Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Budaya
Koleksi
Dr. Aprilia Sufi Subiastuti, S.Si
01
Budaya
Koleksi
 Koleksi Budaya
Koleksi kultur mikroba telah ada sejak ahli bakteri
pertama kali mampu mengisolasi dan
membudidayakan mikroorganisme dan telah
menjadi aspek penting dari mikrobiologi.

Koleksi kultur pertama didirikan oleh Prof. Frantisek

Král pada tahun 1890 di German University of Prague
(Republik Ceko).
 Peran Koleksi Budaya
● Koleksi budaya penting dalampelestarian keanekaragaman hayatidan dengan demikian
berkontribusi pada tujuan Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD; www.cbd.int) melalui pelestarian
sumber daya genetik penting

● Koleksi budaya adalahsumber daya yang berharga untuk eksploitasi keanekaragaman hayatidan dapat membantu negara-negara

yang kaya akan keanekaragaman hayatiuntuk memahami dan memanfaatkan keragaman mikroba merekalebih efektif (Arora et al.

2005).

● Koleksi budaya jugabertindak sebagai antarmuka antara penyedia mereka dan pengguna genetik

sumber dayauntuk mendukung pembagian manfaat yang adil dan merata berdasarkan dokumen seperti Persetujuan Didahulukan yang
Diinformasikan (PIC) dan persyaratan yang disepakati bersama
Fungsi Utama Koleksi
Budaya
untuk mengumpulkan, memelihara, dan mendistribusikan galur yang memiliki sifat
unik dan bernilai praktis dalam berbagai aplikasi seperti penelitian, pengajaran,
pengujian kendali mutu, dan bioteknologi

Untuk menyediakan strain berkarakteristik baik dan bagian yang dapat ditiru
(plasmid, DNA) kepada pengguna mereka serta dokumentasi terkait yang
relevan dengan bahan biologis ini

menyediakan sumber mikroorganisme yang kaya dari masa lalu, sekarang

dan masa depan potensial

Penyimpanan dan pengawetan strain tipe sebagai bagian dari studi

sistematis bakteri

untuk mengumpulkan data kultur dan membuatnya dapat diakses oleh komunitas
penelitian mikrobiologi melalui katalog cetak atau online
 Pendirian Koleksi Budaya
• Sementara beberapa publikasi tentang teknik, prosedur dan beberapa pedoman telah diterbitkan untuk
pembentukan koleksi budaya, tidak ada pedoman yang disetujui secara internasional yang mencakup semua
aspek kegiatan koleksi budaya.

• Pertama,pedoman resmion Microbial Culture Collection diterbitkan oleh World Federation for Culture
Collections (WFCC) di1991. Edisi kedua dokumen ini diterbitkan pada bulan Juni 1999
• Pedoman ini disusun untuk memberikan bantuan kepada koleksi budaya yang
menawarkan layanan di luar institusi mereka sendiri.

• Pedoman WFCC berfokus pada aspek-aspek berikut:

1. Organisasi 4. jenis dan jumlah galur yang akan dipelihara,
2. pendanaan, 5. Staf & layanan
3. tujuan (jangka pendek dan jangka panjang), 6. standar keamanan dan kualitas
 Jenis Koleksi Budaya
• Biasanya dikelola oleh individu, laboratorium, lembaga, rumah sakit, dan perusahaan komersial.
Dipersonalisasi Jumlah kepemilikan dapat berkisar dari kecil hingga besar. Beberapa koleksi dapat dibandingkan
Budaya dengan koleksi publik.

Koleksi • Misalnya, lembaga penelitian di beberapa perusahaan swasta memiliki lebih dari 20.000
budaya. Alunan dalam koleksi budaya pribadi biasanya tidak terbuka untuk umum.

• Lebih sering muncul selama studi taksonomi pada kelompok mikroorganisme

tertentu e di bidang khusus seperti pembuatan bir, produksi antibiotik, patologi
Khusus
tanaman, dan lain-lain, ketika sejumlah besar strain telah diisolasi.
Koleksi • Contoh koleksi jenis ini adalah koleksi jamur yang dipelihara oleh Fungal
Collection of Micro-organisms dari Universitas Filipina, Los Banos (FCUP,
WDCM 103).
 Jenis Koleksi Budaya

• Terdiri dari sejumlah besar strain, dan didirikan untuk tujuan pelayanan publik.

Publik Jumlah taksa bervariasi dari satu koleksi ke koleksi lainnya.

• Misalnya, Centraalbureau voor Schimmelcultures (CBS) (www.cbs.knaw.nl) di
Koleksi Belanda memelihara lebih dari 8.000 spesies yang terdiri dari 18.000 galur jamur .
 Layanan Koleksi Budaya

● untuk bertindak sebagai simpanan mikroorganisme yang aman dengan distribusi terbatas

● untuk memberikan layanan identifikasi sesuai dengan keahlian koleksi kultur

tentang berbagai jenis mikroorganisme
● untuk melayani sebagai gudang untuk budaya yang berharga. Penting untuk menyimpan kultur
yang dijelaskan dalam publikasi untuk memastikan akses di masa mendatang dan
memungkinkan reproduktifitas ilmiah. Misalnya, sebagian besar jurnal saat ini memerlukan
penyimpanan sekuens dalam repositori publik, dan juga wajib untuk menyimpan budaya dari
mana sekuens tersebut berasal.
 Layanan Koleksi Budaya

● untuk mengatur kursus pelatihan dan lokakarya, terutama yang berkaitan dengan
identifikasi dan pemeliharaan mikroorganisme. Kursus singkat dan lokakarya sangat
penting untuk melatih personel dari laboratorium medis, lingkungan, industri atau
pemerintah yang memiliki tanggung jawab untuk mengisolasi dan mengidentifikasi
mikroorganisme, mendiagnosis penyakit, kontrol kualitas, fermentasi, manajemen
kultur, dll.
● untuk melakukan penelitian yang berkaitan terutama dengan taksonomi dan pelestarian mikrobiologi

● untuk memberikan saran umum di bidang mikrobiologi

Mikroba
Budaya
Koleksi
ns di
Dunia
Distribusi Koleksi Budaya
Terdaftar di
Dunia
02
Kelestarian
Metode dari
Mikroba
Budaya
 Bio-pelestarianadalah proses melestarikan
integritas dan fungsi sel.

● Sebagian besar laboratorium bakteriologi memelihara stok kultur mikroorganisme untuk

tujuan pendidikan, penelitian, bioassay, industri, atau lainnya.

● Berbagai macam teknik tersedia untuk pengawetan bakteri dan mungkin sulit
untuk memilih metode untuk strain tertentu, yang tidak hanya menjamin
kelangsungan hidup, tetapi juga memastikan bahwa genotipe dan
karakteristik uniknya tidak berubah.

● Itutujuan utama pelestarian budayaadalah menjaga agar organisme tetap hidup,

tidak tercemar, dan tanpa variasi atau mutasi, yaitu melestarikan biakan dalam
kondisi yang sedekat mungkin dengan isolat aslinya.
Konsep
dari
Mikroba
Preservati
pada
Transfer Berkala ke
Media Segar
• Strain mikroba dapat dipertahankan dengansecara berkala menyiapkan
biakan segar dari biakan stok sebelumnyae. Media kultur, suhu
penyimpanan, dan interval waktu transfer bervariasi dengan spesies dan harus
dipastikan terlebih dahulu.

• Suhu dan jenis media yang dipilih harusmendukung pertumbuhan yang lambat
daripada tingkat pertumbuhan yang cepat, sehingga interval waktu antar transfer bisa
selama mungkin.

• Banyak mikroba tetap hidup selama beberapa minggu atau bulan pada media seperti
agar nutrisi atau agar kentang dextrose (PDA). Metode ini umumnya digunakan untuk
pemeliharaan cyanobacteria.

• Metode transfer periodik memilikikerugiangagal mencegah perubahan

karakteristik suatu galur akibat perkembangan varian dan mutan.
• Mikroba dapat diawetkan dalam waktu singkat pada suhu 4
C. Kultur yang sering membutuhkan pertumbuhan aktif pada agar miring
atau pelat dapat disimpan dalam lemari es dan tindakan pencegahan
Lemari es
harus dilakukan untuk menghindari kontaminasi.
ion
• Budaya seharusnyadisiapkan menggunakan teknik standar dan
kemudian disegel sebelum disimpan. Menyegel pelat tidak hanya
membantu mencegah jamur menyelinap ke dalam pelat, tetapi juga
memperlambat pengeringan agar-agar.

• Untuk jangka pendek selama satu atau dua minggu, biakan dapat disimpan
sebagai tusukan dalam vial kecil bertutup ulir dengan alas datar.

• Kultur yang disimpan dalam tusukan lebih tahan terhadap

pengeringan dan kontaminasi, tetapi akan kehilangan viabilitasnya
lebih cepat daripada stok beku.Lamanya waktu tusukan dapat
bertahan bergantung pada ketegangan.

• .
Penyimpanan Minyak Mineral atau
Parafin Cair
• Menutupi pertumbuhan segar pada media miring dengan minyak mineral steril atau parafin
cair dapat mengawetkan banyak bakteri dan jamur.

• Minyak yang paling umum digunakan adalah parafin atau Vaseline dengan ketebalan lapisan 1–2 cm.

• Tujuannya adalahuntuk membatasi akses oksigen yang mengurangi metabolisme dan

pertumbuhan mikroorganisme, serta untuk membatasi pengeringan sel selama pengawetan. Itu
viabilitas sel dalam metode ini tinggidibandingkan dengan pemindahan dan penyimpanan yang
sering pada suhu rendah.

• Masa pengawetan bakteri dari generaAzotobakterdan Mycobacterium

adalah dari 7 sampai 10 tahun, untukBasilitu adalah 8-12 tahun.
Pembekuan
• Pembekuan adalah cara yang baik untuk menyimpanbakteri dan sebagian besar jamur.

• Umumnya, semakin dingin suhu penyimpanan, semakin lama biakan akan

bertahan.

• Freezer dapat dibagi menjadi tiga kategori: laboratorium, ultralow, dan cryogenic.

• Namun, pembentukan kristal es adalah masalah utama, bila bakteri disimpan pada suhu
rendah.Es dapat merusak sels oleh dehidrasi yang disebabkan oleh peningkatan lokal
dalam konsentrasi garam. Saat air diubah menjadi es, zat terlarut terakumulasi dalam
sisa air bebas dan konsentrasi zat terlarut yang tinggi ini dapat mendenaturasi
biomolekul.

• Untuk mengurangi efek negatif pembekuan,gliserol sering digunakan sebagai krioprotektan.

Dengan bakteri, menambahkan gliserol ke konsentrasi akhir 15% akan membantu menjaga sel
tetap hidup dalam semua kondisi beku.
Pembekuan menggunakanGliserin

• Bakteri dapat dibekukan menggunakan gliserol 15%. Prosesnya sederhana dan membutuhkan
tabung microfuge tutup ulir dan gliserol steril. Gliserol diencerkan sampai 30 % dan jumlah yang
sama dari gliserol dan kaldu biakan dicampur, disalurkan ke dalam tabung, dan kemudian
dibekukan.
Beku-Pengeringan (Liofilisasi)
• Pengeringan beku (liofilisasi)adalah metode mapan untuk penyimpanan jangka
panjang. Ini adalah metode menghilangkan air, yang tidak hanya berfungsi sebagai
media untuk reaksi enzimatik tetapi juga reaksi negatif spontan seperti pembentukan
radikal bebas.

• Dengan membekukan sel dalam media yang mengandung lyoprotectant (biasanya sukrosa)
dan kemudian mengeluarkan airnya menggunakan vakum (sublimasi), sel dapat diawetkan
secara efektif.

• Metode ini melelahkandan membutuhkan peralatan khusus, tetapi memiliki keunggulan

menghasilkan kultur stok yang tidak terpengaruh oleh pemadaman listrik dan tangki
nitrogen cair kosong.Selain itu, jika biakan dikirim secara rutin ke laboratorium lain, biakan
beku-kering tidak memerlukan penanganan khusus.

• Setiap budaya tidak bereaksi dengan cara yang samasehingga beberapa percobaan
diperlukan untuk mengoptimalkan proses untuk setiap regangan.
Beku-Pengeringan (Liofilisasi)
Ada empat pertimbangan penting untuk mikroorganisme pengeringan beku.

1.Membudidayakan dan menyiapkan sel adalah pertimbangan pertama. Umumnya ini tidak
berbeda dengan metode untuk membiakkan bakteri biasanya.

2.Aspek kedua melibatkan pensuspensian bakteri dalam media pengering-beku yang

sesuai, biasanya digunakan susu skim atau sukrosa.

3.Pertimbangan ketiga adalah proses freeze-drying, yang sangat bergantung pada jenis
freeze-dryer yang digunakan dan jumlah sampel yang akan diawetkan.

4.Aspek terakhir berkaitan dengan penyimpanan pasca-liofilisasi. Proses ini dapat digunakan
untuk mengawetkan bakteri, jamur, ragi, protein, asam nukleat, dan molekul lain yang
mungkin terdegradasi karena adanya air.
 Pemilihan Freeze-Drying
Sedang
• Mengawetkan bakteri dengan liofilisasi mensyaratkan bahwa bakteri
harus disuspensi dalam media yang membantu mempertahankan
viabilitasnya melalui pembekuan, penghilangan air, dan penyimpanan
selanjutnya.

• Bahan umum untuk ini termasuk manitol, susu skim, dan

albumin serum sapi (BSA).
• Komponen kedua media yang baik adalah alyoprotectant
(sukrosa dan trehalosa) yang membantu melestarikan struktur
biomolekul selama proses liofilisasi.
• Umumnya,susu skim (20%) dan sukrosa (5–10%)digunakan sebagai
larutan dasar pengeringan beku.
 Cyropreservation
- Kriopreservasi mengacu pada penyimpanan
organisme hidup di ultralow
suhu (-196 C) sehingga dapat dihidupkan
kembali dan dikembalikan ke keadaan hidup
yang sama seperti sebelum disimpan.

Ini adalah metode yang sangat andal dan

umumnya dianggap lebih unggul dari metode
pengawetan lainnya.

Bakteri yang diawetkan dalam nitrogen cair biasanya

menunjukkan tingkat kelangsungan hidup yang tinggi dan
stabilitas strain yang baik selama penyimpanan jangka
panjang.
 Cyropreservation
• Selama kriopreservasi, hasil dehidrasi sel dan ketidakseimbangan osmotik
dibuat karena perubahan konsentrasi garam dan metabolit lainnya.

• Selama proses pendinginan, pecahnya membran sel juga dapat terjadi

dengan terbentuknya kristal es yang besar.

• Pelestarian yang berhasildapat dicapai dengan penggunaan agen krioprotektif

(misalnya, dimetilsulfoksida dan gliserol), mempertahankan laju pendinginan yang
terkontrol (sekitar 1 C/menit hingga sekitar 30 C), dan protokol penghangatan yang
sesuai (pencairan cepat dalam penangas air 37 C yang membutuhkan waktu sekitar 1
menit untuk ampul gelas dan agak lebih lama untuk botol plastik).

• Saat dihapus dari penyimpanan, nitrogen (di dalam ampul) akan langsung
berubah menjadi fase gas yang menyebabkan ledakan. Untuk alasan
keamanan dianjurkan agar biakan disimpan dalam fase gas nitrogen cair
 Cyropreservation
• Saat menyiapkan sel untuk kriopreservasi, beberapa faktor sepertikondisi
pertumbuhan yang optimal, keadaan fisiologis sel (sebaiknya dari fase
logaritma akhir hingga awal pertumbuhan stasioner), kepadatan sel yang
tinggiharus dipertimbangkan karena ini dapat mempengaruhi viabilitas
sel setelah kriopreservasi.

• Setelah pencampuran, suspensi sel harus disimpan untuk

kesetimbangan dengan agen krioprotektif.

• Untuk panen, kultur cair disentrifugasi.

• Tes viabilitasharus dilakukan pada semua kultur sebelum dan sesudah
kriopreservasi untuk memastikan viabilitas jangka panjang.

• Untuk menjamin kemurnian, identitas biakan yang diawetkan harus

diverifikasi dan setelah pembekuan biakan harus dikarakterisasi ulang untuk
menjamin kestabilannya.
TERIMA KASIH
KREDIT: Templat presentasi ini tadinya
dibuat olehSlide, termasuk ikon oleh
Flaticon, infografis & gambar olehFreepik