Korelasi Spesies Mikroba dengan Parameter Klinis dan Fisiologi Pejamu

Penelitian sebelumnya telah menunjukkan peran penting mengenai faktor fisiologis

pejamu terkait manifestasi ketombe (Xu dkk, 2016; Pouradier dkk, 2017). Penelitian

parameter fisiologis pejamu secara sistematis dilakukan untuk mempelajari hubungan

fisiologi pejamu dengan ketombe dan dengan microbioma kulit kepala (Tabel S2).

Didapatkan korelasi positif yang signifikan (FDR adj. P ≤ 0,05) antara skor ketombe, rasa

gatal dan TEWL (Gambar S5). Tingkat hidrasi dan kadar sebum juga berkorelasi positif satu

sama lain. Selain itu, TEWL yang diamati menunjukkan korelasi negatif dengan dua

parameter tersebut. Perbandingan parameter fisiologis juga dilakukan antara kelompok

dengan kulit kepala sehat dan berketombe (Gambar S6). Hal ini menunjukkan tingkat skor

ketombe dan rasa gatal yang lebih tinggi secara signifikan pada kulit kepala berketombe (p ≤

0,0001, uji Wilcoxon). Selain itu, TEWL diamati lebih tinggi secara signifikan pada kulit

kepala berketombe dibandingkan dengan kulit kepala yang sehat (p = 0,035). Telah diketahui

bahwa perubahan kadar sebum menyebabkan gangguan pada kualitas barrier kulit kepala,

yang lebih banyak menyebabkan peningkatan TEWL pada kulit kepala berketombe daripada

kulit kepala yang sehat yang selanjutnya mengganggu fungsi barrier kulit kepala (Turner dkk,

2012). Hasil korelasi dari penelitian ini juga menunjukkan temuan yang serupa mengenai

parameter fisiologis yang berhubungan dengan kulit kepala pejamu pada populasi India.

Ketiga subkelompok Malassezia, Malassezia sp., dan Malassezia yang tidak terkultur

menunjukkan korelasi positif yang signifikan (FDR adj. p ≤ 0,05) pada skor ketombe dan rasa

gatal, sedangkan M. globosa, yang menunjukkan kelimpahan yang lebih tinggi pada kulit

kepala yang sehat, berkorelasi negatif dengan parameter ini (Gambar 3A). Malassezia yang

tidak terkultur juga menunjukkan korelasi negatif yang signifikan dengan tingkat hidrasi.

Temuan ini menunjukkan bahwa subkelompok Malassezia yang tidak terkarakterisasi

memiliki korelasi positif dengan ketombe.

 Di antara populasi bakteri, S. epidermidis dan Staphylococcus sp. menunjukkan

korelasi positif yang signifikan (FDR adj. p ≤ 0,05) dengan skor ketombe, TEWL dan rasa

gatal (Gambar 3B). Spesies ini juga berkorelasi negatif dengan tingkat hidrasi. Meskipun

jumlahnya rendah, Pseudomonas spp. menunjukkan korelasi negatif dengan parameter ini.

Takson bakteri dan jamur yang kurang berlimpah lainnya juga menunjukkan korelasi yang

signifikan dengan parameter yang terpilih.

Analisis Fungsional Mikrobioma Kulit Kepala

Untuk menyelidiki potensi fungsional kelompok mikrobial kulit kepala, suatu analisis

metagenom komprehensif juga dilakukan. Suatu keberagaman metabolic jamur yang lebih

tinggi (KO) didapatkan pada kulit kepala berketombe jika dibandingkan dengan kulit kepala

yang sehat (Gambar S7), yang sesui dengan keberagaman alfa yang lebih tinggi dari populasi

jamur pada kulit kepala berketombe (Gambar 1A). Beberapa jalur KEGG jamur didapatkan

memiliki berbagai signifikansi (p ≤ 0,05, uji Wilcoxon) antara kulit kepala yang sehat dan

berketombe (Gambar 4A, B). Jalur metabolisme asam amino (metabolisme histidin, sistein,

dan metionin) dan jalur metabolisme asam lipoat didapatkan lebih berlimpah pada kulit

kepala yang sehat dibandingkan dengan yang berketombe. Selain itu, jalur biosintesis N-

glycan, yang melibatkan interaksi sel-pejamu, diperkaya pada kulit kepala yang berketombe

(Dranginis dkk, 2007).

Gambar 2. Keanekaragaman spesies dan komposisi taksonomi microbioma bakteri di kulit

kepala sehat dan berketombe. (A) Keragaman indeks shannon untuk populasi bakteri yang

diamati dalam kulit kepala sehat dan berketombe. (B, C) UniFrac menghitung tanpa batas

untuk populasi bakteri di kulit kepala sehat dan berketombe (*** p ≤ 0.001). Kotak orange

menunjukkan jarak dalam sample kelompok kulit kepala sehat dan ketombe, sedangkan

kotak hijau menunjukkan jarak antara sampel kelompok kulit kepala sehat dan ketombe.

(D) berarti relatif lima spesies bakteri dalam kulit kepala sehat dan berketombe (*** p ≤

0,0001, *** p ≤ 0.001, Wilcoxon test). (E) Rasio perbedaan Propionibacterium acnes dan

Staphylococcus epidermidis di kulit kepala yang sehat dan berketombe (* p ≤ 0,05).

 Anotasi modul KEGG menunjukkan bahwa modul biosintesis prekursor N-glycan da

N-glycosylation diperkaya pada kulit kepala berketombe (Gambar S8) dan M. restricta

didapatkan berkontribusi secara bermakna pada jalur biosintesis N-glycan (Gambar S9).

Suatu pengamatan yang menarik adalah diperkayanya jalur yang terkait dengan fungsi umum

dan informasi serta pemrosesan genetik (sistem estafet sulfur, jalur proteasome, siklus sel

dalam yeast, dan meiosis) di kulit kepala ketombe yang dibandingkan dengan kulit kepala

yang sehat. Analisis korelasi menunjukkan bahwa M. restricta secara signifikan berkontribusi

pada jalur fungsi umum ini (Gambar S9). Jalur eukariotik seluler lainnya untuk pemrosesan

informasi genetik (perbaikan eksisi dasar, rekombinasi homolog, perbaikan mismatch, jalur

fosforilasi oksidatif, dll.) diperkaya pada kulit kepala yang sehat. Kumpulan jalur flagellar

dan chemotaxis diperkaya pada kulit kepala sehat oleh M. obtusa dan M. furfur. Korelasi

positif yang signifikan dari jalur seluler esensial (biosintesis N-glycan, siklus sel dalam yeast,

RNA polimerase, proteasome, transportasi RNA, dll) diamati dengan parameter klinis yang

terkait ketombe (skor ketombe, rasa gatal dan TEWL). Sebaliknya, jalur lain seperti asam

amino dan metabolisme asam lipoat, menunjukkan korelasi negatif dengan parameter ini

(Gambar 4C).
Gambar 3. Spearman’s membandingkan korelasi antara microbioma taxa dan parameter

fisiologis pejamu. (A) jamur dan (B) bakteri taxa menunjukan korelasi yang signifikan

(+, FDR disesuaikan p ≤ 0,05) dengan salah satu parameter dipetakan sebagai heatmap.

Mikrobioma bakteri menunjukkan jumlah jalur metabolisme KEGG yang lebih tinggi

daripada microbiome jamur, yang mana menunjukkan variasi signifikan (p ≤ 0.05, uji

Wilcoxon) antara kulit kepala sehat dan berketombe (Gambar 5A, B) (Gambar S10). Jalur

yang berhubungan dengan vitamin dan kofaktor (biotin, porfirin dan klorofil, vitamin-B6,

metabolisme nikotinat dan nikotinamida, ubikuinon dan biosintesis terpenoidquinon lainnya),

dan asam amino (alanin, aspartat, arginin, glutamat dan prolin dan metabolisme dan

biosintesis lisin) secara signifikan lebih tinggi pada kulit kepala yang sehat daripada kulit

kepala berketombe (Gambar S11) serta modul KEGG juga menunjukkan kecenderungan

yang sama (Gambar S12). Jalur ini berkorelasi negatif dengan skor ketombe dan rasa gatal

(Gambar 5C). Kelimpahan tinggi resistensi antibiotik dan jalur biosintesis juga diamati pada

mikrobioma (resistensi beta-laktam, degradasi kaprolaktam, biosintesis streptomisin,

biosintesis novobiocin, biosintesis tetrasiklin, serta biosintesis butirosin dan neomisin),

menunjukkan variasi signifikan antara kulit kepala sehat dan yang berketombe, dan

menunjukkan korelasi negatif yang signifikan pada skor ketombe dan rasa gatal. Adanya jalur
ini juga didapatkan pada kulit kepala yang sehat dalam penelitian sebelumnya (Oh dkk,

2014).