungi
nukleus untuk melindungi isi dari nukleus tersebut.

Gambar 1. Ilustrasi Sel.2

Seperti yang dapat dilihat pada ilustrasi 1, nukleus adalah bagian yang paling mencolok
karena memiliki ukuran diameter rata-rata sebesar 5 m. 2 Nukleus inilah bagian dari tepenting
dari sel karena di dalamnya terkandung kromosom yang tersusun atas DNA.
2.2 Kromosom dan DNA
Kromosom berada di dalam nukleus dalam bentuk kromatin. Bentuk kromosom ini
diibaratkan seperti benang kusut yang terdiri dari DNA dan protein. DNA inilah yang berisi

tentang catatan aktifitas yang akan dilakukan sel.3 Sehingga bila terjadi kesalahan dalam
pengkodean DNA ini maka seluruh aktifitas sel akan terganggu.
Seperti yang sudah diketahui, pembelahan sel ini dimulai dari pembelahan nukleus yang
disebut sebagai kariokinesis. Pembelahan sel ini pun terbagi atas mitosis dan meiosis. Pada
proses pembelahan mitosis sel terbelah menjadi 2 yang identik, anak hasil pembelahan sel
memiliki DNA yang sama dan identik. Sedangkan dalam pembelahan meiosis kromosom
berkembang menjadi 46 buah (23 pasang).2
Jumlah normal kromosom pada manusia adalah sebanyak 46 buah atau 23 pasang dimana
salah satu pasangan adalah kromosom seks yang menentukan jenis kelamin. Di dalam ke 46 gen
ini terdapat sekitar 100.000 gen yaitu informasi yang mengatur semua kegiatan di dalam sel. Gen
ini adalah suatu catatan informasi untuk membentuk sifat tertentu yang tertulis di sepanjang
benang DNA.3
Kromosom ini memiliki bentuk dan ukuran yang berbeda-beda, maka kromosom ini
kelompokan menjadi 23 pasang berdasarkan bentuknya. Kromosom X dan Y merupakan
kromosom penentu jenis kelamin, Y untuk pria dan X untuk semua. Sehingga wanita memiliki
kromosom XX dan pria adalah XY. Kromosom ini mengandung serabut kromatin yang terdiri
dari DNA. Adanya pertambahan ataupun kekurangan kromosom ini dapat menyebabkan suatu
mutasi pada sel tubuh manusia yang berdapak pada tubuh manusia juga.
DNA atau Deoxyribose Necleid Acid adalah ribosa yang oksigennya sudah tertarik atau
tidak ada. Seperti yang sudah dibahas sebelumnya DNA terletak dalam kromatin yang berbentuk
serabut. Bentuk DNA adalah doublehelix yang terlihat seperti dua garis berpasangan. DNA ini
terdiri atas 3 miliar satuan rantai yang tersusun atas gula pentosa, basa nitrogen dan phospat. 3
Yang membedakan manusia dengan manusia lain adalah susuan dari urutan basa nitrogen di
dalam DNAnya.

Gambar 3. Nukleus, Kromosom, DNA.

Seperti yang dapat dilihat dari gambar 3, pada tingkat molekuler nukleus ternyata berisi
DNA yang mengaturnya. Pada saat pembelahan sel nukleus sebagai inti sel akan terbelah, maka
secara tidak langsung maka kromosom dan DNA di dalamnya akan ikut terbelah juga.
Dalam pembelahan dan perkembangan sel inilah kemungkinan terjadinya mutasi atau
kesalahan dalam pengkodean DNA. Kesalahan ini bisa berakibat fatal karena merusak susunan
aktifitas suatu sel dan berdampak besar pada mekanisme kerja tubuh. Kondisi ini diperparah
karena sulitnya mengobati kelainan ini dan gejalanya terkadang sulit didiagnosa.
2.3 Pemeriksaan Kromosom
Kariotype kromosom manusia terdiri dari 22 pasang autosom dan 1 pasang gonosom.4
Kromosom ini ikut membelah pada saat berlangsungnya permbelahan sel secara mitotis.
Indikator normal suato kromosom adalah bila hasil pembelahan memiliki sifat identik dengan sel
aslinya. Maka pemeriksaan kromosom dilakukan pada saat sel sedang melakukan pembelahan
secara mitosis.

Proses pemeriksaan kromosom ini dimulai dengan memicu membelahnya sel secara
mitosis. Apabila sel dihentikan pembelahannya di suatu fase pada mitosis dan intisel dilisiskan
dengan suatu pembengkakan osmotik, preparat kromosom ini dapat dibuat dan difoto. Potongan
foto masing-masing kromosom kemudian dapat disusun sesuai penurunan ukuran dan
dibandingkan satu sama lain dan dengan tata nama morfologik standart. Selain itu kromosom
juga dapat diwarnai dengan berbagai metode yang menghasilkan berbagai pita.
Bergantung pada letak pita dan intensitas pewarnaan, pita-pita tersebut kemudian di
subklasifikasikan. Titik pemutusan (breakpoint), pertukaran bahan genetik antara kromosomkromosom, dan kelainan lain juga dapat dianalisis. Juga dapat dilihat adanya kelebihan bahan
kromosom. Kelainan bahan kromosom dapat didiagnosis dan dibuat prognosisnya. Ada pula cara
untuk

memeriksa

kromosom

yaitu

analisis

dengan

menggunakan

berbagai

Probe

(pelacak).molekuler dan genetik dapat mengidentifikasi titik-titik pemutusan di kromosom

spesifik yang mungkin penting untuk memahami perkembangan penyakit, terutama kanker.
Beberapa kromosom memengandung bagian-bagian rapuh (fragile sites) yang mungkin
merupakan titik pemutusan penting yang menyebabkan pertumbuhan sel tidak terkendali. Teknik
banding dapat dengan jelas memperlihatkan stuktur subkromosom dan memungkinkan untuk
memetakan kromosom secara lebih rinci. Klonalitas dan kelainan kromosom ini juga dianalisis
dengan Probe molekular yang ditabel reaksi penada.4
Jadi analisis kromosom dengan menggunakan Probe molekular ini dapat melacak
terjadinya kelainan kromosom dan perkembangan kelainan pada saat terjadinya pembelahan sel
yang umumnya terjadi kesalahan pada saat translokasi.
2.4 DNA Rekombinan
Seiring berkembanganya ilmu bioteknologi di bidang kedokteran, maka teknik diagnosis
dengan molekul dan DNA semakin berkembang. Pengobatan dengan rekayasa DNA juga sering
dilakukan guna mendapatkan hasil yang maksimal. Teknik rekombinan DNA ini umumnya
dilakukan pada rekayasa genetika dan untuk menganailisis DNA melalui metode southern
blotting. Fragmen DNA disisipkan pada vektor, ditransformasikan ke dalam sel dan dilakukan
penapisan terhadap koloni bakteri yang tumbuh.

Rekayasa genetika ini pada dasarnya digunakan untuk memanipulasi sifat suatu bakteri
untuk kepentingan tertentu. Teknik umum DNA rekombinan ini akan diringkas dalam ilustrasi
berikut:
5

Gambar 4. Proses Rekombinan DNA.5

Dari ilustrasi (gambar 4) dapat dilihat bahwa DNA yang dikehendaki disisipkan ke dalam
plasmid setelah dimasukan ke dalam plasmid DNA rekombinan ini dimasukan kedalam inang
dan dibiarkan berkembang biak. Proses menyisipkan DNA ke plasmid ini membutuhkan peran
6

enzim yaitu enzim ligase (untuk menyambung) dan enzim restriksi. Enzim restrisksi untuk
memotong baik DNA yang dikehendaki ataupun tempat dari plasmid tersebut. Maka kegunaan
enzim ini dalam berbagai reakaya genetika sangat besar.
Adapun kegunaan DNA rekombinan ini untuk memproduksi protein yang diingkan untuk
mengubah sebuah cetakan individu (rekayasa genetika), atau untuk memperbanyak produk kimia
yang dihasilkan, atau pula untuk teknologi stem cell. Maka Teknologi DNA rekombinan ini dapat
diterapkan dalam dunia kedokteran.

2.5 Enzim Restriksi

Enzim restriksi endonuklease adalah enzim bakteri yang mengenali memotong sekuens
nukleotida di dalam molekul DNA berantai ganda. Enzim ini memotong DNA menjadi fragmen
panjang yang bervariasi, bergantung pada berapa banyak situs yang dikenali enzim tersebut
berada di dalam molekul DNA. Sebagian besar enzim yang digunakan untuk pengklonan
biasanya mampu mengenali sekuens pasangan basa sepanjang 4-8 nukleotida dan melakukan
pemotongan dalam nukleotida tersebut.6

Gambar 5. Potongan Enzim Restiksi.5

Potongan ini biasa dilakukan pada urutan tertentu yang khas dan berbeda-beda setiap
enzimnya. Akan tetapi sebagian besar urutan yang dikenali oleh enzim restriksi ini adalah
7

palindrom, yaitu kedua untai DNA yang memiliki urutan yang sama apabila dibaca dalam arah 5
ke 3. Hasil potongan ezim ini pun berbeda beda. Maka enzim restriksi ini dapat dibedakan
menjadi 2 sesuai dengan fragmen yang dihasilkan. Bila fragmen tersebut dengan ujung kohesif
disebut sticky end dan bila ujungnya tumpul disebut dengan blunt end.6,7 Potongan ini dapat
dilihat dalam gambar 5. Pada gambar tersebut dapat dilihat potongan sticky end tidak rata
sedangkan untuk blunt end memiliki potongan yang rata. Akan tetapi yang sering digunaka
dalam penelitian adalah enzim ECO-R1 yaitu sticky end. Eco R-1 ini juga mudah didapatkan
karena berasal dari bakteri e-coli.
2.6 Pemeriksaan DNA
Pemeriksaan DNA ini digunakan untuk meneliti apakah sebuah DNA normal atau bersifat
patologis. Maka diperlukan proses isolasi suatu DNA yang normal dan DNA yang tidak normal
dari individu tersebut. Proses isolasi ini membutuhkan beberapa tahap yaitu restriksi enzim,
pengklonan, reaksi berantai (PCR), Elektroforensis gel, Bloting dan pembuatan Probe.7
Isolasi bertujuan untuk mengunci DNA donor baik yang normal dan bermasalah dan
memperbanyaknya untuk penelitian (yang bermasalah) dan untuk memproduksi protein yang
baik dalam skala besar (yang normal).6 Tahap-tahap ini cukup panjang dimulai dari pemotongan
dengan enzim, pengklonan untuk memperbanyak, PCR untuk memperbanyak DNA yang
diingankan, Bloting untuk membandingkan sel yang normal maupun yang patologis, dan Probe
untuk menelitinya.

Gambar 6. Elektroforensis Gel.2

Pada gambar 6 dapat dilihat bahwa dengan menrestiksi DNA menggunakan enzim
restriksi setipe (ECO R-1) maka DNA yang sesuai pengkodean akan terpotong sedangkan yang
tidak sesuai tidak akan terpotong. Bila dilihat melalui Elektroforensis gel maka DNA yang
normal memiliki panjang berbeda dengan DNA yang abnormal. Setelah proses pemotongan
dengan enzim restriksi dilanjutkan dengan Elektroforensis gel ini dapat dilihat dalam gambar 7:

Gambar 7. Elektroforensis Gel.2

Gamb
ar 8. Southern Blot.

Dari gambar 8 dapat dilihat bahwa souther blot ini adalah gabungan dari beberapa teknik
rekombinan DNA. Berbeda dengan Elektroforensis gel (gambar 7), southern blot hanya
mengunci beberapa fraksi spesifik sehingga perbandingan DNA lebih mudah dilakukan.

Penutup
3. Kesimpulan
Pemeriksaan kromosom dan DNA bisa membantu dalam mendiagnosis sebuah penyakit.
Meski tidak terlihat kromosom dan DNA ini memiliki pengaruh yang besar di dalam tubuh.
Pemeriksaan ini dapat dilakukan dengan tahapan tertentu yang dimulai dari pemotongan DNA
menggunakn enzim restriksi. Enzim restriksi yang sering digunakan adalah ECO-R1 yang
berasal dari bakteri e-coli.
Dengan menggunakan teknik southern blot yang merupakan gabungan dari pemotongan
DNA dengan enzim restriksi, eletroforensis gel, dan Probe maka sebuah DNA dapat dibedakan
dan dapat diketahui mana yang normal dan mana yang tidak. DNA rekombinan ini juga dapat
digunakan untuk mengisolasi DNA yang buruk dan memperbaikinya dengan bantuan DNA yang
normal.

Daftar Pustaka
10

1. Sumardjo D. Pengantar kimia: Buku paduan kimia mahasiswa kedokteran. Jakarta: EGC;
2006.h.4.
2. Campbell A. Biologi jilid ke-1. Edisi ke-5. Jakarta: Erlangga; 2002.
3. Mutapea AM. Keajaiban-keajaiban: Dalam tubuh manusia. Jakarta: Gramedia Pustaka;
2005.h.21.
4. Sacher RA, Mcpherson RA. Tinjauan klinis hasil pemeriksaan. Jakarta: EGC; 2002.h.646.
5. Sudjadi. Bioteknologi kesehatan. Yogyakarta: Penerbit Kanisius; 2008.h.43-7.
6. Stansfield W, Cano R, Colome J. Schaums: Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga;
2006.h.73
7. Marks DB, Marks AD, Smith CM. Biokimia kedokteran dasar: Sebuah pendekatan klinis.
Jakarta: EGC; 2000.h.235-48.

11