Indonesian Journal of Electronics and Instrumentation Systems (IJEIS)

Vol.8, No.2, October 2018, pp. 143~154

ISSN (print): 2088-3714, ISSN (online): 2460-7681
DOI: 10.22146/ijeis.24481  143

Perancangan Alat Ukur Massa Jenis Zat Cair

Menggunakan Cepat Rambat Gelombang Ultrasonik
Nanda Bagus Prawira*1, Abdul Rouf2
1Prodi Elektronika dan Instrumentasi, Jurusan Ilmu Komputer dan Elektronika, FMIPA UGM
2
Departemen Ilmu Komputer dan Elektronika, FMIPA UGM
e-mail: *1nandabagus2907@gmail.com, 2rouf@mail.ugm.ac.id

Abstrak
Massa jenis merupakan pengukuran massa persatuan volume. Cara mengukur massa
jenis pada umumnya dengan menimbang berat zat cair tersebut dan membaginya dengan
volume zat cair yang terukur, maka dengan cara ini pengukuran tidak efisien karena harus
mengukur terlebih dahulu massa zat dan volume zat yang akan diukur. Pengukuran massa jenis
zat cair berdasarkan kecepatan ultrasonik menjadi alternatif agar pengukuran dapat dilakukan
secara langsung, akurat, praktis, dan mudah.
Kecepatan gelombang ultrasonik yang terukur menjadi variabel untuk menentukan
massa jenis zat cair. Pada bagian reciever disematkan logika sinkronisasi waktu. Sinkronisasi
waktu dimulai saat transmitter ultrasonik memancarkan gelombang ultrasonik dan diakhiri
pada saat reciever menerima gelombang ultrasonik. Metode pengiriman gelombang ultrasonik
secara diskrit dilakukan bila receiver ultrasonik menerima pemancaran dari transmitter
ultrasonik maka pulsa sinyal 40KHz dihentikan lalu pengiriman gelombang ultrasonik diulang
hingga mendapatkan 10 kali data pengukuran.
Dari penelitian ini diperoleh beberapa kesimpulan. Kecepatan gelombang ultrasonik
dipengaruhi oleh kekentalan zat cair, kecepatan gelombang ultrasonik melewati aquades
1394m/s, kecepatan gelombang ultrasonik melalui minyak goreng 1387m/s, kecepatan
gelombang ultrasonik melalui sabun cair 1175m/s, kecepatan gelombang ultrasonik melalui
larutan sabun cair 40% 1317m/s, kecepatan gelombang ultrasonik melalui larutan sabun cair
70% 1257m/s, penyimpangan pengukuran kecepatan sebesar 0,43% dan penyimpangan
perhitungan massa jenis sebesar 0,01%.
Kata kunci — UPS (Ultrasonic Ping Sensor), zat cair, massa jenis, ultrasonik, kecepatan
ultrasonik.
Abstract
Density is a measure of the mass of volume unity. How to measure density in general by
measuring the weight and dividing it by the volume of liquid, so in this way the measurement is
not. Measurement of the density of the liquid based on the ultrasonic velocity becomes an
alternative so that the measurement can be done directly, accurately, practically, and easily.
Ultrasonic velocity becomes the variable to determine the density of the liquid. Time
synchronization begins when the ultrasonic transmitter emits ultrasonic and is terminated when
the receiver receives ultrasonic. The discrete ultrasonic wave transmission method is performed
when the ultrasonic receiver receives transmittance from the ultrasonic transmitter then the
40KHz signal pulse is stopped and ultrasonic transmission is repeated up to 10 times the
measurement data.
From this study obtained some conclusions. Ultrasonic velocity is influenced by the viscosity of
the liquid, ultrasonic velocity through 1394m / s aquades, ultrasonic velocity through cooking
oil 1387m / s, ultrasonic velocity through liquid soap 1175m / s, ultrasonic velocity through
liquid soap solution 40% 1317m / s , Ultrasonic velocity through liquid soap solution 70%
1257m / s, velocity measurement deviation of 0.43% and 0.01% density calculation type.
Keywords — UPS (Ultrasonic Ping Sensor), liquids, density, ultrasonic, ultrasonic velocity.

Received April 27th,2017; Revised June 7th, 2018; Accepted October 31th, 2018
144  ISSN (print): 2088-3714, ISSN (online): 2460-7681

1. PENDAHULUAN

Pengukuruan massa jenis pada setiap elemen dan bahan dalam proses produksi
memerlukan ketepatan yang tinggi agar hasil produksi memiliki quality control yang baik [1].
Terdapat dua metode untuk mengukur massa jenis yaitu secara langsung maupun tidak
langsung. Selama ini cara yang dipakai untuk mengetahui satuan massa jenis dari zat cair pada
bahan produksi ialah dengan mengambil sampel zat cair dalam proses produksi untuk diukur
terlebih dahulu berat benda tersebut dan mencari tahu besar volume benda tersebut, setelah
data didapat maka satuan massa jenis akan berupa massa pada tiap satuan volume yang terukur,
cara tersebut merupakan salah satu metode pengukuran secara tidak langsung. Metode
pengukuran secara langsung ialah dengan melakukan pengukuran pada zat cair yang akan
digunakan secara terus menerus atau kontinu selama proses produksi terus berjalan [2]. Metode
pengukuran secara langsung akan dapat memonitor secara terus menerus kualitas zat cair bahan
produksi.
Ultrasonik merupakan jenis gelombang mekanik, dimana perambatan gelombang
ultrasonik akan bergantung pada kerapatan zat yang dilaluinya [3]. Dengan menggunakan
frekuensi 40KHz, gelombang ultrasonik mampu menggetarkan partikel zat cair yang dilaluinya
[4]. Kecepatan gelombang ultrasonik akan bergantung pada kerapatan zat cair yang dilaluinya,
sehingga dengan menguji kecepatan gelombang ultrasonik pada zat cair yang berbeda akan
diperoleh waktu perambatan gelombang ultrasonik yang berbeda sesuai dengan kerapatan zat
cair yang diujinya. Menurut [2], untuk mengukur massa jenis zat cair terlebih dahulu harus
diketahui lama waktu perambatan gelombang ultrasonik pada media zat cair tersebut dan
mengkalkulasikannya dengan konstanta tekanan zat cair atau viskositas dari zat cair yang diuji.
Untuk menembus media zat cair gelombang ultrasonik harus memiliki Vpp kerja
minimal 8V [5]. Sehingga untuk memenuhi Vpp yang dibutuhkan dapat dilakukan penguatan
menggunakan operational amplifier. Pengukuran waktu perambatan gelombang ultrasonik
dengan menempatkan transmitter ultrasonik dan reciever ultrasonik secara direct [6].
Sinkronisasi untuk memulai pengukuran waktu dilakukan saat transmitter ultrasonik
memancarkan gelombang ultrasonik dan sinkronisasi untuk mengakhiri pengukuran waktu
dilakukan saat reciever menerima gelombang ultrasonik yang dipancarkan oleh transmitter
ultrasonik untuk pertama kalinya.
Perancangan alat ini bertujuan untuk mempermudah pengukuran massa jenis zat cair,
sehingga semua rancangan akan ditujukan untuk kepraktisan. Pembangkit sinyal 40KHz
menggunakan mikrokontroler serta dalam mengukur waktu perambatan gelombang ultrasonik
pada media zat cair diperlukan mikrokontroler dengan clock internal yang tinggi, hal ini
dikarenakan pengukuran waktu perambatan dalam orde microsecond. Keberhasilan pengukuran
waktu akan sangat bergantung pada jenis mikrokontroler yang digunakan.

2. METODE PENELITIAN

2.1 Analisis Sistem

Rancangan sistem untuk penelitian ini ditujukan agar sistem dapat mendeteksi massa
jenis zat cair menggunakan kecepatan rambat gelombang ultrasonik yang tranduser ultrasonik
waterproof secara direct. Pengukuran massa jenis berdasarkan kecepatan gelombang ultrasonik
yang terukur menjadi output dari penelitian ini. [7] Zat cair mempunyai kerapatan zat per
volume yang lebih tinggi dari udara, sehingga untuk mengirim gelombang ultrasonik dari
transmitter dan agar gelombang ultrasonik dapat diterima oleh receiver diperlukan penguatan
gelombang ultrasonik. Dalam pengujian penguatan gelombang ultrasonik agar dapat melalui zat
cair dengan baik, maka diketahui gelombang ultrasonik yang dipancarkan transmitter tranduser
ultrasonik memerlukan penguatan hingga 10V. [8] Dalam mengukur massa jenis zat cair
berdasarkan cepat rambat gelombang ultrasonik maka pengukuran waktu perambatan
gelombang ultrasonik pada zat cair menjadi hal pertama yang diukur. Pengukuran perambatan
waktu gelombang ultrasonik dengan menyematkan tranduser ultrasonik pada sebuah wadah

IJEIS Vol. 8, No. 2, October 2018 : 143 – 154

International Conference on Mathematics and Science Education (ICMScE) 2020 IOP Publishing
Journal of Physics: Conference Series 1806 (2021) 012003 doi:10.1088/1742-6596/1806/1/012003

Determination of refractive index on three mediums based on

the principle of refraction of light

A Malik* , D Mardianti, D Nurlutfiah, D W Izzah, D Mulhayatiah, D Nasrudin,

and H Y Suhendi
Department of Physics Education, UIN Sunan Gunung Djati Bandung, Jl. A.H.
Nasution No. 105 Cibiru, Bandung 40614, Indonesia
*
adammalik@uinsgd.ac.id

Abstract. This study aims to develop a tool to determine the refractive index and height of
objects in three media based on the principle of light refraction. The method used was an
experimental method. The results showed the refractive index values of the three media were
quite accurate when compared to the absolute refractive index. The relationship of the angle of
the incident ray was directly proportional to the angle of the refractive ray. The angle of light
produced will be greater if the value of the given beam angle was greater. Thus, the set of
refractive index laboratory tools developed is said to be good and suitable to be implemented in
schools to explain the concept of the refractive index of light.

1. Introduction
Physics is a science-based on experiments [1]. One method of learning physics using tools in learning
is the experimental method [2]. Experimental activities in the laboratory can perform smoothly if
laboratory equipment is available [3]. But the fact is not all schools which have this equipment
completely, or, in several cases, there are not all physic concepts which have experiment tools such as
in refracting concept. This factor caused many students who have difficulty in problem-solving [4].
One of the physics concepts that are abstract, and needs to be practiced through experiments is the
refraction of light [5]. Besides, the number of misconceptions on this concept required students to
conduct an experiment activity in order to make it easier to learn [6]. Light has many phenomena that
student can learn [7]. The fundamental concepts of refraction of light are based on the results of
invention by Dutch scientist Willebrord Snellius, the well-known as the first law of Snellius and the
second law of Snellius [8]. The refraction of light events occurs in optical substances such as air, water,
and glass [9]. Refraction of light occurs because of differences in the speed of light on the two media.
The speed of light in a dense medium is slower than the speed of light in the air medium [10]. In general,
the speed of light in all materials is slower than the maximum speed in a vacuum [11].
The most teachers explain of light refraction topic, usually, using glass filled with liquid and then
inserted a pencil [4]. However, that activities are only able to show the refraction phenomenon, but do
not explain the relationship between variables such as the angle of incidence, the angle of refraction,
and the refractive index. So, its usefulness to solve related problems in daily life.
The teacher has done a simple experiment, by using a simple laboratory tools, to provide students
with a good learning experience on the topic of refractive index. As the result, student will be able to
understand the refractive index topic better [12]. The refractive index experiments can improve student
understanding, especially in the discussion and implementation of the optics [13]. The refractive index
Content from this work may be used under the terms of the Creative Commons Attribution 3.0 licence. Any further distribution
of this work must maintain attribution to the author(s) and the title of the work, journal citation and DOI.
Published under licence by IOP Publishing Ltd 1
International Conference on Mathematics and Science Education (ICMScE) 2020 IOP Publishing
Journal of Physics: Conference Series 1806 (2021) 012003 doi:10.1088/1742-6596/1806/1/012003

is one of several important optical properties of a medium [14]. The refractive index is a measurement
of speed of light in a liquid compared to when it is in the air [15] and is one of the most important optical
properties of a medium [16]. The refractive index in a medium is often defined as the ratio between the
speed of light in a vacuum to the speed of light in a medium [17].
The physics laboratory in schools has developed a simple tool to test the refractive index of the liquid
[18]. In Indonesia, most teachers prove the concept of refraction using only a pencil dipped in a clear
glass filled with water. There are several researches of laboratory tools that used to determine the
refractive index, including with a CD lattice, refractometer, parallel plan glass, and optical fiber.
Previous research carried out a refractive index experiment tools with a fairly complex step or set up.
However, when the tool is implemented in laboratory activities, there are several obstacles for example,
it can only be used to determine the refractive index in one media [4]. The novelty of the research is that
the set of tools developed is derived from general equipment that can be found in everyday life. The
equipment made does not require relatively expensive costs. This tool can measure the refractive index
on three mediums at once, namely, on the medium of air, solid and liquid. In the solid medium, the
researchers used a glass that had a thickness of more than 15 mm. Besides, researchers also put an object
in the water so that students who will do the practicum can measure pseudo height and actual height of
objects in the water that is affected by the refractive index. The purpose of development the tool is to
make it easier, for students, to determine the refractive index by only using one experiment tool to in
three mediums at once.

2. Methods
The research method used is an experimental method where the delivery of teaching is done by
experimenting to find out for yourself what has been learned. Students can find for themselves what was
learned individually [19]. This method starts by designing a light refraction tool with steps like in Figure
1. The making this light refraction tool starts by first determining the tools and materials, which consist
of a cookie jar, glass, laser, protractor, ruler, object, wooden board, water, and rope. The light refraction
device that has been created is shown in Figure 1.

Start

Preparing the tools and

materials

Making holder and buffer jars

Cutting glass as fit as the diameter of jar

Set the protractor

Set the laser as position

Finalizing

Figure 1. The steps-by-step process (left) and the tool (right)

2
 Andi Tri Saputra Pemanfaatan Minyak Goreng Bekas Untuk Pembuatan Biodiesel
Menggunakan Katalis Zeolit Alat Teraktivasi
M. Arief Wicaksono
Irsan

PEMANFAATAN MINYAK GORENG BEKAS UNTUK PEMBUATAN

BIODIESEL MENGGUNAKAN KATALIS ZEOLIT ALAT TERAKTIVASI

UTILIZATION OF USED OIL FOR BIODIESEL MANUFACTURING USING

ZEOLITE ACTIVATED CATALYST

Andi Tri Saputra, M. Arief Wicaksono, Irsan

Program Studi Teknik Kimia Fakultas Teknik
Universitas Mulawarman Samarinda
Email : @anditrisia.com

Abstrak
Biodiesel merupakan bahan bakar nabati alternatif sebagai pengganti bahan bakar fosil yang jumlahnya
semakin hari semakin menipis. Telah dilakukan penelitian untuk membuat biodiesel dengan bahan baku
minyak goreng bekas dan metanol menggunakan zeolit alam teraktivasi sebagai katalis. Dengan
memvariasikan waktu pengadukan dan perbandingan berat campuran pada proses pembuatan biodiesel
didapatkan hasil yield yang tidak begitu berbeda jauh untuk setiap variasi waktu pengadukan, sedangkan
yield nampak berubah untuk variasi perbandingan berat campuran yaitu 6,6493 % untuk perbandingan 4:1
metanol dan 76,4152 % untuk perbandingan 1:4 metanol. Namun biodiesel yang didapatkan tidak memenuhi
standar SNI tentang biodiesel.

Kata Kunci : Biodiesel, waktu yengadukan, zeolit, yield, minyak goreng bekas

Abstract

Biodiesel is an alternative biofuel as a substitute for fossil. The research has been conducted to make
biodiesel with raw materials of used cooking oil and methanol using activated natural zeolite as a catalyst.
By varying the stirring time and the ratio of mixed weights in the biodiesel manufacturing process, the yields
did not differ greatly for each variation of stirring time, while the yield appears to vary for the ratio of weight
6.6493% for a ratio of 4: 1 methanol and 76.4152 % for a ratio of 1: 4 methanol. However, the biodiesel
obtained did not meet the SNI standard on biodiesel.

Keywords: Biodiesel, stirring time, zeolite, yield, used cooking oil

1. PENDAHULUAN Biodiesel dibuat melalui suatu proses kimia yang

Biodiesel adalah bahan bakar yang dapat
diperbarui dan diproduksi secara domestik dari
minyak goreng baru maupun bekas, lemak hewan
dan lemak sisa restoran. Secara fisik biodiesel
mirip dengan diesel hasil minyak bumi, tapi lebih
lebih bersih untuk pembakaran. Menggunakan
biodiesel dibanding diesel hasil minyak bumi
secara signifikan menurunkan emisi polusi gas
beracun di udara (U.S. Departement of Energy,
2011).
Biodiesel merupakan bahan bakar yang terdiri dari
campuran mono-alkil ester dari rantai panjang
asam lemak, yang dipakai sebagai alternatif bagi
bahan bakar dari mesin diesel dan terbuat dari
sumber terbaharui seperti minyak sayur atau lemak
hewan. Biodiesel merupakan bahan bakar yang
ramah lingkungan dan tidak mengandung belerang
(Suwarso et al., 2008).
disebut transesterifikasi dimana gliserin dipisahkan
dari minyak nabati. Proses ini menghasilkan dua
produk yaitu metil ester (biodiesel)/mono-alkyl
esters dan gliserin yang merupakan produk
samping (Akbar, 2016).
Pembuatan biodiesel memerlukan alkohol untuk
memecah rantai trigliserida yang terdapat dalam
minyak nabati. Alkohol yang biasa digunakan
adalah metanol dan etanol. Metanol merupakan
jenis alkohol yang paling disukai karena lebih
reaktif lagi pula untuk mendapatkan hasil biodiesel
yang sama, penggunaan etanol 1,4 kali lebih
banyak dibandingkan metanol (Aziz, 2007).
Kerugian dari metanol adalah sifatnya yang
beracun, berbahaya bagi kulit, mata dan paru-paru.
Selain itu pemisahan hasil samping gliserin dengan
menggunakan etanol jauh lebih sulit dan jika tidak
hati-hati akan berakir dengan terbentuknya emulsi
(Freedman dan Pryde, 1986).

Jurnal Chemurgy, Vol. 01, No.2, Desember 2017

 Andi Tri Saputra Pemanfaatan Minyak Goreng Bekas Untuk Pembuatan Biodiesel
Menggunakan Katalis Zeolit Alat Teraktivasi
M. Arief Wicaksono
Irsan

Tabel 1.1 Perbandingan yield lapisan atas didapatkan dari penelitian ini disajikan pada tabel
(biodiesel) 1.2 di bawah.

Perbandingan Tabel 1.2 Densitas lapisan atas (biodiesel)

(minyak Waktu Yield
Perbandingan
goreng : Pengadukan (%)
metanol) (minyak Variasi Densitas
goreng : Pengadukan (g/L)
15 menit 5,8704
metanol)
4:1 30 menit 7,0892 15 menit 0,7873
45 menit 6,9884 4:1 30 menit 0,7893
15 menit 76,8436 45 menit 0,7850
1:4 30 menit 76,1173 15 menit 0,7767
45 menit 76,2847 1:4 30 menit 0,7767
45 menit 0,7770

Setiawati (2012) juga melakukan penelitian Dari hasil didapatkan, rata-rata densitas lapisan
tentang pembuatan biodiesel dengan 3 variasi atas yang berupa biodiesel lebih rendah
waktu pengadukan yaitu 30 menit, 60 menit dan 90 dibandingkan dengan standar SNI untuk biodiesel,
menit, sambil dipanaskan dengan suhu 65 ⁰C, yaitu untuk densitas biodiesel seharusnya berkisar
waktu settling 1 jam dan katalis berupa NaOH. antara 0,85 – 0,89 g/L, sedangkan rata-rata
Kadar ester yang didapatkan besar berkisar antara densitas yang didapatkan dari penelitian ini hanya
95 sampai 97%, paling tertinggu pada rentan 0,78 g/L.
waktu reaksi 60 menit. Pada penelitian Aziz et al.
(2012), menggunakan katalis zeolit alam
teraktivasi sebagai katalis pada pembuatan Tabel 1.3 Densitas lapisan bawah
biodiesel dari minyak goreng bekas, dengan (gliserin)
memvariasi waktu reaksi yang meliputi Perbandingan
pengadukan dan pemanasan pada suhu 60 ⁰C serta (minyak Variasi Densitas
waktu settling tetap selama 8 jam, didapatkan hasil goreng : Pengadukan (g/L)
yield pada 1 jam pertama reaksi sebesar 6%.
metanol)
Kemudian saat 3 jam reaksi kenaikan yield tidak
15 menit 0,8883
begitu besar. Pada 5 jam reaksi tingkat yield naik
hingga 12% kemudian menurun pada jam 4:1 30 menit 0,8893
berikutnya. Dari kedua penelitian itu dapat dilihat 45 menit 0,8855
kalau penggunaan zeolit alam teraktivasi yang 15 menit 0,8860
merupan katalis homogen tidak menghasilkan 1:4 30 menit 0,8904
yield yang besar, tidak seperti penggunaan katalis 45 menit 0,8896
heterogen seperti NaOH. Seperti pada penelitian
ini, dengan perbandingan yang sama yaitu 1:4
(minyak goreng : metanol), didapatkan yield yang Untuk lapisan bawah didapatkan rata-rata densitas
tidak begitu besar hanya berkisar 76%, dan hasil yang sama yaitu 0,8882 g/L, lebih rendah
yield lebih rendah dibandingkan perbandingan 4:1 dibandingkan dengan densitas gliserin yaitu 1,23
(minyak goreng : metanol). Pada penelitian ini g/L.
dapat dilihat kalau memvariasikan waktu
pengadukan tidak begitu berpengaruh besar Pengaruh Variasi Pengadukan Terhadap
terhadap yield yang dihasilkan. Viskositas Kinematis
Viskositas merupakan pengukuran dari ketahanan
Pengaruh Variasi Waktu Pengadukan fluida yang diubah baik dengan tekanan maupun
Terhadap Densitas tegangan. Pada masalah sehari-hari (dan hanya
Massa jenis (densitas) adalah pengukuran massa untuk fluida), viskositas adalah Ketebalan atau
setiap satuan volume benda. Semakin tinggi massa pergesekan internal. Oleh karena itu, air yang tipis,
jenis suatu benda, maka semakin besar pula massa memiliki viskositas lebih rendah, sedangkan madu
setiap volumenya. Massa jenis rata-rata setiap yang tebal, memiliki viskositas yang lebih tinggi.
benda merupakan total massa dibagi dengan total Sederhananya, semakin rendah viskositas suatu
volumenya (Julianto, 2012). Data densitas yang fluida, semakin besar juga pergerakan dari fluida
tersebut (Massey 1983). Viskositas yang

Jurnal Chemurgy, Vol. 01, No.2, Desember 2017

 F1000Research 2020, 8(Chem Inf Sci):2071 Last updated: 11 JUN 2020

RESEARCH ARTICLE
   Functional group and diversity analysis of BIOFACQUIM:
A Mexican natural product database [version 2; peer review: 3
approved]
Norberto Sánchez-Cruz , B. Angélica Pilón-Jiménez , José L. Medina-Franco
Department of Pharmacy, School of Chemistry, National Autonomous University of Mexico, Mexico City, Mexico City, 04510, Mexico

First published: 10 Dec 2019, 8(Chem Inf Sci):2071  Open Peer Review

v2 https://doi.org/10.12688/f1000research.21540.1
Latest published: 08 Jun 2020, 8(Chem Inf Sci):2071 
https://doi.org/10.12688/f1000research.21540.2
Reviewer Status      

Abstract   Invited Reviewers
Background: Natural product databases are important in drug discovery 1   2   3
and other research areas. An analysis of its structural content, as well as
functional group occurrence, provides a useful overview, as well as a version 2
means of comparison with related databases. BIOFACQUIM is an report
(revision)
emerging database of natural products characterized and isolated in
08 Jun 2020
Mexico. Herein, we discuss the results of a first systematic functional group  
analysis and global diversity of an updated version of BIOFACQUIM.
Methods: BIOFACQUIM was augmented through a literature search and version 1
data curation. A structural content analysis of the dataset was performed. 10 Dec 2019 report report report
This involved a functional group analysis with a novel algorithm to
automatically identify all functional groups in a molecule and an
assessment of the global diversity using consensus diversity plots. To this
end, BIOFACQUIM was compared to two major and large databases: 1 Johannes Kirchmair , University of Vienna,

ChEMBL 25, and a herein assembled collection of natural products with Vienna, Austria
169,839 unique compounds.
Results: The structural content analysis showed that 15.7% of compounds 2 W. Patrick Walters , Relay Therapeutics,

and 11.6% of scaffolds present in the current version of BIOFACQUIM have Cambridge, USA
not been reported in the other large reference datasets. It also gave a
3 Trong Tran, University of the Sunshine Coast,
diversity increase in terms of scaffolds and molecular fingerprints regarding
Maroochydore, Australia
the previous version of the dataset, as well as a higher similarity to the
assembled collection of natural products than to ChEMBL 25, in terms of Any reports and responses or comments on the
diversity and frequent functional groups.
article can be found at the end of the article.
Conclusions: A total of 148 natural products were added to BIOFACQUIM,
which meant a diversity increase in terms of scaffolds and fingerprints.
Regardless of its relatively small size, there are a significant number of
compounds and scaffolds that are not present in the reference datasets,
showing that curated databases of natural products, such as
BIOFACQUIM, can serve as a starting point to increase the biologically
relevant chemical space.

Keywords
Consensus Diversity Plot, compound databases, data mining, diversity,
natural products, functional groups, in silico

 
Page 1 of 14

tested chemical space with 1,667,509 unique compounds; and
a collection of known natural products with a total of 168,030
molecules. The reference natural product collection was assem-
bled from three general and publicly available natural products
databases: the Universal Natural Products Database (UNPD)8,
the Natural Products Atlas9 and Natural Products in PubChem
Substance Database10. The data sets were curated using the
same procedure. Briefly, compounds were standardized and those
consisting of multiple components were split and the largest
component was retained. Compounds consisting of any element
other than H, B, C, N, O, F, Si, P, S, Cl, Se, Br and I, as well as
compounds with valence errors, were removed from the data
set. The remaining compounds were neutralized and reionized
to subsequently generate a canonical tautomer. Finally, canonical
simplified molecular-input line-entry system (SMILES) (ignoring
stereochemistry information) were generated as molecular
representation and duplicate structures in the context of each
database were removed. The entire process was performed by
using the functions Standardizer, LargestFragmentChoser,
Uncharger, Reionizer and TautomerCanonicalizer implemented in
the molecule validation and standardization tool MolVS for the
open source cheminformatics toolkit RDKit. The code is available
at GitHub (https://github.com/DIFACQUIM/IFG_General).
Databases overlap
Overlap of BIOFACQUIM with the databases selected as
reference was assessed in terms of three different structural
levels: compounds, scaffolds, and functional groups. Compound
overlap was determined in terms of canonical SMILES. For
scaffold comparison we use the definition proposed by Bemis
and Murcko11 as implemented in RDKit, while for functional
group overlap we selected the recently published definition and
implementation suggested by Ertl5. For each structural level, we
identified the unique structures belonging to each dataset as well
as those belonging to two or three of them.
Functional group analysis
For the functional group content analysis we selected the
algorithm recently described by Ertl5, which is able to identify
all functional groups in a molecule based on an iterative march-
ing through its atoms. In short, the proposed algorithm identifies
all heteroatoms in a molecule, all atoms connected by multiple
bonds as well as the atoms in oxirane, aziridine, and thiirane
rings. Afterwards, all connected atoms are joined together to
form a functional group. Single aromatic heteroatoms are retained
only if they are connected to an additional aliphatic functionality.
Finally, a generalization scheme is applied in which for a defined
list of common FGs, information about the parent carbon is
retained (e.g. to differentiate between alcohols and phenols)
as well as hydrogen atoms (e.g. to differentiate between alde-
hydes and ketones). The method is fully described in 5. An open
source version of this algorithm is available for Python
(https://github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Contrib/IFG); however,
it does not cover the generalization scheme proposed originally.
To this end and based on the code available, we implemented
with RDKit a fragmentation approach considering keeping the
parent carbon and hydrogen atoms proposed originally, were
the remaining carbon atoms are replaced by dummy atoms. This
F1000Research 2020, 8(Chem Inf Sci):2071 Last updated: 11 JUN 2020
implementation works over a SMILES string and returns a list
with the canonical SMILES of the FGs identified in the
molecule. The code is freely available at GitHub (https://github.
com/DIFACQUIM/IFG_General). After determining the FGs
content of the different datasets, we compare the proportion of the
most frequent FGs at each library.
Complexity analysis
The fraction of carbon atoms that are sp3 hybridized (F-sp3) is
a common metric to quantify molecular complexity12. Higher
values for this descriptor have been associated to an improved
binding selectivity of compounds13. In order to compare the
complexity of BIOFACQUIM with the data sets selected as
reference, we computed the F-sp3, as implemented in RDKit,
for all compounds in the three data sets and compared its
distribution among libraries.
Chemical space visualization
In order to generate a visual representation of the chemical
space covered by the analyzed databases, we selected a recently
proposed method, named TMAP14 (Tree Manifold Approximation
and Projection). This method enables the visualization of up to
millions of data points with high dimensionality as a
two-dimensional tree and has shown to be better suited than
t-distributed Stochastic Neighbor Embedding15 (t-SNE) and
Uniform Manifold Approximation and Projection16 (UMAP) for
the exploration of large datasets. TMAP consists in four phases:
(I) the input data are indexed in an local sensitive hashing
forest data structure, using l prefix trees and d hash functions in
encoding the data, (II) an undirected weighted c-approximate
k-nearest neighbor graph (c-k-NNG) is constructed from the
indexed data points with the Jaccard distances between vertices
used as edges weights, (III) a minimum spanning tree (MST) is
constructed for the weighted c-k-NNG using Kruskal’s algo-
rithm and (IV) a layout for the resulting MST is constructed by
using a spring-electrical model layout algorithm with multilevel
multipole-based force approximation as provided by the modular
C++ library, open graph drawing framework17 (OGDF).
For the description of compounds, we selected Morgan
fingerprints with radius 2 (Morgan2, 1024-bits) as implemented
in RDKit. For the generation of the TMAP, the input data was
encoded by 1024 hash functions and indexed using 64 prefix trees.
The weighted c-k-NNG was built using the 5 nearest neighbors
and a factor of 20 for the LSH forest query algorithm. For the
layout generation a node size of 0.01 was selected while all the
remaining parameters were set to default. These calculations
were done using the TMAP python package and all the charts
were generated using the matplotlib library18.
Global diversity
The “global” or total diversity of the datasets was analyzed
through the Consensus Diversity (CD) Plot19. A CD Plot is a
two-dimensional representation of compound datasets based on
four different and complementary diversity criteria: molecular
fingerprints, molecular scaffolds, physicochemical properties
(PCP), and size. Fingerprint-based diversity of each dataset is
represented in the X-axis, while scaffold-based diversity is
Page 4 of 14
 Brazilian Journal ISSN 0104-6632
Printed in Brazil
of Chemical www.scielo.br/bjce
Engineering
Vol. 35, No. 03, pp. 1129-1140, July - September, 2018
dx.doi.org/10.1590/0104-6632.20180353s20170216

FRACTIONATION PROCESS OF ESSENTIAL OILS

BY BATCH DISTILLATION
Rafael N. Almeida1, Rafael de P. Soares1and Eduardo Cassel2,*
1PPGEQ – DEQUI, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Rua Engenheiro
Luiz Englert, s/nº - Prédio 12204, 90040-040. Porto Alegre, RS, Brasil.
2Faculdade de Engenharia, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul,

Avenida Ipiranga 6681, Pr.30, 90619-900, Porto Alegre, Brasil.

Abstract - The greatest obstacle in simulating processes involving essential oils is the small number of thermo-
physical properties and experimental data available in the literature. In this work, thermodynamic models are
investigated in order to predict such properties, which are requisites for the modelling and simulation of the
Eucalyptus essential oil batch distillation processes. A group contribution method was used to predict the vapor
pressure (CSGC-PVR) when experimental data were unavailable. Regarding the activity coefficients, a fully
predictive model based on quantum calculations (COSMO-SAC) is used. Moreover, this work also uses those
predicted properties in a dynamic model, capable of describing the fractionation process by batch distillation.
The simulations were performed in the equation-oriented simulator EMSO to demonstrate the feasibility of the
proposed method. The proposed method suggests a simulated recovery of a 98.89% eucalyptol fraction from E.
globulus and a 98.53% citronellal fraction from E. citriodora.
Keywords: Eucalyptus essential oil, thermodynamic modeling, simulation, COSMO-SAC, dynamic model.

INTRODUCTION
Essential oils are a mixture of terpenes and other
volatile compounds, many of them with important
industrial applications, in medicine, pharmacology,
cosmetics and food industry (Bonaccorsi et al.,2009).
However, if any specific compound has a practical
application, it is desirable to properly separate
the mixture, adding value to the final product.
Eucalyptus citriodora oil contains about 85% of the
monoterpenoids citronellol and citronellal, whereas
Eucalyptusglobulusoilcontains70-90%ofeucalyptol
(1,8-cineole), another major monoterpenoid(Juergens
et al., 1998). Both citronellol and citronellal are used
as starting materials for the production of fragrances
(Bauer et al., 2008). The first is also used in insect
repellents(Guenther,2013)andthesecondiseffective
againstbacterialandfungalinfections(Pattnaiketal.,
1996; Ramezani et al., 2002). Eucalyptol is widely
used in medicinal, perfumery and flavor preparations
(Babu and Singh, 2009; Baxendale, 2015) and
notably it has been reported to present various tumor
inhibitory properties (Juergens et al.,1998).
Mostterpenesarethermallyunstable,decomposing
or oxidizing at high temperatures or in the presence
of light or oxygen (Simoes, 2001). Batch vacuum
distillation works at lower temperatures and offers
flexibility to operate with different mixtures in the
same industrial plant and also the possibility of
operating with small volumes (Jimenez et al., 2002;
Mujtaba, 2004). The quality of the distillate can be
controlled through manipulation of the reflux ratio,
which affects the dynamics of the process (Adari and
Jana, 2008; Garcia et al., 2014; Reid et al.,1987).

*Corresponding author. E-mail address: cassel@pucrs.br

 PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK DASAR

KRISTALISASI DAN SUBLIMASI

Antonius*, Dhifa Melvine, Ditya Marissa, Leni Juniarti, Novi Kartika, Nurmanisari,
Vridolin Vicry, dan Banan Fitriani
1
Program Studi Kimia, Fakultas MIPA, Universitas Tanjungpura
Jl. Prof Dr. H. Hadari Nawawi, Pontianak
*email:antonius.destroyer@gmail.com

ABSTRAK
Telah dilakukan percobaan kristalisasi dan sublimasi yang bertujuan
untuk mengetahui proses rekristalisasi dan sublimasi suatu senyawa organik .
Percobaan dilakukan melalui uji kualitatif diantaranya percobaan rekristalisasi
asam benzoate dan percobaan sublimasi. Rekristalisasi dilakukan dengan
melarutkan asam benzoate dengan air panas, kemudian disaring dan
mendinginkan filtrat pada suhu kamar untuk membentuk kembali kristal asam
benzoate. Hasil dari percobaan didapat 0,0637 gram kristal asam benzoate.
Pemurnian naftalena dari kapur barus dilakukan dengan memanaskan kapur
barus dalam cawan penguap porselen dan ditutup dengan kertas saring dan
corong yang ujungnya disumbat dengan glasswool dalam posisi terbalik untuk
mengkristalkan kembali gas naftalena. Hasil dari percobaan didapat 0,0006 gram
kristal naftalena yang menempel pada dinding corong.

Kata Kunci: Kristal, kristalisasi, rekristalisasi, sublimasi

PENDAHULUAN merupakan kumpulan dari kristal-

Latar Belakang kristal tunggal yang memiliki ukuran
sangat kecil dan saling menumpuk
Kristal adalah ataom-atom,
yang membentuk benda padat.
ion-ion, atau molekul-molekul zat
Struktur amorf hampir sama dengan
padat yang memiliki susunan kristal namun, susunannya tidak
berulang dan jarak yang teratur
teratur dengan jangka yang pendek.
dalam tiga dimensi. Ditinjau dari Amorf terbentuk karena proses
struktur atau atom penyusunnya,
pendinginan yang terlalu cepat
kristal dibedakan menjadi tiga yaitu,
sehingga atom-atom tidak dapat
kristal tunggal (monocrystal), dengan tepat menempati lokasi
polikristal (polycristal), dan amorf
kisinya (Rasyid, 2006).
(Hart, 2003). Kristal tunggal Kristalisasi adalah proses
mempunyai struktur tetap karena
pembentukan partikel padatan
atom-atom atau molekul-molekul
didalam sebuah fasa homogen,
penyusunnya tersusun secara pembentukan padatan dapat terjadi
teratur dalam pola tiga dimensi dan
dari fasa uap. Kristalisasi
pola-pola ini berulang secara memerlukan energi lebih sedikit
periodik dalam rentang yang
dibandingkan destilasi atau metode
panjang dan tak terhingga. Polikristal
pemisahan yang lain (Fachry, dkk,

Antonius H1031181052 Kristalisasi dan Sublimasi

 PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK DASAR

2008). Syarat-syarat kristalisasi semakin besar partikel maka

dapat terjadi yaitu, kelarutan semakin rendah kecepatan
berkurang ketika suhu diturunkan pertumbuhan kristal. Pengotor dapat
(Syukri, 1999), larutan dalam merubah sifat larutan, konsentrasi
keadaan jenuh sehingga pelarut kesetimbangan dan derajat
sudah tidak mampu melarutkan zat supersaturasi serta dapat merubah
terlarut (Anshory, 2003), pelarut karakteristik lapisan adsorpsi
yang digunakan mempunyai titik permukaan kristal. Aglomerasi,
didih yang lebih rendah agar penggabungan partikel-partikel
mempermudah proses pengeringan, kristal. Kelarutan dan supersaturasi,
dan pelarut harus inert agar tidak kristal dapat terjadi hanya jika
bereaksi dengan zat yang kondisi supersaturasi (lewat jenuh)
dimurnikan (Riswiyanto, 2009). dapat dicapai (Riswiyanto, 2009).
Rekristalisasi adalah Sublimasi adalah perubahan
pembentukan struktur butiran baru wujud zat dari padat ke gas atau dari
dalam bahan padat oleh migrasi gas ke padat. Syarat pemisahan
batas butir yang menghasilkan campuran dengan menggunakan
butiran yang lebih besar (Zhao, dkk, sublimasi adalah partikel yang
2014). Rekristalisasi merupakan bercampur harus memiliki
proses pembentukan kristal kembali perbedaan titik didih yang besar,
dari larutan atau leburan dari sehingga dapat, menghasilkan uap
material yang ada. Rekristalisasi dengan tingkat kemurnian yang
merupakan proses lanjutan dari tinggi (Basset, dkk, 1994).
kristalisasi. Rekristalisasi hanya Pemanasan yang dilakukan
digunakan pada suhu kamar jika terhadap senyawa organik akan
hasil kristalisasi memuaskan menyebabkan zat tersebut menjadi
(Fessenden & Fessenden, 1994). padat dalam suhu kamar dan pada
Rekristalisasi dilakukan dengan tekanan tertentu akan meleleh
melarutkan senyawa organik pada kemudian mendidih (Day &
suhu tinggi yang dihilangkan Underwood, 1987). Untuk bisa
pengotornya dan disaring untuk menyublim, zat padat harus
menghilangkan residu. Rekristalisasi mempunyai tekanan uap yang relatif
dalam kehidupan sehari-hari tinggi pada suhu dibawah titik
digunakan sebagai proses lelehnya. Sublimasi dalam
pembuatan garam dari air laut. kehidupan sehari-hari digunakan
(Mckee & Zanger, 1997). sebagai pemisahan kapur barus
Faktor yang mempengaruhi dengan zat pengotor (Willianson,
rekristalisasi adalah temperatur, 1999).
pada temperatur tinggi dikontrol oleh
difusi sedangkan pada temperatur METODOLOGI
rendah dikontrol oleh surface Alat dan Bahan
intergation. Ukuran kristal,
Alat-alat yang digunakan
pembentukan kristal yang berukuran
dalam percobaan ini adalah batang
kecil lebih tinggi dikarenakan

Antonius H1031181052 Kristalisasi dan Sublimasi

 Sifaf-Sifat Fisik Senyawa Organik

1. Penentuan Titik Leleh : Asam Benzoat, Asam Salisilat, dan Urea

2. Penetapan Densitas : Sukrosa, Glukosa, dan Fruktosa

Berat Bersih Sukrosa Glukosa

3. Penetapan Indeks Bias : Sukrosa, Glukosa, dan Fruktosa

4. Penentuan Kelarutan

Polar (etanol) + Non polar (n-heksana)

Non polar (n-heksana) + Semi polar (asetat)
Polar (etanol) + Semi polar (asetat)
 PEMURNIAN ZAT

1. Rekristalisasi

2. Sublimasi
3. Destilasi