Nama : Evy Silvia Sari

Nim : 4181141015

Kelas : PSPB 18 E

UAS BIOLOGI MOLEKULER

1. Replikasi DNA atau sintesis DNA yang terjadi di dalam sel, merupakan proses reaksi
enzimatik yang kompleks dan melibatkan berbagai protein serta sekuen spesifik DNA.
Sebutkan apa saja yang harus tersedia agar proses replikasi dapat berlangsung.
Jawab :
 Enzim
 DNA polymerase
 DNA primase untuk katalisasi polymerase nukleotida
 DNA helix dan protein SSB untuk membuka double helix
 DNA ligase dan enzim yang mendegradasi RNA primer untuk menyambung
fragmen
 DNA topoisomerase untuk mengurangi puntiran DNA dan kekusutan DNA saat
replikasi.
2. Berdasarkan gambar dibawah ini, coba Saudara jelaskan bagaimana proses replikasi
DNA secara berurutan berdasarkan angka tersebut.
Jawab :
1. Tahap pertama DNA memulai replikasi DNA pada tempat khusus/tertentu yang
disebut dengan titik mula replikasi(origins of replication) pada sel prokariotik
biasanya origins of replicationhanya satu titik pada setiap DNA yang di replikasi,
tetapi pada kebanyakan sel eukariotik, origin of replication memiliki beberapa titik
yang bisa mencapai beberapa ratus titik dengan tujuan untuk mempercepat proses
replikasi. Mula-mula enzim helikase membuka untai DNA menjadi dua bagian yang
dimulai dari origin of replication, pembukaan ini berlangsung terus menerus sampai
proses replikasi selesai dari arah 5’ menuju ke 3’.
2. Tahap kedua Sebuah protein pengikat yang dinamakan dengan single-strand binding
protein mengikat bagian DNA yang terpisah untuk menstabilkan untai DNA yang
 sudah terpisah tersebut Setelah terjadi pembukaan oleh enzim helikase, dan protein
pengikat melaksanakan tugasnya, maka DNA akan terbagi menjadi dua yaitu bagian
yang dinamakan dengan leading stand dan lagging strand. Kedua bagian ini memiliki
cara yang berbeda dalam proses replikasi DNA yang terjadi.
3. Laeding strand( huruf A)  pada nomor tiga(3) memulai proses replikasi dari arah
3’ menuju 5’ yang dibantu oleh enzim DNA polymerase III untuk melakukan proses
replikasi DNA, sehingga terbentuk untai DNA baru dengan arah 5’ menuju 3’.Proses
yang terjadi di bagian leading strand terjadi dengan sangat mulus tanpa ada hambatan
sama sekali.
4. Lagging strand(huruf B) memulai replikasi berlawanan dengan proses replikasi
yang terjadi pada bagian leading strand yaitu dari arah  3’ menuju 5’. Proses ini di
awali dengan tahapan nomor empat(4) yaitu di mulai dari enzim primase yang
membentuk bagian baru yang dinamakan primer RNA. Proses ini berlangsung terus
menerus namun pada pembentukan primer ini putus-putus dibagian tertentu.
5. Tahap ke lima(nomor 5) DNA polymerase III memulai tugasnya untuk membentuk
bagian-bagian yang terputus putus diantara primer DNA yang terbentuk oleh enzim
primase
6. Pada tahap ke enam(nomor 6) giliran enzim DNA polymerase I yang melakukan
tugasnya untuk menggantikan primer RNA yang terbentuk tadi dengan primer DNA
yang dibuat oleh enzim DNA Polimerase I
7. Tahap terakhir (nomor 7) enzim DNA ligase melakukan tugasnya untuk
menyambung rimer-primer DAN yang belum tersambung secara penuh sehingga
terbentuk untai DNA baru yang yang tidak putus-putus.
Setelah proses ini berakhir maka akan terbentuk dua DNA baru yang masing-
masing DNA  terdiri dari untai DNA lama dan untai DNA baru yang baru saja
terbentuk.

3. Organisme yang mengalami perubahan genetik disebut mutan. Adanya mutan dapat
diidentifikasi dari adanya perbedaan penampakan. Jelaskan perbedaan penampakan
secara fisiologi dan molekular.
Jawab :
 Secara Fisiologi, ada nya berubahan yang memunculkan variasi baru yang berbeda
karena di sebabkan mutasi gen atau kromosom ketika pembelajaran sel perubahan yang
terjadi pada bahan genetik (DNA maupun RNA), baik pada taraf urutan gen maupun pada
taraf kromosom. Mutasi pada tingkat kromosom disebut aberasi. Mutasi pada gen dapat
mengarah pada munculnya alel baru dan menjadi dasar bagi kalangan pendukung evolusi
mengenai munculnya variasi-variasi baru pada spesies.

Secara molekuler, Perubahan pada sekuens basa DNA akan menyebabkan perubahan
pada protein yang dikode oleh gen. mutasi terjadi di dalam sel yang mengakibatkan
perubahan di dalam sel dan tidak nampak dari luar.
4. Dalam proses translasi, sel menerjemahkan pesan genetik dan membangun polipeptida
sesuai pesan tersebut. Pesan itu merupakan serangkaian kodon di sepanjang molekul
mRNA, dan sang penerjemah disebut RNA transfer (tRNA). Jelaskan fungsi dan
mekanisme kerja dari tRNA tersebut.
Jawab:
tRNA berfungsi untuk membaca asam amino yang di butuhkan dengan cara melekatkan
diri pada mRNA, lalu mengantarnya ke dalam ribosom. Saat DNA sudah di ubah menjadi
RNA di inti sel kemudian melewati reticulum endoplasma kasar, saat menuju reticulum
endoplasma kasar ini tRNA mengantar asam amino yang dibutuhkan dengan cara
melekatkan diri pada mRNA dan mengantarnya ke ribosom.
5. Sebutkan tahap-tahap dari transkripsi dan deskripsikan masing-masing dari tahap tersebut
Jawab :
Proses transkripsi terbagi menjadi 3 tahap yaitu:
1. Inisiasi,di tahap ini RNA polymerase akan memecah untaian DNA, DNA terdiri dari
segmen-segmen yang disebut gen. gen memiliki bagian ujung yang dinamakan
promoter dan terminator. RNA polymerase bergerak dari bagian terminator ke
promoter untuk memecah DNA. Proses inisiasi akan selesai ketika RNA polymerase
sampai di bagian promoter.
2. Elongasi, adalah proses ketika RNA polymerase kembali ke terminator. Disini terjadi
pembentukan mRNA yang menyalin kode-kode genetic DNA.
 3. Terminasi ,adalah tahapan akhir transkripsi. Di tahap ini untaian mRNA selesai
dibentuk dan lepas dari DNA.

6. Untuk mengukur suatu kualitas DNA atau RNA dapat dilakukan dengan mengujinya
secara kualitatif dan kuantitatif. Jelaskan bagaimana cara menguji DNA atau RNA
tersebut secara kualitatif dan kuantitaf.
Jawab :
1. Uji kualitatif DNA dilakukan dengan teknik elektroforesis dari hasil isolasi DNA.
Metode elektroforesis merupakan teknik yang dapat digunakan untuk
menggambarkan pergerakan molekul-molekul bermuatan dalam medan listrik ke arah
elektroda dengan muatan berlawanan atau teknik yang didasarkan pada pergerakan
molekul bermuatan dalam media penyangga di bawah pengaruh medan listrik.
Media yang umum digunakan dalam elektroforesis adalah gel agarosa, suatu
polisakarida yang diekstraksi dari berbagai jenis ganggang merah, atau poliakrilamid
yang mampu melakukan separasi DNA dengan kisaran ukuran yang luas.
Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang
berukuran lebih besar dari 100 basepairs dan dijalankan secara horizontal, sedangkan
elektroforesis poliakrilamid dapat memisahkan 1 basepairs dan dijalankan secara
vertikal. Elektroforesis poliakrilamid biasanya digunakan untuk menentukan urutan
2 DNA (sekuensing).
2. Uji kuantitatif DNA diawali dengan isolasi DNA. Hal ini bertujuan untuk
mengeluarkan DNA yang berada dalam inti sel dari organisme. Kemudian
dilakukan  dengan uji kualitatif DNA dengan metode elektroforesis gel agarosa.

Uji ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan DNA dalam larutan contoh.
Setelah itu dilanjutkan dengan uji kuantitatif DNA dengan metode spekrofotometri.
Spektrofotometri merupakan suatu  metode analisis untuk mengukur konsentrasi
suatu senyawa berdasarkan kemampuan senyawa tersebut mengabsorbsi berkas sinar
atau cahaya. Alat ini terdiri dari spektrofotometer dan fotometer. Spektrofotometer
menghasilkan sinar dari spektrum dengan panjang gelombang tertentu, sementara
fotometer adalah pengukur intensitas cahaya yang ditransmisikan atau diabsorbsi.
7. Untuk memperoleh isolat DNA dari sampel perlu dilakukan pemecahan dinding sel.
Pemecahan dinding sel dapat dilakukan dengan 2 cara yaitu; secara fisik dan kimiawi.
Jelaskan kedua cara tersebut.
Jawab :
1. Secara fisik, sel dipecah dengan kekuatan mekanik atau resonansi
2. Secara kimiawi, sel dirusak dengan buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat
merusak intregitas barrier dinding sel, senyawa kimia yang di pakai biasanya yaitu
EDTA(etilen diamin tetra asetat) Tris-cl/ deterjen SDS( sodium dodecyle sulphate)