BIOTEKNOLOGI KONSERVAS

Oleh : Aisyah Rahma Nst

Hal Yang Akan Dibahas
1. Pengertian Bioteknologi konservasi
2. Konsep Bioteknologi Konservasi
3. Metode yang digunakan dalam penyelesaian Bioteknologi
Konservasi
4. Contoh kasus Konservasi (Pelestarian suatu organisme)
dengan menggunakan kajian Bioteknologi
5. Penjelasan kenapa dalam konservasi dibutuhkan bioteknologi
6. Mekanisme konservasi insitu dan eksitu
7. Kaitan RFLP dan RAPD dengan konservasi fauna
8. Teknik DNA barcode dalam konservasi fauna
9. Contoh kasus ancaman fauna dan solusinya dengan
bioteknologi konservasi
 PETA KONSEP
BIOTEKNOLOGI
1. KONSERVASI
KONSEP BITEKNOLOGI KONSERVASI
2. STRATEGI DAN METODE KONSERVASI
KEANEKARAGAMAN HAYATI ISOENZIM DAN ALOENZIM
3. METODE BIOTEKNOLOGI KONSERVASI RLFP
RAPD
4. CONTOH KASUS BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
AFLP
5. PENELITIAN TERKINI BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
SSRs
DNA Barcode
 PENGERTIAN KONSERVASI
MENURUT ALISON
• Konservasi sebagai proses yang dilakukan dengan berkesinambungan terhadap sumber daya
alam,BACKER 
sehingga dapat bertahan dan dipergunakan oleh generasi sekarang atau generasi masa
depan.
MENURUT THEODORE
● Pemanfaatan sumberdaya Alam secara bijak
ROOSEVELT
Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1990
Konservasi sumber daya alam hayati ialah pengelolaan sumber daya alam hayati yang
pemanfaatannya dilakukan secara bijaksana untuk menjamin kesinambungan persediaannya
dengan tetap memelihara dan meningkatkan kualitas keanekaragaman dan nilainya.

BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
Bioteknologi berkembang sampai pada ranah genetik sehingga bisa melakukan
konservasi pada data genetik sehingga terhindar dari biodiversity loss dengan
bioteknologi konservasi hewan dan tumbuhan langka dapat dipertahankan keragaman
genetiknya sehingga dapat menjamin kelangsungan hidup hewan langka
PENGERTIAN BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
Menurut Convention on Biological Diversity (Konvensi Keanekaragaman
Hayati):
● "Bioteknologi konservasi adalah penerapan ilmu biologi dan teknologi untuk pelestarian
keanekaragaman hayati dengan mempertahankan, mengembangkan, atau menggunakan
secara berkelanjutan sumber daya hayati."
Sumber: Convention on Biological Diversity. (1992). Article 2. Use of Terms.

Menurut Journal of Applied Biotechnology Reports

● "Bioteknologi konservasi adalah penggunaan teknologi biologi molekuler dan mikroba, serta
prinsip-prinsip bioteknologi dalam pelestarian keanekaragaman hayati dan pemulihan spesies
terancam punah.“
Sumber: Amanullah et al. (2015). Conservation biotechnology: a new paradigm for the
conservation of threatened plants.
Pendekatan dalam
1. In Situdalam habitattaman konservasi
Nasional/wilayah khususyang
dilindungi tempat asal spesiesmenjaga diversitas
genetiksesuai dengan interaksi ekologi yang seharusnya dalam
satu ekosistem(hubungan tumbuhan dan hewan, penyebaran
biji,jamur dan simbiosis akar serta hewan yang hidup dlm
ekosistem)
2. Eksitu di luar habitat melindungi takson langkadalam
perlindungan manusia.
• invivo : kebun binatang,kebun raya dan aquarium
• Invitro : konservasi semen,oosit,embrio,atau sel somatik yang
disimpan dalam nitrogen cair.
 KONSEP BIOTEKNOLOGI
KONSERVASI
Konsep bioteknologi konservasi melibatkan penggunaan teknologi biologi
dan prinsip-prinsip bioteknologi untuk tujuan pelestarian keanekaragaman
hayati dan pelestarian spesies. Berikut adalah beberapa konsep utama
yang terkait dengan bioteknologi konservasi:
1. Konservasi Genetik:
Bioteknologi konservasi melibatkan pemahaman dan
pelestarian keragaman genetik dalam populasi spesies
yang terancam punah. Teknik seperti pemetaan genetik,
analisis DNA, dan pemilihan induk berdasarkan genetik
digunakan untuk mengidentifikasi dan mempertahankan
variasi genetik yang penting. Dalam beberapa kasus,
teknik rekayasa genetika juga digunakan untuk
memperbaiki atau memperkenalkan gen spesifik untuk
meningkatkan ketahanan spesies terhadap penyakit atau
perubahan lingkungan.
 KONSEP BIOTEKNOLOGI
KONSERVASI
2. Konservasi Sel dan Jaringan
Bioteknologi konservasi juga melibatkan
penyimpanan dan pengelolaan sel dan jaringan
organisme yang terancam punah. Teknik seperti
kultur jaringan, kriopreservasi, dan bank sel
digunakan untuk mempertahankan materi genetik
dan regenerasi organisme dalam kondisi
laboratorium. Hal ini memungkinkan pemulihan
populasi spesies yang hampir punah dan
pemeliharaan keragaman hayati.
 KONSEP BIOTEKNOLOGI
KONSERVASI
3. Konservasi Reproduksi
Bioteknologi konservasi menggunakan teknik reproduksi assisten untuk mempertahankan dan memperbanyak
populasi organisme yang terancam punah. Teknik seperti fertilisasi in vitro, inseminasi buatan, dan pembiakan
buatan digunakan untuk memproduksi keturunan dan mempertahankan populasi spesies langka. Metode ini
juga membantu dalam memperbaiki kelangsungan hidup reproduksi spesies yang sulit berkembang biak di
lingkungan aslinya.

4. Konservasi Habitat:
Bioteknologi konservasi tidak hanya melibatkan organisme individu, tetapi juga mempertimbangkan pelestarian
habitat yang diperlukan untuk kelangsungan hidup spesies. Melalui pemahaman genetik dan ekologi,
bioteknologi konservasi dapat memberikan informasi yang diperlukan untuk melindungi dan memulihkan
habitat yang rusak atau terancam punah.

5. Konservasi Spesies Langka

Bioteknologi konservasi dapat digunakan untuk mempertahankan dan memulihkan spesies langka atau punah.
Teknik kloning dan rekayasa genetika digunakan untuk menghasilkan individu baru dari materi genetik yang
terbatas. Metode ini dapat memberikan harapan bagi spesies yang populasinya sangat sedikit atau tidak lagi ada
di alam.
STRATEGI DAN METODE
KONSERVASI
KEANEKARAGAMAN
1. Pelestarian Habitat HAYATI
2. Pengelolaan populasi
3. Pendidikan dan kesadaran masyarkat, Menyadarkan masyarakat tentang pentingnya
pelestarian lingkungan
4. Pengaturan Kebijakan, Kebijakan yang tepat sangat penting untuk mendukung upaya
konservasi keanekaragaman hayati. Pemerintah dan lembaga terkait harus membuat
undang-undang dan regulasi yang melindungi habitat alami, mengatur eksploitasi sumber
daya alam, dan mengurangi ancaman terhadap keanekaragaman hayati.
5. Konservasi in situ dan eks situ
6. Kolaborasi dan kerjasama antar lembaga dan pemarintah
 STRATEGI KONSERVASI
1.
BIOTEKNOLOGI
Konservasi Genetik: Konservasi genetik melibatkan pemahaman dan pelestarian
keragaman genetik dalam populasi spesies yang terancam punah. Teknik-teknik
bioteknologi digunakan untuk memahami struktur genetik populasi, mengidentifikasi
kerentanan genetik, dan mempertahankan keragaman genetik yang penting. Contohnya,
analisis DNA, pemetaan genetik, dan penggunaan marker molekuler digunakan untuk
mempelajari dan memantau keragaman genetik dalam populasi.
2. Rekayasa Genetika: Rekayasa genetika dapat digunakan dalam konservasi untuk
memperbaiki atau memperkenalkan gen spesifik ke dalam populasi organisme yang
terancam punah. Teknik seperti transfer gen, modifikasi genetik, dan manipulasi genetik
digunakan untuk meningkatkan ketahanan terhadap penyakit, perubahan lingkungan, atau
faktor lain yang mengancam kelangsungan hidup spesies.
3. Bank Gen: Bank gen adalah lembaga yang menyimpan sampel materi genetik, seperti biji-
bijian, jaringan tumbuhan, atau DNA, untuk tujuan konservasi. Bioteknologi digunakan
untuk menyimpan, memelihara, dan mempertahankan sampel genetik dalam kondisi yang
tepat. Metode seperti kriopreservasi (penyimpanan dalam suhu sangat rendah), pemulihan
embrio, dan kultur jaringan digunakan untuk menjaga integritas genetik dan memperluas
jumlah individu dalam bank gen.
 STRATEGI KONSERVASI
BIOTEKNOLOGI
4. Pemuliaan Selektif: Pemuliaan selektif adalah metode untuk mempertahankan atau
meningkatkan karakteristik genetik yang diinginkan dalam populasi organisme. Bioteknologi
digunakan untuk mempercepat proses pemuliaan dan identifikasi gen yang bertanggung jawab atas
sifat-sifat yang diinginkan. Teknik seperti marka molekuler, pemilihan berbasis DNA, dan pemuliaan
in vitro digunakan untuk meningkatkan keragaman genetik dan ketahanan spesies.

5. Kloning dan Pembiakan Buatan: Teknik kloning dan pembiakan buatan digunakan dalam
konservasi untuk menghasilkan individu baru dari materi genetik yang terbatas. Metode seperti
transfer inti sel, fertilisasi in vitro, dan produksi embrio digunakan untuk memperbanyak dan
mempertahankan populasi organisme yang langka atau terancam punah.

6. Bioinformatika dan Analisis Data: Bioinformatika dan analisis data memainkan peran penting
dalam konservasi bioteknologi. Teknik-teknik komputasi dan analisis data digunakan untuk
memahami sekuens genetik, memprediksi perubahan lingkungan, dan mengidentifikasi
METODE PENYELESAIAN
BIOTEKNOLOGI KONSERVASI
TAHAP ANALISIS
MOLEKULER
● Isolasi DNAprinsip dasarnya lisis DNA dan Nukleuspenghilangan protein dan
RNAPresipitasi DNApencucian DNApanen DNAGenom (organisme hidup dan spesimen
maupun fosil)gen Transferpeningkatan variasi genetikperubahan nukleutidaperubahan
Fenotif
● Isolasi Gen
● Sekuensing
● Analisis data kromatogram
● Topologi filogenik

● Penanda genetik molekuler :

1.Isoenzim dan Aloenzim
Metode bioteknologi konservasi yang melibatkan isoenzim dan aloenzim adalah teknik
analisis genetik yang digunakan untuk mempelajari keragaman genetik dalam populasi
spesies. Isoenzim dan aloenzim adalah variasi enzim yang terjadi karena perbedaan
dalam struktur atau aktivitas enzim yang dihasilkan oleh alel-alel berbeda pada lokus
enzim yang sama.
Alternatif untuk karakteristik organismeisoenzin stabil thdp
lingkunganpolimorfik
Keuntungan menggunakan isoenzim:
1. Produk dari alel yang berbeda akan bergerak pada posisi yang
berbeda pada gel
2. Bebas dari epistasis
3. Bisa mendeteksi jumlah gen yang menkode enzim
● Kelemahan : jumlah sampel yang terbatas, membutuhkan jaringan dan tidak dapat dilakukan
otomatisasi
 ISOENZIM DAN ALOENZIM
1. Isoenzim: Isoenzim adalah variasi enzim yang terjadi karena perbedaan dalam
komposisi asam amino enzim yang dihasilkan oleh alel-alel berbeda pada lokus enzim
yang sama. Metode analisis isoenzim melibatkan elektroforesis gel agarose atau
poliakrilamida untuk memisahkan isoenzim dalam sampel. Setiap isoenzim memiliki
mobilitas yang berbeda dalam gel dan dapat dilihat sebagai pola pita atau band di gel
elektroforesis. Analisis pola pita ini dapat memberikan informasi tentang keragaman
genetik dalam populasi, hubungan kekerabatan antar individu, dan kemungkinan
adanya aliran gen antar populasi.

2. Aloenzim: Aloenzim adalah variasi enzim yang terjadi karena perbedaan dalam alel
enzim yang dihasilkan oleh lokus enzim yang berbeda. Metode analisis aloenzim juga
menggunakan elektroforesis gel untuk memisahkan aloenzim dalam sampel.
Perbedaan struktural atau aktivitas enzim menyebabkan perbedaan mobilitas aloenzim
di gel elektroforesis. Dengan mengamati pola pita atau band aloenzim, kita dapat
memperoleh informasi tentang keragaman genetik dalam populasi, tingkat
heterozigositas, dan keberadaan alel langka atau unik.
Tahapan umum dalam elektroforesis gel
agarose:
● Persiapan Gel Agarose: Campurkan agarose dalam larutan buffer elektroforesis yang sesuai,
seperti larutan TAE (Tris-Acetate-EDTA) atau larutan TBE (Tris-Borate-EDTA). Panaskan campuran
agarose hingga larut sempurna, dan biarkan sedikit mendingin sebelum dituang ke dalam cetakan
gel. Pasang sisipan gel, yang dapat berupa sisipan sumur tetap atau sisipan sumur tetap yang
dipasang secara horizontal. Biarkan gel mengeras sepenuhnya.
● Persiapan Sampel: Campurkan sampel dengan larutan beban, yang biasanya berisi zat pewarna
dan gliserol. Larutan beban membantu dalam melacak migrasi sampel di gel dan memberikan
berat pada sampel agar tidak mengendap di sumur.
● Pemuatan Sampel: Buat sumur-sumur di gel menggunakan sisipan sumur dengan bantuan pipet.
Perhatikan untuk tidak menusuk gel agar tidak merusaknya. Pipetkan sejumlah sampel dan
larutan beban ke dalam sumur-sumur yang telah dibuat. Gunakan pipet yang berbeda untuk
setiap sampel agar tidak terjadi kontaminasi silang antar sampel.
Tahapan umum dalam elektroforesis gel
agarose:
● Elektroforesis: Pasang gel dalam kotak elektroforesis dan tutup dengan larutan buffer
elektroforesis. Pasang elektroda positif (anoda) dan elektroda negatif (katoda) ke buffer di kedua
ujung gel. Pastikan agar elektroda tidak terhubung langsung dengan gel atau sampel. Nyalakan
sumber listrik dan atur tegangan serta waktu elektroforesis sesuai dengan kebutuhan.
● Visualisasi: Setelah elektroforesis selesai, matikan sumber listrik dan lepaskan elektroda.
Keluarkan gel dari kotak elektroforesis dan tempatkan di permukaan datar. Untuk visualisasi
sampel, gel dapat diberi pewarna seperti bromofenol biru atau etidium bromida. Pewarna ini akan
membantu melihat pola pita atau band yang terbentuk.
● Dokumentasi dan Analisis: Dokumentasikan pola pita atau band yang terbentuk di gel
menggunakan scanner gel atau sistem pencitraan lainnya. Selanjutnya, pola pita atau band dapat
dianalisis dan diinterpretasikan untuk mendapatkan informasi tentang ukuran, jumlah, atau
karakteristik sampel yang dipisahkan.

Setelah elektroforesis selesai, gel agarose dapat dibuang dengan aman sesuai dengan peraturan
limbah yang berlaku.
● Bisa akses ke yt dengan link berikut : https://youtu.be/8A0QpiDffus
2. Restriction Fragment Length Polymorphism
● Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) adalah teknik biologi molekuler yang
digunakan untuk mendeteksi perbedaan dalam sekuens DNA antara individu atau spesies.

● RFLP didasarkan pada perbedaan dalam pola pemotongan enzim restriksi pada fragmen DNA
yang dihasilkan.

● Enzim restriksi adalah enzim yang memotong DNA pada urutan tertentu yang disebut situs
pemotongan. Setiap enzim restriksi memiliki urutan pengenalan yang spesifik dalam DNA. Ketika
DNA dipotong dengan enzim restriksi, akan terbentuk fragmen DNA yang berbeda-beda pada
individu atau spesies yang memiliki variasi dalam situs pemotongan tersebut.
Tahap dalam proses RFLP
● Isolasi dan Pemurnian DNA: DNA diisolasi dari sampel yang akan dianalisis, seperti jaringan, darah,
atau sel. Kemudian, DNA tersebut dipurnikan untuk menghilangkan kontaminan dan memastikan
kualitas yang baik.
● Pemotongan DNA dengan Enzim Restriksi: DNA yang telah diisolasi dipotong dengan enzim
restriksi yang spesifik. Enzim restriksi memotong DNA pada situs pemotongan yang terdapat dalam
sekuens DNA tertentu. Setiap individu atau spesies dapat memiliki pola pemotongan yang berbeda-
beda karena variasi dalam sekuens DNA.
● Elektroforesis Gel: Fragmen DNA yang dihasilkan setelah pemotongan dengan enzim restriksi
dipisahkan menggunakan elektroforesis gel. Gel agarose atau poliakrilamida digunakan untuk
memisahkan fragmen berdasarkan ukuran mereka. Fragmen yang lebih kecil akan bergerak lebih
jauh dalam gel dibandingkan dengan fragmen yang lebih besar.
● Pewarnaan dan Visualisasi: Setelah elektroforesis selesai, gel diberi pewarna seperti bromofenol
biru atau etidium bromida untuk memvisualisasikan pola fragmen DNA. Pewarna ini dapat mengikat
DNA dan menghasilkan fluoresensi yang dapat diamati dengan menggunakan alat pemindai gel atau
sistem pencitraan.
● Analisis Pola RFLP: Pola fragmen DNA yang terlihat di gel kemudian dianalisis. Perbedaan dalam
pola pemotongan fragmen DNA antara individu atau spesies dapat menunjukkan keberadaan
polimorfisme panjang fragmen pembatas (RFLP) dalam sekuens DNA mereka.
Gambar tahapan Restriction Fragment Length
Polymorphism
 STRATEGI KONSERVASI
BIOTEKNOLOGI
4. Pemuliaan Selektif: Pemuliaan selektif adalah metode untuk mempertahankan atau
meningkatkan karakteristik genetik yang diinginkan dalam populasi organisme. Bioteknologi
digunakan untuk mempercepat proses pemuliaan dan identifikasi gen yang bertanggung jawab atas
sifat-sifat yang diinginkan. Teknik seperti marka molekuler, pemilihan berbasis DNA, dan pemuliaan
in vitro digunakan untuk meningkatkan keragaman genetik dan ketahanan spesies.

5. Kloning dan Pembiakan Buatan: Teknik kloning dan pembiakan buatan digunakan dalam
konservasi untuk menghasilkan individu baru dari materi genetik yang terbatas. Metode seperti
transfer inti sel, fertilisasi in vitro, dan produksi embrio digunakan untuk memperbanyak dan
mempertahankan populasi organisme yang langka atau terancam punah.

6. Bioinformatika dan Analisis Data: Bioinformatika dan analisis data memainkan peran penting
dalam konservasi bioteknologi. Teknik-teknik komputasi dan analisis data digunakan untuk
memahami sekuens genetik, memprediksi perubahan lingkungan, dan mengidentifikasi
3. Random Amplified Polymorphic (RAPD)
Teknik pemanfaatan DNA primer untuk mengamplifikasi DNA Genom
suatu Organisme
Prosedur kerja menggunakan teknik RAPD : Isolasi DNA totalPCR
dengan basa primermenempel pada urutan basa yang komplemen
dengan DNA templetdiperoleh fragment pendek DNA hasil
amflipikasi

Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adalah sebuah teknik

bioteknologi molekuler yang digunakan untuk mendeteksi polimorfisme
genetik pada level DNA tanpa memerlukan pengetahuan sekuens DNA
yang spesifik. Metode ini didasarkan pada amplifikasi acak fragmen
DNA menggunakan primer pendek yang mengikat secara nonspesifik ke
Berikut adalah beberapa poin penting
tentang RAPD
Prinsip Kerja: RAPD menggunakan reaksi PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk
mengamplifikasi secara acak sejumlah fragmen DNA dari genom dengan
menggunakan primer pendek, biasanya berukuran 10-20 basa. Primer ini secara
nonspesifik berikatan ke beberapa lokasi di genom dan memulai reaksi amplifikasi.
Amplikon DNA yang dihasilkan kemudian dianalisis dengan elektroforesis untuk
mendapatkan pola pita atau band DNA yang unik.
Keuntungan: RAPD memiliki beberapa keuntungan, antara lain tidak memerlukan
pengetahuan sekuens DNA yang spesifik, relatif sederhana dan murah, dapat
digunakan pada spesies yang genomnya belum sepenuhnya dipetakan, dan dapat
memberikan informasi tentang keragaman genetik dalam populasi.
Berikut adalah beberapa poin penting
tentang RAPD
Implementasi: Implementasi RAPD melibatkan beberapa tahapan,
seperti isolasi DNA, desain primer yang sesuai, reaksi PCR,
elektroforesis gel agarose untuk memisahkan fragmen DNA yang
diamplifikasi, dan visualisasi pola pita atau band DNA yang
dihasilkan menggunakan pewarna seperti bromofenol biru atau
etidium bromida.
Aplikasi: RAPD telah digunakan dalam berbagai bidang penelitian
dan aplikasi, termasuk studi kekerabatan dan evolusi, pemetaan
genetik, identifikasi keragaman genetik dalam populasi, penelitian
tanaman, dan analisis keragaman genetik dalam hewan.
 penting untuk diingat bahwa RAPD juga memiliki beberapa
keterbatasan. Hasil RAPD bisa bervariasi karena rentan
terhadap perubahan kondisi reaksi dan kecilnya kontrol
primer. Selain itu, interpretasi hasil RAPD dapat menjadi
rumit karena pola pita atau band DNA yang dihasilkan dapat
dipengaruhi oleh faktor teknis dan tidak selalu memadai untuk
memberikan informasi tentang perbedaan sekuens DNA yang
spesifik.

Seiring dengan perkembangan teknologi DNA lainnya, seperti

analisis polimorfisme fragment restriksi terkait dengan
polimerase chain reaction (PCR-RFLP) dan analisis
polimorfisme panjang fragmen amplifikasi (Amplicon Length
Polymorphism, AFLP), penggunaan RAPD dalam penelitian
genetik telah berkurang.
 4. Amplified Fragment Lenght Polimorphism
(AFLP)
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) adalah teknik bioteknologi
molekuler yang digunakan untuk mendeteksi polimorfisme genetik pada level
DNA. Metode ini menggabungkan prinsip PCR (Polymerase Chain Reaction)
dengan enzim restriksi untuk menghasilkan profil DNA yang sangat informatif.

Teknik berbasis PCR menggunakan enzim retriksi untuk memotong DNA total
diikuti dengan ligasi adaptor pada ujung lengket dari frakmen retriksi, satu set
frakmen retriksi kemudian dipilih untuk diamplifikasi.
Pemilihan ini dipilih dengan menggunakan primer komplementer terhadap sekuen
adaptor.
Kekutrangan : sulit dilakukan scoring dan membutuhkan DNA dalam jumlah banyak
Prinsip Kerja: AFLP melibatkan tiga tahapan utama, yaitu restricksi, ligation, dan
amplifikasi. Pada tahap restricksi, DNA target dipotong dengan enzim restriksi
yang mengenali dan memotong pada situs pemotongan spesifik. Setelah itu,
fragmen DNA yang dihasilkan diligasi dengan adaptor yang kompatibel. Tahap
amplifikasi melibatkan PCR, di mana fragmen DNA yang telah diligasi
diamplifikasi dengan menggunakan primer adaptif yang mengikat pada adaptor.
Reaksi PCR menghasilkan fragmen DNA yang akan dipisahkan dan dianalisis
dengan elektroforesis gel.
Keuntungan: AFLP memiliki beberapa keuntungan, termasuk sensitivitas tinggi dan
kemampuan untuk mengamplifikasi banyak lokus DNA sekaligus. Hal ini
memungkinkan deteksi polimorfisme genetik yang luas dalam satu eksperimen.
AFLP juga tidak memerlukan pengetahuan sekuens DNA yang spesifik dan dapat
digunakan pada spesies tanpa genom yang sepenuhnya dipetakan.
Implementasi: Implementasi AFLP melibatkan beberapa tahapan, termasuk
isolasi dan pemurnian DNA, pembuatan fragmen restriksi dengan enzim
restriksi, ligation dengan adaptor, reaksi PCR menggunakan primer adaptif,
elektroforesis gel agarose atau poliakrilamida untuk memisahkan fragmen
DNA, dan visualisasi pola pita atau band DNA yang dihasilkan.
Aplikasi: AFLP telah digunakan dalam berbagai bidang penelitian dan
aplikasi, termasuk studi kekerabatan dan evolusi, pemetaan genetik,
analisis keragaman genetik dalam populasi, pemilihan klon dalam
pemuliaan tanaman, dan identifikasi sumber daya genetik penting untuk
konservasi. Informasi AFLP dapat digunakan untuk memahami struktur
populasi, pola migrasi, keberagaman genetik, dan asal usul individu atau
spesies.

AFLP memberikan pendekatan yang kuat dan akurat untuk mendapatkan

informasi tentang keragaman genetik dalam konservasi keanekaragaman
hayati. Namun, perlu diingat bahwa implementasi AFLP memerlukan
 Tahapan AFLP
Isolasi dan Pemurnian DNA: Tahap ini melibatkan isolasi DNA dari sampel yang
akan dianalisis, seperti jaringan tumbuhan atau hewan. DNA kemudian
dipurnakan untuk menghilangkan kontaminan dan memastikan kualitas DNA
yang baik.
Restriksi Enzim: Pada tahap ini, DNA yang telah dipurnakan dipotong dengan
menggunakan enzim restriksi yang memiliki situs pemotongan spesifik. Enzim
restriksi yang digunakan seringkali terdiri dari kombinasi enzim pengenalan 6-
basa atau 4-basa. Potongan DNA yang dihasilkan akan memiliki ujung tumpul.
Ligation dengan Adaptor: Setelah pemotongan dengan enzim restriksi, fragmen
DNA yang dihasilkan akan dilarutkan dan diliagasi dengan adaptor. Adaptor
adalah molekul pendek yang memiliki sekuens yang komplementer dengan
ujung tumpul DNA yang dihasilkan setelah pemotongan enzim restriksi. Adaptor
 Tahapan AFLP
Amplifikasi PCR: Setelah ligation dengan adaptor, fragmen DNA yang telah
diadaptasi akan diamplifikasi dengan menggunakan primer PCR yang spesifik.
Primer PCR terdiri dari sekuens yang mengikat pada adaptor dan juga
mengandung sekuens khusus untuk amplifikasi. Reaksi PCR dilakukan dengan
siklus pemanasan dan pendinginan yang diulang-ulang untuk mengamplifikasi
fragmen DNA secara selektif.
Elektroforesis dan Visualisasi: Setelah amplifikasi PCR, fragmen DNA yang
dihasilkan dipisahkan menggunakan elektroforesis gel, biasanya menggunakan gel
poliakrilamida. Fragmen DNA bergerak dalam gel berdasarkan ukuran mereka,
dengan fragmen yang lebih kecil bergerak lebih jauh dari pada yang lebih besar.
Setelah elektroforesis, gel diberi pewarna seperti bromofenol biru atau etidium
bromida untuk visualisasi pola pita atau band DNA yang dihasilkan.
Analisis dan Interpretasi: Pola pita atau band DNA yang terlihat di gel kemudian
dianalisis dan diinterpretasikan. Perbedaan dalam pola pita DNA antara individu
 5. Microsatelit simple squence repeat ( SSRs)

Microsatelit atau Simple Sequence Repeat (SSR) adalah sekuen DNA yang terdiri
dari pengulangan pendek dari satu hingga enam basa secara berulang. SSRs
terdiri dari unit dasar yang diulang, seperti ATATAT atau GATA, dan panjang
sekuen ini dapat bervariasi antara individu-individu dalam populasi.
Pada teknik ini alel mudah dibedakan, memiliki tingkat variabilitas yang tinggi dan
mudah digunakan dalam teknik PCR
Teknik ini adalah yang paling sering dugunakan oleh para peneliti untuk
menggambarkan suatu stuktur genetik populasi
 Microsatelit simple squence repeat ( SSRs)
Struktur SSR: SSRs terdiri dari satu hingga enam basa yang diulang secara
berulang. Contoh unit dasar SSR adalah dinukleotida (dua basa) seperti AT,
trinukleotida (tiga basa) seperti GAT, tetranukleotida (empat basa) seperti
AAGT, dan seterusnya. SSRs biasanya ditemukan di seluruh genom organisme
dan sering kali memiliki pola distribusi yang tidak merata.
Keberagaman dan Polimorfisme: SSRs sangat polimorfik dan memiliki tingkat
variasi tinggi antara individu-individu dalam suatu populasi. Variasi terjadi
dalam jumlah pengulangan unit dasar dan panjang total sekuen SSR.
Polimorfisme SSR dapat digunakan sebagai marker genetik yang sangat
informatif dalam studi kekerabatan, pemetaan genetik, dan analisis keragaman
genetik.
Microsatelit simple squence repeat ( SSRs)
Deteksi SSR: Deteksi SSR melibatkan amplifikasi DNA menggunakan
primer PCR yang spesifik untuk wilayah sekitar SSR. Amplifikasi
dilakukan dengan teknik PCR menggunakan kondisi yang dioptimalkan
untuk memperoleh hasil yang akurat. Fragmen DNA yang dihasilkan
kemudian dipisahkan menggunakan elektroforesis gel agarose atau
poliakrilamida untuk memvisualisasikan pola pita atau band SSR.
Aplikasi SSR: SSRs digunakan dalam berbagai bidang penelitian dan
aplikasi. Mereka digunakan dalam studi kekerabatan dan evolusi untuk
mempelajari hubungan antara individu, populasi, atau spesies. SSRs juga
digunakan dalam pemetaan genetik untuk menentukan posisi kromosom
gen atau marker terkait. Selain itu, SSRs digunakan dalam pemuliaan
tanaman dan hewan untuk seleksi genetik, analisis keragaman genetik,
dan pengelolaan sumber daya genetik.
Keunggulan simple squence repeat ( SSRs)
Keunggulan SSR adalah keberagaman yang tinggi, penyebaran genomik
yang luas, polimorfisme yang kaya, dan penanganan laboratorium yang
relatif sederhana. Namun, ada beberapa tantangan dalam penggunaan
SSR, seperti interpretasi yang rumit karena adanya variasi dalam
interpretasi pola pita SSR dan kebutuhan untuk pengoptimalan primer
PCR yang spesifik untuk setiap SSR yang diteliti.

Dalam rangka konservasi keanekaragaman hayati, penggunaan SSRs

membantu dalam pemahaman tentang struktur genetik populasi,
perencanaan pemuliaan dan rehabilitasi, identifikasi individu, dan
pengelolaan sumber daya genetik secara berkelanjutan.
Microsatelit simple squence repeat ( SSRs)
 DNA BARCODE DALAM KONSERVASI
FAUNA
DNA barcode dalam konservasi fauna merujuk pada penggunaan pendekatan
DNA barcoding untuk mengidentifikasi dan melacak keanekaragaman
spesies fauna. Metode DNA barcoding melibatkan penggunaan sekuens
DNA yang singkat dan spesifik dari genom organisme sebagai "barcode"
unik untuk mengidentifikasi spesies.
Urutan sekuen pendek DNA yang telah terstandarisasi untuk identifikasi
spesies hewan secara tepat dan cepat serta akurat.
Teknik dna barcode dapat digunakan untuk mengidentifikasi semua bentuk
kehidupan mulai dari telur larva pupa sampai dewasa.

TUJUAN :
1. Identifikasi molekuler spesies yang sudah terdeskripsikan
2. Spesies yang belum terdeskripsikan
Kegunaan DNA Barcode

1. Sebagai pendukung bilogi konservasi

2. Deteksi spesies dan identifikasi spesies
3. Dapat menegnali keberadaan organisme paten pada
agrobioteknologi
4. Identifikasi taksonomi
5. Identifikasi molekuler.
Kegunaan DNA Barcode Dalam Konservasi
Identifikasi Spesies: DNA barcode memungkinkan identifikasi spesies secara
cepat dan akurat. Dengan membandingkan sekuens DNA barcode dari
spesimen yang tidak diketahui dengan database referensi, spesies dapat
diidentifikasi dengan tingkat kepastian yang tinggi. Ini penting dalam
konservasi fauna karena dapat membantu dalam identifikasi spesies yang
terancam atau langka, termasuk spesies yang sulit dibedakan berdasarkan
ciri morfologi mereka.
Deteksi Spesies Terancam: DNA barcode digunakan dalam deteksi dan
pemantauan spesies terancam atau langka. Dengan membangun database
barcode untuk spesies-spesies yang terancam, dapat dilakukan identifikasi
cepat dari sampel yang diambil dari habitat alami. Informasi ini membantu
dalam pemantauan populasi, perlindungan spesies, dan pengambilan
keputusan konservasi yang efektif.
Kegunaan DNA Barcode Dalam Konservasi
Pemetaan Distribusi dan Keanekaragaman: DNA barcode memungkinkan pemetaan distribusi spesies dan
analisis keanekaragaman. Dengan mengumpulkan sampel dari berbagai lokasi geografis dan
mengidentifikasi spesies dengan menggunakan barcode, dapat diketahui distribusi spasial spesies dan
pola keanekaragaman spesies di suatu wilayah. Informasi ini penting dalam perencanaan konservasi,
pemetaan habitat, dan pengelolaan kawasan yang melindungi keanekaragaman fauna.
Identifikasi Produk Hewan: DNA barcode juga digunakan untuk mengidentifikasi produk-produk hewan
yang berasal dari sumber daya hewan liar, termasuk perdagangan ilegal satwa liar. Dengan
membandingkan barcode dari sampel produk dengan database barcode spesies, dapat dilakukan
penentuan asal-usul spesies yang digunakan dalam produk tersebut. Ini membantu dalam penegakan
hukum terkait perdagangan ilegal dan perlindungan spesies yang terancam.
Pengungkapan Keanekaragaman Tersembunyi: DNA barcode membantu dalam mengungkapkan
keanekaragaman tersembunyi dalam komunitas fauna. Beberapa spesies serupa secara morfologi
dapat dibedakan dengan menggunakan barcode, yang membantu dalam pemahaman tentang
keanekaragaman genetik dalam spesies yang serupa secara morfologi. Hal ini penting dalam
konservasi karena membantu dalam mengidentifikasi unit-unit evolusioner yang berbeda dan
mempertimbangkan kerentanan khusus dalam upaya konservasi.
CONTOH KASUS BIOTEKNOLOGI
KONSERVASI
Analisis DNA Mitokondria Badak Sumatera Dalam Konservasi Genetik

Analisis DNA mitokondria badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis)

merupakan salah satu pendekatan penting dalam konservasi genetik
spesies ini. DNA mitokondria (mtDNA) digunakan dalam analisis genetik
karena memiliki sifat-sifat khusus yang berguna dalam pemahaman
tentang keragaman genetik, struktur populasi, dan sejarah evolusi
spesies.
 Analisis DNA Mitokondria Badak Sumatera Dalam Konservasi Genetik

Beberapa peran dan kegunaan analisis DNA mitokondria badak Sumatera

dalam konservasi genetik:
● Identifikasi Individu dan Silsilah: Analisis DNA mitokondria digunakan
untuk mengidentifikasi individu badak Sumatera secara unik dan
menentukan silsilah mereka. Setiap individu memiliki sekuens mtDNA
yang unik, dan dengan membandingkan sekuens mtDNA dari individu-
individu, dapat ditentukan hubungan kekerabatan antara mereka.
Informasi ini membantu dalam pemantauan populasi, manajemen individu,
dan pemahaman tentang hubungan kekerabatan dalam konteks
konservasi.
 Analisis DNA Mitokondria Badak Sumatera Dalam Konservasi Genetik
● Studi Struktur Populasi: Analisis mtDNA membantu dalam memahami
struktur populasi badak Sumatera. Dengan membandingkan sekuens
mtDNA dari individu yang berasal dari berbagai populasi atau subpopulasi,
dapat diketahui tingkat aliran genetik antara populasi, tingkat fragmentasi
habitat, dan tingkat keragaman genetik dalam populasi. Informasi ini penting
dalam perencanaan konservasi, pengelolaan habitat, dan identifikasi unit-
unit populasi yang signifikan.
● Pengukuran Keragaman Genetik: Analisis mtDNA memungkinkan
pengukuran keragaman genetik dalam populasi badak Sumatera. Dengan
menganalisis variasi sekuens mtDNA, seperti polimorfisme nukleotida atau
jumlah haplotipe unik, dapat diketahui tingkat keragaman genetik dalam
populasi. Informasi ini membantu dalam mengevaluasi tingkat kerentanan
populasi terhadap penyusutan genetik, mengidentifikasi populasi yang
memiliki keragaman genetik tinggi untuk prioritas konservasi, dan
merencanakan pemulihan populasi yang sehat.
 Analisis DNA Mitokondria Badak Sumatera Dalam Konservasi Genetik

● Identifikasi Satwa Liar dan Produk Terkait: Analisis mtDNA juga digunakan
untuk mengidentifikasi satwa liar dan produk terkait yang berasal dari badak
Sumatera. Dengan membandingkan sekuens mtDNA dari sampel yang
dikumpulkan dari satwa liar atau produk yang diambil dari pasar ilegal, dapat
ditentukan asal-usul spesies tersebut. Informasi ini penting dalam penegakan
hukum terkait perdagangan ilegal, perlindungan spesies, dan pemantauan
aktivitas perdagangan yang merugikan populasi badak Sumatera.
● Pemetaan Sejarah Evolusi: Analisis mtDNA membantu dalam memahami
sejarah evolusi badak Sumatera. Dengan mempelajari sekuens mtDNA dari
berbagai individu badak Sumatera, dapat diidentifikasi hubungan evolusioner
antara populasi dan perubahan genetik yang terjadi sepanjang waktu.
Informasi ini membantu dalam pemahaman tentang asal-usul spesies,
perubahan historis dalam distribusi geografis, dan faktor-faktor yang
memengaruhi evolusi dan konservasi badak Sumatera.
 Analisis DNA Mitokondria Badak Sumatera Dalam Konservasi Genetik

Analisis DNA mitokondria badak Sumatera memberikan wawasan penting

tentang keragaman genetik, struktur populasi, dan sejarah evolusi spesies.
Informasi ini digunakan dalam perencanaan konservasi, manajemen populasi,
perlindungan spesies, dan penegakan hukum untuk memastikan
kelangsungan hidup badak Sumatera yang terancam punah.
Penelitian Terkini Terkait Bioteknologi
Status Taksonomi Ikan Nomel Di Perairan Tarakan Berdasarkan Karakter
Morfologi dan Molekuler
Berdasarkan sekuen gen COI ikan Nomei di perairan Amal dan Juata merupakan
spesies Harpodon nehereus. Hal ini ditunjukkan dari topologi filogenetik yang
memposisikan sampel berada satu cluster dengan genus Harpodon dan berada
satu clade (monofiletik) dengan Harpodon nehereus. Nilai jarak genetik K2P
antara 0 346 0 362% (rata-rata 0 354 0 008) nilai jarak genetik 3 %
mengindikasikan bahwa ikan Nomei (Harpodon sp.) Amal dan Juata intraspesies
dengan Harpodon nehereus. Hal ini diperkuat juga dengan identifikasi secara
online melalui BOLD System menunjukkan bahwa ikan Nomei (Harpodon sp.)
yang ditemukan di perairan Tarakan memiliki kesamaan sekuen gen COI sebesar
99 69 dengan Harpodon nehereus dan 100% termasuk genus Harpodon. Median
Joining network menunjukkan haplotype yang berbeda antara ikan Nomei