NUR REZKI

PO714201161061

A. Proses Sintesis Protein

Sintesis protein dibagi menjadi dua tahapan utama, yaitu transkripsi dan
translasi. Transkripsi secara garis besar merupakan proses pembuatan mRNA
dari DNA dalam inti sel. mRNA tersebut lalu bergerak menuju ribosom. Setelah
itu, proses translasi, yang meliputi penerjemahan dan perangkaian asam amino,
berlangsung di ribosom.
1. Transkripsi – Pemindahan informasi dari DNA ke mRNA
Transkripsi sebagaimana sudah disinggung sedikit di atas merupakan
serangkaian tahapan pembentukan mRNA dari DNA. Proses ini sebenarnya
merupakan awal mula informasi pada DNA dipindahkan menuju protein pada
makhluk hidup.
Transkripsi diawali dari pemutusan ikatan H pada DNA oleh protein-
protein pengurai DNA. Proses tersebut mengakibatkan terbukanya rantai
DNA pada berbagai tempat. Terbukanya rantai DNA memicu RNA
polimerase melekat ke daerah yang dinamakan dengan promotor. RNA
polimerase selanjutnya melakukan sintesis molekul mRNA dari arah 3′ DNA,
sedangkan pada mRNA dimulai dari ujung 5′ menuju 3′.
Dari kedua rantai DNA, hanya salah satu rantai yang akan
diterjemahkan menjadi mRNA. Rantai DNA yang diterjemahkan menjadi
protein dinamakan dengan rantai sense atau DNA template atau DNA
cetakan, sedangkan rantai pasangannya dinamakan DNA antisense. Dari
DNA template inilah mRNA akan membentuk rantai berpasangan dengan
basa-basa yang ada pada DNA sense.
Komponen untuk pembuatan mRNA terdapat dalam bentuk
nukleotida triposfat, seperti ATP, GTP, UTP, dan CTP. Fungsi dari RNA
polimerase adalah mengkatalis reaksi penempelan nukleotida triposfat
sehingga terbentuk rantai. Energi yang digunakan untuk menjalankan reaksi
tersebut berasal dari masing-masing nukleotida triposfat yang kaya akan
energy.
Pada saat sintesis mRNA berakhir, terdapat sebuah penanda terminasi
yang bertugas untuk menghentikan sintesis mRNA. mRNA yang terbentuk
selanjutnya akan dipindahkan dari inti menuju ribosom, kemudian
diterjemahkan menjadi protein di ribosom.
Pada eukariotik, hasil dari transkripsi di DNA adalah pre-mRNA,
artinya mRNA yang belum siap untuk ditranslasi. Hal tersebut disebabkan
karena pre-mRNA masih banyak mengandung intron, yaitu rangkaian kodon
yang tidak bisa diterjemahkan menjadi protein. Intron ini sangat banyak pada
DNA eukariotik. Bagian yang akan menjadi mRNA matang dinamakan
dengan ekson. Ekson mengandung informasi yang akan diterjemahkan
menjadi protein.
Oleh karena itu, organisme eukariotik memiliki tahapan splicing
mRNA. Proses splicing berguna untuk membuang bagian intron yang secara
genetik tidak mengandung informasi terkait asam amino. Splicing terjadi
sebelum mRNA dikeluarkan dari inti sel.

Informasi genetik dicetak dalam bentuk kode oleh DNA di dalam inti sel.
Pembawa informasi atau kode ini adalah mRNA (messenger RNA) atau RNA
duta.

Kode-kode tercermin pada susunan atau urutan basa nitrogen yang teratur
dalam mRNA. Ini berarti kode atau informasi adalah mRNA sendiri.
Pencetakan mRNA (kode) berdasarkan DNA cetakan disebut transkripsi.

Transkripsi adalah pembentukan mRNA dari salah satu pita DNA

(DNA cetakan) dengan bantuan enzim RNA polimerase. RNA polimerase
melekat pada molekul DNA sehingga menyebabkan sebagian dari double
helix terbuka. Akibat terbukanya pita DNA, basa-basa pada salah satu pita
menjadi bebas, sehingga memberi kesempatan pada basa-basa pasangannya
menyusun mRNA. Misalnya; Timin (T) dari DNA akan membentuk Adenin
(A) pada mRNA, Sitosin (C) dari DNA akan membentuk Guanin (G) pada
mRNA, dan seterusnya. Oleh karena enzim RNA polimerase bergerak di
sepanjang pita DNA yang menjadi model. DNA yang melakukan transkripsi
adalah DNA sense/template.

mRNA yang sudah selesai dicetak akan meninggalkan inti sel menuju
sitoplasma dan melekat pada ribosom. Ribosom adalah granula-granula dalam
sitoplasma yang berperan dalam sintesis protein. Biasanya berderet 4 atau 5
dan disebut polisom.
 Transkripsi ini mirip dengan replikasi DNA, hanya bedanya:

Basa Urasil RNA mengganti Timin DNA.

mRNA yang terbentuk tidak tinggal berpasangan dengan pita DNA

pembuatnya, tetapi melepaskan diri meninggalkan inti sel.

Replikasi DNA memberikan hasil yang tetap di dalam genom, sedangkan

pembentukan molekul RNA berlangsung dan hasilnya digunakan langsung
dalam waktu singkat untuk sintesis protein.

2. Translasi – Penerjemahan mRNA Menjadi Protein

Setelah mRNA matang (fungsional) terbentuk, proses yang harus dilakukan
adalah keluarnya mRNA dari inti sel menuju ribosom, baik itu di RE ataupun
di sitoplasma. Proses translasi sebenarnya dibagi menjadi tiga tahapan utama,
yaitu:

a. Inisiasi
Setelah sampai diribosom, mRNA akan menempel pada subunit kecil
ribosom (30 S) lewat ujung 5′. Pada saat yang bersamaan, tRNA
menempel pada subunit besar ribosom (50 S). Proses tersebut akan
menyebabkan asam amino Metionin dengan kodon AUG menjadi asam
amino pertama yang menempel pada ribosom. Hal penting yag perlu
diingat adalah bahwa asam amino metionin merupakan asam amino yang
selalu pertama kali menempel pada ribosom saat sintesis protein. Hal
tersebut berkaitan dengan adanya kondon start, yaitu AUG (Metioinin),
yang merupakan kode untuk proses perangkaian asam amino (sintesis
protein sebenarnya) dimulai.

b. Elongasi (Pemanjangan rantai protein/polipeptida)

Setelah proses inisiasi selesai, proses selanjutnya adalah
penerjemahan kodon triplet dan penempelan asam amino sehingga
membentuk rantai. Penerjemahan kode ini akan diikuti pengikatan asam
amino sesuai kodon oleh tRNA yang kemudian dibawa ke kompleks
ribosom dan digabungkan dengan asam amino yang sudah ada
 sebelumnya. Proses tersebut akan berlangsung sampai munculnya kodon
terminasi.

c. Terminasi (Sintesis berhenti)

Proses elongasi akan diakhiri saat terbacanya rangkaian kodon UAA,
UAG, atau UGA. Kodon-kodon tersebut bukan pengkode asam amino,
merupakan kodon yang memerintahkan untuk penghentian sintesis
protein. Faktor pelepas akan menempel pada ribosom setelah pembacaan
kodon stop. Faktor pelepas tersebut menyebabkan terlepasnya mRNA dari
ribosom, selanjutnya diikuti dengan pemisahan subunit besar dan kecil
ribosom.
Hasil dari proses sintesis protein adalah rantai primer protein (rantai
polipeptida) yang masih belum fungsional. Untuk menjadi fungsional,
protein harus dimodifikasi di badan golgi sesuai kebutuhan sel

Bagian utama kedua dari proses ini adalah terjemahan. Bertentangan dengan
transkripsi yang terjadi dalam inti, terjemahan berlangsung dalam sitoplasma sel.
Bagian ini dimulai segera setelah mRNA ditranskripsi memasuki sitoplasma.
Ribosom hadir dalam sitoplasma segera melekat pada mRNA pada situs tertentu,
yang disebut kodon start. Asil tRNA amino juga mengikat pada untai mRNA. Fase
ini disebut inisiasi.

Ribosom akan membaca kode yang ada pada mRNA dengan bantuan RNA lain,
yakni RNA transfer (tRNA). Di dalam sitoplasma banyak terdapat tRNA, asam-asam
amino dan lebih dari 20 enzim-enzim amino hasil sintetase.

Prosesnya adalah sebagai berikut:

Pemindahan asam amino dari sitoplasma ke ribosom dilakukan oleh tRNA.

Asam amino terlebih dahulu diaktipkan dengan ATP (Adenosin Trifosfat), proses ini
dipengaruhi oleh enzim amino asil sintetase. Hasilnya berupa Aminoil Adenosin
Monofosfat (AA-AMP) dan fosfat organik. AA-AMP diikat oleh tRNA untuk
dibawa ke ribosom. Ujung bebas tRNA mengikat asam amino tertentu yang telah
diaktifkan. Di bagian lengkungan terdapat tiga basa nukleotida yang disebut
antikodon, yang nantinya berpasangan dengan tiga basa yang disebut kodon pada
pita mRNA.
Dalam ribosom terdapat situs (tempat) melekatnya mRNA dan dan dua situs tRNA
(P site dan A site)

Anti kodon pada tRNA harus sesuai dengan pasangan basa dari kodon pada
mRNA. Jika asam-asam amino yang terdapat pada P site telah bergabung ke asam
amino yang terdapat pada tRNA di A site maka ribosom akan bergerak sepanjang
mRNA ketiga basa berikutnya.

tRNA yang telah melepaskan asam amino kemudian meninggalkan ribosom,

bebas dalam sitoplasma untuk selanjutnya mampu mengikat asam amino lain
semacam yang telah diaktifkan oleh ATP, sedangkan tRNA dengan rantai asam
amino menempati P site, tRNA berikutnya dengan asam amino akan datang ke
ribosom ke P site. Demikian seterusnya sehingga dalam polisom terangkai
bermacam-macam asam amino dan tersusun menjadi rangkaian polipeptioda yang
selanjutnya akan membentuk protein fungsional.

Translasi melibatkan ribosom, mRNA dan tRNA, dan asam amino.

Translasi meliputi tiga tahapan, yaitu: inisiasi, elongasi dan terminasi. Proses
translasi akan berakhir jika sampai ke kodon akhir. Perlu diingat bahwa pada setiap
tahap diperlukan enzim dan dua tahap pertama memerlukan energi.

Jadi dalam ribosom berlangsung penerjemahan urutan nukleotida DNA ke

protein. Urutan singkat sintesis protein fungsional adalah sebagai berikut:

DNA membentuk mRNA untuk membawa kode sesuai urutan basa N-nya. mRNA
meninggalkan inti, pergi ke ribosom dalam sitoplasma. tRNA datang membawa asam
amino yang sesuai dengan kode yang dibawa oleh mRNA. tRNA ini bergabung
dengan mRNA sesuai dengan kode pasangan basa N-nya yang seharusnya.

Asam–asam amino akan berjajar-jajar dalam urutan yang sesuai dengan kode
sehingga terbentuklah rangkaian polipeptoda yang selanjutnya membentuk protein
fungsional. Protein yang terbentuk merupakan enzim yang mengatur metabolisme sel
dan reproduksi. Urutan asam amino pada protein (polipeptida), ditentukan oleh
urutan kodon triplet pada mRNA.
B. Fase Pembelahan Sel dan Apoptosis (Kematian Sel Secara Terprogram)
Pada sel prokariot yang tidak memiliki inti sel, siklus sel terjadi melalui suatu
proses yang disebut pembelahan biner, sedang pada sel eukariot yang memiliki
inti sel, siklus sel terbagi menjadi dua fase fungsional, fase S dan M, dan fase
persiapan, G1 dan G2:

1. Fasa S (sintesis)
Merupakan tahap terjadinya replikasi DNA. Pada umumnya, sel tubuh
manusia membutuhkan waktu sekitar 8 jam untuk menyelesaikan tahap ini.
Hasil replikasi kromosom yang telah utuh, segera dipilah bersama dengan dua
nuklei masing-masing guna proses mitosis pada fase M.

2. Fasa M (mitosis)
Interval waktu fase M kurang lebih 1 jam. Tahap di mana terjadi pembelahan
sel (baik pembelahan biner atau pembentukan tunas). Pada mitosis, sel
membelah dirinya membentuk dua sel anak yang terpisah.

3. Fasa G (gap)
Fasa G yang terdiri dari G1 dan G2 adalah fase sintesis zat yang diperlukan
pada fase berikutnya. Pada sel mamalia, interval fase G2 sekitar 2 jam,
sedangkan interval fase G1 sangat bervariasi antara 6 jam hingga beberapa
hari. Sel yang berada pada fase G1 terlalu lama, dikatakan berada pada fase
G0 atau “quiescent”. Pada fase ini, sel tetap menjalankan fungsi
metabolisnya dengan aktif, tetapi tidak lagi melakukan proliferasi secara
aktif. Sebuah sel yang berada pada fase G0 dapat memasuki siklus sel
kembali, atau tetap pada fase tersebut hingga terjadi apoptosis. Ketika
DNA mengalami kerusakan terjadi akumulasi gen supresor tumor p53;
keadaan ini akan menghentikan siklus sel (pada fase G) untuk memberikan
waktu bagi perbaikan. Jika perbaikan DNA tidak kunjung terjadi p53 memicu
apoptosis melalui peninngkatan trtanskripsi beberapa anggota pro-apoptotik
famili Bcl, utamanya Bax dan Bak, selain Apaf-1. Ketika p53 tidak terdapat
atau mengalami mutasi (yaitu, pada kanker-kanker ttertentu, apoptosis tidak
terjadi dan sel tersebut didorong untuk terus hidup. Pada umumnya, sel pada
orang dewasa berada pada fase G0. Sel tersebut dapat masuk kembali ke fase
G1 oleh stimulasi antara lain berupa: perubahan kepadatan sel, mitogen atau
factor pertumbuhan, atau asupan nutrisi.
 4. Interfase
Merupakan sebuah jedah panjang antara satu mitosis dengan yang lain. Jedah
tersebut termasuk fase G1, S, G2

Apoptosis (referred to as "programmed cell death") is a process of self-

destruction of the cell nucleus. Apoptosis (disebut sebagai "sel mati terprogram")
adalah proses penghancuran diri inti sel.Apoptosis digunakan oleh organisme
multisel untuk membuang sel yang sudah tidak diperlukan oleh tubuh. Apoptosis
berbeda dengan nekrosis. Apoptosis pada umumnya berlangsung seumur hidup dan
bersifat menguntungkan bagi tubuh, sedangkan nekrosis adalah kematian sel yang
disebabkan oleh kerusakan sel secara akut. Contoh nyata dari keuntungan apoptosis
adalah pemisahan jari pada embrio. Apoptosis yang dialami oleh sel-sel yang terletak
di antara jari menyebabkan masing-masing jari menjadi terpisah satu sama lain. Bila
sel kehilangan kemampuan melakukan apoptosis maka sel tersebut dapat membelah
secara tak terbatas dan akhirnya menjadi kanker.

Mekanisme Appoptosis
Apoptosis ditimbulkan lewat serangkaian kejadian molekuler yang berawal
dengan berbagai cara yang berbeda cara yang berbeda tetapi pada akhirnya
berpuncak pada aktivasi enzim kaspase. Proses apotosis terrdiri dari fase inisiasi
(kaspase menjadi aktif) dan fase eksekusi, ketika enzim mengakibatkan kematian
sel. Inisiasi apoptosis terjadi melalui dua jalur yang berbeda tetapi nantinya akan
menyaatu (konvergen), yaitu: jalur ekstrinsik atau, yang dimulai dari reseptor,
dan jalur intrinsik atau jalur intrinsik atau jalur mitokondria.
1) Fase Inisiasi
a) Jalur Ekstrinsik (Reseptor Kematian)
Reseptor kematian merupakan anggota famili reseptor TNF (tumor necrosis
factor) (misalnya, rreseptor TNF tipe 1 dan Fas); reseptor ini memiliki ranah
kematian dalam sitoplasma yang terlibat dalam interaksi antar-protein. Ikatan
silang oleh ligan eksternal menyebabkan multimerisasi reseptor ini untuk
membentuk tempat ikatan bagi protein adapter yang selanjutnya akan
mendekatkan molekul kaspase-8 inaktif. Aktivitas enzimatik tingkat rendah yang
dimiliki proenzim kaspase tersebut pada akhirnya memecah dan menngaktifkan
salah satu kelompok dari banyak kelompok yang terkerahkan, dengan cepat
menimbulkan kaskade downstream aktivasi kaspase.
 b) Jalur Instrinsik (Mitokondria)
Permeabilitas mitokondria meninngkat, dan molekul pro-apoptotik dilepaskan
ke dalam sitoplasma; reseptor kematian tidak terlibat. Ada lebih dari 20 protein
familil Bcl-2 yanng normalnnya berfungsi mengatur apoptosis; dua protein anti-
apoptotik utama adalah Bcl-2 dan Bcl-x. Ketika sel kehilangan sinyal untuk
bertahan hidup atau menngalami stres, Bcl-2 dan Bcl-x akan hilang dari
membrane mitokondria dan digantikan oleh anggota pro-apoptotik fammili
teersebut (misalnya, Bak, Bax, dan Bim) dengan penurunan kadar Bcl-2/Bcl-x,
permeabilitas membran mitokondria meningkat, mengeluarkan beberapa protein
yang dapat mengaktifkan kaspase. Sebagai contoh, sitokrom c yang dilepaskan
akan terikat dengan protein Apaf-1 (apoptosis activating factor-1) dan kompleks
ini memicu aktivasi kaspase-9. Inti dari jalur intrinsik adalah adanya
keseimbangan antara molekul proapoptik dan molekul protektif yanng mengatur
permeabillitas mitokondria.

2) Lintasan Eksekusi
Kaspase proteolitik fase eksekusi sangat dilestarikan pada semua spesies;
istilah kaspase, huruf “c” mengacu pada tempat aktif sistein dan “aspase”
mengacu pada kemampuan unik untuk memecah residu asam aspartat. Kaspase
dibagi menjadi dua kelompok dasar yaitu, inisiator dan eksekusioner menurut
urutan aktivasinnya selama proses apoptosis. Kaspase bertindak sebagai proenzim
inaktif dan harus menjalani pemecahan agar menjadi aktif: tempat pemecahan
dapat terhidrolisis oleh kaspase lain atau secara autokatalitik. Begitu kaspase
inisiator diaktifkan, program kematian mulai berjalan melalui aktivasi kaspase
lainnya yanng berjalan dengan cepat dan sekuensial. Kaspase eksekusioner
bekeerja pada banyak komponen sel: enzim ini memecah protein yang terlibat
dalam tteranskripsi, rreplikasi DNA, dan perbaikan DNA; secara khusus, kaspase-
3 mengaktifkan DNAase sitoplasmik sehingga terjadi pemecahan DNA
intranukleus yang khas.

Aksi bunuh diri sel yang dikenal juga sebagai kematian terprogram, di mana
program ‘bunuh diri’ ini diaktivasi dan diregulasi oleh sel itu sendiri.
Urutan kronologis tahapan yang terjadi antara lain:
1. fragmentasi DNA
2. penyusutan dari sitoplasma
3. perubahan pada membran
4. kematian sel tanpa lisis atau merusak sel tetangga