BAB I

PENDAHULUAN

1.1 LATAR BELAKANG

Suatu reaksi kimia, khususnya antara senyawa organik, yang dilakukan

dalam laboratorium memerlukan suatu kondisi yang ditentukan oleh beberapa
faktor, seperti suhu, tekanan, waktu, dan lain-lain. Apabila salah satu kondisi
tidak sesuai dengan apa yang seharusnya dibutuhkan maka reaksi tidak dapat
berlangsung dengan baik. Tubuh kita merupakan laboratorium yang sangat
rumit, sebab di dalamnya terjadi reaksi kimia yang beraneka ragam.
Penguraian zat-zat yang terdapat dalam makanan kita, penggunaan hasil
uraian untuk memperoleh energi, penggabungan kembali hasil uraian untuk
membentuk persediaan makanan dalam tubuh serta banyak macam reaksi lain
yang apabila dilakukan di dalam laboratoriumakan membutuhkan keahlian
khusus dan waktu yang lama, dapat berlangsung dengan baik di dalam tubuh
tanpa memerlukan suhu tinggi dan dapat terjadi dalam waktu yang singkat.
Reaksi atau proses kimia yang berlangsung dengan baik dalam tubuh kita
ini dimungkinkan karena adanya katalis yang disebut enzim.
Dari hasil penelitian para ahli biokimia ternyata bahwa banyak enzim
mempunyai gugus bukan protein, jadi termasuk golongan protein majemuk.
Enzim semacam ini (holoenzim) terdiri atas protein (apoenzim) dan suatu
gugus bukan protein. Gugus bukan protein ini yang dinamakan kofaktor ada
yang terikat kuat pada protein, ada pula yang tidak begitu kuat ikatannya.
Gugus yang terikat kuat pada bagian protein, artinya yang sukar terurai dalam
larutan disebut gugus prostetik, sedangkan yang tidak begitu kuat ikatannya,
jadi yang mudah dipisahkan secara dialisis disebut koenzim. Baik gugus
prostetik maupun koenzim merupakan bagian enzim yang memungkinkan
enzim bekerja terhadap substrat, yaitu zat-zat yang direaksikan oleh enzim.

1.2 RUMUSAN MASALAH

 1) Apa yang dimaksud enzim dan koenzim ?
2) Apa saja kofaktor logam dan koenzim ?
3) Apa saja faktor – faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim ?
4) Apa saja pengaruh inhibitor pada aktivitas enzim ?

1.3 TUJUAN
1) Untuk mengetahui tentang enzim dan koenzim
2) Untuk mengetahui kofaktor logam dan koenzim
3) Untuk mengetahui apa saja faktor – faktor yang mempengaruhi
aktivitas enzim
4) Untuk mengetahui inhibitor pada aktivitas enzim.
 BAB II
PEMBAHASAN

1. ENZIM DAN KOENZIM

Satu abad lalu, baru ada beberapa enzim yang dikenal dan
kebanyakan di antaranya mengatalisis reaksi hidrolisis ikatan kovalen.
Semua enzim ini diidentifikasi dengan penambahan akhiran –ase pada
nama substansi atau substrat yang dihidrolisisnya. Jadi, lipase
menghidrolisis lemak, amylase menghidrolisis pati, dan protease
menghidrolisis protein. Meskipun banyak sisa peristilahan ini masih tetap
bertahan sampai sekarang, pemakaiannya sudah terbukti tidak memadai
ketika ditemukan berbagai enzim yang mengatalisis reaksi yang berbeda
terhadap substrat yang sama, missal, oksidasi atau reduksi terhadap fungsi
alcohol suatu gula. Sementara akhiran –ase tetap digunakan, nama enzim
yang ada sekarang ini lebih menekankan pada tipe reaksi yang
dikatalisisnya. Sebagai contoh, enzim dehidrogenase mengatalisis
pengeluaran hydrogen, semantara enzim transferase mengatalisis reaksi
pemindahan gugus. Dengan semakin banyaknya enzim yang ditemukan,
ketidakjelasan juga semakin tak terelakkan, dan kerap kali tidak jelas
enzim mana yang dibicarakan oleh seorang penyelidik. Untuk mengatasi
permasalahan ini, international union of biochemistry (IUB) telah
mengadopsi sebuah system yang kompleks tetapi tidak meragukan bagi
peristilahan enzim yang didasarkan pada mekanisme reaksi. Meskipun
kejelasan dan pengurangan keraguan tersebut membuat system
nonmenklatur IUB dipakai untuk tujuan riset, nama yang lebih pendek
tetapi kurang begitu jelas tetap digunakan dalam buku ajar dan
laboratorium klinik. Karena alas an tersebut, system IUB hanya
disampaikan secara sepintas.

Mekanisme katalisis enzimatik sangat menyerupai mekanisme reaksi

kimia. Meskipun demikian, berbeda dengan katalisator anorganik atau
organic yang lebih sederhana, enzim memperlihatkan urutan spesifisitas
substrat yang sangat tinggi dan efisiensi kataitik yang luar biasa.
Konsekuensi perkembangan evolusioner tapak-tapak aktif yang sudah
berlangsung sangat lama serta secara khusus diselaraskan untuk katalisis
reaksi individual yang cepat dan selektif.

Lintasan atau jalur yang digunakan enzim untuk mengubah substrat

menjadi produk melibatkan serangkaian intermediet yang terikat-enzim,
dan bukan satu intermediet substrat enzim-tunggal. Tujuan akhir penelitian
mekanisme ini adalah untuk memahami, pada tingkat molekuler, mengapa
enzim merupakan katalisator yang efisien dan spesifik. Tujuan ini
memerlukan pengidentifikasian langkah yang menentukan kecepatan
keseluruhan reaksi, karakterisasi semua intermediet yang terikat enzim,
serta identifikasi ion logam atau gugus fungsional mana pada residu asam
amino, koenzim, atau gugus prostetik yang ikut terlibat didalam
pengikatan substra, produk serta intermediet pada tapak aktif dan yang
berpartisipasi langsung didalam katalisis. Berdasarkan analogi dengan
metabolism intermediet, penelitian terhadap intermediet pada lintasan
metabolic, peneitian terhadap intermediet yang terikat enzimnyang
terbentuk dalam proses katalisis telah secara tepat disebut sebagai
“enzimologi-intermediat.”

KEPENTINGAN BIOMEDIS

Peristiwa molecular yang terjadi pada perubahan substrat menjadi

produk merupakan hal pokok pada mekanisme kerja enzi. Penelitian ini
membawa kita pada suatu pendekatan rasional didalam menentukan terapi
dan rancangan obat. Bidang pengetahuan yang mempunyai potensi besar
bagi pengembangan di masa mendatang. Informasi structural beresolusi
tinggi yang diperoleh melalui pemeriksaan kristalografi sinar-x dan
dikombinasikan dengan informasi mekanistiknya, kini telah memudahkan
pembuatan rancangan obat untuk menghambat enzim khusus seperti
HMG-KoA reduktase, suatu enzim pemacu biosintesis kolesterol. Hasil
penelitian mekanistik juga mengusulkan cara-cara untuk memanfaatkan
teknologi DNA rekombinan serta mutagenesis yang diarahkan pada tapak
aktif enzim, untuk memodifikasi spesifisitas enzim dan/atau efisiensi
katalisisnya. Teknik ini pada akhirnya akan memudahkan pembuatan
rancagan enzim dengan sifat-sifat khusus yang dikehendaki dan juga
memudahkan pemasukannya ke dalam tubuh manusia.

“ENZIMOLOGI INTERMEDIAT” KIMOTRIPSIN MELUKISKAN

SIFAT UMU KATALISIS ENZIM

Enzim keimotripsin mengatalisis proses hidrolisis ikatan peptide;

dalam proses ini, gugus karboksil disumbangkan oleh asam amino
aromatic (Phe,Tr, atauTrp) atau oleh asam amino dengan gugus R
nonpolar berukuran besar (Met). Sperti halnya banyak enzim protease lain,
kimotripsin juga mengataisis hidrolisis senyawa ester tertentu. Meskipun
kemampuan kimotripsin untuk mengatalisis proses hidrolisis tidak
mempunyai makna fisiologik, sifat ini memfasilitasi peneitian terhadap
mekanisme katalisis.
Substrat sintetik p-nitrofenilasetat memfasilitasi analisis
kolorimetrik terhadap aktivitas enzim kimotripsin karena hidrolisis p-
nitrofenilasetat akan melepas senyawa p-nitrofenol. Dalam suasan alkalis,
senyawa ini berubah menjadi anion p-nitrofenilat berwarna kuning yang
konsentrasinya mudah ditentukan dengan menggunakan spektrofotometer,
suatu alat untuk mengukur daya serap cahaya (absorbancy) dengan
berbagai panjang gelombang

KINETIK STOP-FLOW MENGUNGKAP “ENZIMOLOGI

INTERMEDIAT” KIMOTRIPSIN

Kinetic kerja hidrolisis kimotripsin terhadap senyawa p-

nitrofenilasetat dapat diteliti dalam alat stop-flow percobaan stop-flow ini
mengguankan enzim dengan kuantitas substrat (jumlah molar enzim dan
substrat kurang lebih sama) dan mengukur semua peristiwa yang terjadi
dalam waktu beberapa milidetik pertama setelah enzim dan substrat
bercampur. Alat stop-flow memiliki dua buah semprit: satu semprit untuk
kimotripsi dan semprit lain untuk p-nitro-fenilasetat. Percampuran segera
antara enzim dan substrat dicapai ewat sebuah alat mekanis yang secara
cepat dan serentak menyemprotkan isis kedua semprit tersebut kedalam
sebuah tabung semprit yang berjalan melewati alat spektrofotometer. Daya
serap pasca percampuran ditransmisikan ke sebuah computer duntuk
ditampilkan pada layar monitor dan dianalisis.

PELEPASAN ANION p-NITROFENILAT BERLANGSUNG

DALAM DUA FASE (BIFASIK)

Pelepasan anion p-nitrofenilat berlangsung dalam dua fase yang

berbeda, yaitu: (1) fase “ledakan” yang ditandai oleh pembebasan cepat
anion p-nitrofenilat, dan (2) selanjutnya pelepasan anion p-nitrofenilat
tambahan yang berlangsung lebih lambat. Sifat bifasik pada pelepasan p-
nitrofenilat dapat dipahami dengan mempelajari rangkaian tahapan dalam
katalisis.

TAHAP LAMBAT MERUPAKAN TAHAP HIDROLISIS

KOMPLEKS KIMOTRIPSIN ASETAT (CT-Ac)

Setelah semua enzim yang ada berubah menjadi kompleks CT-Ac,

pelepasan anion p-nitrofenilat lebih lanjut tidak lagi terjadi sampai ada
lebih banyak enzim kimotrpisin bebas yang dilepas melalui proses
pelepasan hidrolitik anion asetat dari kompleks CT-Ac yang berlangsung
lambat. Fase “ledakan” pelepasan anion p-nitrofenilat berjalan seiring
dengan pengubahan semua enzim kimotripsin bebas yang ada menjadi
kompleks CT-Ac, bersamaan dengan pelepasan serentak anion p-
nitrofenilat. Pelepasan anion p-nitrofenilat (PNP) yang terjadi sesudah fase
ledakan deisebabkan oleh pelepasan kimotripsin bebasa secara perahan
lewat proses hidrilisis kompleks CT-Ac. Enzim kimotripsin bebasa ini
kemudian dipakai untuk pembentukan kompleks CT-PNP dan CT-Ac
lebih lanjut disertai dengan pelepasan PNP. Sebenarnya besaran fase
ledakan (yaitu, jumah mol anion p-nitrofenilat yang dilepas) berbanding
lurus dengan jumlah mol kimotripsin yang ada pada saat awal.

SERIN 195 MEMAINKAN PERANAN PENTING DALAM PROSES

KATALISIS
Gugus asil pada intermediate asil-CT berikatan dengan suatu
residu steril yang sangat reaktif serin 195 pada enzim kimotripsin.
Raktivitas ser 195 yang tinggi dibuktikan lewat kemampuannya (tetapi
tidak kemampuan 27 residu seril kimotripsin sisanya) bereaksi dengan
diisopropilfluoridat (DIPF). Reaksi yang analog terjadi pula pada enzim-
enzim protease lain.
Derivatisasi ser 195 menginaktifkan kimotripsin. Banyak enzim
protease lain mengalami inaktivasi oleh DIPF lewat mekanisme yang
analog. Semua enzim protease ini dinamakan “protease serin”

SAAT KATALISIS, SUATU JARINGAN PEMANCAR MUATAN

MENGHASILKAN PERGERAKAN PROTON

Jaringan pemancar muatan (charge relay network) kimotripsin

melibatkan 3 residu aminoasil yang letaknya terpisah jauh dalam bentuk
struktur primer, tetapi masih dalam jarak pembentukan-ikatan satu sama
lain dalam bentuk struktur tersier. Residu-residu ini adalah Asp 102, His
57 dan Ser 195. Meskipun sebagian besar residu bermuatan pada
kimotripsin terdapat pada permukaan molekul. Residu pada jaringan
pemancar muatan “terbenam” di dalam bagian interior molekul yang
nonpolar. Ketiga residu asam amino tersebut ditempatkan dalam urutan:
Asp 102- His 57- Ser 195.
Ingat bahwa ser 195 merupakan rseidu asam amino yang
mengalami asilasi saat terjadi proses katalisis oleh kimotripsin.
Mendekatnya anion asetat (yang berasal dari p-nitrofenilat) kepada atom
oksigen pada gugus R ser 195 memicu pergeseran proton sekuensial yang
“men-shuttle,” menggarakkan proton secara bolak-balik, dari ser 195 lewat
his 57 ke asp 102. Pergerakkan bolak-balik ini meningkatkan reaktivitas
kimia oksigen seril yang akan mempercepat laju asilasi.
Selam proses deasilasi intermediate asil-ser 195, proton ber-gerak
bolak-balik dalam arah yang berlawanan, memfasilitasi pelepasan gugus
asil dan mengembalikan ser 195 pada keadaan asalnya. Suatu seri analog
dari pergeseran proton diyakini terjadi menyertai hidrolisi substrat
kimotripsin fisiologik seperti peptide.
Seperti halnya banyak enzim protease, kimotripsin dilepas dari
ribosom sebagai precursor enzim yang belum memiliki keaktifan katalitik,
yang dinamakan proenzim atau zimogen. Sebagaiman dibicarakan Bab 11,
konversi proenzim kimotripsin meliputi serangkaian kejadian proteolitik
selektif yang akhirnya akan menghasilkan pembentukan tapak aktif dan
penyusunan kompleks pemancar buatan yang bertanggung jawab atas
katalisis.

Katalisis oleh fruktosa-2,6-bisfosfatase

Enzim fosfohidrolase fruktosa-,6-bisfosfatase mengatalisis

pelepasan hidrolitik gugus fosfat pada atom karbon-2 senyaa fruktosa-,6-
bisfosfatase. Seperti pada katalisis oleh enzim srin protease, katalisis ini
meliputi “trias katalitik,” kendatai satu diantaranya terdiri atas dua residu
His dan satu residu Glu. Yang juga dilukiskan adalah stabilisasi substrat
dengan muatan yang sangat negative oleh residu Arg dan Lys yang
bermuatan positif.

KOENZIM BERPERAN LANGSUNG DALAM KATALISIS

ENZIMATIK

Partisipasi langsung koenzim didalam katalisis dilukiskan di bawah

untuk kelompok enzim yang dikenal sebagai kelompok enzim
aminotransferase atau yang lebih sering lagi disebut sebagai kelompok
enzim transaminase. Transaminase akan mengatalisis pertukaran gugus α-
amino pada asam α-amino dengan gugus α-okso pada asam α-okso
piruvat, oksaloasetat, atau α-ketoglutarat, reaksi-reaksi utama pada
biosintesis dan katabolisme asam amino. Sebagaiman halnya pada banyak
reaksi yang memerlukan koenzim, katalisis oleh transaminase terjadi
dengan melibatkan mekanisme ping-pong, dengan pelepasan produk
sebelumsubstrat kedua ditambahkan.

RESIDU PADA TAPAK KATALITIK DAPAT BEKERJA SEBAGAI

KATALISATOR ASAM-BASA

Begitu substrat terikat pada tapak katilitk, gugus fungsional yang

bermuatan (atau dapat dimuati) pada rantai-samping residu aminoasil
didekatnya dapat turut berpartisipasi didalam katalisis dengan berfungsi
sebagai katalisator yang bersifat asam atau basa.
Ada dua kategori besar proses katalisis asam-basa oleh enzim:
katalisi asam (atau basa) umum dan spesifik. Reaksi yang kecepatannya
bervariasi mengikuti perubahan konsentrasi H +¿¿ atau H3O +¿¿, tetapi tidak
bergantung pada konsentrasi asam atau basa konsentrasi lain yang ada
didalam larutan, dikatakan sebagai reaksi yang menjadi sasaran katalisis
asam spesifik atau basa spesifik. Reaksi yang kecepatannya responsive
terhadap semua asam (donor proton) atau basa (akseptor proton) yang ada
didalam larutan dikatakan sebagai reaksi yang menjadi sasaran katalisis
asam umum atau basa umum.

MUTAGENESIS YANG BERORIENTASI TAPAK MEMBERIKAN

WAWASAN MEKANISTIK

Tekink biologi molecular merupakan alat yang sangat ampuh bagi

penyelifikan mekanisme kerja enzim. Yang menonjol diantaranya adalah
kemampuannya mengubahjika dikehendakirangkaian basa nukleotida
pada gen dan untuk mengekspresikan protein dalam hospes uniseluler
sperti sel-sel mamalia yang dibiakkan atau bakteri Escherichia coli. Dalam
kombinasi dengan larutan kristalografi sinar-x pada penyelidikan struktur
tiga dimensi dan kinetic klasik, teknik molecular memberikan wawasan
yang baru mengenai mekanisme kerja enzim.
Meskipun data fisik dan kinetic menunjukan bahwa residu asam
amino turut berperan dalam melakukan fungsi yang spesifik di dalam
katalisis (yaitu, bekerja sebagai basa umum atau sebagai reagensia
pemindah gugus), dukungan bagi kesimpulan ini dapat diakukan dengan
mengubah asam amino yang tidak melakukan fungsi yang dipostulasikan.
Pada beberapa keadaan, hal ini dapat dicapai dengan memodifikasi enzim
secara kimawi. Meskipun demikian, pendekatan yang bersifat lebih umum
adalah dengan menggunakan mutagenesis berorientasi tapak untuk
memutasikan gen yang mengkodekan enzim, kemudian mengekspresikan
dan menandai enzim yang mutan. Dengan mengubah rangkaian basa
sebuah kodon spesifik, mutagenesis berorientasi-tapak dapat pula
menghasilkan lebih dari substitusi asam amino. Oligonukleotida pendek
(yaitu, 19mer) yang dihasilkan melalui sintesis otomatis, yang
mengkodekan asam amino mutan, dilebur secara in vitro untuk
menyatukan dengan gen tipe-liar yang didisolasi. Suatu gen mutan
kemudian di produksi dengan menambahkan DNA polymerase, DNA
ligase, dan deoksiribonukleosida trifosfat. Gen mutan ini lalu dipindahkan
ke dalam vector ekspresi di belakang sebuah prometer kuat, diekspresikan,
dan enzim mutan yang dihasilkan dimurnikan serta diperiksa sifat-
sifatnya.

ION LOGAM DAPAT MEMFASILITASI PENINGKATAN

SUBSTRAT DAN KATALIS

Lebih dari 25% jenis enzim mengandung ion logam yang terikat
erat atu memerlukan ion logam bagi aktivitasnya. Fungsi ion logam ini
diteliti dengan kristalografi sinar-x, pencitraan resonansi magnetic (MRI,
magnetic resonance imaging), dan electrone spin resonance (ESR).
Bersama dengan pengetahuan tentang pembutkan dan perombakan
kompleks logam serta tentang reaksi di dalam lingkup koordinasi ion
logam, semua hasil pemeriksaan ini member wawasan mengenai peranan
ion logam dalam katalisis enzimatik.
Metaloenzim mengandung ion logam fungsional dalam jumlah
pasti, yang dipertahankan selama proses pemurnian. Enzim yang
diaktifkan oleh logam memperlihatkan ikatan yang lebih lemah dengan
logam, dan dengan demikian memerlukan logam tambahan. Oleh karena
itu, perbedaan metaloenzim dengan enzim yang diaktifkan oleh logam
terlentak pada afinitas suatu enzim tertentu terhadap ion logamnya.
Mekanisme bagaimana ion logam melaksanakan fungsinya tampak serupa
antara metaloenzim dengan enzim yang diaktifkan oleh logam

ION LOGAM MEMILIKI FUNGSI MULTIPEL DI DALAM

KATALISIS

Ion logam dapat berpartisipasi pada masing-masing dari ke empat

mekanisme yang digunakan enzim untuk meningkatakan kecepatan reaksi
kimia: (1) katalisis asam basa yang umum, (2) katalisis kovalen, (3)
pendekatan reaktan, dan (4) induksi strain dalam enzim atau substrat. Ion
logam yang paling sering terlibat dalam katalisis enzimatik adalah besi,
magnesium, kobalt (dalam koenzim B12) , serta mangan. Meskipun
sebaguian besar logam ini berada dalam bentuk kation bivalen (misal,
Mg 2+¿¿), selama reaksi yang electron pada reaksi tersebut dipindahkan di
antara substrat, khusus besi dan mangan dapat mengalami perubahan pada
status oksidasinya. Logam yang mengalami perubahan redoks umumnya
ditemukan didalam gugus prostetik khusus seperti heme atau gabungan
sulfur-besi.
Ion logam, seperti halnya proton, merupakan asam lewis
(elektrofil) dan dapat berbagi pasangan electron sehingga membentuk
ikatan sigma. Ion logam dapat pua dianggap sebagai “asam super,” karena
ion logam dapat ditemukan didalam larutan netral, acapkali mempunyai
muatan positif > 1, dan dapat membentuk ikatan π. Disamping itu (dan
 tidak seperti proton), logam dapat berfungsi sebagai cetakan tiga dimensi
bagi penentuan orientasi gugus alakali pada enzim atau substrat.
Ion logam juga dapat menerima electron lewat ikatan σ atau π
untuk mengaktifkan electrofil atau nukleofil (katalisis asam-basa umum).
Dengan menyumbangkan electron, logam dapat mengaktifkan nukleofil
atau bertindak sebagai nukleofil sendiri. Lingkup koordinasi suatu logam
dapat menyatukan enzim dan substrat (mendekatkan) atau membentuk
distorsi yang menghasilkan khelat dalam enzim atau substrat (strain). Ion
logam dapat pula “menutupi (mask)” nkleofil dan karena iyu akan
mencegah reaksi-samping yang kalau tidak, kemungkinan akan terjadi.
Akhirnya, pengendalian stereokimiawi terhadap perjalanan reaksi yang
dikatalisis enzim dapat dicapai lewat kemampuan lingkup koordinasi
logam bertindak sebagai cetakan tiga dimensi guna menahan gugus reaktif
arah sterik yang spesifik.

2. KOFAKTOR
Pada beberapa enzim ditemukan tidak membutuhkan unsur
tambahan tambahan dalam memenuhi aktivitasnya,tapi dalam beberapa
diantaranya memerlukan molekul non-protein yang disebut kofaktor untuk
berkaitan dengan enzim agar menjadi aktif.
Sebuah kofaktor adalah senyawa kimia non-protein dan sangat
diperlukan dalam aktivitas biologis protein. Istilah lain untuk kofaktor
adalah ‘pembantu molekul’ karena mereka membantu dalam transformasi
biokimia.
Kofaktor dapat berwujud zat dalam bentuk anorganik, contohnya
ion logam. Dan juga terbentuk dari zat organik, misalnya flavin dan heme.
Kofaktor organik bisa merupakan gugus prostetik yang mengikat diri
dengan kuat. Atau berupa koenzim yang akan melepaskan diri dari tapak
aktif enzim semasa reaksi.
Ion logam
Ion logam merupakan komponen yang sangat penting dari semua
organisme hidup. Ion-ion logam tertentu mungkin diperlukan untuk
 memantapkan struktur protein oleh interaksi antara muatan dengan
muatan. Ion-ion logam memiliki fungsi utama karena mampu untuk
berikatan dengan gugus-gugus yang berhubungan dengan struktur protein
ataupun gugus-gugus prostetik bukan-protein atau dengan keduanya.

Ion Fungsi
Kation ekstraseluler utama: mungkin penting dalam mengendalikan
Na+
aktivitas enzim-enzim tertentu.
Kation intraseluler utama: diperlukan untuk transmisi impuls syaraf;
K+ menstabilisasikan struktur dalam beberapa protein; diperlukan untuk
aktivitas dalam beberapa enzim.
Sangat perlu untuk aktivitas banyak enzim; menyusun senyawa
kompleks denganbanyak gugus protein dan sering menstabilisasikan
Mg2+
sub satuan dalam protein oligomerik. Juga membentuk senyawa
kompleks dengan ATP.
Diperlukan untuk aktivitas dalam beberapa enzim; diperlukan untuk
Ca2+ transmisi impuls syaraf; kalsium fosfat membentukstruktur keras
dalam tulang dan gigi.
Mn2+, Zn2+ Diperlukan untuk aktivitas dalam beberapa enzim.
Fe2+ sangat perlu dalam transpor oksigen seperti dalam hemogobin;
Fe2+, Fe3+ kedua ion sangat perlu dalam protein-protein dengan redoks besi
heme dan non-heme serta oksidoreduktasa.
Co2+ Sangat perlu dalam enzim-enzim yang memerlukan vitamin B12.
Sangat perlu untuk transpor oksigen dalam organisme laut; ion
Cu+ ,Cu2+
logam yang sangat perlu dalam beberapa oksidoreduktasa.
Diperlukan untuk beberapa oksidoreduktasa; diperlukan untuk
Mo(VI)
fiksasi notrogen.
Suatu logam yang sangat beracun yang baru-baru ini ternyata
Se (?)
diperlukan dalam jumlah runut oleh enzim-enzim tertentu.
Mungkin diperlukan dalam jumlah runut untuk absorbsi selular
Cr3+
normal dari glukosa.
Beberapa hewan laut mempunyai suatu ekonomi energi selular yang
V (?)
berdasarkan vanadium dan bukannya besi.
Diperlukan dalam enzim-enzim tertentu seperti ureasa; enzim
Ni2+
pertama yang harus dikristalisasikan oleh Sumner dalam 1926

3. FAKTOR – FAKTOR YANG MEMPENGARUHI ENZIM

A. Suhu
Semua enzim membutuhkan suhu yang cocok agar dapat
bekerja dengan biak. Laju reaksi biokimia meningkat seiring kenaikan
suhu. Hal ini karena panas meningkatkan energi kinetik dari molekul
 sehingga menyebabkan jumlah tabrakan diantara molekul-molekul
meningkat.
Sedangkan dalam kondisi suhu rendah, reaksi menjadi lambat karena
hanya terdapat sedikit kontak antara substrat dan enzim.
Namun, suhu yang ekstrim juga tidak baik untuk enzim. Di
bawah pengaruh suhu yang sangat tinggi, molekul enzim cenderung
terdistorsi, sehingga laju reaksi pun jadi menurun. Enzim yang
terdenaturasi gagal melaksanakan fungsi normalnya. Dalam tubuh
manusia, suhu optimum di mana kebanyakan enzim menjadi sangat
aktif berada pada kisaran 35°C sampai 40°C. Ada juga beberapa
enzim yang dapat bekerja lebih baik pada suhu yang lebih rendah
daripada ini.
B. Nilai pH
Efisiensi suatu enzim sangat dipengaruhi oleh nilai pH atau derajat
keasaman sekitarnya. Ini karena muatan komponen asam amino enzim
berubah bersama dengan perubahan nilai pH. Secara umum,
kebanyakan enzim tetap stabil dan bekerja baik pada kisaran pH 6 dan
8. Tapi, ada beberapa enzim tertentu yang bekerja dengan baik hanya
di lingkungan asam atau basa.
Nilai pH yang menguntungkan bagi enzim tertentu sebenarnya
tergantung pada sistem biologis tempat enzim tersebut bekerja. Ketika
nilai pH menjadi terlalu tinggi atau terlalu rendah, maka struktur dasar
enzim dapat mengalami perubahan. Sehingga sisi aktif enzim tidak
dapat mengikat substrat dengan benar, sehingga aktivitas enzim
menjadi sangat terpengaruhi. Bahkan enzim dapat sampai benar-benar
berhenti berfungsi.
C. Konsentrasi Substrat
Jelas saja konsentrasi substrat yang lebih tinggi berarti lebih banyak
jumlah molekul substrat yang terlibat dengan aktivitas enzim.
Sedangkan konsentrasi substrat yang rendah berarti lebih sedikit
jumlah molekul substrat yang dapat melekat pada enzim,
menyebabkan berkurangnya aktivitas enzim.
 Tapi ketika laju enzimatik sudah mencapai maksimum dan enzim
sudah dalam kondisi paling aktif, peningkatan konsentrasi substrat
tidak akan memberikan perbedaan dalam aktivitas enzim. Dalam
kondisi seperti ini, di sisi aktif semua enzim terus terdapat substrat,
sehingga tidak ada tempat untuk substrat ekstra.
D. Konsentrasi Enzim
Semakin besar konsentrasi enzim maka kecepatan reaksi akan semakin
cepat pula. Konsentrasi enzim berbanding lurus dengan kecepatan
reaksi, tentunya selama masih ada substrat yang perlu diubah menjadi
produk.
E. Aktivator & Inhibitor
Aktivator merupakan molekul yang membantu enzim agar mudah
berikatan dengan substrat.
Inhibitor adalah substansi yang memiliki kecenderungan untuk
menghambat aktivitas enzim. Inhibitor enzim memiliki dua cara
berbeda mengganggu fungsi enzim. Berdasarkan caranya, inhibitor
dibagi menjadi 2 kategori: inhibitor kompetitif dan inhibitor non-
kompetitif.
4. INHIBITOR
5. ANALISIS KINETIK MEMBEDAKAN INHIBISI KOMPETITIF
DARI INHIBISI NONKOMPETITIF
6. Sementarakitamembedakanberbagai inhibitor
aktivitasenzimberdasarkanpadaapakahinhibisinienghilangatautidakmenghil
angketikakonsentrasisubstratditingkatkan, banyak
inhibitortidakmemperlihatkansifatinhibisikompetitifataunonkompetitifmur
ni yang ideal sebagaimanadibahas di bawahini. Cara lainuntukmemilah
inhibitor adalahberdasarkantapakkerjanya. Sebagian inhibitor
berikatandenganenzimpadatapak yang samadengantapakikatansubstrat
(tapakkatalitik); sebagian lain berikatanpadatapaktertentu (tapakalosterik)
yang terlepasdaritapakkatalitik.
7. Inhibitor KompetitifSecaraKhasMenyerupaiSubstrat
8. Inhibisikompetitifklasikterjadipadatapakpengikatan-substrat
(katalitik).Strukturkimiasebuah inhibitor analog-substrat (I)
umumnyamenyerupaistrukturkimiasubstrat (S).Olehkarenaitu, inhibitor
tersebutdapatberikatansecarareversibeldenganenzimsehingga yang
seharusnyamembentukkompleksEnzS, justrumembentukkompleksenzim
inhibitor (EnzI).Kalausubstratsekaligus inhibitor jenisinisama-samaada,
merekaakansalingbersaingmemperebutkantapakpengikatan yang
samapadapermukaanenzim. Kasusinhibisikompetitif yang
 banyakditelitiadalahkasusmalonat (I) yang bersaingdengansuksinat (S)
dalammemperebutkanenzimsuksinatdehidrogenase.
9. Enzimsuksinat dehydrogenase
mengatalisispembentukfumaratdenganmengeluarkansatu atom
hidrogendarisetiap atom a- karbonpadasuksinat (Gambar 9-14).
10. Malonat( ̅OOC—CH2—COO¯) dapatbergabungdengandehi-
drogenasemembentukkompleksEnzI.
Kompleksinitidakdapatmengalamidehidrogenasikarenatidakadajalanuntuk
mengeluarkansatu atom hidrogen pun dari atom a-
karbontunggalpadamalonattanpamembentuk atom karbonpentavalen.Satu-
satunyareaksi yang
bisadijalanikompleksEnzIadalahreaksipenguraiankembalimenjadienzimbe
bas plus inhibitor.Untukreaksireversibel,
11.

12.

13.
14.
15. KecepatanpembentukanprodukbergantunghanyapadakonsentrasiEnzS.Ang
gapsajabahwa inhibitor berikatansangateratdenganenzim( K i
=bilangankecil). Kinihanyaadasedikitenzimbebas (Enz) yang
tersediauntukberikatandengan S untukmembentukEnzSdanakhimyaEnz +
P. Dengandemikian, kecepatanreaksi (pembentukan P)
akanberjalanlambat. Itulahmengapa inhibitor yang
berikatankurangeratdalamkonsentrasi yang sama( K i= bilangan lebih
besar) tidak akan menurunkan kecepatan reaksi yang dikatalisis secara
bermakna.
16. Bayangkanjikapadakonsentrasi I yang tetapditambahkanlebihbanyak S.
Hal
inimeningkatkanprobabilitasbahwaEnzakanlebihbanyakberikatandengan S
dibandingkandengan I.
RasioEnzSterhadapEnzIdanjugakecepatanreaksiakannaik. Pada,
konsentrasi S yang cukuptinggi,
konsentrasiEnzIseharusnyakecildannyarismenghilang.Jikademikian,
kecepatanreaksi yang dikatalisisakansamasepertikeadaantanpaadanya I
(Gambar 9-15).
17.
18. Plot Resiprokal-GandaMemudahkanEvaluasl Inhibitor
19.
20. Gambar 9-15 merepresentasikansuatukasustipikaldariinhibisikompetitif
yang diperlihatkanlewatgrafikdalambentuk plot Lineweaver-Burk.
Kecepatanreaksi( V i) pada konsentrasi inhibitor yang tetap,
diukurpadaberbagaikonsentrasi S. Garis-garis yang
digambarkanmelaluisejumlahtitikeksperimentalbertemupadasumbuy.Kare
natitikpotongyadalah 1/Vmaks,halinimenunjukkanbahwapadakonsentrasi S
yang tinggitak-terhingga (1/[S] = 0), Viakansamasepertipadakeadaantanpa
inhibitor. Meskipundemikian, titikpotongpadasumbux (yang berhubung-
andenganK m )akanbervariasimenurutkonsentrasi inhibitor
danmenjadilebihbesar (-1 /K’ m lebihkecildari -1/Kmdenganadanya inhibitor.
Dengandemikian, suatu inhibitor
kompetitifmeninggikannilaiK m nyata{K’ m )untuksubstrat.
KarenaK m merupakankon-
sentrasisubstratsaatkonsentrasienzimbebassamadengankonsentrasienzim
yang terdapatdalambentukEnzS,
terdapatbanyakenzimbebasuntukberikatandengan inhibitor.
Untukinhibisikompetitifsederhana,
titikpotongpadasumbuxadalahNilaiKmdapatdievaluasidalamkeadaantanpa I,
danKi,dapatdievaluasimenggunakanpersamaan di atas.Jikajumlahmol I
yang ditambahkanjauhlebihbesardaripadajumlahmolenzim yang ada, [I]
secaraumumdapatdianggapsebagaikonsentrasi inhibitor yang dtambahkan
(yang diketahui).
21. NilaiKi,bagiserangkaian inhibitor (kompetitif) analog-
substratdapatmenunjukkanmana yang bersifat paling efektif.
Padakonsentrasirendah, inhibitor dengannilaiKi paling
rendahakanmenimbulkanderajatinhibisi paling besar. Banyakobat yang
efektifsecaraklinisbekerjasebagai inhibitor
 kompetitifterhadapaktivitasenzim yang penting di
dalamselmikrobadanselhewan.
22.
23. Inhibitor
NonkompetitifReversibelMenurunkanVmakstetapiTidakMempengaruhi
Km
24.
25. Padainhibisinonkompetitif, tidakterdapatpersainganantara S dengan I.
Struktur inhibitor biasanyatidakatauhanyasedikitmiripdenganstruktur S
dandapatdianggapberikatandengan domain yang berbedapadaenzim.
Inhibitor nonkompetitifreversibelmenurunkankecepatanreaksimaksimal
yang diperolehpadapemberiansejumlahenzim (Vmaks yang lebihrendah),
tetapibiasanyatidakmempengaruhinilaiKm.Karena I dan S
dapatberkombinasipadatapak yang berlainan,
pembentukankompleksEnzIsekaligusEnzISmungkinterjadi.KarenaEnzISda
patteruraidanmembentukprodukdengankecepatanlebihlambatdari-
padakecepatanpenguraianEnzS,
reaksidapatdiperlambattetapitidakakanberhenti. Reaksi yang
salingbersaingberikutinibisaterjadi:
26.

27.
28.
29. Bila S mempunyaiafinitas yang samabaiknyauntukEnzmaupununtuk Enzi
(I tidakmempengaruhiafinitasEnzterhadap S), hasil yang
terlihatpadaGambar 9-16 akandiperolehkalau 1/Vi diplotterhadap 1/[S]
dalamkeadaandenganatautanpa inhibitor.
Diasumsikanbahwatidakadaperubahankonformasibermaknapadatapakaktif
yang terjadiketika I diikat.
30.

31.
32. Gambar 9-16. Plot Uneweaver-Burk untukinhibisinonkompetitifreversibel.
33.
34. Inhibitor Ireversibel “Meracuni” Enzim
35. Berbagai “racun” enzim, misalyodoasetamida, ion logamberat (Ag+ Hg2+),
zatpengoksidasi, dsb.,dapatmengurangiaktivitasenzim. Inhibitor
 iniumumnyamenimbulkanmodifikasikimiawipadaresiduasam amino di
dalamenzim yang memainkanperananesensialdalamkatalisis. Proses
initidakdapatdenganmudahdibalikdenganmengeluarkansisa inhibitor bebas
yang adaataudenganmeningkatkankonsentrasisubstrat. Inhibitor
semacaminiseringtidakmemilikikemiripanstrukturaldengansubstrat.Meskip
undemikian, kalautapakserangankimiamemangterletak di
dalamtapakkatalitik,
keberadaansubstratatauprodukreaksikerapkalimenghasilkanefekprotektifde
nganmenyekatataumemperlambatakses inhibitor menujuasam amino yang
menjaditargetnya di dalamenzimtersebut.Analisiskinetikterhadaptipe
inhibitor yang dibicarakan di
atasmungkintidakdapatmembedakanracunenzimdari inhibitor
nonkompetitifreversibel yang sejati.Bagaimanapunjuga,
inhibisinonkompetitif yang
reversibeljarangada.Sayangnyahalinitidakselaludiperhatikankarenabaik
inhibitor nonkompetitif yang reversibelmaupunireversibelsama-
samamemperlihatkankinetik yang serupa.
36.