DNA DAlam Bioinformatika dan

Manfaat Bioinformatika
PROses penemuan gen memerlukan adanya pelacak spesifik gen tersebut. Selain

itu, pelacak spesifik juga dapat digunakan dalam mempelajari ekspresi suatu gen
yang sesuai. Pelacak spesifik gen dapat dikembangkan dengan memanfaatkan
kemajuan bioinformatika teknik-teknik biologi molekuler.
Salah satu input penting untuk riset biologi molekuler dan pengembangan
bioteknologi adalah gen, bagian dari genom yang membawa sifat suatu
organisme. Usaha untuk memahami ataupun memodifikasi berbagai proses
biologi pada tingkat molekuler, memerlukan tersedianya gen-gen yang terlibat di
dalam proses tersebut termasuk informasi yang terkait dengan gengen tersebut.
Identifikasi dan karakterisasi gen seringkali diperlukan dalam berbagai
percobaan molekuler antara lain isolasi, kloning ataupun mempelajari
ekspresinya. Untuk itu diperlukan adanya pelacak spesifik gen yang dapat
mengidentifikasi keberadaannya maupun ekspresinya dengan cara yang mudah
namun akurat. Ada beberapa pendekatan yang dapat digunakan untuk
mengembangkan pelacak spesifik tersebut. Pendekatan yang memanfaatkan
kemajuan bioinformatika dan teknik PCR, saat ini merupakan salah satu cara
yang relatif mudah yang dapat dilakukan.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat
didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware.
Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi
perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera
Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan
pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan
teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang
singkat (hanya beberapa tahun).
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam
lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu
pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala
bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke
bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia
dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.
Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih
5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil
dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA
manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat
dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat

ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA,
GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.
Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk
mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan
metode-metode matematika,statistika, dan informatika untuk memecahkan
masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan
sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputipangkalan
data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun
struktur sekunder RNA, analisisfilogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk
mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun
demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan
pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisissekuens
biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.
Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein
(sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan
pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens
protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara
pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika
Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European
Molecular Biology Laboratory).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an
menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat
diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan
bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan
pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya
bioinformatika.
Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya
bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui
internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam
pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan
analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui
internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut
dan kemudian memudahkan pengembangannya.
Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk
menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder

untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk
menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.
Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini
adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL(the European Molecular Biology
Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga
pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk
menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data
sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti
individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi
sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada
umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA),
nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang
berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.
Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan
sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika
Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL(Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut
telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat.
Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama
organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada
umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.
Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan
data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).
Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan
ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip
dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk
menemukangen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa
keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil
sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran
sekuens.
PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang
menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil
penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR,
dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagaikoordinat tiga
dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam
nukleat
Kegunaan Bioinformatika
a)

Bioteknologi Dalam Bidang Klinis

Bioinformatika dalam bidang klinis sering disebut sebagai informatika

klinis(clinical informatics). Aplikasi dari informatika klinis ini berbentuk
manajemen data-dataklinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR)
yang dikembangkan olehClement J. McDonald dari Indiana University School of
Medicine pada tahun 1972.McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33
orang pasien penyakit gula(diabetes). Sekarang EMR ini telah diaplikasikan pada
berbagai penyakit. Data yang disimpan meliputi data analisa diagnosa
laboratorium, hasil konsultasi dan saran, fotorontgen, ukuran detak jantung, dan
lain lain. Dengan data ini dokter akan bisa bertugas menunjang seluruh proses
kehidupan, antara lain sebagai katalis reaksi biokimia dalam tubuh (disebut
enzim), berperan serta dalam sistem pertahanan tubuh melawan virus, parasit
dan lain-lain (disebut antibodi), menyusun struktur tubuh dari ujung kaki(otot
terbentuk dari protein actin, myosin, dan sebagainya) sampai ujung rambut
(rambut tersusun dari protein keratin), dan lain-lain. Arus informasi, DNA -> RNA
-> Protein,inilah yang disebut sentral dogma dalam biologi molekul.
Sekuen DNA satu organisme, yaitu pada sejenis virus yang memiliki kurang lebih
5.000 nukleotida/molekul DNA atau sekitar 11 gen, berhasil dibaca secara
menyeluruh pada tahun 1977. Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar
nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun.
Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA,
GenBank di AS yang didirikan tahun 1982. Di Indonesia, ada Lembaga Biologi
Molekul Eijkman yang terletak diJakarta. Di sini kita bisa membaca sekuen
sekitar 500 nukleotida hanya dengan membayar $15. Trend yang sama juga
nampak pada database lain seperti database sekuen asam amino penyusun
protein, database struktur 3D protein, dan sebagainya. Inovasi teknologi DNA
chip yang dipelopori oleh perusahaan bioteknologi AS, Affymetrix diSilicon Valley
telah mendorong munculnya database baru mengenai RNA.
Desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa datadatabiologis dari database DNA, RNA maupun protein inilah yang semakin
memacuperkembangan kajian Bioinformatika.
b)

Untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru

Bioinformatika juga menyediakan tool yang sangat penting untuk

identifikasi agent penyakit yang belum dikenal penyebabnya. Banyak sekali
penyakit baru yang muncul dalam dekade ini, dan diantaranya yang masih
hangat adalah SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
Pada awalnya, penyakit ini diperkirakan disebabkan oleh virus influenza
karenagejalanya mirip dengan gejala pengidap influenza. Akan tetapi ternyata

dugaan ini salahkarena virus influenza tidak terisolasi dari pasien. Perkirakan lain
penyakit ini disebabkanoleh bakteriCand ida karena bakteri ini terisolasi dari
beberapa pasien. Tapi perkiraan inijuga salah. Akhirnya ditemukan bahwa dari
sebagian besar pasien SARS terisolasi virus Corona jika dilihat dari morfologinya.
Sekuen genom virus ini kemudian dibaca dan dari hasil analisa dikonfirmasikan
bahwa penyebab SARS adalah virusCo rona yang telah berubah (mutasi) dari
virusCorona yang ada selama ini.
Dalam rentetan proses ini, Bioinformatika memegang peranan penting.
Pertamapada proses pembacaan genom virus Corona. Karena didatabase seperti
GenBank, EMBL (European Molecular Biology Laboratory), dan DDBJ (DNA Data
Bank of Japan)sudah tersedia data sekuen beberapa virusCorona, yang bisa
digunakan untuk mendisainprimer yang digunakan untuk amplifikasi DNA virus
SARS ini. Software untukmendisain primer juga tersedia, baik yang gratis
maupun yang komersial. Contoh yanggratis adalah Webprimer yang disediakan
oleh Stanford Genomic Resources, GeneWalkeryang disediakan oleh Cybergene
AB, dan lain sebagainya. Untuk yang komersial ada Primer Disainer yang
dikembangkan olehScientific & Education Software, dan software-software untuk
analisa DNA lainnya seperti Sequencher (Gene Codes Corp.), SeqMan II (DNA
STAR Inc.),Genetyx(GENETYX Corp.),DNASIS (HITACHI Software), dan lain lain.
Menentukan obat yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu dan lebih jauh lagi,
dengandibacanya genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui
penyakit genetikseseorang, sehingga penanganan terhadap pasien menjadi lebih
akurat.
c)

Untuk Mendiagnosa Penyakit Baru

Untuk menangani penyakit baru diperlukan diagnosa yang akurat sehingga

dapat dibedakan dengan penyakit lain. Diagnosa yang akurat ini sangat
diperlukan untuk pemberian obat dan perawatan yang tepat bagi pasien.
Ada beberapa cara untuk mendiagnosa suatu penyakit, antara lain:
isolasi agent penyebab penyakit tersebut dan analisa morfologinya, deteksi
antibodi yang dihasilkan dari infeksi dengan teknik enzyme-linked
immunosorbent assay (ELISA), dan deteksi gendari agent pembawa penyakit
tersebut dengan Polymerase Chain Reaction (PCR).
Teknik yang banyak dan lazim dipakai saat ini adalah teknik PCR. Teknik ini
sederhana, praktis dan cepat. Yang penting dalam teknik PCR adalah disain
primer untuk amplifikasi DNA, yang memerlukan data sekuen dari
genom agent yang bersangkutan dan software seperti yang telah diuraikan di
atas. Disinilah Bioinformatika memainkan peranannya. Untuk agent yang

mempunyai genom RNA, harus dilakukan reverse transcription (proses sintesa

DNA dari RNA) terlebih dahulu dengan menggunakan enzim reverse
transcriptase. Setelah DNA diperoleh baru dilakukan PCR. Reverse
transcription dan PCR ini bisa dilakukan sekaligus dan biasanya dinamakan RTPCR. Teknik PCR ini bersifat kualitatif, oleh sebab itu sejak beberapa tahun yang
lalu dikembangkan teknik lain, yaitu Real Time PCR yang bersifat kuantitatif. Dari
hasil Real Time PCR ini bisa ditentukan kuantitas suatu agent di dalam tubuh
seseorang, sehingga bisa dievaluasi tingkat emergensinya. Pada Real Time PCR
ini selain primer diperlukan probe yang harus didisain sesuai dengan
sekuen agent yang bersangkutan. Di sini juga diperlukan software atau program
Bioinformatika
d)

Bagaimana Penemuan Obat-obatan

Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan menemukan

zat/senyawayang dapat menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab
penyakit. Karena perkembangbiakanagent tersebut dipengaruhi oleh banyak
faktor, maka faktor-fakto rinilah yang dijadikan target. Diantaranya adalah
enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent. Mula-mula
yang harus dilakukan adalah analisa struktur dan fungsi enzim-enzim tersebut.
Kemudian mencari atau mensintesa zat/senyawa yangdapat menekan fungsi dari
enzim-enzim tersebut.
Analisa struktur dan fungsi enzim ini dilakukan dengan cara mengganti asam
amino tertentu dan menguji efeknya. Analisa penggantian asam amino ini dahulu
dilakukan secara random sehingga memerlukan waktu yang lama. Setelah
Bioinformatika berkembang, data-data protein yang sudah dianalisa bebas
diakses oleh siapapun, baik data sekuen asam aminonya seperti yang ada di
SWISS-PROT maupun struktur 3D-nya yang tersedia di Protein DataBank (PDB).
Dengan database yang tersedia ini, enzim yangbaru ditemukan dapat
dibandingkan sekuen asam amino-nya, sehingga bisa diperkirakanasam amino
yang berperan untuk aktivitas (active site) dan kestabilan enzim tersebut.
Setelah asam amino yang berperan sebagai active site dan kestabilan enzim
tersebut ditemukan, kemudian dicari atau disintesa senyawa yang dapat
berinteraksi dengan asam amino tersebut. Dengan data yang ada di PDB, maka
dapat dilihat struktur3D suatu enzim termasuk active site-nya, sehingga bisa
diperkirakan bentuk senyawayang akan berinteraksi dengan active site tersebut.
Dengan demikian, kita cukup mensintesa senyawa yang diperkirakan akan
berinteraksi, sehingga obat terhadap suatu penyakit akan jauh lebih cepat

ditemukan. Cara ini dinamakan docking dan telah banyak digunakan oleh
perusahaan farmasi untuk penemuan obat baru.
Meskipun dengan Bioinformatika ini dapat diperkirakan senyawa yang
berinteraksi dan menekan fungsi suatu enzim, namun hasilnya harus
dikonfirmasi dahulu melalui eksperimen di laboratorium. Akan tetapi dengan
Bioinformatika, semua proses ini bisa dilakukan lebih cepat sehingga lebih efisien
baik dari segi waktu maupun finansial.
Tahun 1997, Ian Wilmut dari Roslin Institute dan PPL Therapeutics Ltd,Edinburgh,
Skotlandia, berhasil mengklon gen manusia yang menghasilkan faktor IX (faktor
pembekuan darah), dan memasukkan ke kromosom biri-biri. Diharapkan biri-biri
yang selnya mengandung gen manusia faktor IX akan menghasilkan susu yang
mengandung faktor pembekuan darah. Jika berhasil diproduksi dalam jumlah
banyakmaka faktor IX yang diisolasi dari susu harganya bisa lebih murah untuk
membantu parapenderita hemofilia.
e)

Bioteknologi Dalam Bidang Pertanian

Bioteknologi telah diterapkan secara luas dalam bidang pertanian, antara lain
yaitu:

Pupuk Hayati (biofertiliser) yaitu suatu bahan yang berasal dari jasad
hidup, khususnya mikrobia yang digunakan untuk meningkatkan kuantitas dan
kualitas produksi tanaman.

Kultur in vitro, yaitu pembiakan tanaman dengan menggunakan

bagian tanaman yang ditumbuhkan pada media bernutrisi dalam kondisi aseptik.

Kultur in vitro memungkinkan perbanyakan tanaman secara massal

dalam waktu yang singkat.

Teknologi DNA Rekombinaan, pengembangan tanaman transgenik,

misalnya galur tanaman transgenik yang membawa gen cry dari Bacillus
thuringiensis untuk pengendalian hama.
About these ads