Spektrometri massa

PCR dan ekstensi primer dirancang menggunakan desain Assay versi 1.0 (Sequenom, Inc., San
Diego, CA, USA), dan secara bersamaan mendeteksi 11 SNP dalam reaksi amplifikasi multipleks.
Antara 10 dan 30 ng DNA genomik diperkuat oleh PCR dengan menggunakan 45 2 menit siklus
(95uC untuk 30 detik, 56uC untuk 30 detik, dan 72uC selama 60 detik), diikuti oleh 72uC selama
5 menit, dan akhirnya 4uC. Konsentrasi akhir setiap PCR primer adalah 0,1 mcM dan volume
reaksi akhir adalah 5 mcL. Selanjutnya, kelebihan dNTP dari produk PCR dihilangkan dengan
cara pengobatan dengan 0,5 U udang/ shrimp alkali fosfatase pada 37uC selama 40 menit dan
85uC selama 5 menit. Ekstensi single-base dilakukan sesuai dengan instruksi pabrikan : 94uC
selama 30 detik [94uC selama 5 detik, (52uC untuk 5 detik, 80uC selama 5 detik) selama 5 siklus]
selama 40 siklus, 72uC selama 3 menit, dan kemudian 4uC . Setelah desalting, produk reaksi
ditemukan untuk deteksi dalam spektrometer massa (Sequenom MassARRAY), dan data dianalisis
menggunakan software Typer versi 4.0 (Sequenom).

Analisis statistik

Frekuensi genotipe dihitung dengan cara penghitungan langsung. Untuk menyelidiki

kesetimbangan Hardy-Weinberg (HWE), kami membandingkan jumlah genotip yang diharapkan
dan diamati, dan menilai penyimpangan potensial menggunakan uji chisquared atau rasio yang
kemungkinan sesuai. Odds ratio univariat (OR) dan interval kepercayaan 95% (CI) mereka
dihitung untuk mengukur hubungan antara SNP terpilih dan:

1) kerentanan terhadap sepsis dengan membandingkan semua anak dengan sepsis (terlepas dari
konfirmasi bakteriologis) dan kontrol;

2) kerentanan terhadap sepsis yang dikonfirmasi secara bakteriologis;

3) kerentanan terhadap sepsis berat; dan

4) kerentanan terhadap sepsis Gram positif.

Data dikontrol untuk beberapa pengujian menggunakan metode tingkat penemuan salah (dengan
prosedur Benjamini-Hochberg). Semua analisis statistik dibuat menggunakan perangkat lunak
SAS, versi 9.2 (Cary, NC, USA).
Hasil

Selama masa studi, orang tua dari dua neonatus premature dalam kelompok dengan sepsis klinis
dan kultur darah negative membatalkan otorisasi mereka untuk menggunakan darah anak-anak
mereka dan data klinis. Akibatnya, hasilnya merujuk ke 101 anak dengan sepsis yang dikonfirmasi
secara mikrobiologi, 98 pasien dengan sepsis klinis dan tidak ada kultur darah positif, dan 100
kontrol. Tabel 2 menunjukkan karakteristik demografi dan klinis dari tiga kelompok, yang sangat
sebanding dalam hal usia kehamilan, berat lahir, jenis kelamin, etnis dan kelahiran secara sesar.
Neonatus dengan sepsis yang dikonfirmasi secara mikrobiologi atau klinis memerlukan ventilasi
mekanis secara signifikan lebih sering (p, 0,05) dan memiliki hasil yang secara signifikan lebih
buruk (p, 0,05) daripada kontrol, sehingga menegaskan pentingnya sepsis dalam mengkondisikan
hasil akhir. Namun, tidak ada perbedaan dalam variabel antara dua kelompok sepsis ini. Anak-
anak dengan sepsis mikrobiologi atau klinis sepsis memiliki onset lambat ( > 72 jam) terjadi pada
usia rata-rata masing-masing 24 dan 26 hari. Tabel 3 daftar bakteri patogen yang diidentifikasi
pada neonatus prematur dengan kultur darah positif. Organisme gram positif (terutama CoNS)
dikultur dalam 67,3% kasus, dan Gram batang negatif (terutama Escherichia coli) diidentifikasi
di sisa 32,7%. Semua SNP yang diperiksa hadir dalam populasi penelitian. Tabel 4 menunjukkan
SNPs dengan frekuensi genotipe yang berbeda secara signifikan antara neonatus dengan bakteri
yang dikonfirmasi secara klinis atau sepsis dan kontrol, dan Tabel 5 yang secara signifikan berbeda
antara neonatus dengan sepsis dan kontrol yang dikonfirmasi secara bakteriologis. Genotip CT dan
TT IL1brs1143643 dan GG MMP-16-rs2664349 dikaitkan dengan peningkatan risiko keseluruhan
secara signifikan meningkatkan sepsis (p = 0,03, p = 0,05 dan p = 0,03), sedangkan genotipe AG
dari BPI-rs4358188 dan CT DEFb1 -rs1799946 dikaitkan dengan risiko yang berkurang secara
signifikan (p = 0,05 untuk keduanya). Hanya genotipe GG dari MMP-16- rs2664349 menunjukkan
hubungan yang signifikan dengan peningkatan risiko pengembangan sepsis yang dikonfirmasi
secara bakteriologis (p = 0,02).

Tabel 6 menunjukkan perbedaan frekuensi genotip SNP antara neonatus dengan sepsis berat dan
non-berat. Genotipe GG dari CD14-rs2569190 dan AT genotipe IL8-rs4073 dikaitkan dengan
peningkatan risiko yang signifikan untuk mengembangkan sepsis berat (p = 0,05 dan p = 0,01).

Tabel 7 menunjukkan perbedaan frekuensi genotip SNP antara neonatus dengan sepsis Gram-
negatif atau Gram-positif. Genotipe AG dari LTA-rs1800629 dan CC dan CT dari BPIrs1341023
dikaitkan dengan peningkatan risiko yang signifikan untuk mengembangkan sepsis Gram-negatif
(p = 0,04, p = 0,04 dan p = 0,03).

Tidak ada perbedaan lain dalam mempelajari alel dan genotipe frekuensi antara neonatus dengan
sepsis (secara keseluruhan atau dikonfirmasi secara bakteriologis) dan kontrol, atau antara mereka
dengan sepsis berat atau non-berat, atau antara mereka dengan sepsis Gram-positif atau Gram-
negatif.

Diskusi

Mengidentifikasi varian genetik yang dapat memprediksi kerentanan manusia terhadap, dan hasil
dari sepsis dapat membantu mengidentifikasi pasien dengan risiko kematian yang lebih tinggi atau
komplikasi serius yang memerlukan terapi yang cepat dan agresif. Ini sangat penting pada
neonatus prematur, yang berisiko paling tinggi mengalami infeksi bakteri berat yang tidak
terkontrol dengan baik untuk sejumlah alasan. Kerentanan terhadap sepsis pada populasi penelitian
kami terkait dengan SNPs pada gen IL1b, MMP-16, BPI, dan DEFb1. Namun, sedangkan SNP
pada IL1b dan gen MMP-16 dikaitkan dengan peningkatan risiko sepsis, variasi BPI dan DEFb1
tampaknya memainkan peran protektif. Peran potensial dari perubahan genetik pada gen IL1b
dalam mendukung pengembangan sepsis pada bayi prematur yang ditemukan dalam penelitian ini
bertentangan dengan temuan Abu-Maziad et al. yang tidak menemukan asosiasi apa pun [8].
Perbedaan ini dapat dijelaskan oleh perbedaan dalam definisi sepsis dan tingkat keparahannya, dan
dalam karakteristik umum dari subyek yang terdaftar, termasuk etnis. Di sisi lain, hasil yang
bertentangan mengenai pengaruh SNP IL1b lain pada perkembangan dan evolusi berbagai
penyakit menular telah berulang kali dilaporkan [18,21-24]. Sebagian besar data sepsis telah
dikumpulkan dalam penelitian rs16944, dan Ma et al. [21] dan Fang dkk. [24] tidak menemukan
korelasi antara itu dan kerentanan terhadap sepsis pada orang dewasa, sedangkan Read et al.
menemukan bahwa itu dikaitkan dengan peningkatan kelangsungan hidup dalam kelompok pasien
terutama anak-anak dengan meningococcemia [22]. Secara bersama-sama, temuan ini
menunjukkan bahwa penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengklarifikasi apakah dan SNPs
mana dari gen yang mengkode suatu faktor, IL1b, yang memainkan peran penting dalam
patogenesis sepsis dan syok septik, sangat penting dalam mengkondisikan perkembangan dan hasil
dari penyakit [25]. Kami menemukan bahwa homozigot untuk rs2664349-GG haplotype di
Gen MMP-16 dikaitkan dengan peningkatan kerentanan terhadap sepsis pada umumnya dan sepsis
dikonfirmasi pada mikrobiologi tertentu. Ini adalah laporan pertama dari efek potensial genetic
variasi MMP-16 pada sepsis, tetapi temuannya tampaknya konsisten dengan bukti terbaru bahwa
MMP tidak hanya murni

enzim pengurai matriks seperti yang diduga sebelumnya, tetapi juga memiliki beberapa
mekanisme imunomodulasi [26]. Meskipun kisaran penyakit infeksi, organ yang terlibat, dan sifat
kerusakan jaringan yang dihasilkan bervariasi tergantung pada jenis MMP, semuanya memainkan
peran dalam memfasilitasi perekrutan leukosit, sitokin dan pemrosesan chemokin, aktivasi
defensin, dan remodeling matriks [ 27]. Juga telah ditemukan bahwa kelebihan aktivitas MMP
setelah infeksi dapat menyebabkan imunopatologi yang menyebabkan morbiditas atau mortalitas
host dan mendukung penyebaran atau persistensi patogen [26]. Kemungkinan bahwa variasi
genetik MMP dapat secara signifikan mempengaruhi kerentanan terhadap, dan tentu saja dan hasil
dari penyakit menular pada manusia telah sedikit dipelajari sejauh ini. Dalam kasus sepsis, Chen
et al. mempelajari tujuh SNP yang sering terjadi di daerah fungsional gen MMP-9, dan
menemukan bahwa distribusi genotipe dan frekuensi alelik mereka tidak berbeda secara signifikan
antara pasien dengan sepsis berat dan kontrol atau antara pasien yang bertahan hidup dan yang
tidak bertahan hidup dengan sepsis berat [28]. Kami mengevaluasi SNP gen MMP-16 karena,
seperti semua MMP, MMP-16 adalah enzim yang bergantung pada zink dan elemen jejak ini
sangat penting untuk fungsi normal sistem imun bawaan dan adaptif [29]. Satu pengamatan
konsisten yang dilakukan dalam banyak penelitian ekspresi gen adalah bahwa syok septik pada
anak ditandai oleh penekanan yang meluas terhadap keluarga gen yang secara langsung
berpartisipasi dalam homeostasis seng atau secara langsung bergantung padanya untuk fungsi
normal [30-34]. Selain itu, rs2664349 SNP tidak hanya tampaknya mempengaruhi ekspresi paru
dan fungsi MMP-16 dan risiko displasia bronkopulmonal pada bayi prematur, tetapi juga aktivasi
MMP-2 [35], MMP yang memainkan peran sentral dalam monosit chemoattraction dan,
akibatnya, dalam respon terhadap agen infeksi. Di antara SNP yang diteliti dalam gen BPI, gen
yang mengkode faktor yang memainkan peran antibakteri dan anti inflamasi yang penting [36],
hanya BPI.rs4358188-AG dikaitkan dengan kerentanan yang berkurang terhadap sepsis,
sedangkan BPI rs1341023, rs5743507 dan rs2232578 SNP rupanya tidak penting dalam hal ini.
Namun, penelitian lain telah menghasilkan hasil yang berbeda. Abu-Maziad dkk. [8] meneliti tiga
dari empat SNP yang dievaluasi dalam penelitian ini dan menemukan bahwa mereka tidak
memiliki efek, sedangkan Michalek et al. [37] melaporkan hubungan negatif antara SNPs BPI dan
sepsis pada anak-anak berusia 0–18 tahun sejauh genotip GG (rs4358188) genotipe BPI dan AG
(rs 5743507) dikaitkan dengan peningkatan kerentanan terhadap sepsis berat dan hasil negatif.
Sekali lagi, lanjut ke halaman 6

Note :

TULISAN YANG WARNA MERAH KAMI DAK NGERTI MAKSUD NYO, JADI
KAMI TANDOI GITU KAK. OKAY