1.

1 Bioremediasi Ekosistem Perairan

Bioremediasi merupakan pengembangan dari bidang bioteknologi
lingkungan dengan memanfaatkan proses biologi dalam mengendalikan
pencemaran. Bioremediasi mempunyai dua tujuan yaitu :
1. menstimulasi pertumbuhan mikroba baik yang indigenus yaitu mikroba
asli maupun non indigenus non indigenus atau mikroba yang sengaja
dimasukkan dari luar ke daerah yang terkontaminasi.
2. menciptakan kondisi lingkungan yang sesuai untuk meningkatkan
intensitas kontak langsung antara mikroba dengan senyawa kontaminan di
lingkungan baik yang terlarut maupun yang terikat oleh partikel untuk
mengalami biotransformasi, biodegradasi, bahkan sampai biomineralisasi.
Berikut ini merupakan beberapa jenis-jenis mikroorganisme yang berperan
dalam mendegradasi polutan minyak bumi dan logam berat menjadi bahan yang
tidak beracun (Cookson, 1995).
1. Pencemaran minyak bumi
Bahan utama yang terkandung di dalam minyak bumi adalah hidrokarbon
alifatik dan aromatik. Minyak bumi menghasilkan fraksi  hidrokarbon dari proses
destilasi bertingkat. Apabila keberadaan minyak bumi berlebihan di alam, masing-
masing fraksi minyak bumi akan menyebabkan pencemaran yang akan
mengganggu kestabilan ekosistem yang dicemarinya.
2. Komponen minyak bumi yang mudah didegradasi oleh bakteri merupakan
komponen terbesar dalam minyak bumi atau mendominasi, yaitu alkana yang
bersifat lebih mudah larut dalam air dan terdifusi ke dalam membran sel bakteri.
Jumlah bakteri yang mendegradasi komponen ini relatif banyak karena
substratnya yang melimpah di dalam minyak bumi. Isolat bakteri pendegradasi
komponen minyak bumi ini biasanya merupakan pengoksidasi alkana normal.
3. Komponen minyak bumi yang sulit didegradasi merupakan komponen
yang jumlahnya lebih kecil dibanding komponen yang mudah didegradasi. Hal ini
menyebabkan bakteri pendegradasi komponen ini berjumlah lebih sedikit dan
tumbuh lebih lambat karena kalah bersaing dengan pendegradasi alkana yang
memiliki substrat lebih banyak. Isolasi bakteri ini biasanya memanfaatkan
komponen minyak bumi yang masih ada setelah pertumbuhan lengkap bakteri
pendegradasi komponen minyak bumi yang mudah didegradasi.
Berikut ini merupakan jenis-jenis bakteri pendegradasi hidrokarbon pada
minyak bumi yaitu:
1. Pseudomonas sp.
Pseudomonas berbentuk batang dengan diameter 0,5 – 1 x 1,5 – 5,0
mikrometer. Bakteri ini merupakan organisme gram negatif yang motilitasnya
dibantu oleh satu atau beberapa flagella yang terdapat pada bagian polar. Akan
tetapi ada juga yang hampir tidak mampu bergerak. Bersifat aerobik obligat yaitu
oksigen berfungsi sebagai terminal elektron aseptor pada proses metabolismenya.
Kebanyakan sp.esies ini tidak bisa hidup pada kondisi asam pada pH 4,5 dan tidak
memerlukan bahan-bahan organik. Bersifat oksidasi negatif atau positif, katalase
positif dan kemoorganotropik. Dapat menggunakan H2 dan CO sebagai sumber
energi. Bakteri pseudomonas yang umum digunakan sebagai pendegradasi
hidrokarbon antara lain Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas stutzeri, dan
Pseudomonas diminuta.
2. Arthrobacter sp.
Pada kultur yang masih muda Arthrobacter berbentuk batang yang tidak
teratur 0,8 – 1,2 x 1 – 8  mikrometer. Pada proses pertumbuhan batang
segmentasinya berbentuk cocus kecil dengan diameter 0,6 – 1 mikrometer. Gram
positif, tidak berspora, tidak suka asam, aerobik, kemoorganotropik.
Memproduksi sedikit atau tidak sama sekali asam dan gas yang berasal dari
glukosa atau karbohidrat lainnya. Katalase positif, temperatur optimum 25 –
30oC.
3. Acinetobacter sp.
Memiliki bentuk seperti batang dengan diameter 0,9 – 1,6 mikrometer dan
panjang 1,5- 2,5 mikrometer. Berbentuk bulat panjang pada fase stasioner
pertumbuhannya. Bakteri ini tidak dapat membentuk spora. Tipe selnya adalah
gram negatif, tetapi sulit untuk diwarnai. Bakteri ini bersifat aerobik, sangat
memerlukan oksigen sebagai terminal elektron pada metabolisme. Semua tipe
bakteri ini tumbuh pada suhu 20-300 C, dan tumbuh optimum pada suhu 33-350
C. Bersifat oksidasi negatif dan katalase positif. Bakteri ini memiliki kemampuan
untuk menggunakan rantai hidrokarbon sebagai sumber nutrisi, sehingga mampu
meremidiasi tanah yang tercemar oleh minyak. Bakteri ini bisa menggunakan
amonium dan garam nitrit sebagai sumber nitrogen, akan tetapi tidak memiliki
pengaruh yang signifikan. D-glukosa adalah satu-satunya golongan heksosa yang
bisa digunakan oleh bakteri ini, sedangkan pentosa D-ribosa, D-silosa, dan L-
arabinosa juga bisa digunakan sebagai sumber karbon oleh beberapa strain.
4. Bacillus sp.
Umumnya bakteri ini merupakan mikroorganisme sel tunggal, berbentuk
batang pendek (biasanya rantai panjang). Mempunyai ukuran lebar 1,0-1,2 mm
dan panjang 3-5 mm. Merupakan bakteri gram positif dan bersifat aerob. Adapun
suhu pertumbuhan maksimumnya yaitu 30-50oC dan minimumnya 5-20oC
dengan pH pertumbuhan 4,3-9,3. Bakteri ini mempunyai kemampuan dalam
mendegradasi minyak bumi, dimana bakteri ini menggunakan minyak bumi
sebagai satu-satunya sumber karbon untuk menghasilkan energi dan
pertumbuhannya. Pada konsentrasi yang rendah, bakteri ini dapat merombak
hidrokarbon minyak bumi dengan cepat.  Jenis Bacillus sp. yang umumnya
digunakan seperti Bacillus subtilis, Bacillus cereus, Bacillus laterospor.

1.1.1 Proses Bioremediasi

Persoalan spesifik logam berat di lingkungan terutama akumulasinya sampai
pada rantai makanan dan keberadaannya di alam menyebabkan keracunan
terhadap tanah, udara maupun air. Bahan pencemar senyawa anorganik/mineral
misalnya logam-logam berat seperti merkuri (Hg), kadmium (Cd), Timah hitam
(pb), tembaga (Cu), timbal (Pb), dan  garam-garam anorganik. Bahan pencemar
berupa logam-logam berat yang masuk ke dalam tubuh biasanya melalui makanan
dan dapat tertimbun dalam organ-organ tubuh.  Mikroba memerlukan logam
sebagai fungsi struktural dan katalis serta sebagai donor atau reseptor elektron
dalam metabolisme energi. Kemampuan interaksi mikroba terhadap logam antara
lain (Cokkson, 1995). :
a. Mengikat ion logam yang ada di lingkungan eksternal pada permukaan sel
serta membawanya ke dalam sel untuk berbagai fungsi sel. Contohnya
 bakteri Thiobaccilus sp. Mampu menggunakan Fe dalam aktivasi enzim
format dehidrogenase pada sitokrom
b. Menggunakan logam sebagai donor atau akseptor elektron dalam
metabolisme energi.
c. Mengikat logam sebagai kation pada permukaan sel yang bermuatan
negatif dalam proses yang disebut biosorpsi.

1.1.2 Jenis-Jenis Bioremediasi

Bioremediasi yang melibatkan mikroba terdapat 3 macam yaitu :
1. Biostimulasi
Biostimulasi adalah memperbanyak dan mempercepat pertumbuhan
mikroba yang sudah ada di daerah tercemar dengan cara memberikan
lingkungan pertumbuhan yang diperlukan, yaitu penambahan nutrien dan
oksigen. Jika jumlah mikroba yang ada dalam jumlah sedikit, maka harus
ditambahkan mikroba dalam konsentrasi yang tinggi sehingga bioproses dapat
terjadi.
2. Bioaugmentasi
Bioaugmentasi merupakan penambahan produk mikroba komersial ke
dalam limbah cair untuk meningkatkan efisiensi dalam pengolahan limbah
secara biologi. Cara ini paling sering digunakan dalam menghilangkan
kontaminasi di suatu tempat.
3. Bioremediasi Intrinsik
Bioremediasi jenis ini terjadi secara alami di dalam air atau tanah yang
tercemar.
Bioremediasi berdasarkan lokasi terdapat 2 macam yaitu:
a. In situ, yaitu dapat dilakukan langsung di lokasi tanah tercemar ( proses
bioremediasi yang digunakan berada pada tempat lokasi limbah tersebut).
Proses bioremadiasi in situ pada lapisan surface juga ditentukan oleh
faktor bio-kimiawi dan hidrogeologi.
b. Ex situ, yaitu bioremediasi yang dilakukan dengan mengambil limbah
tersebut lalu ditreatment ditempat lain, setelah itu baru dikembalikan ke
tempat asal.  Lalu diberi perlakuan khusus dengan memakai mikroba. 
 Bioremediasi ini bisa lebih cepat dan mudah dikontrol dibanding in-situ, ia
pun mampu me-remediasi jenis kontaminan dan jenis tanah yang lebih
beragam.

1.1.3 Faktor-Faktor Yang Mempengaruhi Bioremediasi.

1. Lingkungan
Proses biodegradasi memerlukan tipe tanah yang dapat mendukung
kelancaran aliran nutrient, enzim-enzim mikrobial dan air. Karakteristik tanah
yang cocok untuk bioremediasi in situ adalah mengandung butiran pasir ataupun
kerikil kasar sehingga dispersi oksigen dan nutrient dapat berlangsung dengan
baik. Kelembaban tanah juga penting untuk menjamin kelancaran sirkulasi nutrien
dan substrat di dalam tanah.
2. Temperatur
Temperatur yang optimal untuk degradasi hidrokaron adalah 30-40˚C. Pada
temperatur yang rendah, viskositas minyak akan meningkat mengakibatkan
volatilitas alkana rantai pendek yang bersifat toksik menurun dan kelarutannya di
air akan meningkat sehingga proses biodegradasi akan terhambat. Suhu sangat
berpengaruh terhadap lokasi tempat dilaksanakannya bioremediasi
3. Oksigen
Langkah awal katabolisme senyawa hidrokaron oleh bakteri maupun kapang
adalah oksidasi substrat dengan katalis enzim oksidase, dengan demikian
tersedianya oksigen merupakan syarat keberhasilan degradasi hidrokarbon
minyak. Ketersediaan oksigen di tanah tergantung pada (a) kecepatan konsumsi
oleh mikroorganisme tanah, (b) tipe tanah dan (c) kehadiran substrat lain yang
juga bereaksi dengan oksigen. Terbatasnya oksigen, merupakan salah satu faktor
pembatas dalam biodegradasi hidrokarbon minyak
4. pH.
Pada tanah umumnya merupakan lingkungan asam, alkali sangat jarang
namun ada yang melaporkan pada pH 11. Penyesuaian pH dari 4,5 menjadi 7,4
dengan penambahan kapur meningkatkan penguraian minyak menjadi dua kali.
Kadar H2O dan karakter geologi.
 5. Keberadaan zat nutrisi.
Baik pada in situ & ex situ. Bila tanah yang dipergunakan bekas pertanian
mungkin tak perlu ditambah zat nutrisi. Dalam penanganan limbah minyak bumi
biasanya dilakukan penambahan nutrisi antara lain sumber nitrogen dan fosfor
sehingga proses degradasi oleh mikroorganisme berlangsung lebih cepat dan
pertumbuhannya meningkat.
6. Interaksi antar Polusi.
Salah satu bentuknya adalah kometabolisme. Kometabolisme merupakan
proses transformasi senyawa secara tidak langsung sehingga tidak ada energy
yang dihasilkan.

2.1.4 Kelebihan dan Kekurangan Bioremediasi

Kelebihan bioremediasi sebagai berikut :
1. Proses pelaksanaan dapat dilakukan langsung di daerah tersebut dengan
lahan yang sempit sekalipun. 
2. Mengubah pollutant bukan hanya memindahkannya.
3. Proses degradasi dapat dilaksanakan dalam jangka waktu yang cepat.
4. Bioremediasi sangat aman digunakan karena menggunakan mikroba yang
secara alamiah sudah ada dilingkungan (tanah).
5. Bioremediasi tidak menggunakan/menambahkan bahan kimia berbahaya.
6. Teknik pengolahannya mudah diterapkan dan murah biaya.
Kekurangan bioremediasi sebagai berikut (1995):
1. Tidak semua bahan kimia dapat diolahsecara bioremediasi.
2. Membutuhkan pemantauan yang ekstensif .
3. Membutuhkan lokasi tertentu.
4. Pengotornya bersifat toksik 
5. Padat ilmiah
6. Berpotensi menghasilkan produk yangtidak dikenal
7. Dapat digabung dengan teknik pengolahan lain
8. Persepsi sebagai teknologi yang belum teruji
1.2 Bioremediasi tanah terkontaminasi minyak bumi
Hidrokarbon yang terkontaminasi dalam lumpur minyak yang merupakan
limbah yang terjadi pada kegiatan pengolahan, penyaluran dan penampungan
minyak bumi merupakan sumber energi bagi mikroorganisme pendegradasinya.
Total Petroleum Hydrocarbon (TPH) ialah merupakan pengukuran konsentrasi
pencemar hidrokarbon minyak bumi dalam tanah atau serta seluruh pencemar
hidrokarbon minyak dalam suatu sampel tanah yang sering dinyatakan dalam
satuan mg hidrokarbon/kg tanah.

Ada beberapa metode dalam bioremediasi minyak bumi yaitu biopile,

bulking agent, konsorsium bakteri dan teknik land treatment. Tulisan tentang
berbagai metode bioremediasi terdapat pada Tabel 1.

No Metode Bahan Mikroorganisme Hasil

1. Biopile Pasirdan Isolat KBTL1, Menurunkan TPH
tanah KBTL2, KBTL3 dari 4,22% jadi 1%
dalam 63 hari
Populasi bakteri
1x106 sampai
1,43x1011 CFU/g
2. Bulking Serbuk Pseudomonas sp. Menurunkan TPH
agent dan gergaji (PSP01) sebesar 91,04%
isolasi Pseudomonas sp. selama 6 minggu
bakteri (PSP 05) Bacillus sp. Menurunkan BTEX
pertofilik (PSP 03) si bawah baku mutu
lingkungan

3. Bulking Arang Pseudomonas sp. Nilai efisiesnsi

agent dan sekam padi Actinomycotes sp. biodegradasi
isolasi dan baglog mencapai 83,9%
bakteri jamur tiram
pertofilik
4. Bulking Kompos Aspergillus niger, Penurunan TPH
agent dan iradiasi, Trichoderma zeanum, 81,32% selama 42
isolasi serbuk Bacillus sphaericus, hari Degradasi
bakteri gergaji, Pseudomonas distribusi rantai C-7
pertofilik sludge aeruginosa sampai C-54 jadi C-6
biogas, sampai C-8
kompos
5. Konsorsiu Lamtoro Pseudomonas Penurunan TPH 2,85
m bakteri pseudoalcaligenes selama 14 hari
 Micrococus luteys
6. Konsorsiu Isolasi bakteri indigen Penurunan TPH
m bakteri 1,62%
7. Bioremedi Tanah Bacillus cereus Penurunan 97,5%
asi exsitu terkontamin Pseudomonas putida total degradasi
asi minyak Rhodococcus selama 56 hari Kadar
bumi erythropolis BTX 6,4338 μg/g
8. Land Bacillus (strain 3,3 Penurunan TPH 5,8%
farming dan 6,9) jadi 2,8-3,2% selama
Pseudomonas (strain 12 minggu (tanpa
3,4) Enterobacter bahan organik)
(strain P6) Strain tak Penurunan TPH 5,8%
teridentifikasi (strain jadi <1% setelah 5
P2) minggu (dengan
bahan organik)
9. Bioremedi- Limbah Acinetobacter Degradasi TPH
asi invitro minyak baumannii, 73,241% selama 7
bumi Alcaligenes minggu Penurunan
pengilangan eutrophus, Bacillus COD 86,282% Laju
di Sungai sp1., Methylococcus pertumbuhan
Pakning capsulatus, Bacillus 0,0446/jam
sp2., Morococcus sp.,
Pseudomonas
diminuta,
Xanthomonas
albilineans, Bacillus
cereus dan
Flavobacterium
branchiophiia

1.3 Bioremediasi terkontaminasi Hidrokarbon

Berikut ini merupakan beberapa jenis-jenis mikroorganisme yang berperan
dalam mendegradasi polutan minyak bumi dan logam berat menjadi bahan yang
tidak beracun.
1. Pencemaran minyak bumi
Di dalam minyak bumi terdapat dua macam komponen yang dibagi
berdasarkan kemampuan mikroorganisme menguraikannya, yaitu komponen
minyak bumi yang mudah diuraikan oleh mikroorganisme dan komponen
yang sulit didegradasi oleh mikroorganisme.
2. Komponen minyak bumi yang mudah didegradasi oleh bakteri merupakan
komponen terbesar dalam minyak bumi atau mendominasi, yaitu alkana
 yang bersifat lebih mudah larut dalam air dan terdifusi ke dalam membran
sel bakteri. Jumlah bakteri yang mendegradasi komponen ini relatif banyak
karena substratnya yang melimpah di dalam minyak bumi.
3. Komponen minyak bumi yang sulit didegradasi merupakan komponen yang
jumlahnya lebih kecil dibanding komponen yang mudah didegradasi. Hal ini
menyebabkan bakteri pendegradasi komponen ini berjumlah lebih sedikit
dan tumbuh lebih lambat karena kalah bersaing dengan pendegradasi alkana
yang memiliki substrat lebih banyak..
Beberapa bakteri dan fungi diketahui dapat digunakan untuk mendegradasi
minyak bumi. Beberapa contoh bakteri yang selanjutnya disebut bakteri
hidrokarbonuklastik yaitu bakteri yang dapat menguraikan komponen minyak
bumi karena kemampuannya mengoksidasi hidrokarbon dan menjadikan
hidrokarbon sebagai donor elektronnya. Adapun contoh dari bakteri
hidrokarbonuklastik yaitu bakteri dari genus Achromobacter, Arthrobacter,
Acinetobacter, Actinomyces, Aeromonas, Brevibacterium, Flavobacterium,
Moraxella, Klebsiella, Xanthomyces dan Pseudomonas, Bacillus. Beberapa
contoh fungi yang digunakan dalam biodegradasi minyak bumi adalah fungi dari
genus Phanerochaete, Cunninghamella, Penicillium, Candida, Sp.orobolomyce,
Cladosp.orium, Debaromyces, Fusarium, Hansenula, Rhodosp.oridium,
Rhodoturula, Torulopsis, Trichoderma,  Trichosp.oron. Sejumlah bakteri seperti
Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter calcoaceticus, Arthrobacter sp.,
Streptomyces viridans dan lain-lain menghasilkan senyawa biosurfaktan atau
bioemulsi.

1.4 Fitoremediasi Logam Berat

Fitoremediasi berasal dari kata phyto (bahasa Yunani) yang artinya tanaman
dan remediare (bahasa Latin) yang berarti memperbaiki, menyembuhkan atau
membersihkan. Fitoremediasi (phytoremediation) adalah teknologi yang
memanfaatkan tumbuhan untuk memulihkan media tanah atau air yang tercemar,
dimana dapat mengubah zat pencemar/polutan menjadi berkurang atau menjadi
tidak berbahaya bahkan menjadi bahan yang berguna secara ekonomi dan
lingkungan.
 Mekanisme fitoremediasi dibagi menjadi beberapa tahapan, yaitu :
1. Fitoekstraksi adalah penyerapan logam berat oleh akar tanaman dan
mengakumulasi logam berat tersebut ke bagian-bagian tanaman seperti akar,
batang dan daun. Fitoekstraksi termasuk pendekatan yang paling baik untuk
memindahkan kontaminan, terutama dari tanah dan mengisolasinya tanpa merusak
struktur tanah dan kesuburan tanah. Metode fitoekstraksi sering digunakan untuk
dekontaminasi logam Ag, Cd, Co, Cr, Cu, Hg, Mn, Mo, Ni, Pb, Zn.
Fitovolatilisasi terjadi ketika tanaman menyerap logam berat dan melepaskannya
ke udara lewat daun dan ada kalanya logam berat mengalami degradasi terlebih
dahulu sebelum dilepas lewat daun. Polutan yang dilepaskan oleh tanaman ke
udara, bisa terjadi dalam 2 kemungkinan yakni senyawa yang dilepaskan adalah
yang sama atau senyawa mengalami perubahan sehingga melepaskan senyawa
yang lain.
2. Rhizofiltrasi adalah pemanfaatan kemampuan akar tanaman untuk
menyerap, mengendapkan, mengakumulasi logam berat dari aliran limbah dan
biasanya konsep dasar ini berlaku apabila medium yang tercemarnya adalah badan
perairan.
3. Fitodegradasi adalah metabolisme logam berat di dalam jaringan tanaman
oleh enzim seperti dehalogenase, oksigenase, nitrodictase, laccase, dan nitricase.
4. Fitostabilisasi merupakan proses tumbuhan dalam menarik zat – zat
kontaminan tertentu kebagian akar tanaman karena tidak dapat diteruskan
kebagian lain dari tanaman. Zat – zat tersebut akan menempel erat (stabil) pada
akar sehingga tidak akan terbawa oleh aliran air dalam media.
5. Fitostimulasi adalah fitoremediasi dengan cara tanaman menstimulasi
aktivitas mikroba tanah untuk mendegradasi logam. Pada mekanisme ini tanaman
mengeluarkan eksudat akar yang umumnya berupa protein, asam-asam organik
atau senyawa lain yang diperlukan oleh tanaman. Contohnya tanaman legum
mengeluarkan flavonoid yang dapat merangsang asosiasi tanaman dengan bakteri
rhizobium.
Akumulasi logam oleh tumbuhan bergantung pada banyak faktor seperti:
 1. Sifat alamiah tumbuhan, seperti: spesies, kecepatan tumbuh, ukuran dan
kedalaman akar, kecepatan penguapan, serta kebutuhan nutrien untuk
metabolisme,
2. Faktor tanah, seperti: pH, kandungan dan sifat alamiah zat organik, status
nutrien, jumlah ion-ion logam dan anion-anion tertentu seperti fosfat,
sulfat, kadar mineral lempung, dan tipe tanah, dan
3. Variabel-variabel lingkungan dan pengelolaan yaitu temperatur,
kelembaban, sinar matahari, curah hujan, pemupukan dan lain-lain.

Jenis tanaman di Indonesia yang sangat beraneka ragam dan hampir

semuanya memiliki kemampuan untuk menyerap limbah misalnya: Typha sp,
Ipomeous sp, Eichornia crassipies, Bunga Matahari (Helianthus anuusLinneus),
Tumbuhan Obor (Typha latifolia), Tanaman Enceng Gondok (Eichhornia
crassipes), Kiambang (Salvinia molesta).

1.5 Bioremediasi Tanah Terkontaminasi Logam Berat

Mikoremediasi adalah suatu proses pendegradasian atau penghilangan
bahan toksik dari lingkungan yang tercemar dengan menggunakan. Pada proses
remediasi cemaran di lingkungan melibatkan cendawan beserta mekanisme
reduksinya, baik secara intraselular maupun ekstraselular. Beberapa jenis fungi
yang sering dijadikan agen remediator antara lain Aspergillus sp, Fusarium sp,
Penicillium sp, Hanerochaete sp, Saccharomyces cerevisiae, Trichoderma sp.
Secara alami tanah telah mengandung berbagai unsur logam, unsur-unsur
logam dominan adalah Si, Al, Fe, Ca, Na, K, Mg, unsur – unsur logam pada tanah
ini berasal dari pelapukan batu-batuan (batuan induk), dan keberadaan unsur ini
akan besar pengaruhnya terhadap sifat fisik dan kimia tanah.
Adapun kandungan logam berat secara alamiah ( µg/g)
Logam Kandungan (Rataan) Kisaran Non Populasi
As 100 5- 3000
Co 8 1-4
Cu 20 2-300
Pb 10 2-200
Zn 050 10- 300
Cd 0.06 0.05- 0.7
Hg 0.03 0.01-0.3
1.5.1 Proses Bioremediasi Tanah Terkontaminasi Logam
1. Biosorpsi
Biosorpsi adalah proses penghilangan logam dari suatu larutan dengan
menggunakan bahan biologis. Biosorpsi merupakan proses penyerapan logam
secara pasif oleh sel-sel mikroorganisme. Mekanisme biosorpsi dapat
dikelompokkan menjadi mekanisme yang bergantung pada metabolisme
(metabolism-dependent mechanisms) dan mekanisme yang tidak bergantung
dengan metabolisme (metabolism-independent mechanisms).Pengikatan logam
tidak bergantung metabolisme (metabolism-independent metal binding) ke
dinding sel dan permukaan eksternal hanya terjadi pada biosorpsi yang melibatkan
biomassa tidak hidup.
2. Bioakumulasi
Proses akumulasi ini dapat dikelompokkan menjadi biokonsentrasi dan
bioakumulasi. Biokonsentrasi merupakan proses peningkatan konsentrasi polutan
secara langsung sewaktu berpindah dari lingkungan ke suatu organisme.
Sedangkan bioakumulasi adalah absorpsi polutan secara langsung yang
terakumulasi melalui nutrisi yang ditambahkan pada organisme. Keberadaan
logam berat tergantung pada karakteristik bioakumulasi logam yang
terkonsentrasi. Bioakumulasi logam berat terjadi secara aktif dan dikendalikan
secara metabolik oleh organisme.
3. Biopresipitasi
Proses reaksi kimiawi terhadap logam berat dilakukan sehingga terbentuk
presipitat tidak larut dan kemudian presipitat tersebut dipisahkan melalui proses
sedimentasi atau filtrasi. Presipitasi diikuti oleh proses koagulasi atau
penggumpalan yang terjadi di dalam pembentukan presipitat hidroksida logam
melalui penambahan bahan alkali untuk menghilangkan kation logam berat seperti
Pb(II), Cd(II), Cu(II) dan Ni(II).
4. Bioreduksi
 Pereduksian racun dari suatu lingkungan atau detoksifikasi dengan
menggunakan mikroorganisme adalah merupakan pendekatan perlindungan
lingkungan yang ramah. Proses bioreduksi atau biodetoksifikasi oleh
mikroorganisme dapat terjadi secara langsung maupun tidak langsung. Bioreduksi
secara langsung terjadi dengan melibatkan aktivitas enzimatis, sedangkan
mekanisme tidak langsung melibatkan produk metabolisme (reduktan maupun
oksidan) melalui reaksi reduksi oksidasi kimiawi.
5. Bioleaching
Proses pelarutan logam dari substrat padatan secara langsung dapat
dilakukan melalui metabolisme mikroorganisme seperti cendawan dan bakteri,
serta secara tidak langsung dilakukan oleh produk metabolisme. Unsur-unsur
dapat mengalami proses asimilasi, degradasi dan metabolisme senyawa organik
serta anorganik seperti C, H, O. Selain itu, pada unsur N terjadi dekomposisi
senyawa, denitrifikasi dan nitrifikasi, oksidasi amonia dan nitrit, atau sintesis
biopolimer yang mengandung nitrogen (N).

1.5 Rekayasa Genetika Untuk Bioremediasi

Bahan pencemar dapat dibedakan berdasarkan kemampuan terdegradasinya
di lingkungan yaitu :
1. Bahan pencemar yang mudah terdegradasi (biodegradable pollutant), yaitu
bahan yang mudah terdegradasi di lingkungan dan dapat diuraikan atau
didekomposisi, baik secara alamiah yang dilakukan oleh dekomposer
(bakteri dan jamur) ataupun yang disengaja oleh manusia, contohnya adalah
limbah rumah tangga.
2. Bahan pencemar yang sukar terdegradasi atau lambat sekali terdegradasi
(nondegradable pollutant), dapat menimbulkan masalah lingkungan yang
cukup serius.
Sedangkan senyawa-senyawa pencemar menurut keberadaannya dapat
dibedakan menjadi :
1. Senyawa-senyawa yang secara alami ditemukan di alam dan jumlahnya
(konsentrasinya) sangat tinggi, contohnya antara lain minyak mentah (hasil
penyulingan), fosfat dan logam berat.
 2. Senyawa xenobiotik yaitu senyawa kimia hasil rekayasa manusia yang
sebelumnya tidak pernah ditemukan di alam, contohnya adalah pestisida,
herbisida, plastik dan serat sintesis.

Rekayasa genetika dalam arti luas adalah teknologi dalam penerapan

genetika untuk membantu masalah dan kepentingan apapun dari manusia. Dengan
segala pengetahuan dan pengalaman dari trial dan error tersebut manusia dapat
mengembangkan produk-produk yang bermanfaat bagi manusia itu sendiri.
Rekayasa Genetika pada mikroba bertujuan untuk meningkatkan efektivitas
kerja mikroba tersebut (misalnya mikroba untuk fermentasi, pengikat nitrogen
udara, meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat proses kompos dan
pembuatan makanan ternak, mikroba prebiotik untuk makanan olahan), dan untuk
menghasilkan bahan obat-obatan dan kosmetika.

1.6.1 Teknik Rekayasa Genetika

1. Kloning Gen
Kloning gen merupakan tahapan awal dari rakayasa genetika. Adapun
tahapan-tahapan dalam kloning gen, diataranya pemotongan DNA menjadi
fragmen-fragmen dengan ukuran beberapa ratus hingga ribuan kb (kilobase),
kemudian fragmen tersebut dimasukkan ke dalam vektor bakteri untuk kloning.
Sequensing DNA
2. Sekuensing
Sekuensing merupakan teknik penentuan urutan basa suatu fragmen DNA
yang membutuhkan proses dan waktu yang lama. Saat ini proses ini sudah bersifat
automatis, dalam artian sekuensing yang dilakukan memungkinkan dalam skala
industri hingga ribu kilobasa per hari.

3. Amplifikasi gen secara in-vitro

Proses amplifikasi DNA untuk mensitesis komplementer suatu fragmen
DNA yang dimulai dari suatu rantai primer dikenal dengan teknik PCR
(Polimerase Chain Reaction).
4. Konstruksi Gen
 Setiap gen terdiri dari promotor (daerah yang bertanggungan jawab utuk
transkripsi gen yang berakhir pada wilayar terminator), gen pendanda dipilih (gen
yang berperan sebagai resistensi antibiotik yang membantu dalam memebedakan
perubahan sel), dan terimanator. Konstruksi gen mengandung sedikitnya daerah
promotor, daerah transkrip, dan daerah terminator. Oleh sebab itu, konstruksi gen
kemudian disebut vektor ekspresi. Konstruksi gen mengimplikasikan penggunaan
elemen-elemen seperti enzim restriksi yang memotong DNA pada daerah spesifik.
5. Transfer gen ke dalam sel
Suatu gen hasil isolasi dapat ditranskripsikan secara in vitro dan mRNA nya
juga dapat ditranskripsikan pada suatu sistem bebas sel. Untuk dikodekan secara
efektif dan ditranslasikan menjadi protein, suatu gen harus ditransfer ke dalam sel
yang secara alami dapat mengandung semua faktor yang diperlukan dalam proses
transkripsi dan translasi.

1.6.2 Manfaat Rekayasa Genetika

1. Bidang Industri
Di bidang industri, prinsip rekayasa genetika dimanfaatkan dalam upaya
pengkloningan bakteri untuk beberapa fungsi tertentu seperti melarutkan logam-
logam langsung dari dalam bumi, menghasilkan bahan mentah kimia seperti etilen
yang diperlukan untuk pembuatan plastik, menghasilkan bahan kimia yang
digunakan sebagai pemanis pada pembuatan berbagai macam minuman, dan lain
sebagainya.
2. Bidang Farmasi
Dalam bidang farmasi, rekayasa genetika dimanfaatkan dalam usaha
pembuatan protein yang sangat dibutuhkan untuk kesehatan. Protein ini
merupakan gen hasil pengkloningan bakteri yang berperan dalam mengongtrol
sintesis obat-obatan yang jika diproduksi secara alami akan membutuhkan biaya
yang mahal.
3. Bidang Kedokteran
Pembuatan vaksin terhadap virus AIDS Mengingat AIDS merupakan virus
yang berbahaya dan dapat menyerang sistem kekebalan tubuh, maka dalam upaya
pencegahan penyakit tersebut peneliti membuat suatu vaksin memanfaatkan
rekayasa genetika dalam upaya proteksi diri terhadap penularan virus AIDS.
 4. Bidang Pertanian
Di bidang pertanian, rekayasa genetika banyak dimanfaatkan dalam upaya
penyisipan gen ke dalam sel sel tumbuhan sehingga memberikan banyak
keuntungan seperti:
a. Menghasilkan tanaman yang mampu menangkap cahaya dengan lebih
efektif untuk meningkatkan efisiensi fotosintesis.
b. Menghasilkan tanaman yang mampu menghasilkan pestisida sendiri.
c. Menggantikan pemakaian pupuk nitrogen yang mahal namun banyak
digunakan dengan melakukan fiksasi nitrogen secara alamiah seperti pada
tanaman padi.
d. Dapat digunakan untuk menadapatkan tanaman baru yang lebih
menguntungkan lewat pencangkokan gen, seperti pada golongan
solanaceae.