Bioinformatika STTIF
Bioinformatika STTIF
Pengenalan Bioinformatika
Contents
Sejarah Bioinformatika
Istilah Biologi
Pangkalan Data
Tools Bioinformatika
Definisi
Bioinformatika (bioinformatics) adalah ilmu yang
mempelajari penerapan teknik komputasional untuk
mengelola dan menganalisis informasi biologis.
Bidang ini mencakup penerapan metode-metode
matematika, statistika, informatika, fisika, biologi, dan ilmu
kedokteran untuk memecahkan masalah-masalah biologis,
terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan
asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.
Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk
mengelola informasi biologis,
penyejajaran sekuens (sequence alignment),
prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun
struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan
analisis ekspresi gen.
Pendahuluan
Bioinformatika merupakan ilmu terapan
yang lahir dari perkembangan teknologi
informasi dibidang molekular.
Pembahasan dibidang bioinformatik ini
tidak terlepas dari perkembangan biologi
molekular modern, salah satunya
peningkatan pemahaman manusia dalam
bidang genomic yang terdapat dalam
molekul DNA.
Peluang Bioinformatika
Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu
komputer berdasarkan artificial intelligence.
Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam
ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi dari
gejala-gejala tersebut.
Untuk mewujudkan hal ini diperlukan data-data yang
yang menjadi kunci penentu tindak-tanduk gejala alam
tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA.
Bioinformatika ini penting untuk manajemen data-data
dari dunia biologi dan kedokteran modern.
Perangkat utama Bioinformatika adalah program
software dan didukung oleh kesediaan internet
Sekuensing DNA
Sekuensing DNA satu organisme, misalnya
suatu virus memiliki kurang lebih 5.000
nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11
gen, yang telah berhasil dibaca secara
menyeluruh pada tahun 1977.
Kemudian sekuen seluruh DNA manusia terdiri
dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000
gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun,
walaupun semua ini belum terlalu lengkap.
Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang
tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS
yang didirikan tahun 1982.
Sejarah Bioinformatika
1960an: penerapan bidang-bidang dalam
bioinformatika seperti pembuatan pangkalan
data dan pengembangan algoritma untuk
analisis sekuens biologi.
1960an: Pangkalan data sekuens protein mulai
dikembangkan di Amerika Serikat.
1970an: pangkalan data sekuens DNA
dikembangkan di Amerika Serikat dan Jerman
pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa
(European Molecular Biology Laboratory).
Istilah Biologi
Biologi molekular
Sel
DNA
RNA
Gen
Molekul
Protein
Genom
Biologi molekular
Merupakan salah satu cabang biologi
yang merujuk kepada pengkajian
mengenai kehidupan pada skala molekul.
Ini termasuk penyelidikan tentang
interaksi molekul dalam benda hidup dan
kesannya, terutama tentang interaksi
berbagai sistem dalam sel, termasuk
interaksi DNA, RNA, dan sintesis protein,
dan bagaimana interaksi tersebut diatur.
DNA
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (
bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid), adalah sejenis
asam nukleat yang tergolong biomolekul utama
penyusun berat kering setiap organisme.
Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.
Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel
adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA menyimpan
cetak biru bagi segala aktivitas sel.
Ini berlaku umum bagi setiap organisme.
Di antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa
jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti
HIV (Human Immunodeficiency Virus).
RNA
Asam ribonukleat (
bahasa Inggris:ribonucleic acid,
RNA) senyawa yang
merupakan bahan genetik dan
memainkan peran utama
dalam ekspresi genetik. Dalam
dogma pokok (central dogma)
genetika molekular, RNA
menjadi perantara antara
informasi yang dibawa DNA
dan ekspresi fenotipik yang
diwujudkan dalam bentuk
protein.
Gen
Gen adalah unit pewarisan sifat bagi organisme hidup.
Bentuk fisiknya adalah urutan DNA yang menyandi suatu
protein, polipeptida, atau seuntai RNA yang memiliki
fungsi bagi organisme yang memilikinya.
Gen adalah bagian DNA yang bertugas untuk menentukan
kapan, dimana, seberapa banyak suatu protein diproduksi.
Kelainan yang terjadi pada gen, akan menyebabkan
ketidaknormalan pada fungsi protein, dan pada gilirannya
berkaitan erat dengan mekanisme timbulnya penyakit
pada seseorang.
Karena itu analisa ekspresi gen ini merupakan informasi
penting untuk mengetahui mekanisme timbulnya suatu
penyakit, dan mendesain terapi medis yang tepat bagi
seorang pasien
Gen
Protein
Sintesis Protein
Sintesis protein adalah proses pencetakan
protein dalam sel.
Sifat enzim (protein) sebagai pengendali dan
penumbuh karakter makhluk hidup ditentukan
oleh jumlah jenis, dan urutan asam amino yang
menyusunnya.
Jenis dan urutan asam amino ditentukan oleh
ADN (Asam Dioksiribose Nukleat
Sintesis protein meliputi dua langkah, yaitu
transkripsi dan translasi.
Genom
Pangkalan data
Pada dasarnya data-data gen yang sudah ada ini bisa
menekan banyaknya waktu dan biaya yang diperlukan
untuk menyelesaikan sebuah penelitian.
Sebagai contoh, untuk menciptakan obat untuk penyakit
tertentu, seorang peneliti bisa memulai dengan melihat
karakteristik dan fungsi gen yang sudah ada dalam data,
untuk kemudian dibandingkan dan diteliti lebih lanjut.
Daripada memulai dengan ribuan kemungkinan yang
ada, akan lebih menghemat waktu dan biaya bila peneliti
memulai dengan yang memiliki kemungkinan berhasil
paling tinggi.
Pangkalan data primer untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah
GenBank (Amerika Serikat),
EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan
DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang).
Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara
harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data.
Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan)
langsung dari
peneliti individual,
proyek sekuensing genom, dan
pendaftaran paten.
Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens
asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang
jenis asam nukleat (DNA atau RNA),
nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan
segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.
NCBI: www.ncbi.nlm.nih.gov
EMBL: www.ebi.ac.uk
DDBJ: www.ddbj.nig.ac.jp
SWISSPROT:www.expasy.ch/sprot/sprot_details.html
ENSEMBL: www.ensembl.org
Univeristy California Santa Cruz:
genome.cse.ucsc.edu
MGD the Jackson Lab:
www.informatics.jax.org
Peluang Bioinformatika
Masih banyak kendala dalam bioinformatika, di antaranya
adalah kesulitan untuk menemukan semua gen dari
organisme, mengidentifikasi dan menjelaskan tentang
gen-gen tersebut, kesulitan dalam membandingkan
kemiripan DNA/protein yang ada, dan seterusnya.
Namun semakin canggihnya komputer membuat
bioinformatika patut optimis.
Karena komputer hanya bisa membuat data dan mereka
tidak memberikan jawaban, dunia ini masih memerlukan
banyak orang yang mau dan mampu memberikan
jawaban atas persoalan biologis yang bermanfaat bagi
kehidupan di dunia.
Daftar Pustaka
bioinformatika-q.blogspot.com
http://www.unpad.ac.id
http://id.wikipedia.org