Nama Mahasiswa : dr.

Cahyo Wisnugroho
Dosen Pengampu : Prof. Dr. Mustofa Usman, MA., Ph.D.

Soal :
Pada penelitian efek pulmonary di tikus pengerat, Lacroix et all, 18 tikus yang tersensitasi
ovalbumin dan 18 tikus yang tidak tersensitasi ovalbumin di udara, benzaldehyde, dan
acetaldehyde. Di akhir pajanan, tikus di anastesi dan reaksi alergi di dalam Bronchoalveolar
lavage (BAL). Tabel di bawah ini menunjukkan hitung sel alveolar (x10 6) menurut kelompok
perlakuan tersensitasi albumin dan tidak tersensitasi albumin pada tikus pengerat.

Tersensintasi Ovalbumin Perlakuan Hitung Alveolar x106

Tidak Acetaldehyde 49,90
Tidak Acetaldehyde 50,60
Tidak Acetaldehyde 50,35
Tidak Acetaldehyde 44,10
Tidak Acetaldehyde 36,30
Tidak Acetaldehyde 39,15
Tidak Udara 24,15
Tidak Udara 24,60
Tidak Udara 22,55
Tidak Udara 25,10
Tidak Udara 22,65
Tidak Udara 26,85
Tidak Benzaldehyde 31,10
Tidak Benzaldehyde 18,30
Tidak Benzaldehyde 19,35
Tidak Benzaldehyde 15,40
Tidak Benzaldehyde 27,10
Tidak Benzaldehyde 21,90
Ya Acetaldehyde 90,30
Ya Acetaldehyde 72,95
Ya Acetaldehyde 138,60
Ya Acetaldehyde 80,05
Ya Acetaldehyde 69,25
Ya Acetaldehyde 31,70
Ya Udara 40,20
Ya Udara 63,20
Ya Udara 59,10
Ya Udara 79,60
Ya Udara 102,45
Ya Udara 64,60
Ya Benzaldehyde 22,15
Ya Benzaldehyde 22,75
Ya Benzaldehyde 22,15
Ya Benzaldehyde 37,85
Ya Benzaldehyde 19,35
Ya Benzaldehyde 66,70
 The SAS System

The GLM Procedure

Class Level Information
Class Levels Values
OVALBUMIN_S 2 Yes no
TRT 3 ACET AIR BENZ

Number of Observations Read 36

Number of Observations Used 36
 The SAS System

The GLM Procedure

Dependent Variable: A_COUNT

Source DF Sum of Squares Mean Square F Value Pr > F
Model 5 17503.33556 3500.66711 10.19 <.0001
Error 30 10303.01333 343.43378
Corrected Total 35 27806.34889

R-Square Coeff Var Root MSE A_COUNT Mean

0.629473 40.86932 18.53197 45.34444

Source DF Type I SS Mean Square F Value Pr > F

OVALBUMIN_S 1 7906.173611 7906.173611 23.02 <.0001
TRT 2 7688.635139 3844.317569 11.19 0.0002
OVALBUMIN_S*TRT 2 1908.526806 954.263403 2.78 0.0781

Source DF Type III SS Mean Square F Value Pr > F

OVALBUMIN_S 1 7906.173611 7906.173611 23.02 <.0001
TRT 2 7688.635139 3844.317569 11.19 0.0002
OVALBUMIN_S*TRT 2 1908.526806 954.263403 2.78 0.0781
 The SAS System

The GLM Procedure

Observation Observed Predicted Residual 95% Confidence Limits for
Mean Predicted
Value
1 49.90000000 45.06666667 4.83333333 29.61556114 60.51777219
2 50.60000000 45.06666667 5.53333333 29.61556114 60.51777219
3 50.35000000 45.06666667 5.28333333 29.61556114 60.51777219
4 44.10000000 45.06666667 -0.96666667 29.61556114 60.51777219
5 36.30000000 45.06666667 -8.76666667 29.61556114 60.51777219
6 39.15000000 45.06666667 -5.91666667 29.61556114 60.51777219
7 24.15000000 24.31666667 -0.16666667 8.86556114 39.76777219
8 24.60000000 24.31666667 0.28333333 8.86556114 39.76777219
9 22.55000000 24.31666667 -1.76666667 8.86556114 39.76777219
10 25.10000000 24.31666667 0.78333333 8.86556114 39.76777219
11 22.65000000 24.31666667 -1.66666667 8.86556114 39.76777219
12 26.85000000 24.31666667 2.53333333 8.86556114 39.76777219
13 31.10000000 22.19166667 8.90833333 6.74056114 37.64277219
14 18.30000000 22.19166667 -3.89166667 6.74056114 37.64277219
15 19.35000000 22.19166667 -2.84166667 6.74056114 37.64277219
16 15.40000000 22.19166667 -6.79166667 6.74056114 37.64277219
17 27.10000000 22.19166667 4.90833333 6.74056114 37.64277219
18 21.90000000 22.19166667 -0.29166667 6.74056114 37.64277219
19 90.30000000 80.47500000 9.82500000 65.02389448 95.92610552
20 72.95000000 80.47500000 -7.52500000 65.02389448 95.92610552
21 138.60000000 80.47500000 58.12500000 65.02389448 95.92610552
22 80.05000000 80.47500000 -0.42500000 65.02389448 95.92610552
23 69.25000000 80.47500000 -11.22500000 65.02389448 95.92610552
24 31.70000000 80.47500000 -48.77500000 65.02389448 95.92610552
25 40.20000000 68.19166667 -27.99166667 52.74056114 83.64277219
26 63.20000000 68.19166667 -4.99166667 52.74056114 83.64277219
27 59.10000000 68.19166667 -9.09166667 52.74056114 83.64277219
28 79.60000000 68.19166667 11.40833333 52.74056114 83.64277219
29 102.45000000 68.19166667 34.25833333 52.74056114 83.64277219
30 64.60000000 68.19166667 -3.59166667 52.74056114 83.64277219
31 22.15000000 31.82500000 -9.67500000 16.37389448 47.27610552
32 22.75000000 31.82500000 -9.07500000 16.37389448 47.27610552
33 22.15000000 31.82500000 -9.67500000 16.37389448 47.27610552
Observation Observed Predicted Residual 95% Confidence Limits for
Mean Predicted
Value
34 37.85000000 31.82500000 6.02500000 16.37389448 47.27610552
35 19.35000000 31.82500000 -12.47500000 16.37389448 47.27610552
36 66.70000000 31.82500000 34.87500000 16.37389448 47.27610552

Sum of Residuals 0.00000

Sum of Squared Residuals 10303.01333
Sum of Squared Residuals - Error SS 0.00000
PRESS Statistic 14836.33920
First Order Autocorrelation 0.14150
Durbin-Watson D 1.59668
 The SAS System

The GLM Procedure

 The SAS System

The GLM Procedure

Tukey's Studentized Range (HSD) Test for A_COUNT

Note: This test controls the Type I experimentwise error rate, but it generally has a higher Type II error rate
than REGWQ.
Alpha 0.05
Error Degrees of Freedom 30
Error Mean Square 343.4338
Critical Value of Studentized Range 2.88818
Minimum Significant Difference 12.616

Means with the same letter

are not significantly different.
Tukey Grouping Mean N OVALBUMIN_S
A 60.164 18 Yes

B 30.525 18 no
 The SAS System

The GLM Procedure

 The SAS System

The GLM Procedure

Tukey's Studentized Range (HSD) Test for A_COUNT

Note: This test controls the Type I experimentwise error rate, but it generally has a higher Type II error rate
than REGWQ.
Alpha 0.05
Error Degrees of Freedom 30
Error Mean Square 343.4338
Critical Value of Studentized Range 3.48640
Minimum Significant Difference 18.651

Means with the same letter

are not significantly different.
Tukey Grouping Mean N TRT
A 62.771 12 ACET
A
A 46.254 12 AIR

B 27.008 12 BENZ
 The SAS System

The GLM Procedure

Level of Level of N A_COUNT

OVALBUMIN_S TRT Mean Std Dev
Yes ACET 6 80.4750000 34.7472409
Yes AIR 6 68.1916667 21.0132914
Yes BENZ 6 31.8250000 18.3180717
no ACET 6 45.0666667 6.2400053
no AIR 6 24.3166667 1.6148271
no BENZ 6 22.1916667 5.8801715
 ANALISIS HASIL

Dari analisis kita peroleh :

Source DF Sum of Squares Mean Square F Value Pr > F

Model 5 17503.33556 3500.66711 10.19 <.0001
Error 30 10303.01333 343.43378
Corrected Total 35 27806.34889

R-Square Coeff Var Root MSE A_COUNT Mean

0.629473 40.86932 18.53197 45.34444

Model linearnya:
Dimana i = 1,2,3,4 j= 1,2,3,4 dan k= 1,2,3,…..5
Uji hipotesis :
Ho : Perlakuan tidak signifikan
Dengan Alternatif
Ha : Perlakuan signifikans

Uji Perlakuan sangat signifikan dengan F: 10,19 (p value <0,0001). Karena p

value <0.05, maka Ho ditolak. Jadi perlakuan signifikan dan dari hasil
menunjukkan bahwa perlakuan ovalbumin dapat digunakan.
R2 = 0, 629473 yang dapat diinterpretasikan bahwa 62,94% keragaman dari
nilai dapat terjelaskan oleh perlakuan ovalbumin
Pendugaan rata-ratanya Pemberian Ovalbumin

Dilihat dari rata-rata nilai yang menggunakan ovalbumin lebih tinggi daripada
yang tidak menggunakan ovalbumin.

Source DF Type I SS Mean Square F Value Pr > F

OVALBUMIN_S 1 7906.173611 7906.173611 23.02 <.0001
TRT 2 7688.635139 3844.317569 11.19 0.0002
OVALBUMIN_S*TRT 2 1908.526806 954.263403 2.78 0.0781

Dari uji statistik untuk Perlakuan Ovalbumin

VS Ho: Movalbumin = Mtidakovalbumin
Ha : Paling sedikit satu berbeda
Dari output kita peroleh
F = 23,02 (p value <0.0001) yang lebih kecil dari 0.05
Kesimpulan : Tolak Ho, Rata-rata tiap perlakuan yang diberikan ovalbumin
berbeda

Dari multiple comparison dengan Tukey metod, kita peroleh

Alpha 0.05
Error Degrees of Freedom 30
Error Mean Square 343.4338
Critical Value of Studentized Range 2.88818
Minimum Significant Difference 12.616

Means with the same letter

are not significantly different.
Tukey Grouping Mean N OVALBUMIN_S
A 60.164 18 Yes

B 30.525 18 No

Dengan melihat Tukey Grouping menunjukkan bahwa grup A yaitu yang

mendapatkan ovalbumin berbeda rata-rata nya dengan grup B yaitu yang tidak
mendapatkan ovalbumin
Box plot sebaran nilai berdasarkan Perlakuan yang diberikan
Dilihat dari rata-rata nilai Nampak perlakuan Air yang paling tinggi (lingkaran
dalam kotak ada nilai rata-rata), berikutnya adalah perlakuan Acetaldehyde,
dan terakhir adalah perlakuan benzaldehyde.

Tabel uji perbedaan rata-rata

Source DF Type III SS Mean Square F Value Pr > F
OVALBUMIN_S 1 7906.173611 7906.173611 23.02 <.0001
TRT 2 7688.635139 3844.317569 11.19 0.0002
OVALBUMIN_S*TRT 2 1908.526806 954.263403 2.78 0.0781

Dari uji statistik untuk PERLAKUAN

HO : Ace = Air = Benz
VS Ha : paling sedikit satu berbeda
Dari output kita peroleh
F = 11.19 (p value = 0.0002) yang lebih kecil dari 0.05
Kesimpulan : Tolak Ho, perlakuan rata-rata berbeda

Dari multiple comparison dengan Tukey metod, kita peroleh

Alpha 0.05
Error Degrees of Freedom 30
Error Mean Square 343.4338
Critical Value of Studentized Range 3.48640
Minimum Significant Difference 18.651

Means with the same letter

are not significantly different.
Tukey Grouping Mean N TRT
A 62.771 12 ACET
A
A 46.254 12 AIR

B 27.008 12 BENZ

Dari Multiple comparison dengan metode Tukey, (huruf yang sama

menunjukkan tidak berbeda nyata), dan berbeda jika selisih rata-ratanya lebih
besar dari 18,651.
Dengan melihat Tukey Grouping (dengan huruf A dan B), dengan A berkaitan
dengan Acetaldehyde. Jadi rata-rata nilai Acetaldehyde berbeda dengan yang
lainnya dan metode Acetaldehyde rata-ratanya tertinggi dibandingkan lainnya.
Huruf B sendiri dan berkaitan dengan metode Benzaldehide, jadi rata-rata nilai
metode Air berbeda dari lainnya dan merupakan rata-rata terendah
Huruf A meliputi 2 metode, yakni Acet dan Air, jadi perlakuan ovalbumin dengan
Acetaldehyde dan ovalbumin dengan udara, sedangkan metode B berbeda
nyata.
Jadi kita dapat menafsirkan sebagai berikut :
Perlakuan Acetaldehyde dan Air tidak berbeda nyata
Perlakukan Benzaldehyde berbeda signifikan

Interaksi Pemberian Ovalbumin dan Perlakuan

Untuk menguji ada tidaknya interaksi
Ho : Tidak ada interaksi antara ovalbumin dan perlakuan.
Vs
Ha : Ada interaksi antara ovalbumin dan perlakukan

Uji statistiknya :
F = MS (T*Oval) dengan DF ( 2, 30)
MSE

Kriteria Uji : Tolak Ho jika p-value < 0.05

Tabel Anova
Source DF Type III SS Mean Square F Value Pr > F
OVALBUMIN_S 1 7906.173611 7906.173611 23.02 <.0001
TRT 2 7688.635139 3844.317569 11.19 0.0002
OVALBUMIN_S*TRT 2 1908.526806 954.263403 2.78 0.0781

Dari uji F = 2, 78 dengan p -value <0.007 (<0.05). Jadi Ho diterima. Dapat kita
simpulkan bahwa tidak ada interaksi antara pemberian ovalbumin dengan
perlakuan pemberian acetaldehyde, air dan benzaldehyde.
Kesimpulan ini sesusai dengan profile plot dari nilai tengah dimana terbentuk
garis akan parallel.
Dari plot interaksi Nampak bahwa perlakuan Acetaldehyde lebih superior
dibandingkan pemberian Udara dan Benzaldehyde baik dengan ovalbumin
maupun tanpa ovalbumin

Box plot interaksi Pemberian ovalbumin dan perlakuan

Berdasarkan gambar box plot, tampak kombinasi Yes-Acetaldehyde
menghasilkan rata-rata yang tinggi dan Yes- Air menghasilkan rata-rata yang
cukup tinggi. Berikutnya kombinasi No Acetaldehyde dan Yes Benzaldehyde
memiliki kombinasi yang cukup baik.
Kombinasi No Air dan No Benzaldehyde memiliki kombinasi ovalbumin dan
perlakuan yang hasilnya rendah.

Level of Level of N A_COUNT

OVALBUMIN_S TRT Mean Std Dev
Yes ACET 6 80.4750000 34.7472409
Yes AIR 6 68.1916667 21.0132914
Yes BENZ 6 31.8250000 18.3180717
no ACET 6 45.0666667 6.2400053
no AIR 6 24.3166667 1.6148271
no BENZ 6 22.1916667 5.8801715
Perhitungan derajat association

Partial omega square untuk fixed-effects model dapat dihitung

dari F, n, a dan b.

Dimana a: banyak perlakuan, b: banyak pemberian ovalbumin, dan n : banyak

ulangan, dari data a=4 ( 3 perlakuan), b=2 (diberikan ovalbumin, tidak diberikan
ovalbumin), dan n=6 (Ulangan).

(𝒂−𝟏) (𝑭𝒐𝒗𝒂𝒍−𝟏) (𝟑−𝟏) (𝟐𝟑,𝟎𝟐−𝟏)

𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑻𝒓𝒆𝒂𝒕 = (𝒂−𝟏)(𝑭𝒐𝒗𝒂𝒍−𝟏)+𝒏𝒂𝒃
= (𝟑−𝟏)(𝟐𝟑,𝟎𝟐−𝟏)+𝟔.𝟑.𝟐
= 𝟎, 𝟓𝟓

(𝒃−𝟏) (𝑭𝒐𝒗𝒂𝒍−𝟏) (𝟐−𝟏) (𝟏𝟏,𝟏𝟗−𝟏)

𝝎𝟐 𝒀[𝑴𝒐𝒗𝒂𝒍. 𝑻, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍 = (𝒃−𝟏)(𝑭𝒐𝒗𝒂𝒍−𝟏)+𝒏𝒂𝒃
= (𝟐−𝟏)(𝟏𝟏,𝟏𝟗−𝟏)+𝟔.𝟑.𝟐
= 𝟎, 𝟐𝟐

(𝒂−𝟏)(𝒃−𝟏) (𝑭𝒐𝒗𝒂𝒍∗𝑻−𝟏) (𝟑−𝟏)(𝟐−𝟏) (𝟐,𝟕𝟖−𝟏)

𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍 = = = 𝟎, 𝟎𝟖
(𝒂−𝟏)(𝒃−𝟏)(𝑭𝒐𝒗𝒂𝒍∗𝑻−𝟏)+𝒏𝒂𝒃 (𝟑−𝟏)(𝟐−𝟏)(𝟐,𝟕𝟖−𝟏)+𝟔.𝟑.𝟐

No
Association Omega Square(ω2)
1. 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑻𝒓𝒆𝒂𝒕 0.55

2. 𝒀[𝑴𝒐𝒗𝒂𝒍. 𝑻, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍 0.22

3. 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍 0.08

Asosiasi antara dependent variable Y (Hitung alveolar) T (treatment) ,

mengabaikan Oval (pemberian ovalbumin) dan M*Moval(Interaction
Ovalbumin dan perlakuan) adalah 0.55, yang berarti perlakuan acetaldehyde,
udara dan benzaldehyde mampu menjelaskan keragaman score sebesar
55,55%. Tidak hanya asosiasi signifikan berdasarkan uji F, juga asosiasi kuat
(>0.138) berdasarkan Cohen kriteria.

Asosiasi antara dependent variable Y (Hitung alveolar) dan independen variable

T (Treatment) , mengabaikan Treatment dan T*Moval(Interaction treatment
dan pemberian ovalbumin) adalah 0.22, yang berarti Bahan pelajaran mampu
menjelaskan keragaman score sebesar 22%. Tidak hanya asosiasi signifikan
berdasarkan uji F, juga asosiasi kuat (>0.138) berdasarkan Cohen kriteria.

Asosiasi antara dependent variable Y (Hitung alveolar) dan T*Moval (Interaksi) ,

mengabaikan M(Ovalbumin) dan T(Treament) adalah 0.08, yang berarti
Interaksi pemberian ovalbumin dan perlakuan mampu menjelaskan keragaman
score sebesar 8%. Tidak hanya asosiasi signifikan berdasarkan uji F, juga asosiasi
kuat (>0.138) berdasarkan Cohen kriteria.

Untuk treatmen M, penduga dari effect size adalah

𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑻𝒓𝒆𝒂𝒕

√
1 − 𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑻𝒓𝒆𝒂𝒕

𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑻𝒓𝒆𝒂𝒕

fT = √
1 − 𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑻𝒓𝒆𝒂𝒕

Untuk treatment Ovalbumin, penduga dari effect size adalah

𝝎𝟐 𝒀[𝑴𝒐𝒗𝒂𝒍. 𝑻, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍
fOval = √
1 − 𝝎𝟐 𝒀[𝑴𝒐𝒗𝒂𝒍. 𝑻, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍

Untuk treatmen AB (interaksi), penduga dari effect size adalah

𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍

fOval ∗ Treat = √
1− 𝝎𝟐 𝒀[𝑴. 𝑶𝒗𝒂𝒍, 𝑴 ∗ 𝑶𝒗𝒂𝒍
d. Effect Size

No Effect Size f
1. Treatmen 1.104
2. Ovalbumin 0.5310
3. Interaction 0,2948

The effect size untuk , treatment dan pemberian ovalbumin adalah besar
(>0.40), namun effect size untuk interaksi kecil (<0.40)