RESUME

MIKROBIOLOGI TERAPAN
HABITAT, SUBSTRAT, DAN MIKROORGANISME

Disusun oleh
Nama : Maratush Sholihah Romadhoni
NIM : 0402515025
Prodi : Pend. IPA (Konsentrasi Biologi) S2

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

PASCA SARJANA UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG

TAHUN 2015HABITAT, SUBSTRAT, DAN

MIKROORGANISME
A. Pendahuluan
Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari berbagai hal tentang
mikroorganisme. Mikroorganisme adalah makhluk hidup yang mempunyai ukuran
mikroskopis, sehingga untuk dapat melihat jelas bentuknya diperlukan alat bantu
berupa mikroskop. Mikrobiologi telah berkembang dan bercabang menjadi
beberapa ilmu lainnya yaitu virologi, bakteriologi, mikologi, mikrobiologi
pangan, mikrobiologi tanah, mikrobiologi industri dan sebagainya yang
mempelajari mikroorganisme secara lebih spesifik dan lebih rinci berdasarkan
jenis dan kemanfaatannya.

B. Habitat Mikroorganisme
Mikroorganisme tersebar luas di alam dan terlihat saling bergerombol
dalam bentuk koloni yang menempel di suatu permukaan benda sebagai
habitatnya. Habitatnya dapat berupa sisa bahan organik seperti misalnya kayu,
sampah, limbah zat cair, atau di atas sisa makanan yakni buah-buahan, sayuran,
sereal, makanan hasil fermentasi, dan lain sebagainya. Mikroorganisme dapat
ditemukan hampir di setiap tempat di permukaan bumi ini, misalnya air, tanah,
udara, bahkan dapat pula hidup di tubuh makhluk hidup.
Mikroorganisme yang hidup di dalam tanah contohnya Mycobacterium,
Nitrosomas, Nitrococcus, Nitrobacter, dan lainnya. Mikroorganisme yang hidup di
dalam air misalnya Hydrogenobacter, Halobacterium, Navicula, dan lainnya. Ada
juga mikroorganisme yang mampu hidup di lingkungan ekstrim yang panas dan
1

asam seperti bakteri Sulfolobus, dan Thermoplasma. Mikroorganisme bahkan

dapat pula hidup di dalam tubuh makhluk hidup seperti bakteri Escherichia coli
yang mampu hidup di dalam sistem pencernaan hewan dan manusia.

C. Substrat
Mikroorganisme seringkali hidup berdampingan dengan mikroorganisme
jenis lain karena beberapa dari mereka memiliki kesamaan dalam kebutuhan
nutrisinya, sehingga untuk dapat mempelajari setiap jenisnya harus diokulasi
terlebih dahulu di suatu media khusus di laboratorium. Sumber nutrisi
mikroorganisme diperoleh dari substrat yang ditempati oleh mikroorganisme
tersebut. Substrat yang ditempati mikroorganisme terbagi menjadi dua kelompok
besar yaitu substrat alami dan buatan. Substrat alami merupakan jenis substrat
yang mudah diperoleh dari alam. Substrat buatan merupakan substrat yang dibuat
oleh manusia di laboratorium dalam suatu media khusus dengan menggunakan
bahan-bahan kimia.
Bahan mentah dari pertanian dan kehutanan

Produk Samping

Karbohidrat

Pati

Jerami, ampas
tebu, tongkol
Gula
Selulosa
Lignin jagung, ampas teh, dedak, bungkil, sekam padi,

sereal,tebu,
umbi-umbian
tongkol
bit, jagung,
molasses
sekam,
air buah
by product kertas, ampas tebu

Gambar 1. Substrat yang berasal dari bahan mentah pertanian dan kehutanan (Widianti, 2012)
2

Bagan pada gambar 1 merupakan salah satu contoh jenis substrat alami
yang berasal dari bahan mentah produksi pertanian dan kehutanan. Jenis subtrat
yang tampak pada bagan tersebut adalah jenis karbohidrat. Bentuk substrat ada
yang padatan seperti sekam, kulit berbagai buah, kulit kedelai, dll. Adapula bentuk
substrat yang cair yaitu molase dan limbah cair dari pembuatan tempe, tahu,
tapioka, dll.
Mikroorganisme selain hidup pada substrat yang mengandung karbohidrat,
dapat pula hidup pada jenis substrat yang mengandung protein dan lemak. Jenis
sereal (biji-bijian) juga merupakan contoh dari substrat yang mengandung protein
nabati. Telur dan susu merupakan contoh dari substrat yang mengandung protein
hewani. Daging, susu, serta santan adalah contoh substrat yang mengandung
lemak (nabati dan hewani).
Mikroorganisme memiliki sifat fisiologi yang berbeda-beda satu dengan
yang lainnya, sehingga setiap jenisnya memerlukan nutrisi tertentu pula yang
berbeda-beda. Setiap unsur nutrisi mempunyai peran tersendiri dalam fisiologi sel
pada mikroorganisme. Unsur tersebut diberikan ke dalam medium sebagai kation
garam anorganik yang jumlahnya berbeda-beda tergantung pada keperluannya.
Beberapa golongan mikroorganisme misalnya diatom dan alga, memerlukan silika
(Si) dalam bentuk silikat untuk menyusun dinding sel.
Mikroorganisme dapat menggunakan makanannya dalam bentuk padat
maupun cair (larutan). Mikroorganisme yang dapat menggunakan makanan dalam
bentuk padat tergolong tipe holozoik, sedangkan yang menggunakan makanan
dalam bentuk cair tergolong tipe holofitik. Mikroorganisme holofitik dapat pula

menggunakan makanan dalam bentuk padat, tetapi makanan tersebut harus

dicernakan lebih dulu di luar sel dengan pertolongan enzim ekstraseluler.
Bahan makanan yang digunakan oleh mikroorganisme dapat berfungsi
sebagai sumber energi, bahan pembangun sel, dan sebagai aseptor atau donor
elektron. Bahan makanan mikroorganisme dibagi menjadi tujuh golongan yaitu
air, sumber energi, sumber karbon, sumber aseptor elektron, sumber mineral,
faktor tumbuh, dan sumber nitrogen.
1. Air
Air merupakan komponen utama yang dibutuhkan mikroorganisme. Fungsi
air adalah sebagai sumber oksigen untuk bahan organik sel pada respirasi.
Fungsi lainnya sebagai pelarut dan alat pengangkut dalam metabolisme.
2. Sumber Energi
Ada beberapa sumber energi untuk mikroorganisme yaitu senyawa organik
ataupun anorganik dan cahaya.
3. Sumber Karbon
Sumber karbon untuk mikroorganisme dapat berbentuk senyawa organik
maupun anorganik. Senyawa organik meliputi karbohidrat, lemak, protein,
asam amino, asam organik, garam asam organik, polialkohol, dsb. Senyawa
anorganik misalnya karbonat dan gas CO2.
4. Sumber Aseptor Elektron
Proses oksidasi biologi merupakan proses pengambilan dan pemindahan
elektron dari substrat. Karena elektron dalam sel tidak berada dalam bentuk
bebas, maka harus ada suatu zat yang dapat menangkap elektron tersebut.
Penangkap elektron ini disebut aseptor elektron. Aseptor elektron ialah

agensia pengoksidasi. Pada mikrobia yang dapat berfungsi sebagai aseptor

elektron ialah O2, senyawa organik, NO3- , NO2- , N2O, SO42-, CO2, dan Fe3+.
5. Sumber Mineral
Mineral merupakan bagian dari sel. Unsur penyusun utama sel ialah C, O, N,
H, dan P. Unsur mineral lainnya yang diperlukan sel ialah K, Ca, Mg, Na, S,
Cl. Unsur mineral yang digunakan dalam jumlah sangat sedikit ialah Fe, Mn,
Co, Cu, Bo, Zn, Mo, Al, Ni, Va, Sc, Si, Tu, dsb. Unsur yang digunakan dalam
jumlah besar disebut unsur makro, dalam jumlah sedang unsur oligo, dan
dalam jumlah sangat sedikit unsur mikro. Mineral berfungsi sebagai
penyusun sel, mengatur tekanan osmosis, kadar ion H + (keasaman, pH), dan
potensial oksidasi reduksi.
6. Faktor Tumbuh
Faktor tumbuh ialah senyawa organik yang sangat diperlukan untuk
pertumbuhan (sebagai prekursor, atau penyusun bahan sel). Senyawa ini tidak
dapat disintesis dari sumber karbon yang sederhana. Faktor tumbuh sering
juga disebut zat tumbuh dan hanya diperlukan dalam jumlah sangat sedikit.
Berdasarkan struktur dan fungsinya dalam metabolisme, faktor tumbuh
digolongkan menjadi asam amino, sebagai penyusun protein; base purin dan
pirimidin, sebagai penyusun asam nukleat; dan vitamin sebagai gugus
prostetis atau bagian aktif dari enzim.
7. Sumber Nitrogen
Sumber nitrogen yang digunakan oleh mikroorganisme berasal dari amonium,
nitrat, asam amino, protein, dsb. Jenis senyawa nitrogen yang digunakan
tergantung pada jenis mikroorganismenya. Beberapa mikroorganisme dapat

menggunakan nitrogen dalam bentuk gas N2. Mikroorganisme ini disebut

mikrobia penambat nitrogen.

Mikroorganisme jenis tertentu dimanfaatkan manusia untuk membuat

berbagai produk, sehingga mikroorganisme tersebut perlu diokulasi dan ditanam
dalam substrat buatan yang dibuat oleh manusia menggunakan bahan kimia
tertentu. Substrat buatan ini sering kali disebut dengan istilah medium. Medium
adalah suatu bahan yang terdiri dari campuran nutrien (zat makanan) yang dipakai
untuk menumbuhkan mikrobia (Bintari, 2011).
Komposisi

dan

kadar

nutrisi

suatu

medium

untuk

pertumbuhan

mikroorganisme harus dibuat dengan seimbang agar mikroorganisme dapat

tumbuh optimal. Banyak alga yang sangat peka terhadap fosfat anorganik. Pada
medium

yang

terlalu

pekat,

aktivitas

metabolisme

dan

pertumbuhan

mikroorganisme dapat berubah mikroorganisme (Sumarsih, 2003). Perubahan

faktor lingkungan menyebabkan aktivitas fisiologi mikroorganisme dapat
terganggu, bahkan mikroorganisme dapat mati.
Medium memerlukan kemasaman (pH) tertentu tergantung pada jenis
mikroorganisme yang ditumbuhkan. Aktivitas metabolisme mikroorganisme dapat
mengubah pH, sehingga untuk mempertahankan pH medium ditambahkan bahan
buffer. Beberapa komponen penyusun medium dapat juga berfungsi sebagai
buffer. Ada 4 macam medium untuk pertumbuhan:
1. Medium dasar/ basal mineral
Medium dasar adalah medium yang mengandung campuran senyawa
anorganik. Medium dasar ini selanjutnya ditambah zat lain apabila

diperlukan, misalnya sumber karbon, sumber energi, sumber nitrogen, faktor

tumbuh, dan faktor lingkungan yang penting seperti pH dan oksigen serta
tekanan osmosis.
2. Medium sintetik
Medium sintetik adalah medium yang seluruh susunan kimia dan kadarnya
telah diketahui dengan pasti. Sebagai contoh adalah medium dasar yang
ditambah NH4Cl (medium 1) dengan sumber karbon berupa gas CO 2, apabila
diinkubasikan dalam keadaan gelap dapat digunakan untuk menumbuhkan
bakteri nitrifikasi khemoautotrof, misalnya bakteri Nitrosomonas. Bakteri ini
memperoleh energi dari oksidasi amonium, selain itu amonium juga berfungsi
sebagai sumber nitrogen.
3. Medium kompleks
Medium kompleks adalah medium yang susunan kimianya belum diketahui
dengan pasti. Sebagai contoh medium ini adalah medium dasar yang
ditambah glukosa dan ekstrak khamir (medium 4). Susunan kimia ekstrak
khamir tidak diketahui secara pasti, tetapi mengandung berbagai faktor
tumbuh yang sering diperlukan oleh mikroorganisme. Medium ini dapat
untuk menumbuhkan mikroorganisme khemoheterotrof aerob maupun
anaerob baik yang memerlukan maupun yang tidak memerlukan faktor
tumbuh. Medium yang juga termasuk medium kompleks adalah yang
mengandung ekstrak tanah.
4. Medium diperkaya
Medium diperkaya adalah medium yang ditambah zat tertentu yang
merupakan nutrisi spesifik untuk jenis mikroorganisme tertentu. Medium ini

digunakan untuk membuat kultur diperkaya (enrichment culture) dan untuk

mengisolasi mikroorganisme spesifik, dengan cara mengatur faktor
lingkungan (suhu, pH, cahaya), kebutuhan nutrisi spesifik dan sifat
fisiologinya. Dengan demikian dapat disusun medium diperkaya untuk
bakteri yang bersifat khemoheterotrof, khemoautotrof, fotosintetik, dan untuk
mikroorganisme lain yang bersifat spesifik.
D. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
1. Berdasarkan sumber karbon
Mikroorganisme dibedakan menjadi dua berdasarkan kebutuhan karbonnya:
a. Autotrof, ialah mikroorganisme yang memerlukan sumber karbon dalam
bentuk anorganik, misalnya CO2 dan senyawa karbonat.
b. Heterotrof, ialah mikroorganisme yang memerlukan sumber karbon
dalam bentuk senyawa organik. Mikroorganisme heterotrof dibedakan
lagi menjadi dua:
i. Saprofit ialah mikroorganisme yang dapat menggunakan bahan
organik yang berasal dari sisa makhluk hidup atau makhluk hidup
yang telah mati.
ii. Parasit ialah mikroorganisme yang hidup di dalam makhluk hidup
lain dan menggunakan bahan organik dari sel inangnya untuk
melakukan metabolisme.
2. Berdasarkan sumber energi
Berdasarkan atas sumber energi mikroorganisme dibedakan menjadi dua.
a. Fototrof, jika menggunakan energi cahaya.
b. Khemotrof, jika menggunakan energi dari reaksi kimia.
Jika didasarkan atas sumber energi dan karbonnya, maka terbentuk 4 jenis
mikroorganisme.

Mikroorganisme

Sumber Karbon

Sumber Energi

Fotoautotrof

Zat anorganik

Cahaya matahari

Fotoheterotrof

Zat organik

Cahaya matahari

Khemoautotrof

Zat anorganik

Oksidasi zat anorganik

Khemoheterotrof

Zat organik

Oksidasi zat organik

3. Berdasarkan sumber donor elektron

Berdasarkan atas sumber donor elektron mikroorganisme digolongkan
manjadi mikroorganisme litotrof dan organotrof. Mikroorganisme litotrof
ialah mikroorganisme yang dapat menggunakan donor electron dalam
bentuk senyawa anorganik seperti H2, NH3, H2S, dan S. mikroorganisme
organotrof ialah mikroorganisme yang menggunakan donor elektron dalam
bentuk senyawa organik.
4. Berdasarkan sumber energi dan donor elektron
Berdasarkan atas sumber energi dan sumber donor elektron mikroorganisme
dapat digolongkan menjadi mikroorganisme fotolitotrof, fotoorganotrof,
khemolitotrof, dan khemoorganotrof.
Mikroorganisme
Fotolitotrof

Sumber
energi
Cahaya

Sumber donor
elektron
Zat anorganik

Fotoorganotrof

Cahaya

Zat organik

Khemolitotrof

Oksidasi zat
anorganik

Zat anorganik

Khemoorganotrof

Oksidasi zat
organik
5. Berdasarkan kebutuhan oksigen

Zat organik

Contoh
Tumbuhan tingkat tinggi,
Alga
Bakteri belerang
fotosintetik
Bakteri besi, bakteri
hydrogen, bakteri
nitrifikasi
Mikroorganisme
heterotrof

Berdasarkan akan kebutuhan oksigen, mikroorganisme dapat digolongkan

menjadi lima jenis.
a. Mikroorganisme aerob ialah mikroorganisme yang menggunakan
oksigen bebas (O2) sebagai satu-satunya aseptor hidrogen yang terakhir
dalam proses respirasinya.
b. Mikroorganisme anaerob, sering disebut anaerob obligat ialah
mikroorganisme yang tidak dapat menggunakan oksigen bebas sebagai
aseptor hidrogen terakhir dalam proses respirasinya.
c. Mikroorganisme mikroaerob ialah mikroorganisme yang hanya
memerlukan oksigen dalam jumlah yang sangat sedikit.
d. Mikroorganisme aerob fakultatif ialah mikroorganisme yang dapat
hidup dalam keadaan anaerob maupun aerob. Mikroorganisme ini juga
bersifat anaerob toleran.
e. Mikroorganisme kapnofil ialah mikroorganisme yang memerlukan
kadar oksigen rendah dan kadar CO2 tinggi.

DAFTAR PUSTAKA
Bintari, Sri Harnina dkk. 2011. Mikrobiologi. Semarang: Laboratorium
Mikrobiologi Jurusan Biologi FMIPA UNNES.
Sumarsih, Sri. 2003. Mikrobiologi Dasar. Yogyakarta: Fakultas Pertanian UPN
VETERAN.
Widianti, Tuti, dkk. 2012. Dasar-Dasar Bioteknologi. Semarang: Jurusan Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam UNNES.

10