1.

Menjelaskan teknologi rekombinan DNA dan terapi DNA

Teknologi DNA rekombinan

Lebih dikenal sebagai rekayasa genetika
Upaya perbanyakan gen tertentu di dalam suatu sel yang bukan sel alaminya (kloning
gen)
Pembentukan kombinasi materi genetik yang baru dengan menyisipkan molekul DNA ke
dalam suatu vektor, mengalami perbanyakan dan terintegrasi dalam suatu sel organisme
lain sebagai sel inang
Tahap DNA rekombinan :
Isolasi DNA
Perusakan atau lisis dinding sel dengan cara mekanis (sonifikasi, tekanan tinggi,
beku-leleh), atau cara enzimatis (pemberian lisozim)
Remukan sel dibuang dengan sentrifugasi
Pembersihan molekul RNA yang masih menempel pada DNA yang akan diklon
dibersihkan oleh RNAse
DNA hasil isolasi dimurnikan dengan penambahan amonium asetat dan alkohol
atau teknik sentrifugasi
Pemotongan molekul DNA
DNA hasil isolasi dipotong oleh kerja enzim restriksi endonuklease yang mampu
mengenali urutan nukleotida tertentu dan memotong DNA pada tempat yang
dikenali (mengandung gen X yang dimaksud)
Ligasi (penyatuan) molekul DNA
Potongan DNA dengan gen X disisipkan ke dalam molekul DNA lain sebagai
vektor yang telah dipotong juga oleh enzim restriksi endonuklease. Penggabungan
molekul DNA genomik dan DNA vektor dilakukan oleh enzim ligase. Molekul
DNA gabungan ini kemudian disebut molekul DNA rekombinan
Terdapat 3 kemungkinan hasil ligasi :
Plasmid ligasi sendiri (religasi) tanpa fragmen yang membawa gen X
DNA rekombinan tanpa gen X
DNA rekombinan yang membawa gen X
Transformasi sel inang
Memasukkan molekul DNA rekombinan ke dalam sel inang
Seleksi transforman dan seleksi rekombinan
Proses memilih sel inang yang mengandung DNA rekombinan (seleksi
transforman) dan memilih lagi DNA rekombinan yang mengandung fragmen
sisipan atau gen yang diinginkan (seleksi rekombinan)
Reisolasi dan analisis clones
Hasil seleksi tranforman dan rekombinan akan menghasilkan copy-an identik
yang mengandung gen X yang kemudian disebut clones
Clones kemudian diisolasi dari sel ilang dan dianalisis (ditranslasikan dan produk
gennya dipelajari)

Sehingga diperlukan 2 aspek utama dalam teknologi DNA rekombinan yaitu, DNA
genomik yang mengandung gen yang dimaksud dan DNA vektor (plasmid) yang
membawa sisipan gen ke sel inang
 Enzim restriksi endonuklease
Penting dalam teknologi DNA rekombinan
Memotong ikatan fosfodiesterase
Diisolasi dari bakteri, mampu mendegradasi kromosom virus yang menginfeksi bakteri
tersebut
Mampu mengenali suatu urutan nukleotida tertentu dan mampu memotongnya
Tempat pengenalan disebut recognition site dan bersifat palindromik (dibaca dari depan
ke belakang atau dari arah 5' ke 3')
Contoh enzim : escherichia coli galur R, streptomyces albus

Contoh aplikasi DNA rekombinan : produksi hormon insulin

Isolasi DNA dari sel pankreas manusia yang menghasilkan insulin (sel B). DNA dipotong
menjadi fragmen-fragmen yang mengandung gen insulin oleh restriksi endonuklease
Isolasi DNA plasmid dari bakteri juga dipotong, hingga berbentuk linier
Fragmen DNA yang mengandung gen insulin disisipkan ke dalam DNA plasmid
DNA rekombinan dari gen insulin dan DNA plasmid dimasukkan ke dalam sel inang
berupa bakteri
Bakteri memiliki tingkat proliferasi yang tinggi, sehingga gen insulin dapat diproduksi
lebih banyak

Aplikasi teknologi DNA rekombinan :

Restriction Fragment Length Polymorphisme (RFLP)
Pemetaan gen
Human genom project
DNA fingerprint
Prenatal diagnosis
Terapi gen

2. Menjelaskan dasar terapi penyakit secara molekuler (terapi gen)

Terapi gen adalah suatu teknik memperbaiki gen yang cacat/rusak (menimbulkan
penyakit tertentu). Clinical trial terapi gen sudah ada sejak tahun 1990
Gen merupakan faktor pembawa keturunan yang di dalamnya terdapat sandi-sandi
penyusun protein tertentu. Ketika gen tersebut rusak, makan protein tidak dapat disintesis
dengan normal sehingga timbul kelainan genetik
Terapi gen menyangkut usaha untuk menentukan, memperbaiki atau mengganti gen yang
menimbulkan kelainan (penyakit) menggunakan bakteri atau virus yang telah
dimodifikasi secara genetik

Bentuk usaha memperbaiki gen rusak

Memasukkan gen baru ke dalam genom (lokasi non spesifik) sebagai pengganti gen yang
tidak berfungsi
Gen yang cacat diganti dengan gen yang normal melalui rekombinasi homolugus
Gen yang cacat diperbaiki dengan mutasi balik yang selektif sehingga menjadi normal
Pengobatan dengan terapi gen meliputi
Imunoterapi
Menggunakan sel dari partikel virus yang dimodifikasi secara genetik untuk
meningkatkan sistem imun tubuh yang mengalahkan sel kanker
Viro onkolitik
Menggunakan partikel sel virus yang bereplikasi dalam sel kanker (sel kanker
melisis dan mati)
Transfer gen
Memasukkan gen-gen baru ke dalam sel kanker. Gen-gen tersebut akan
mengelilingi jaringan kanker sehingga dapat menghentikan pertumbuhan sel
kanker dan menghancurkannya

Kerja terapi gen

Diperlukan vektor biasanya berupa virus yang telah dimodifikasi secara genetik sehingga
tidak menimbulkan bahaya bagi sel inang. Virus ini berfungsi sebagai carrier atau
pembawa gen/DNA normal yang akan menggantikan gen rusak

Jenis virus dalam terapi gen

Retro virus
Mempunyai kemampuan transkriptase balik yang mampu membentuk DNA baru
Tidak memiliki kemampuan replikasi (kemungkinan infeksi bukan sel target
kecil)
Dapat membuat rantai ganda DNA dari genomnya dan disatukan dengan
kromosom sel inangnya (HIV)
Adenovirus
Banyak virus ini membawa gen terapeutik dalam volume sedikit
Ekspresi gen hanya bertahan singkat
Dapat menyebabkan infeksi saluran pernapasan, saluran pencernaan dan
menimbulkan kematian (influenza)
Adeno-associated virus
Single stranded DNA berukuran sangat kecil
Membutuhkan virus penolong untuk dapat menginfeksi sel. Virus penolong bisa
berupa HVS
Ketika virus penolong tidak ada, maka AAV akan berintegrasi ke genom manusia
di tempat spesifik (lokus tertentu) pada kromosom 19
Herpes simpleks
Vektor khusus untuk SSP
Menghantarkan gen terapeutik ke dalam neuron pada penyakit neurologis

Kendala terapi gen

Hanya dapat efektif pada gangguan gen tunggal
Virus sebagai vektor dalam tubuh manusia dapat berubah sifatnya dan menimbulkan
penyakit
Keberhasilan pendek, perlu diulang
Sistem imun mengurangi efek terapi gen. Terapi gen yang berulang akan menyebabkan
resistensi sistem imun terhadap virus vektor
Dasar terapi gen
Transfer materi genetik baru ke dalam sel-sel tubuh
Mengubah susunan gen yang salah yang menyebabkan sel-sel tubuh tidak berfungsi
normal menjadi berfungsi kembali
Menyisipkan gen fungsional ke dalam DNA
Meningkatkan produksi dari jumlah protein yang kurang

2 kategori terapi gen

Tipe germ
Mengubah DNA suatu gamet (sel telur) matang yang siap dibuahi
Generasi berikutnya mengalami perubahan genetik
Tipe somatik
Mengubah DNA somatik (sel-sel tubuh) yang tidak berfungsi normal karena
kelainan genetik
Tidak diturunkan ke generasi berikutnya
Contoh lokasi terapi gen somatik : paru, jaringan saraf, hepar, otot, endotelium,
kutis (kulit)

2 metode utama terapi gen

Ex vivo
Mengambil sel-sel dari pasien
Menumbuhkan sel trsbt
Mengoreksi kerusakan genetik dengan mentransfer materi genetik baru untuk
memerbaiki fungsi sel
Menyeleksi kembali dan menumbuhkan sel-sel hasil koreksi genetik
Memasukkan sel hasil koreksi ke tubuh pasien
(Menggunakan sel yang berasal dari pasien itu sendiri)
In vivo
Menggunakan vektor pembawa materi genetik yang diinginkan
Mengubah genom yang dimaksud
Materi genetik dibawa oleh vektor, vektor dimasukkan ke dalam tubuh secara
intravena, intramuskular atau inhalasi. Vektor akan mengirimkan materi genetik
yang diinginkan

2 jenis vektor
Vektor viral
Menggunakan virus. Transduksi materi genetik pada manusia berlangsung lebih
efektif. Contoh : virus retrovirus, adenovirus, adeno-associated virus, HSV
(Herpes Simplex Virus)
Vektor nonviral
Tidak menggunakan virus
Liposom (alat penghantar berbentuk sferis, lipid bilayer sintetik seperti membran
sel)
Suntikan langsung (DNA disuntikkan langsung ke jaringan tertentu saja, misal
otot)
 Molekul dendrimer (zat sentetik atau alami dengan berat molekul besar, dibuat
dari penggabungan molekul-molekul kecil, memiliki kemampuan menghantarkan
bahan genetik

Contoh terapi gen pada penyakit SCIDS (severe combined immune deficiency syndrome)
Enzim target di kromosom 20 disebut ADA (adenosine deaminase)
Limfosit T manusia normal diisolasi dan dikulturkan
Isolasi DNA sel limfosit T
DNA isolasi dipotong oleh enzim restriksi sehingga hanya mengandung gen untuk
produksi ADA normal
DNA dari LASN virus sebagai vektor juga dipotong
Penggabungan DNA virus LASN dan DNA gen ADA menjadi DNA rekombinan
DNA rekombinan dimasukkan dalam virus baru
Ambil limfosit T dari pasien yang DNA-nya kurang memproduksi ADA
DNA pasien (limfosit T) berintegarasi dengan DNA rekombinan
Seleksi limfosit T yang mengandung ADA
Injeksi hasil seleksi ke pasien

3. Menjelaskan bioinformatika

Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk

mengelola dan menganalisis informasi biologis
Penerapan metode matematika, statistika, dan informatika dengan menggunakan teknik
DNA sequencing

Penerapan utama bioinformatika

Basis data sekuens biologis
Basis data primer : menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein.
Basis utama (GenBank, EMBL, DDBJ)
Basis data sekunder : menyimpan motif sekuens protein
Basis data struktur : menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat
Penyejajaran sekuens (sequence alignment)
Proses penyusunan dua atau lebih sekuens sehingga dapat dilihat persamaannya
Hasil sekuensing disebut sequence alignment
Metode dasar analisis sekuens. Ketidakcocokan alignment merupakan mutasi dan
kesenjangan gap (antara kesesuaian) merupakan insersi atau delesi
Contoh :
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Menggunakan algoritma heuristik HMM (Hidden Markov Model)
Awalnya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan
manusia
Dimanfaatkan untuk prediksi struktur sekunder protein
Needleman-Wunsch dan Smith Waterman
Menghasilkan alignment global (alignment keseluruhan panjang sekuens)
dan alignment lokal (alignment bagian-bagian dalam sekuens)
Prediksi struktur protein
 Meramalkan struktur 3D protein berdasarkan sekuens asam amino (struktur tersier
dan sekunder dari struktur primer)
Analisis ekspresi gen
Mengukur kadar mRNA dengan teknik microarrey ataupun SAGE (Serial
Analysis of Gen Expression)

Sejarah perkembangan
Dikemukakan pada pertengahan 1980 (penerapan komputer dalam biologi)
Penerapan bioinformatika sudah ada sejak 1960
Perkembangan internet mendukung perkembangan bioinformatika untuk basis data

4. Menjelaskan tentang penelusuran gen

Penelusuran gen dapat dilakukan dengan pembacaan materi genetik yang telah
dikembangkan oleh human genome project. Dengan menelusuri gen mana yang
mengalami kelainan, maka gen tersebut dapat diobati dengan terapi gen. Contoh media
online : PubMed, Science Direct, OPAC, NCBI (National Center for Biotechnology
Information), HGMD (Human Genome Mutation Database)

Penelusuran kepustakaan dan data biologi molekuler lebih mudah dilakukan dengan
menggunakan fasilitas digital
Data yang didapatkan membantu pelaksanaan pendidikan atau penelitian