Makul : Genetika (Studi kasus pertemuan 11)

Kelas : 5.03

Anggota Kelompok 9 :

1. Annisa Mutiara Hafsari (1910305084)

2. Muhammad Taufiqurrohman (1910305047)

3. Mutmainah (1910305002)

4. Nabita Meisya Khairani (1910305026)

Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants

A. Permasalahan Yang Dikemukakan Pada Kasus

Variasi genetik ini terjadi dari waktu ke waktu dan dapat menyebabkan
munculnya varian baru yang mungkin memiliki karakteristik berbeda. Genom SARS-
CoV-2 mengkodekan instruksi yang disusun menjadi beberapa bagian, yang disebut gen,
untuk membangun virus.

Gen dalam genom SARS-CoV-2 yang berisi instruksi untuk membangun bagian
virus ditampilkan dalam warna berbeda. Bagian genom ini berfungsi sebagai wilayah
kunci untuk memantau mutasi. Banyak mutasi tidak mempengaruhi kemampuan virus
untuk menyebar atau menyebabkan penyakit karena tidak mengubah protein utama yang
terlibat dalam infeksi; akhirnya ini dikalahkan oleh varian dengan mutasi yang lebih
bermanfaat bagi virus

B. Bagian-Bagian Penyusun Genom SARA-CoV-2

Bentuk virus corona menyerupai mahkota seperti namanya. Corona bahasa Latin
yang artinya crown atau mahkota dalam bahasa Indonesia. Bentuk mahkota berasal dari
protein S atau spike protein yang mengelilingi permukaan virus.

Protein S ini mirip anak panah atau paku yang menutupi permukaan virus corona.
Protein S inilah yang berperan penting dalam pola infeksi virus corona ke sel pernapasan.
Virus corona secara umum berbentuk bulat dengan diameter 100-120 nm atau nanometer.
Virus corona tidak bisa memperbanyak diri kecuali dengan menginfeksi makhluk hidup,
sama seperti virus lain.

 S Glikoprotein

Menurut penelitian Interaction adalah protein transmembran virus kelas I

multifungsi yang besar. Ukuran protein S yang melimpah ini bervariasi dari 1.160
asam amino hingga 1.400 asam amino. Itu terletak pada trimer pada permukaan
virion, memberikan virion sebuah korona atau penampilan seperti mahkota. Protein
S ini secara fungsional diperlukan untuk masuknya partikel virion infeksius ke
dalam sel melalui interaksi dengan berbagai reseptor seluler inang.

 Protein M

Merupakan protein virus yang paling banyak terdapat dalam partikel virion,
memberikan bentuk yang pasti pada selubung virus. Ia mengikat nukleokapsid dan
bertindak sebagai penyelenggara pusat perakitan virus corona. Protein M virus
corona sangat beragam dalam kandungan asam amino tetapi mempertahankan
kesamaan struktural secara keseluruhan berbeda. Protein M memiliki tiga domain
transmembran, yang diikat oleh terminal amino pendek di luar virion dan ujung
karboksi panjang di dalam virion.

 Protein E
 Merupakan protein structural utama yang paling misterius dan terkecil. Ini
memainkan peran multifungsi dalam patogenesis, perakitan, dan pelepasan virus.
Ini adalah polipeptida membran integral kecil yang bertindak sebagai viroporin
(saluran ion).

 Protein N

Merupakan protein dari virus korona bersifat multiguna. Di antara beberapa fungsi,
ia berperan dalam pembentukan kompleks dengan genom virus, memfasilitasi
interaksi protein M yang diperlukan selama perakitan virion, dan meningkatkan
efisiensi transkripsi virus

C. Pembentukan Varian-Varian SARS-CoV-2

Pembentukan varian ini dapat terjadi karena adanya proses mutasi. Mutasi adalah
perubahan dalam kode genetik virus yang terjadi secara alami dari waktu ke waktu ketika
hewan atau orang terinfeksi sementara jumlah variasi genetik diperkirakan akan terjadi
saat SARS cov 2 menyebar penting untuk memantau virus yang bersikulasi untuk mutasi
kunci yang terjadi di wilayah penting genom banyak mutasi tidak mempengaruhi
kemampuan virus untuk menyebar atau menyebabkan penyakit karena tidak mengubah
protein utama yang terlibat dalam infeksi akhirnya ini dikalahkan oleh varian dengan
mutasi yang lebih bermanfaat bagi virus Ketika menginfeksi manusia, suatu virus
menempel pada sel, memasukinya, dan menggandakan RNA untuk menyebar ke seluruh
tubuh si manusia. Tapi dalam penggandaan RNA ini bisa terjadi kesalahan sehingga
RNA baru yang terbentuk berubah dari aslinya. Para ilmuwan menyebut hal itu sebagai
mutasi.

Mutasi ini terjadi secara acak dan tidak disengaja. Virus dapat bermutasi secara
terus-menerus. Seberapa sering mutasi terjadi tergantung jenis virus itu sendiri. Salah
satu jenis virus yang sangat cepat bermutasi adalah virus influenza. Karena itulah para
peneliti terus mengembangkan vaksin influenza untuk menanggulangi varian baru virus
hasil mutasi. Namun, menurut penelitian, virus corona bermutasi empat kali lipat lebih
lambat ketimbang influenza. Salah satu faktor mutasi adalah perbedaan geografis. Varian
 virus di suatu negara bisa jadi berbeda dengan varian virus yang sama di negara lain.
Jadi, walau terkesan menakutkan, varian baru Covid-19 hasil mutasi sebetulnya hal yang
wajar dan sudah diprediksi. Peneliti akan menganalisis mutasi itu untuk melihat
karakteristiknya guna menghasilkan penangkal yang tepat berupa vaksin

D. Perbedaan Fenotipe dan virulensi varian SARS-CoV-2 Setelah menginfeksi

Umumnya varian baru pada virus SARS-CoV-2 terbentuk setelah menginfeksi

hewan maupun manusia melalui proses mutasi. Pada saat proses mutasi tersebut juga
terjadi perbedaan fenotipe. Efek mutasi terhadap fenotip bermacam-macam mulai dari
yang tidak teramati (kecuali dengan Teknik genetika atau biokimia khusus), dapat
teramati dengan sangat jelas (terkait dengan aspek morfologi), hingga yang menyebabkan
kematian (lethal). Sehingga dapat disimpulkan bahwa fenotipenya akan mengalami
perbedaan pada saat sebelum dan sesudah menginfeksi. Kemudian dampak perbedaan
fenotipe ini juga mempengaruhi virulensi atau kemampuan virus dalam menyebabkan
penyekit pada individu yang diinfeksi. Umumnya setelah bermutasi virulensi virus akan
semakin kuat.

Contohnya, pasien dengan komorbid memiliki risiko lebih besar untuk tertular
dan pengembangan tingkat keparahan penyakit. Pada pasien dengan komorbid seperti
hipertensi, diabetes, obesitas, kardiovaskular, dan infeksi pernapasan terjadi overaktivasi
sel ACE/ANGII/AT1R pro-inflamasi. Pasien dengan riwayat kanker menyebabkan
terjadinya imunosupresi sistemik, kelebihan sitokin, supesi induksi agen proinfalamasi,
dan gangguan maturasi sel dendritik. Selain itu, pasien dengan sirosis hati ditemukan
mengalami penurunan fungsi sistem imun sehingga memudahkan penularan virus. Infeksi
SARS-CoV-2 pada orang dengan komorbid menimbulkan risiko kematian lebih tinggi.
Namun, pasien dengan komorbid tidak perlu terlalu khawatir tertular jika patuh terhadap
penerapan protokol kesehatan, melakukan pola hidup sehat, serta rajin memeriksakan
kondisi kesehatan. Pada ibu hamil, infeksi SARS-CoV-2 menimbulkan gejala umum
seperti demam, batuk, dan myalgia namun belum ditemukan penularan antara ibu dengan
bayi yang dilahirkan.
E. Pembentukan Varian SARA-CoV-2 Harus Diawasi

Mutasi merupakan perubahan dalam kode genetik virus yang terjadi secara alami
dari waktu ke waktu ketika hewan atau manusia terinfeksi. Variasi genetik yang terjadi
berpotensi menyebabkan munculnya varian baru yang mungkin memiliki karakteristik
yang berbeda.Mutasi dan pembentukan varian ini patut dan harus mendapatkan
pengawasan. Pengawasan ini dilakukan untuk memantau bagaimana ia berubah dari
waktu ke waktu menjadi varian baru, memahami bagaimana perubahan tersebut
mempengaruhi karakter virus, dan menggunakan informasi tersebut untuk mendalami
bagaimana hal tersebut berdampak pada kesehatan. Karena beberapa varian virus
berpotensi menjadi lebih mudah menyebar, menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau
mungkin lolos dari respons imun tubuh.

Pengawasan genom atau surveilance genomic merupakan tindakan yang harus

diperkuat, hal ini dikarenakan pengawasan genom merupakan salah satu tindakan dalam
pelacakan mutasi virus corona. Pengawasan ini bertujuan untuk dapat mendeteksi dengan
cepat potensi masuknya atau munculnya strain-strain baru virus yang bermutasi. Hasil
dari pengawasan genom yang berupa pengurutan genom virus tersebut dapat segera
dipelajari untuk mengetahui apakah varian baru virus corona ini dapat menyebabkan
tantangan bagi vaksin virus corona. Disamping itu, sekaligus dapat dilakukan pengujian
untuk melihat seberapa baik vaksin tersebut bekerja melawan infeksinya.