Contoh Isi Laporan Bioinformatika

Langkah-langkah analisis pencarian data sekuens secara lengkap

1. Membuka situs www.ncbi.nih.gov/genbank/ lalu mahasiswa memasukkan

jenis sel yang akan dianalisis dalam kotak yang disediakan (harus berasal
dari sel homo sapiens/human. Setelah itu akan muncul sekuens nukleotida
dari sel tersebut (sesuai yg diinginkan, tidak boleh sama dengan teman yang
lain meskipun di kelompok yg berbeda)
Contoh gambar:
(capture laman genbank yang berisi sekuens yg dipilih)

Hal yang harus dimuat dalam nomor 1 ini adalah:

a. Hasil FASTA dari sekuens yg dipilih (minimal 1 halaman jika FASTAnya
panjang) atau capture dari lama yang berisi FASTA
b. Grafik sekuens yang dianalisis
c. Jawaban pertanyaan yang ada di buku penuntun (menjelaskan apakah
sekuens yang didapatkan DNA, RNA atau asam amino)

2. Mengidentifikasi sekuens menggunakan Genscan Prediction Tool

(uraikan langkah-langkah pencarian data)
Hal yang harus dimuat dalam nomor 2 ini adalah:
a. Capture dari laman hasil pencarian pada Genscan (laman pertama
yang memuat copy paste hasil FASTA di kolom yang disediakan serta
lama output Genscan)
b. Jawaban dari pertanyaan yang ada di buku (ada berapa banyak gen,
intron dan exon dari hasil Genscan tersebut)
 Contoh:

3. Identifikasi sekuens yg serupa yg BERASAL DARI SPESIES LAIN

(kembali ke ://blast.ncbi.nlm.nih.gov …sesudah itu cari sekuens yg serupa

yang ada di bawah grafik, masuk ke laman pertama ncbi.nlm.nih, lalu
 ketik dlm kolom search kode sekuens yang serupa dengan sekuens
pertama)
TIdak usah memasukkan FASTA, cukup grafik dari sekuens yg serupa
beserta alignment-nya yg berada di bawah grafik dari laman
blast.ncbi.nlm

Hal yang harus dimuat dalam nomor 3 ini adalah:

a. Capture hasil Blast dari sekuens sel sejenis tapi dari spesies lain yang
berisi grafik.
b. Capture alignment dari sekuens tersebut.
c. Jawaban pertanyaan yang ada di buku (menjelaskan persentase
kemiripan sekuens tersebut)
Contoh:
a.

b.
atau:

4. Translasi sekuens nukleotida ke sekuens asam amino dengan menggunakan

website dari: http://web.expasy.org/translate/.
Hal yang harus dimuat dalam nomor 4 ini adalah:
a. Copy paste hasil translasi (minimal 1 halaman) atau capture dari hasil
lama yang berisi translasi
b. PenJelasan sesuai pertanyaan dalam penuntun
Contoh:
5'3' Frame 1
PPSCSSSLPLWTAALAFRARRLTAPARRVDATRSRKWEVAAGVCVA
A A A G T R A R Stop F F N G E R R G F R A L Q S E S Stop Q V S G S S N S P L A Stop Q P A
WRIHRVKSLPARPWLSRCWSRRGRRAGRSRRVPVPRKLNSVN
L Met A R R Q K D P S S L P P V R V T S V T R F T K R L P L R Met A V L I E Stop V R K N S E
L S F Q N S S L K L E E Stop R Met F Stop R R D Stop K T I I R S R S Stop C Stop K R A I L L T
V I Met T T F V L L T L K P L V K K E T H L S L Y Met K Stop L N F R L F Y Stop I R I
L Stop K Stop K T R F S S Met Stop D Q R L T H S C L I S A S V Stop L E L L R I R Stop T E L I
P S L R Y Stop K K Stop L T G Stop N Stop R N Stop E Q S I N T H F Stop Q Met V L G
I Stop V S S Stop T F S V N S A G S N T L L L R K S G S I F G S H Met E I F T R F L E A K P
N Stop Q Stop C L K N Stop E W I Met Met G G L T V V LMet T L R I S P E Stop Q F E C F
R Met G V N S E S T R K C Met Q D S Stop Stop V C P L P Y Q Stop R A L H H H K C H I L E S
N N S F V C G S F Q L K L L Stop R G S R Stop I S L N Stop S C S A N F K H L K T F K I L L Q V
I E I D T C Met Stop T D F V G R H T E F F V T S T F D Met N S I R Y I V T V P A Y N Stop I
L Stop F K V F K I Y S F W F Stop N A K S Y W L F C Stop Met S Y L T G V Stop I C N V F L
Y Stop H H Stop Met K P Y L K Met Q K Stop L E G R S Y L A F G F Q E Y H S P F D F Q S L Y
V K F T Met Y V V N F V R Y L V Y I S A Y V S F Q L I I G R I Met Met D Y R V W L K I Q L L K E
L Met K T Stop K K V L K G I S Stop G L Stop L K L H N T Stop I T G V F L D L V V Stop F A F L
F Stop H Met Y A L I L K S E G P C F E I D Stop K L R V T T Stop F Y F V F S I V S E V N K V N
T F Y H I L R F C Y Stop K T S L A T S E V S Q Stop K T C F S D F T Stop Stop Met A A K
Y StopV I L N Stop F Stop K L K C A F R L D K V K L L S R G Stop T H V F S E L N F S P C S F
Q G T I S L T L L A S C L L P F N K N C D A T L F Stop R F I F Y N Q Met N F L K G F Q T Y I
I Stop G E K Q E S R H F S W R G N S L H R A V D F L S Q Stop I S A F Q Q Stop S Y N Q Y H
K E Stop C V N N R R H Met R V W C S Stop Met N C Y R L Stop Stop N K E IStop V L Stop V
Y T V N S Stop D K R D V C Stop D V C A S Q I A L Y N N L Stop S I T E Y Stop I A E T A I G K
S D D D E E I L R F Q F F Stop L Y L L I S L P V F T F A K Y Q Q A H V V F L F K N F N I I S S Q
Y P I L L L L L F E T E F L L V C Q D G V Q W C D L G S L Q P P P P G L R Stop S S C L S L L S
S S D Y R R V P P H P P N F C I F G R G G V S P C W S G W S Stop T P D L….dst

5. Memprediksi fungsi protein dengan menggunakan website dari:

http://au.expasy.org/prosite
Hal yang harus dimuat dalam nomor 5 ini adalah:
a. Capture dari laman tersebut
b. PenJelasan sesuai pertanyaan dalam penuntun
Contoh:

a.
PS:
Penilaian tergantung kelengkapan data yg dimasukkan…Total nilai 100,
masing2 nomor dibobot 20.