Adapun Cara Mengajukan NISN melalui Verval PD Kemenag adalah sebagai berikut:
1. Bukalah website Aplikasi Verval PD Kemenag yang beralamat
http://vervalpdkemenag.data.kemdikbud.go.id/ 2. Login dengan memasukkan username dan juga password sebagai Operator Kemenag kabupaten/kota. Sebab saat ini aplikasi ini hanya bisa diakses memakai akun Operator Kemenag kabupaten/kota 3. Sesuah anda berhasil melakukan Login maka akan muncul laman utama Aplikasi Verval PD Kemenag 4. Jika ingin mengetahui daftar peserta didik di madrasah yang datanya sudah valid dan mempunyai NISN maka silahkan anda klik pada menu Referensi lalu pilih nama kecamatan di mana madrasah anda berada dan klik pilih nama Madrasah anda 5. Jika ingin melakukan Pengajuan dan juga VerVal data NISN maka silahkan anda klik pada menu Residu lalu pilihlah nama kecamatan di mana madrasah anda berada dan klik pilih nama madrasah sehingga nanti akan tampil daftar nama peserta didik hasil dari sinkronisasi Aplikasi EMIS 6. Selanjutnya, mulailah untuk melakukan verval NISN. Caranya Pada tabel yang berada di sebelah kanan, pilihlah nama peserta didik yang akan anda validasi. Ketika meng-klik, maka secara otomatis akan dilakukan proses pencarian dan juga pencocokan oleh sistem dengan melewati maksimal 5 Langkah Pencarian (dengan menggunakan5 Metode). Jika pada salah satu moel Pencarian sudah ditemukan data yang diindikasikan sama dengan peserta didik tersebut, maka akan diperlukan verifikasi oleh pihak Operator Kemenag di tingkat Kabupaten/Kota dengan cara melakukan klik pada nama peserta didik dari hasil pencarian yang tadi telah diindikasikan sama, kemudian klik Tombol Match 7. Apabila anda sudah yakin bahwa tidak ada peserta didik yang datanya cocok atau bahkan tidak terdapat nama yang sama maka anda tinggal klik Tombol Not Match. Dengan begitu anda secara otomatis mengajukan NISN baru. 8. Ulangi semua langkah tersebut sampai daftar peserta didik yang berada pada Menu Residu selesai di VerVal