Metabolisme
Peta Konsep
Metabolisme
Siklus Krebs
Transpor
elektron
A. Metabolisme
berlangsungnya suatu
dibebaskan
oleh reaksi
(berubah).
1. Struktur enzim
• Komponen protein/tak aktif (apoenzim)
• Komponen non protein (gugus
prostetik/kofaktor/koenzim)
• apoenzim+koenzim =holoenzim (aktif).
2. Sifat enzim
3. Merupakan protein.
4. Tidak tahan panas.
5. Sebagai biokatalisator
6. Bekerja secara spesifik (khusus)
7. Bekerja secara bolak-balik.
8. Dibutuhkan dalam jumlah sedikit
3. Mekanisme kerja Enzim
1. Reaksi enzimatis
akan berlangsung enzim substrat
Kompleks
produk
enzim-substrat
apabila substrat
tersedia dan bagian substrat
sisi aktif enzim Sisi aktif
dalam keadaan enzim
produk
kosong.
Animasi enzim
2. Bagian sisi aktif enzim
akan mengalami
perubahan bentuk
Kompleks
enzim substrat produk
enzim-substrat
dengan mengelilingi
substrat kemudian substrat
membentuk ikatan
lemah berupa kompleks Sisi aktif
enzim-substrat. enzim
produk
dilepas dari
ikatan enzim dan substrat
enzim itu sendiri
kembali bebas Sisi aktif
dengan substrat
yang lain.
Ada dua hipotesis yang menjelaskan tentang mekanisme kerja enzim.
Animasi enzim
b. Hipotesis kecocokan substrat
substrat produk
yang terinduksi produk
(induced fit)
Sisi aktif
Apabila ada substrat Sisi aktif
mengikuti bentuk
substrat.
4. Faktor-faktor yang memengaruhi aktifitas enzim
Suhu optimalenzim Suhu optimalenzim
b. pH (derajat keasaman)
c. Inhibitor Suhu
pH optimal pH optimal
d. Konsentrasi enzim pepsin tripsin
e. Produk akhir.
substrat
Inhibitor
Sisi aktif kompetitif Inhibitor non
kompetitif
enzim
Animasi enzim
5. Nomenklatur dan Klasifikasi Enzim
Nomenklatur
Enzim diberi nama dengan menambah akhiran –ase
pada nama substrat yang diubah oleh enzim
tersebut.
Enzim maltase
Maltosa Glukosa
Klasifikasi enzim
Berdasarkan tempat kerjanya, enzim dapat
dibedakan menjadi dua yaitu:
1. Endoenzim (enzim yang bekerja di dalam
sel/enzim intraseluler)
2. Eksoenzim (enzim yang bekerja di luar
sel/enzim ekstraseluler).
Berdasarkan cara kerjanya enzim dikelompokkan
menjadi enam, yaitu:
1. Oksidoreduktase, enzim yang mengkatalis reaksi
oksidasi dan reduksi.
2. Transferase, enzim yang bereaksi memindahkan
gugus senyawa tertentu.
3. Hidrolase, enzim yang berperan dalam reaksi-
reaksi hidrolisis.
4. Liase, enzim yang melakukan adisi atau
penambahan dari gugus pada suatu ikatan rangkap
atau sebaliknya.
5. Ligase, enzim yang melakukan pembentukan ikatan
kimia dengan pemecahan ATP.
6. Isomerase.
C. Katabolisme Glukosa
Katabolisme merupakan
proses pemecahan Sitoplasma
piruvat
senyawa kompleks menjadi
senyawa yang lebih tanpa
Mitokondria
sederhana dengan tujuan Etanol/ Asetil-KoA
untuk mendapatkan l aktat Siklus
Krebs
sejumlah energi.
Contoh respirasi sel,
merupakan suatu proses
Katabolisme piruvat. (a) jalus respirasi
pembebasan energi melalui anaerob dan (b) jalur respirasi aerob
reaksi kimia dengan atau
tidak menggunakan
oksigen.
Berdasarkan kebutuhan terhadap oksigen bebas,
respirasi dibedakan atas:
1. Respirasi aerob
2. Respirasi anaerob
1. Respirasi Aerob
Respirasi aerob merupakan
proses respirasi yang
membutuhkan oksigen bebas
dari udara.
Repirasi aerob berlangsung
melalui tiga tahap:
a. Glikolisis berlangsung di
sitoplasma
mitokondria
b. Dekarboksilasi oksidatif
berlangsung di matriks Sitoplasma
mitokandria
c. Siklus Krebs berlangsung di
matriks mitokandria
Fosforilasi tingkat
d. Transport Elektron di Fosforilasi tingkat
substrat
Fosforilasi tingkat
substrat
substrat
ATP
2-fosfogliserat
bantuan enzim
enolase
fosfosgliserokinase. Pada Fosfoenolpiruvat
tahap ini juga terjadi ADP piruvat
pembentukan 2 molekul ATP ATP kinase
enzim fosfogliseromutase
dehidrogenase
NADH+H
1,3-bifosfogliserat
memindahkan gugus fosfatnya.
ADP fosfogliserat kinase
Inputs Outputs
2 NAD+ 2 NADH
2 ADP + 2 P
b. Siklus Krebs atau Siklus Asam Sitrat
Inputs Outputs
2 ADP + 2 P 2 ATP
6NAD+ 6 NADH
2 FAD 2 FADH2
C.Rantai transpor elektron
• Sebelum masuk rantai tanspor elektron yang berada dalam mitokondria, 8 pasang
atom H yang dibebaskan selama berlangsungnya siklus Krebs akan ditangkap oleh
NAD dan FAD menjadi NADH dan FADH.
• Pada saat masuk ke rantai transpor elektron, molekul tersebut
mengalami rangkaian reaksi oksidasi-reduksi (Redoks) yang
terjadi secara berantai dengan melibatkan beberapa zat
perantara untuk menghasilkan ATP dan H2O.
• Beberapa zat perantara dalam reaksi redoks, antara lain
flavoprotein, koenzim A dan Qserta sitokrom yaitu sitokrom
a, a3, b, c, dan c1.
• Semua zat perantara itu berfungsi sebagai pembawa
hidrogen/pembawa elektron (electron carriers).
Jumlah ATP yang dihasilkan pada respirasi sel
Glikolisis glukosa → glyceraldehide 3 phosphat -2
2 glyceraldehide 3 phosphat → 2 piruvat +4
Siklus +2
Kreb
Sistem 2 NADH (dari glikolisis) +6
Transpor 2 x 1 NADH (pada pembentukan Acetyl co-A +6
Elektron
2 x 3 NADH (dari siklus Kreb) + 18
2 x 1 FADH2 (dari siklus Kreb) +4
Transportasi 2 NADH ke mitokondria -2
Total ATP yang dihasilkan 36
2. Respirasi anaerob
Inputs Outputs
glucose 2 lactate
cahaya
6H2O + 6CO2 C6H12O6 + 6O2
klorofil
Komponen fotosintesis:
1. Cahaya matahari
3. Fotosistem
Cahaya matahari (energi elektromagnetik)
Cahaya tampak
Begitu cahaya bertemu atau mengenai materi, cahaya itu dapat di pantulkan, di
teruskan (transmisi), atau di serap (diabsorbsi).
Kloroplas
Daun
Struktur kloroplas
• Tilakoid adalah sistem Mesophyll
Calvin
stroma grana
Membran luar
Membran dalam
tilakoid
Kloroplas
Fotosistem
Fotosistem adalah suatu unit yang mampu menangkap energi cahaya
matahari yang terdiri dari klorofil a, kompleks antena, dan akseptor
(penerima) elektron.
Transfer elektron
Klorofil pusat
foton
reaksi Akseptor elektron
primer
Pusat
reaksi
Transfer Kompleks
energi antena
Struktur
fotosistem pada
membran tilakoid
Komponen penyusun membran Tilakoid adalah
1. Klorofil
2. Protein dan
3. Molekul organik.
1) Fotofosforilasi nonsiklik
2) Fotofosforilasi siklik
Fotofosforilasi non siklis.
1. Langkah awal dari reaksi terang adalah transfer elektron
tereksitasi dari klorofil pusat reaksi menuju molekul khusus
yang disebut akseptor elektron primer.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
2. Air (H2O) diuraikan menjadi 2 ion hidrogen dan 1 atom
oksigen kemudian melepaskan O2.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
3. Elektron yang berasal dari air (H2O) menggantikan
elektron yang hilang pada P680.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
4. Sebagaimana sistem transportasi elektron pada respirasi
aerobik, transport elektron pada reaksi terang ini melalui
rantai transport elektron menuju fotosistem I (P700).
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
5. Secara berturut-turut, rantai elektron tersebut yaitu:
plastokuinon (Pq), merupakan pembawa elektron;
kompleks sitokrom; dan plastosianin (Pc), merupakan
protein yang mengandung tembaga.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
6. Adanya aliran elektron ini akan menghasilkan energi- energi
yang kemudian tersimpan sebagai ATP.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
7. Pembentukan ATP yang menggunakan energi cahaya
melalui aliran elektron non siklis pada reaksi terang ini
disebut fotofosforilasi non siklis.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
8. Setelah elektron mencapai fotosistem I (P700), elektron
ditangkap oleh akseptor primer fotosistem I.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
9. Elektron melalui rantai transport elektron ke-dua, yaitu
melalui protein yang mengandung besi atau feredoksin
(Fd).
Akseptor
Akseptor primer primer
P700
P680
9. Selanjutnya, enzim NADP+ reduktase mentransfer elektron ke
NADP+ sehingga membentuk NADPH yang menyimpan elektron
berenergi tinggi dan berfungsi dalam sintesis gula dalam siklus
berikutnya yaitu siklus Calvin. Dengan demikian, reaksi terang
menghasilkan ATP dan NADPH.
Akseptor
Akseptor primer primer
P700)
P680)
Fotofosforilasi siklis.
1. Pada aliran elektron siklis ini, elektron dari akseptor
primer fotosistem I dikembalikan ke fotosistem I (P700)
melalui feredoksin,kompleks sitokrom, dan plastosianin.
2. Oleh karena itu, pada aliran siklis ini menyebabkan
produksi ATP bertambah tetapi tidak terbentuk NADPH
serta tidak terjadi pelepasan molekul O2. Proses
pembentukan ATP melalui aliran siklis ini disebut
fotofosforilasi siklis.
b. Reaksi gelap (siklus Calvin-Benson)
3 CO2 fase 1 : fiksasi
karbon
6 ---P
6 ATP
3 P-------P 3-fosfogliserat
ribulose bi-fosfat
(RuBP)
6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi akseptor (G3P)
fase 2 : reduksi
CO2 (RuBP)
1 ---P
senyawa organik G3P
Bahan-bahan yang dihasilkan dari reaksi terang
akan digunakan dalam siklus Calvin, antara lain:
1. ATP digunakan sebagai sumber energi dan
2. NADPH sebagai tenaga pereduksi untuk
penambahan elektron berenergi tinggi.
Siklus Calvin terjadi pada bagian kloroplas yaitu
stroma.
Pada reaksi gelap ini, bahan untuk fotosintesis
(CO2) nantinya akan dibentuk menjadi molekul
gula setelah melalui 3 tahapan, antara lain:
1. Fiksasi Karbon
2. Reduksi
3. Regenerasi akseptor CO2 (RuBP)
Fiksasi Karbon
Pada tahap ini, gula berkarbon 5 yang disebut ribulosa 1,5 bisfosfat (RuBP) mengikat CO2
membentuk senyawa intermediate yang tidak stabil, sehingga terbentuk 3-fosfogliserat.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
Pembentukan tersebut dikatalisis oleh enzim RuBP
karboksilase atau rubisko.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
Reduksi
1. Setiap molekul 3-PGA menerima gugus fosfat dari ATP sehingga
terbentuk 1,3 bisfosfogliserat.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
2. Elektron dari NADPH mereduksi 1,3 bisfosfogliserat dan terbentuk 6
molekul gliseraldehid 3-fosfat (G3P), yang dikatalisis oleh G3P
dehidrogenase.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
3. Satu molekul G3P akan keluar sebagai molekul gula atau glukosa dan
senyawa organik lain yang diperlukan tumbuhan, sedangkan 5
molekul G3P yang lain akan masuk ke tahapan regenerasi.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
Regenerasi akseptor CO2 (RuBP)
Pada tahapan terakhir siklus Calvin, RuBP sebagai pengikat CO2 dibentuk
kembali oleh 5 molekul G3P.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
RuBP siap untuk mengikat CO2 kembali dan siklus Calvin dapat berlanjut
kembali.
3 CO2 fase 1 : fiksasi karbon
6 ---P
3 P-------P 3-fosfogliserat 6 ATP
ribulose bi-fosfat
(RuBP) 6 ADP
3 ADP
siklus 6 P----P
3 ATP Calvin 1,3-bifosfogliserat 6 NADPH
(DPGA)
6 NADP+
6 Pi
5 ---P 6 ---P
G3P
gliseraldehid 3-fosfat
fase 3 : regenerasi (G3P)
akseptor CO2 (RuBP) fase 2 : reduksi
1 ---P
senyawa organik G3P
Tumbuhan C3
Nitrobacter
2HNO2 + O2 2HNO3 + energi (43 kkal)
Perbandingan antara Fotosintesis dan Kemosintesis
Faktor Pembanding Fotosintesis Kemosintesis
Ferrobacillus
Beggiatoa
Nitrobacter
Hubungan antara metabolisme Karbohidrat, Lemak,
dan Protein
Makanan
ATP
Metabolisme protein
Asetil-KoA Kofaktor Mg 2+
Malonil KoA Asam lemak
3. Pembentukan protein
Protein dalam tubuh diperlukan sebagai pembangun
sel (memperbaiki sel-sel yang rusak).