Mekanisme reaksi enzimatis

YOANES MARIA VIANNEY

Topik yang akan dibahas
1. Dasar pembentukan ikatan kovalen
2. Mekanisme reaksi
3. Aplikasi enzim-dehydrogenase dan hydrolase
4. Interaksi intermolekuler enzim-substrat
Dasar Reaksi Organik
Definisi umum Ikatan kovalen:
ikatan yang terbentuk karena adanya pasangan elektron antar 2 atom.
Ingat: elektron ada di IKATAN atau Pasangan ELEKTRON BEBAS

CH4
Metana CH2O =
formaldehid
Dasar reaksi Organik
Reaksi organik pada umumnya berlangsung antara nukleofil vs elektrofil
1. Nukleofil : Spesies yang umumnya bermuatan negatif / netral tapi parsial negatif.
Sumber nukleofil: memiliki pasangan elektron bebas / spesies dengan electron yang terikat dengan
atom elektropositif. (Kasus khusus = bonding π orbital / ikatan rangkap)

Ingat, nukleofil selalu menyerang menggunakan

elektron yang berasal dari pasangan electron
bebas / ikatan

Nukleofil : sumber panah

Dasar reaksi Organik
• Reaksi organik pada umumnya berlangsung antara nukleofil vs elektrofil
2. Elektrofil : Spesies yang umumnya bermuatan positif / netral tapi parsial positif.
Biasanya atom yang berikatan dengan atom elektronegatif.

Elektrofil : Panah yang Dituju

Panah = Perpindahan
Elektron

2 Step no 2: ada tambahan 1 ikatan kovalen N-C.

1 ikatan dari C harus putus (energi antibonding yang rendah) –
Ikatan rangkap
 Contoh Panah Nukleofil  Elektrofil
Panah selalu berasal dari nukleofil (electron bebas, electron dalam ikatan, “muatan negatif”) menuju
elektrofil (atom parsial positif yang dituju) untuk pembentukan ikatan

Adisi cyanida pada karbonil,

reduksi aldehid menjadi
alkohol

Kembali jadi In General:

produk awal
• Nukleofil kuat= BASA Kuat
Panah merah = leaving • Leaving group yang kuat =
group (dibahas nanti) Berlawanan dengan
nukleofil. Basa lemah atau
⇋ asamnya asam kuat

Pembentukan eter dari etanol

-H+ di katalis asam – substitusi –
perlu leaving group
Reaksi adisi pada karbonil – reaksi reduksi
• No leaving group – diselesaikan dengan reaksi asam basa biasa.

Reaksi
belum
Dari serin misal selesai

Panah biru bisa saja terjadi : leaving

group = alcohol yang baru saja
⇋ menyerang – reaksi reversibel
 Contoh aplikasi enzimatis
• Reaksi enzim dehydrogenase dengan NADH/NADPH/FADH – agen
pereduksi

Sistem aromatik mengandung e-

withdrawing group = elektrofil

Aromatik umum, ada e- donating

group = nukleofil Sodium borohydride – agen pereduksi
Agen pereduksi, menyumbang (penyumbang hydrogen) fungsi setara
Hidrogen NADH
Contoh aplikasi ke enzim
• Reaksi Lactate dehydrogenase: Piruvat ke Laktat (alcohol
dehydrogenase)
• Sisi aktif mengandung histidine (hanya sebagai sumber proton, proton
histidine dari asam amino di belakangnya -Aspartat)
(Non-covalent attachments – permainan asam basa)
Contoh aplikasi ke enzim
Dehidrogenase with covalent attachments – aldehyde dehydrogenase
to carboxylate (banyak di hati).
Fungsi fisiologis = mengolah alkohol bir.
Pertama etanol dioksidasi oleh alcohol dehydrogenase jadi aldehid.
Aldehid dioksidasi jadi karboksitat – lebih larut air, disekresi.
Defisiensi = aldehid mudah menguap – kulit memerah
Ini reaksi substitusi

Thiol (S-Cys) = better leaving group dari pada OH-C karena lebih lebih
basa lemah (asam konjugatnya lebih asam kuat)
pKa R-SH (thiol) = 11 vs pKa H2O = 14
 Substitusi pada karbonil
Mekanisme reaksi yang sama – nukleofil menyerang elektrofil C-karbonil. Namun daripada
serangan penutup dengan asam basa biasa- ada OPSI konsep LEAVING GROUP

Leaving
group is RO-

Lebih
lambat

Good leaving group = apabila asam

konjugasinya asam kuat
Good nucleophile is a bad leaving group
+ OH- sebagai (MeO- is also a better nucleophile than OH-)
leaving group pKa air = 14; pKa metanol = 16
Peran asam – karboksilat to ester

Asam meningkatkan daya elektrofil karbonil

Asam meningkatkan daya leaving group

Leaving group = H2O. Asamnya = H3O+. (atau H+)

Leaving group = H2O. Asamnya = H3O+. (atau H+)

Peran basa

Menjadi nukleofil itu sendiri

(Hidrolisis ester to karboksilat)

Ireversibel = ion karboksilat

bukan elektrofil

Memperkuat nukleofil
(Karboksilat to ester)

Nama reagen karbonil elektrofil = asam / asil klorida

Leaving group = Cl-. Asamnya = HCl
 Aplikasi - Protease
• Protease jika sisi aktif merupakan nukleofil (serine protease, sistein protease)
– memotong ikatan peptide. Contoh : sistein, papain

His sebagai asam- Non-enzimatis: pH

memperkuat Optimal = pH 9.
amina sebagai
leaving group Sering dibilang
Histidin sebagai Hidrolisis
basa- Histidin sebagai basa-
memperkuat memperkuat nukleofil
nukleofil serin air

How come aspartate

diprotonasi oleh histidine? His sebagai asam-
(melihat pKa3 asam aspartat memperkuat serin
3.65 vs histidine 6) sebagai leaving
group
 Aplikasi - Protease
• Protease jika sisi aktif merupakan karboksilat (aspartat/glutamate protease) –
memotong ikatan peptide. Contoh: karboksipeptidase A (eksoprotease)

Tyrosine sebagai asam,

memperkuat amina
Glutamat sebagai basa
sebagai leaving group
Hidrolisis – ion OH-
sebagai nukleofil Arginin:
interaksi
elektrostatik -
spesifisitas

Penetralan muatan
Reaksi asam basa
biasa
 Aplikasi - Lipase
• Lipase (esterase) = memotong trigliserida (ester) menjadi asam lemak (karboksilat) dan
gliserol (alcohol). Mekanisme = sama persis seperti serine protease
B sebagai asam (aa lain) B- sebagai basa,
Trigliserida ion OH- menjadi
nukleofil
Asam amino lain
yang bersifat asam
– B-H

Bereaksi dengan lipase hingga

seluruh asam lemak dipotong
dan tersisa gliserol
His sebagai basa
Asam lemak

His sebagai asam

Serin menjadi leaving group
yang baik
 Aplikasi - Glutaminase
• Merubah glutamine jadi glutamate. Mekanisme sama.

Glutamine
NH3 di tubuh
terprotonasi
NH4+  terbuang

Glutamate
 Reaksi non karbonil – substitusi pada karbon jenuh
Sering disebut SN1 dan SN2. SN1

SN2

SN2 : Serangan nukleofil bersama dengan

leaving group yang pergi
Syarat SN2: Tidak ada halangan sterik
1. C primer / metil
2. Ada atom penarik elektron (karbonil) /
ikatan rangkap didekatnya (alkena) tidak
perlu dibahas
SN1 : leaving group pergi dulu, kondisi
karbokation.
Syarat SN1: karbokation harus stabil
1. Umum terjadi bila C-tersier / sekunder
2. Ada atom pendonasi elektron
 Reaksi non karbonil – substitusi pada karbon jenuh

Mengenai Leaving group

Halida jelas leaving group

yang baik
Alkohol or eter – lebih relevan
(kurang relevan di biologi)
Perlu asam – meningkatkan elektrofilitas C
sebelahnya, menjadi leaving group yang lebih baik
Aplikasi - karbohidrase
R= gula yang lain. Misal alfa-karbohidrase

Protonasi ether oleh SN1- karbokation

aspartate (asam) distabilisasi electron
Better leaving group donating group

Ini reaksi umum hidrolisis gula oleh asam kuat

Aplikasi - karbohidrase

Serangan nukleofil biasa OH-

pada karbokation

+H2O

Aspartat sebagai basa

Beberapa Catatan Mekanisme reaksi
enzimatis
• pH reaksi bisa diprediksi dari mekanisme reaksi (Hidrolisis gula = asam
ke netral), hidrolisis protein dengan serin (netral – basa)
Namun
• pH optimum bukan berasal dari mekanisme reaksi, tapi dari interaksi
interaksi rantai samping asam amino penyusun enzim yang
menentukan kestabilan enzim dalam kondisi tertentu.

Ingat kembali konsep protein thermofil, alkalofil, asidofil, dll. Asam amino penyusunnya
seperti apa
Katalisis asam/basa
• Katalisis spesifik asam/basa: pH dependent, bukan konsentrasi buffer
1. Umum terjadi di reaksi kimia organik
biasanya, terutama pada solvent aqueous.
2. Jangan diartikan, meningkatkan
konsentrasi H+ dan OH- bersamaan
meningkatkan laju reaksi
3. Pengaruh: kesetimbangan asam basa

• Katalisis umum asam/basa: pH independent, peningkatan

konsentrasi ion pengkatalis meningkatkan laju reaksi.
Atau lihat contoh karbohidrase. Terlihat
seperti pada pH netral vs hidrolisis pada
asam sulfat.
“Katalis” bertindak sebagai
pendonasi / pengambil proton
Ini untuk enzim
 Other forces (non-covalent) penentu kestabilan
enzim DAN enzim-substrat specificity
Ikatan ionik

Permanent Dipole-
Dan lain-lain (pi stacking jika
Dipole ada ikatan rangkap/aromatik)

Van der Waals /

H Ikatan hidrogen
non kovalen
London
London Dispersion Forces / dispersion
forces
Efek hidrofobik ?? (jika
(induced-
melihat air hidrasi) dipole)

+ Khusus enzim-substrat specificity = Steric-geometri dan ukuran rantai samping di sisi

aktif
 Example of substrate specificity of serine protease
(trypsin like)
Perona, J. J., & Craik, C. S. (1995). Structural basis of substrate specificity in the
serine proteases. Protein Science, 4(3), 337-360.

Ikatan hydrogen
antara backbone
enzim dan
peptide yang
ingin dipotong

Jika aspartate diganti glutamate, bisa jadi

reaksi kurang berhasil :
P1 – bisa jadi Lysine bisa masuk
Example of substrate specificity of serine protease
(subtilisin-like)
Perona, J. J., & Craik, C. S. (1995). Structural basis of substrate specificity in the
serine proteases. Protein Science, 4(3), 337-360.

Ikatan hydrogen
antara backbone
enzim dan
peptide yang
ingin dipotong

Spesifisitas lebih luas –

bisa juga P1 dengan sisi
hidrofobik yang lain
(Tambahan) Substitusi karbonil juga bisa menghilangkan
atom Onya
• Ambil contoh slide 12 tapi memakai aldehid / keton
(Tambahan) Substitusi karbonil juga bisa menghilangkan atom
Onya
• Ambil serangan amina ke aldehid = imina
• Imina juga reaktif = sama-sama elektrofilik di C=N
• Tujuan : direaksikan lebih lanjut, misal + agen pereduksi (Na(CN)BH3)
– mereduksi imina menjadi amina sekunder

Imina (elektrofil)
Sering juga dibilang
Basa Schiff
 Aplikasi enzim (Tambahan)
• Piruvat to alanine – alanine transaminase dengan sisi aktif lysine (Lys)
dan kofaktor pyridoxamine (Pyr)

Pyr

Piruvat
Ready for other
transaminase= Pyr
Glutamate to α- Pyr Pyr
ketoglutarate
+
Glutamate = N- Lysine Stereoselektif
terminal amine = -N+ Alamiah = pakai nukleofil H2O-
Alanine
nukleofil pyridoxamine jadi pyridoxal
Referensi
• Clayden, J. (2012). Organic chemistry.
• Silverman, R. B. (2002). Organic chemistry of enzyme-
catalyzed reactions. Academic press.