KONJUGASI BAKTERI DAN REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

RESUME

DISUSUN UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH

Genetika II
Yang dibimbingoleh Prof. Dr. A Duran Corebima, M.Pd

Disusunoleh :
Kelompok 4 / Offering A
1. NovelaMemiasih (160341606093)
2. Bagus Priyambudi (160341606047)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2018
 BAB 13
KONJUGASI PADA BAKTERI
Konjugasi adalah suatu proses transfer onformasi genetik satu arah uang terjadi melalui
kontak sel langsung antara suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien. Sel bakteri donor
dianggap sebagai yang berkelamin jantan, sedangkan sel resipien dianggap sebagai yang
berkelamin betina. Strain yang membutuhkan tambahan nutrisi dalam medium pertumbuhannya
agar dapat hidup disebut auxotroph dan strain yang tergolong wild type dalam kebutuhan
nutrisinya disebut prototroph.
Pertumbuhan beberapa koloni ini membuktikan bahwa adanya pertukaran genetik yang
bukan tergolong mutasi. Pertukaran genetik yang telah terjadi itu merupakan peristiwa
rekombinasi. Peristiwa rekombinasi ini dikarenakan adanya konjugasi, yang dibuktikan oleh
Bernard Davis melalui percobannya yang menggunakan perangkat tabung U dan dapat
disimpulkan bahwa kontak antar sel memang dibutuhkan agar terjadi suatu perubahan genetik.
Dalam proses konjugasi terjadi transfer DNA yang melewati penghubung antar sel khusus,
disebut tabung konjugasi. Sel bakteri yang berkemampuan donor memliki juluran khusus serupa
rambut yang diesebut F pili. Pembentukkan F pili ini dikontrol oleh 9 gen yang berada pada
kromosom mini (Fertility factor, sex factor atau plasmid F). Jadi sel-sel bakteri yang memiliki F
faktor saja yang dapa t membentuk tabung konjugasi pada proses konjugasi.
Faktor F pada bakteri dapat berintegrasi dengan kromosom inang ataupun tidak. Jika
terintegrasi dengan kromosom inang, maka faktor F itu bereplikasi bersama dengan bagian
kromosom inang yang lain. Jika bebas, maka faktor F itu bereplikasi secara otonom, tidak
tergantung kepada replikasi kromosom inangnya.
A. Bakteri F+, F, Hfr
Sel donor yang mengandung faktor F yang otonom disebut sebagai sel F+, dan sel yang tidak
mengandung faktor F disebut sel F. Seperti dijelaskan di atas, sel F+ memiliki kemampuan untuk
mentransfer maateri genetik, sedangkan sel F tidak. Hal ini akan mengkaibatkan pengurangan
jumlah sel F pada keturunan-keturunan berikutnya karena seluruh turunan sudah merupakan
populasi Sel F+.
Dewasa ini ditemukan adanya sel Hfr (High frequently recombination). Sel ini ditemukan
pada percobaan Cavalli-Sforza yang memberi perlakuan dengan mustard nitrogen terghadap suatu
strain F+ E. coli. Dari perlakuan ini diperoleh srain bakteri donor dengan laju rekombinasi 1:104
atau 1000 kali lebih tinggi dari laju rekombinasi sel F+ normal. Sel Hfr ternyata terbentuk melalui
suatu peristiwa pindah silang tunggal yang berdampak terintegrasinya faktor F ke dalam
kromosom bakteri.
Perbedaan antara sel Hfr dan sel F+, selain pada frekuensi rekombinasinya. Konjugasi antara
sel F+ dan sel F, sel resipien selalu menjadi sel F+. Sedangkan pada konjugasi antara sel Hfr dan
sel F, sel resipien hampir tidak pernah berubah menjadi sel F+. Hal ini sebenarnya jarang terjadi,
karena semua sel bakteri yang sedang berkonjugasi sebenarnya tengah terayun keliling karena
gerak Brown, sehingga terdapat peluang yang sangat besar bahwa pasangan konjugasi akan
terpisah jauh sebelum bagian tersisa faktor F ikut ditransfer.
Pada proses konjugasi, terjadi juga proses transfer materi genetik yang diawali dengan
terputusnya salah satu unting DNA faktor F. Ujung 5’ dari unting DNA yang terpotong ditransfer
melalui tabung konjugasi ke dalam sel resipien. Replikasi ini diyakini sebagai replikasi lingkarang
berputar (rolling circle replication). Materi genetik yang ditransfer kan selama konjugasi memang
terlihat lengkap antara konjugasi sel F+ >< sel F maupun sel Hfr >< sel F, namun pada konjugasi
sel Hfr >< sel F berhenti sebelum seluruh materi genetik ditransfer.
B. Faktor F1
Faktor F1 adalah faktor F yang mengandung sebagian krimisim bakteri, atau yang
mengandung gen-gen bakteri. Sel yang memiliki faktor F1 masih tetap dapat berkojugasi dengan
sel F, karena seluruh fungsi faktor F tetap ada. Pada saat berlangsungnya konjugasi, satu salinan
faktor F1 ditransfer ke sel F dan juga salinan gen bakteri yang ikut terbawa oleh faktor F. Oleh
karena itu sel reipien dapat berubah menjadi sel diploid parsial. Fenomena transfer gen kromosom
dari suaru sel bakteri donor ke bakteri resipien oleh fator F disebut sex duction atau F duction.
C. Percobaan Konjugasi yang Terputus dari E. Wollman dan F. Jacob
Percobaan ini dilakukan oleh E. Woolman dan F. Jacob untuk mempelajari proses transfer
gen melalui konjugasi antara strain E. coli Hfr H dan F-. Percobaan ini dilakukan pada berbagai
waktu setelah sel-sel dari kedua strain dicampur ke dalam medium pertumbuhan pada suhu 37 oC
dan mulai melakukan konjugasi, dan diambil lalu diaduk dengan kuat menggunakan blender untuk
memutuskan tabung konjugasi. Hasil dari percobaan ini menunjukkan bahwa sel-sel yang
berkonjugasi dipisahkan pada waktu 8 menit pertama setelah pencampuran sel, belum ada ekspresi
rekombinan, yang berarti belum ada gen penanda yang ditransfer masuk ke sel resipien. Pada menit
ke 8,5 setelah konjugasi, gen thr+ dan leu+ ditransfer memasuki sel resipien. Setelah 9 menit, gen
azir ditransfer ke sel resipien. Setelah 10 menit, gen tonr yang ditransferkan ke sel resipien. Gen
lac+ dan gal+ masing ditransfer ke sel resipien sekitar 17 menit dan 25 menit setelah pencampuran.
Pada menit-menit berikutnya setelah bukti pentransferan pertama terdeteksi, terjadi peningkatan
frekuensi rekombinan yang terkait dengan tiap penanda atas dasar seluruh rekombinan yang
terdeteksi. Diketahui juga bahwa urut-urutan transfer akan tetap sama meskipun dimulai dari tapak
yang belainan, dan juga faktor F dapat berintegrasi pada berbagai tapak di kromosom sirkuler E.
coli. Orientasi integrasifaktor F menentukan apakah urutan penanda kromosom yang ditransfer itu
searah atau berlawanan arah dengan arah jarum jam dalam hubungannya dengan peta kromosom
E. coli.
D. Pemetaan Kromosom E. coli atas Dasar Hasil Percobaan Konjugasi Terputus.
Interval waktu kemunculan tipe rekombinan antara sesuatu gen penanda dengan yang
lainnya dapat digunakan sebagai suatu ukuran jarak genetik. Interval waktu ini dapat digunakan
untuk memperkirakan jarak fisik antara gen-gen penanda pada kromosom. Satuan menit dalam
interval waktu kemunculan gen penanda, yang berupa menit, cukup sesuai digunakan sebagai
satuan standar pengukuran jarak fisik antar gen pada kromosom E. coli. Dalam hal ini jarak peta
seukuran satu menit berhubungan dengan panjang segmen kromosom yang ditransfer dalam satu
menit selama konjugasi. Telah ditentukan standar peta kromosom E. coli dimulai dari interval 0
(secara artibiter ditetapkan pada gen thr A) hingga ke 100 menit (atas dasar hasil percobaan
konjugasi terputus), satuan menit ini disebut “unit peta” (map unit) untuk kalangan prokariotik,
Pada pecobaan konjugasi terpus lainnya, Woolman dan Jacob menemukan satu perbedaan
penting pada percobaan ini. Dalam hubungan ini meskipun gen-gen selalu ditransfer secara linier,
urut-urutan gen yang masuk ke sel resipien tampaknya berbeda-beda sesuai dengan strain-strain
Hfr uang digunakan. Perbedaan antara tiap strain adalah berkenaan dengan titik awal serta arah
masuknya gen-gen dilihat dari titik awal tersebut.
 Wujud kromosom E. coli yang bersifat sirkuler, dinyatakan bahwa jika awal O berbeda-beda
antar strain, maka urutan gen yang akan ditransfer berbeda-beda, tetapi titik yang berbeda dan
posisi titik yang berintegrasi dengan faktor F strain Hfr yang menentukan tapak O.
E. Pemetaan Kromosom E. coli atas Dasar Percobaan konjugasi yang Tidak Terputus
Percobaan konjugasi yang tidak terputus dapat juga digunakan untuk melakukan pemetaan
kromosom E. coli. Percobaan konjugasi ini dilakukan selama 1-2 jam tanpa terputus. Dalam hal
ini frekuensi penanda rekombinan menurun sebagai suatu fungsi jaraknya dari penanda
rekombinan patokan thr+ leu+; semakin jauh jaraknya, semakin menurun juga frekuensi tiap
penanda rekombinan lainnya. Hal ini disebabkan oleh dua sebab utama. Yang pertama, putusnya
tabung konjugasi maupusn kromosom per satuan waktu mempunyai peluang yang hampir tetap.
Kedua, tiiap dua penanda donor diintegrasikan ke dalam kromosom resipien melalui sepasang
kejadian rekombinan mempunyai peluang yang rendah, karena integrasi suatu fragmen donor ke
dalam sebuah kromosom resipien selalu membutuhkan dua kejadian rekombinasi.

BAB 14
REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI
Sekitar tahun 1947 beberapa tim penelitian membuktikan bahwa rekombinasi terjadi
dilingkungan fag bakteri
A. Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri
Rekombinasi genetik pada fag bakteri ditemukan selama percobaan-percobaan infeksi
campuran. Percobaan ini melibatkan dua lokus ( dua strain yang berbeda), maka rekombinasi yang
terjadi tergolong bersifat intergenik.
Satu contoh percobaan yang menggunakan sistem E. coli T2. Fag induk yang digunakan
bergenotip h+r (rentang inang wild type, lisis cepat) dan hr+ (rentang inang lebar, lisis normal).
Pada percobaan itu digunakan pula strain-strain induk fsg T2 yang lain, tidak terbatas hanya yang
bergenotip h+r dan hr+. Pada rangkain percobaan itu, jumlah fag yang diintroduksi cukup untuk
menginfeksi tiap bakteri dengan jumlah sekitar lima buah. Setelah satu jam, sebagian besar atau
seluruh bakteri sudah pecah dan sampel turunan fag yang berasal dari sekitar 40.000 bakteri di tiap
persilangan selanjutnya dibiakkan dalam cawan petri yang telah mengandung suatu campuran E.
coli strain B dan B/2. Pada percobaan itu ditemukan juga genotip rekombinan hr+, dan hr
disamping genotip-genotip induk.
Pada lingkungan eukariot, perhitungan frekuensi rekombinan dihitung atas dasar rumus
(h+r+) + (hr) / plak total x 100 = frekuensi rekombinan. Nilai frekuensi rekombinan itu
merefleksikan jarak antar gen. Pertukaran genetic yang menyebabkan berlangsungnya
rekombinasi intergenik yang terjadi pada fag bakteri T2 yang sebagian datanya tampak bersifat
resiprok.
Dengan adanya kelompok pautan tertentu seperti yang telah dikemukakan, atas dasar
percobaan-percobaan yang telah dilakukan, Hershey dan Rotman menemukan bahwa, mengacu
pada frekuensi rekombinan yang kecil banyak gen yang terangkai bersama (berdekatan) sebagai
satu kelompok, selalu menunjukkan jarak kelompok pautan yang sama sebesar 30%. Hershey
mengajukan hipotesis yang menyatakan bahwa ada tiga kelompok pautan pada fag T2; dinyatakan
pula bahwa proses penggabungan atau (kombinasi) secara bebas (independent assortment) antara
kelompo-kelompok pautan itu ditandai oleh frekuensi rekombinasi sebesar 30% dan bukan sebesar
50% sebagaimana yang biasanya diharapkan pada makhluk hidup yang lebih tinggi. Atas dasar
hasil percobaan-percobaan yang dilakukan Hershey dan Rotman (yang menggunakan strain-strain
fag T2) memang terungkap bahwa, sekalipun ditemukan berbagai jarak pautan, tidak ada satupun
yang pernah melampaui frekuensi 30%.Hasil percobaan yang memanfaatkan infeksi simultan tiga
strain itu bahkan digunakan untuk pemetaan gen fag. Hershey dan Chase sudah melakukan upaya
itu, dengan menggunakan tiga strain fag T2.
Kejadian rekombinasi hanya dapat terjadi karena ada pertukaran genetik antara ketiga
strain. Pertukaran genetik berlangsung melalui dua cara yaitu 1) terjadi kedua rekombinasi
berurutan dalam sel yang sama; rekombinasi pertama berlangsung antara kromosom dua strain,
sedangkan rekombinasi kedua berlangsung antara strain rekombinan yang telah terbentuk dan
strain ketiga; 2) terjadi “perkawinan serempak” antara ketiga kromosom dari ketiga strain pada
waktu yang sama.
Kejadian unik yang menyebabkan berlangsungnya rekombinasi pada fag, ternyata juga
berdampak terhadap nilai interferensi genetik, yang bersangkut paut dengan perhitungan frekuensi
rekombinasi pada daerah kromosom fag yang berdekatan. Pindah silang pada suatu daerah
kromosom akan meningkatkan kejadian pindah silang pada daerah kromosom didekatnya. Pada
kondisi semacam ini nilai frekuensi rekombinasi ganda (akibat pindah silang ganda) yang
diobservasi lebih tinggi dibandingkan nilai harapan.Penjelasan tentang nilai inteferensi genetik
yang negatif pada fag bersangkutan paut dengan dua keunikan reproduksi kromosom fag. Salah
satu penjelasan itu adalah karena lebih dari satu putaran “perkawinan” dapat terjadi antara
kromosom-kromosom fag. Dalam hal ini satu kromosom yang sebelumnya telah mengalami satu
kejadian rekombinasi dapat “kawin lagi” dan dapat mengalami rekombinasi kembali pada suatu
daerah (interfal) kromosom yang berdekatan.
Peningkatan frekuensi rekombinasi ganda pada fag sebagaimana yang telah dikemukakan,
tampaknya tidak terjadi karena ada peningkatan pertukaran genetik simultan yang riil pada dua
interval kromosom berdekatan (Strickberger, 1985). Fenomena semacam itu pertama kali dicatat
oleh Visconti bersama Delbruck dan disebut sebagai interferensi negatif rendah karena mempunyai
efek yang relatif kecil.
Berkenaan dengan peningkatan frekuensi rekombinasi ganda pada fag sebenarnya ada
fenomena lain yang disebut interferensi negatif tinggi (Strickberger, 1985). Pada fenomena ini
frekuensi rekombinasi ganda dapat meningkat mencapai nilai yang 30 kali lebih tinggi daripada
frekuensi harapan.
B. Rekombinasi Intragenik
Rekombinasi intragenik sebagaimana yang ditemukan dilingkup makhluk hidup seluler
termasuk yang eukariotik dan ternyata juga ditemukan pada fag. Rekombinasi intragenik pada fag
ini dilaporkan pada fag T4 yang merupakan buah karya kesohor dari Seymour Benzer.
Benzer melakukan pengamatan dan pengkajian rinci terhadap lokus rll fag T4 (Klug dan
Cummings, 2000). Benzer berhasil mengungkap keberadaan rekombinan-rekombinan genetik
yang sangat jarang terjadi akibat pertukaran yang berlangsung dalam gen, Hasil akhir dari kerja
Benzer adalah terungkapnya peta rinci dari lokus rll. Oleh karena informasi yang terungkap sangat
rinci, kerja Benzer tersebut disebut juga sebagai analisis struktur halus dari gen. Karya inipun tidak
ternilai harganya karena terungkap melalui percobaan yang dilaksanakan sebelum teknik DNA-
sequencing dikembangkan.
Dalam proses kerjanya upaya pertama yang dilakukan Benzer adalah melakukan isolasi
atas sejumlah besar mutan didalam lokus rll fag T4 (Klug dan Cummings, 2000). Dalam hal ini
ternyata, mutan-mutan dalam lokus rll tersebut menghasilkan plak-plak berlainan (Klug dan
Cummings, 2000).
 Dalam hubungan ini Benzer memanfaatkan teknik pengenceran serial (Klug dan
Cummings, 2000); dan dengan teknik ini Benzer mampu menentukan mutan rll yang dihasilkan
pada E.coli B maupun jumlah total rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli
K12 ().
Benzer menemukan bahwa E.coli K12 (λ) trnyata juga mengalami lisis (Klug dan
Cummings, 2000). Pada mulanya hal ini membingungkan, karena seharusnya hanya strain rII wild-
type yang dapat menyebabkan E.coli K12 (λ) yang mengalami lisis. Penjelasan dari fenomena
yang sangat membingungkan itu diperoleh melalui uji komplementasi, karena Benzer berpendapat
bahwa selama melakukan infeksi secara bersamaan, tiap strain mutan itu memberikan sesuatu yang
tidak memiliki oleh strain lainnya; dan jika hal itu terjadi maka fungsi atau kemampuan starain
wild-type akan pulih.
Atar dasar contoh protocol percobaan rekombinan, secara operasional persentase
rekombinan dapat ditentukan pertama kali dengan menghitung jumlah plak pad pengenceran yang
tepat ditiap kasus. Jumlah rekombinan adalah sebanyak 4 x 103/ml sedanagkan jumlah turunan
adalah 8 x 109 /ml.
Setelah beberapa tahun melakukan percobaan rekombinasi genetic dalam daerah cistron A
dan B lokus rII fag t4, Benzer berhasil mengungkap gambaran peta genetic kedua cistron tersebut.
Hasil karya benzer ini sangat spektakuler karena berhasil diungkap mendahului kajian
molekuler gen rinci yang baru mampu dilaksanakan pada decade 1960. Pada masanya Benzer
memang berhasil membuktikan (1955) bahwa suatu gen bukanlah suatu partikel yang tidak dapat
dibagi; dibuktikan bahwa gen adalah unit-unit mutasi dan rekombinasi yang tersusun dalam suatu
susunan spesifik, gen atau per unit itu adalah bagian dari molekul DNA yang tersusun dari
nukleotida-nukleotida.

PERTANYAAN
1. Mengapa pada bakteri yang memiliki gen mutan memerlukan nutrisi tambahan pada
mediumnya?
Jawab: karena pada bakteri yang memiliki gen mutan tidak memiliki gen yang dapat
mengekspresikan kebutuhan nutrisi yang diperlukan. Sehingga diperlukan nutrisi tambhan
pada mediumnya untuk tetap hidup.
2. Apakah dapat dimungkinkan ketika konjugasi antara sel bakteri Hfr >< F hasilnya sel
bakteri F+?
Jawab: Mungkin saja terjadi. Karena syarat yang harus dipenuhi adalah faktor F harus
terintegrasi sepenuhnya ke sel resipien, untuk mendapatkan hasil sel bakteri F+. Namun
biasanya pada konjugasi sel bakteri Hfr, faktor F tidak dapat diintegrasikan sepenuhnya ke
sel resipien, sehingga kemungkinan mendapatkan hasil sel bakteri F+ sangatlah kecil,
bahkan tidak ada.
3. Bagaimana percobaan yang dilakukan oleh Ledberg dan Tatum yang membuktikan
rekombinasi seksual pada sel-sel E.coli?
Jawab :
Rekombinasi pada percobaan Ledberg dan Tatum pada E. coli adalah sebagai kejadian
pertukaran genetik. Peristiwa tersebut terjadi pada perlakuan campuran strain A dan B yang
ditumbuhkan bersama pada medium minimal dan beberapa koloni bisa tumbuh. Sehingga
campuran strain A dan B sebagai auxotroph berubah menjadi prototroph atau bakteri yang
tidak membutuhkan nutrisi tambahan dalammediumnya dan dapat tumbuh pada medium
minimal.
4. Bagaimana menentukan nilai frekuensi rekombinan?
Jawab:
Pada lingkungan eukariot, perhitungan frekuensi rekombinan dihitung atas dasar rumus
(h+r+) + (hr) / plak total x 100 = frekuensi rekombinan. Nilai frekuensi rekombinan itu
merefleksikan jarak antar gen. Pertukaran genetic yang menyebabkan berlangsungnya
rekombinasi intergenik yang terjadi pada fag bakteri T2 yang sebagian datanya tampak
bersifat resiprok.