BAB 14

REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

 Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri
Rekombinasi intergenik merupakan rekombinasi yang melibatkan dua lokus (dua
strain beda). Awalnya rekombinasi pada bakteri ditemukan selama percobaan infeksi
campuran yang mana dua strain mutan dibiarkan menginfeksi satu biakan bakteri yang
sama secara simultan.
Sifat rekombinasi intergenik nampak pada percobaan infeksi
campuran yang melibatkan dua lokus pada strain yang berbeda. Pada
percobaan tersebut dua strain dibiarkan menginfeksi bakteri yang
sama secara simulan. Contohnya, pada bakteri E.coli T2 dengan induk
h+r (rentang inang wildtype, lisis cepat) dan hr + (inang lebar, lisis
normal), satu jam kemudian bakteri pecah selanjutnya sampel turunan
dibiakan pada strain E.coli strai B dan B/2. Jika tidak terjadi rekombinasi
maka genotip turunan yang dihasilkan sama dengan genotip induk.
Namun jika ada rekombinasi akan muncul genotip lain, disini berupa
hr+ dan hr. Dari data yang telah didapatkan, nampak rekombinasi yang
terjadi bersifat resiprok karena mempunyai frekuensi yang hampir
sama. Sehubungan dengan ini, Hershey menyatakan proses kombinasi
secara bebas antara kelompok pautan itu ditandai dengan oleh
frekuensi rekombinasi sebesar 30% dan bukan 50% sebagaimana yang
idharapkan pada mahluk hidup tingkat tinggi.
Dari kejadian yang dilakukan tersebut, ada dua alternatif yang memugkinkan
berlangsungnya pertukaran genetik, yaitu:
1. terjadi dua rekombinasi berurutan dalam sel yang sama; rekombinasi yang
pertama berlangsung antara kromosom dua strain, sedangkan rekombinasi kedua
berlangsung antara strain rekombinan yag telah terbentuk dan strain ketiga
2. terjadi “perkawinan serempak” antara ketiga kromosom dari tiga strain dalam
waktu yang sama. Namun secara pasti belum jelas diketahui.
Kejadian unik yang menyebabkan berlangsungnya rekombinasi pada fag, ternyata
juga berdampak terhadap nilai interfensi genetik yang bersangkut paut dengan perhitungan
frekuensi rekombinasi pada daerah kromosom fag yang berdekatan. Pada kebanyakan
makhluk hidup, nilai interfensi genotip positif yang artinya bahwa peristiwa pindah silang
yang terjadi pada suatu daerah kromosom akan menghambat pindah silang pada suatu
kromosom di dekatnya. Sedangkan pada fag ini, nilai interfensi genotipnya negetif, hal ini
berarti bahwa pindah silang pada suatu daerah kromosom akan meningkatkan kejadian
pindah silang pada daerah kromosom di dekatnya. Pada kondisi semacam ini, nilai frekuensi
rekombinasi ganda yang diobservasi lebih tinggi dibandingkan nilai harapan. Namun,
peningkatan frekuensi rekombinan ganda pada fag seperti yang telah dikemukakan
nampaknya tidak pernah terjadi karena ada peningkatan pertukaran genetik simultan yang riil
pada dua interval kromosom berdekatan. Lebih lanjut, peristiwa ini disebut dengan low
negative interference karena mempunyai efek yang relatif kecil.
 Rekombinasi Intergenik
Dewasa ini rekombinasi intragenik ternyata juga ditemukan pada fag. Rekombinasi
intragenik pada fag ini dilaporkan pada fag T4, yang merupakan buah karya kesohor dari
Seymor Benzer. Pada awal dekade 1950 Benzer melakukan pengamatan dan pengkajian rinci
terhadap lokus r// fag T4. Dalam hal ini Benzer berhasil melaksanakan percobaan yang
mengungkap keberadaan rekombinan-rekombinan genetik yang sangat jarang terjadi akibat
pertukaran yang berlangsung dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang dipaparkan
sebelumnya. Benzer juga berhasil menunjukkan bahwa peristiwa rekombinasi semacam itu
terjadi antar DNA fag-fag bakteri selama infeksi simultan terhadap E.coli.

Awal dekade 1950, Benzer melakukan pengamatan dan pengkajian rinci terhadap lokus rII
fag T4 (Klug dan Cummings, 2000). Benzer berhasil melaksanakan percobaan yang
mengungkap keberadaan rekombinan-rekombinan genetic yang sangat jarang terjadi akibat
pertukaran yang berlangsung dalam gen, bukan antar gen seperti sebelumnya. Benzer juga
berhasil menunjukkan bahwa peristiwa rekombinasi semacam itu terjadi antar DNA fag-fag
bakteri selama infeksi simultan terhadap E. coli.
Proses upaya pertama Benzer mengisolasi atas sejumlah mutan didalam lokus rII fag
T4. Dalam hal ini mutan dalam lokus tersebut menghasilkan plak yang berlainnan jika
dibiarkan pada cawan yang mengandung E.coli strain B. sebanyak 20000 mutan telah
diisolasi. Kunci analisis bahwa mutan tersebut tidak dapat lisis terhadap strain E.coli yang
lain seperti K12 (λ) yang telah mengalami lizogenasi oleh fag λ. Tetapi strain wild type
mampu melakukan lisis pada kedua strain tersebut yaitu pada strain B dan K12 (λ).
Berdasarkan hal tersebut lokus rII yang menghasilkan wild type maka rekombinan wild type
tersebut dapat hidup dalam sel E.coli K12 (λ) dan berhasil bereproduksi serta menghasilkan
plak wild type.
 Selain itu, upaya lain yang dilakukan Benzer yaitu menghitung jumlah total turunan
mutan maupun jumlah rekombinan wild type. Teknik yang dilakukan yaitu teknik
pengenceran serial T4 (klug dan Cummings, 2000 dalam corebima, 2008) dan dengan teknik
ini mampu menentukan mutan lokus rII yang dihasilkan pada E. coli B maupun total wild
type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 (λ). Selain itu juga melakukan uji
komplementasi untuk menjaga ketelitian data/hasil. Bilamana banyak pasangan mutan yang
diuji komplementasi maka setiap mutan dikelompokkan dalam satu dari dua kelompok yang
bisa disebut A dan B. tiap kelonpok ini disebut sebagai cistron yaitu cistron A dan cistron B
pada lokus rII fag T4.dengan pengujian ini menunjukkan bahwa rekombinasi intragenik
dalam cistron A dan cistron B. total jumlah turunan fag juga dapat dilakukan dengan
menghitung jumlah plak. Contohnya: jumlah rekombinan adalah sebanyak 4 x 10 3/ml
sedangkan total jumlah turunan adalah 8 x 109/ml, maka frekuensi rekombinan antara dua
mutan adalah

Perhitungan ini sama dengan menghitung rekombinan pada makhluk hidup eukariot. Pada
perhitungan ini perlu dikali dua karena tiap peristiwa rekombinan menghasilakn dua produk
yang resiprok. Tetapi terdapat permasalahan yang muncul disaat percobaan rekombinan
intragenik pada cistron A maupun B pada lokus rII fag T4 yang sama sekali tidak
memunculkan rekombinan wild type, hal ini disebabkan karena pada daerah cistron A dan B
terjadi delesi dan rekombinan wild type mucul hanya pada mutan yang mempunyai latar
belakang mutasi titik. Jika mutan berlatar mutasi titik ada pada daerah cistron yang
mengalami delesi maka rekombinan wild type tidak akan pernah muncul sehingga perlu
dilakukan uji delesi.

Question & Answer

Maulidya Nur A P/160342606259

1. Mengapa percobaan yang dilakukan oleh Ledberg dan Tatum dapat membuktikan
rekombinasi seksual pada sel-sel E.coli?
Jawab : Karena rekombinasi yang terjadi pada percobaan Ledberg dan Tatum pada E.
coli adalah sebagai kejadian pertukaran genetik. Peristiwa tersebut terjadi pada
perlakuan campuran strain A dan B yang ditumbuhkan bersama pada medium
minimal dan beberapa koloni bisa tumbuh. Sehingga campuran strain A dan B sebagai
 auxotroph berubah menjadi prototroph atau bakteri yang tidak membutuhkan nutrisi
tambahan dalam mediumnya dan dapat tumbuh pada medium minimal.
2. Apakah hubungan antara koefisien koinsidensi dan jarak peta pada persilangan tiga
gen antara mutan r fag bakteri T4?
Jawab : Jika frekuensi rekombinasi pada dua interval kromosom berdekatan menjadi
lebih kecil maka terjadi peningkatan interferensi negatif yang mencolok.