Patogen oportunistik merupakan patogen yang jarang menyebabkan penyakit pada
orang-orang yang memiliki imunokompetensi namun dapat menyebabkan penyakit/infeksi yang serius pada orang yang tidak memiliki imunokompetensi. Di mana imunokompetensi adalah kemampuan tubuh untuk memproduksi respon imun normal atau produksi antibodi dan imunitas melalui sel. Patogen oportunistik berarti ketika dalam kondisi normal sebenarnya tidak menimbulkan dampak merugikan atau tidak bersifat patogen, akan tetapi dalam kondisi tertentu berubah menjadi bersifat pathogen. Kondisi ini terjadi apabila: 1. Apabila terjadi perubahan jumlah dari jumlah normalnya (ambang batasnya) 2. Apabila terjadi perubahan lokasi dari lokasi di mana seharunya berada 3. Apabila kondisi host/hospes/inang mengalami kondisi abnormal, di mana apakah sistem imunnya yang mengalami penurunan atau gangguan Jadi sederhananya, patogen oportunistik akan bersifat meruugikan ketika dalam kondisi imun tubuh sedang turun dan jumlah flora normal yang berdampak patogen meningkat sehingga terjadi ketidakseimbangan dalam tubuh. Flora normal itu sendiri adalah mikroorganisme yang memang ada dan diperlukan di tubuh. Keberadaan flora normal ini dapat melawan bakteri yang masuk ke dalam tubuh. Flora normal itu bisa menjadi patogen oportunistik bila flora tersebut berada di tempat yang tidak semestinya atau ada faktor predisposisi. Predisposisi adalah faktor yang membuat inang lebih mudah terserang atau dijangkiti oleh penyakit. Sehingga flora normal yang berlebih dapat menyerang organ tubuh orang tersebut, seperti pada orang penderita AIDS di mana orang tersebut akan lebih mudah terserang patogen karena mempunyai daya tahan tubuh yang lemah. Ada beberapa istilah yang berkaitan dengan infeksi oleh patogen tersebut, diantaranya: Kolonisasi, yaitu suatu keadaan di mana ditemukan adanya agen infeksi pada permukaan jaringan di mana organisme tersebut hidup, tumbuh dan berkembang biak. Tetapi tanpa disertai adanya respon imun atau gejala klinik (kerusakan jaringan). Inflamasi, yaitu respon dari sistem kekebalan tubuh terhadap infeksi dan iritasi pada jaringan yang cedera. Sementara itu, histamin, serotonin, enzim lisosom, prostaglandin itu dilepaskan oleh sel untuk menstimulasi inflamasi sebagai mediator radang untuk mengurangi penyebaran infeksi. Inflamasi ditandai dengan 4 tanda utama (4OR), yaitu kalor, dolor, rubor, dan tumor. Jadi ketika ada perlukaan/infeksi/jejas, maka akan terjadilah radang atau yang dikenal dengan inflamasi. Sepsis, yaitu komplikasi berbahaya akibat terjadinya infeksi. Ketika terjadi infeksi, di mana ada mikroorganisme pada sistem sirkulasi, maka sistem kekebalan tubuh aktif untuk melawan penyebab infeksi tersebut. Sepsis muncul ketika sistem kekebalan tubuh ini melawan infeksi secara tidak terkendali sehingga dibutuhkan penanganan khusus. Intoksikasi, yaitu kerusakan atau gangguan fungsi tubuh akibat adanya toksin mikroorganisme yang masuk. Efek yang ditimbulkan cepat, hanya dalam beberapa menit atau jam saja.