Perpindahan Virus Dengue Dominan dari tipe 2 ke tipe 1 diikuti dengan pergeseran genotipe IV

ke I di Surabaya, Indonesia 2008-2010

Atsushi Yamanaka1,2*, Kris C. Mulyatno1, Helen Susilowati1, Eryk Hendrianto1, Amor P.
Ginting1, Dian D. Sary1, Fedik A. Rantam1, Soegeng Soegijanto1, Eiji Konishi2,3,4
1 IndonesiaJapan Collaborative Research Center for Emerging and Re-emerging Infectious
Diseases, Institute of Tropical Disease, Airlangga University, Surabaya,
Indonesia,
2 Center for Infectious Diseases, Kobe University Graduate School of Medicine, Kobe, Japan,
3 Department of International Health, Kobe University Graduate
School of Health Sciences, Kobe, Japan,
4 BIKEN Endowed Department of Dengue Vaccine Development, Faculty of Tropical Medicine,
Mahidol University, Bangkok, Thailand
Abstrak
Indonesia telah mengalami setiap tahunnya sekitar 100.000 kasus yang dilaporkan tentang
demam berdarah (DF) dan berdarah dengue Demam (DBD) dalam beberapa tahun terakhir.
Namun, survei epidemiologi virus dengue (DENVs) telah dibatasi di negara ini. Di Surabaya,
kota terbesar kedua, satu laporan menunjukkan bahwa jenis virus dengue 2 (DENV2) adalah
virus dominan yang beredar pada 2003-2005. Kami melakukan tiga survei di Surabaya selama:
(i) April 2007, (ii) Juni 2008 sampai April 2009, dan (iii) September 2009 sampai Desember
2010. Sebanyak 231 isolat yang diperoleh dari pasien demam berdarah dan diperiksa oleh
PCR typing. Kami menemukan bahwa DENV dominan bergeser dari tipe 2 untuk tipe 1 antara
Oktober dan November 2008. Survei lain menggunakan nyamuk liar yang ditangkap pada April
2009 menegaskan bahwa tipe dengue 1 virus (DENV1) adalah jenis dominan di Surabaya.
Analisis filogenetik dari urutan nukleotida gen DENV1 lengkap menunjukkan bahwa semua
isolat 22 dipilih dalam survei kedua milik genotipe IV dan 17 isolat yang dipilih dalam
survei ketiga menjadi milik genotipe I, ini menunjukkan pergeseran genotipe antara April dan
September 2009. Selanjutnya pada desember 2010, isolat dikelompokkan menjadi clade baru
DENV1 genotipe I, menunjukkan pergeseran clade antara September dan Desember 2010.
Menurut statistik yang dilaporkan oleh Dinas Kesehatan Surabaya, proporsi kasus DBD di antara

jumlah kasus DBD meningkat sekitar tiga kali setelah pergeseran jenis pada tahun 2008. Selain
itu, selanjutnya pergeseran genotipe pada tahun 2009 dikaitkan dengan peningkatan jumlah total
kasus DBD. Hal ini menunjukkan kebutuhan pengawasan virus yang beredar untuk memprediksi
resiko DBD dan DF.
Kutipan: Yamanaka A, Mulyatno KC, Susilowati H, Hendrianto E, Ginting AP, et al. (2011)
Perpindahan Virus Dengue Dominan dari tipe 2 ke tipe 1 diikuti dengan pergeseran genotipe IV
ke I di Surabaya, Indonesia 2008-2010 PLoS ONE 6 (11): e27322. doi: 10.1371 /
journal.pone.0027322
Editor: Lark L. Coffey, Sistem Blood Research Institute, Amerika Serikat
Diterima 1 Juli 2011; Disetujui 13 Oktober 2011; Diterbitkan November 7, 2011
Hak Cipta : 2011 Yamanaka et al. Ini adalah sebuah artikel akses terbuka didistribusikan di
bawah Lisensi Creative Commons Attribution, yang memungkinkan penggunaan tak terbatas,
distribusi, dan reproduksi dalam media apapun, asalkan penulis asli dan sumber dikreditkan.
Pendanaan: Karya ini didukung sebagian oleh hibah bantuan melalui Program Pendiri Pusat
Penelitian Penyakit Infeksi Menular, Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Olahraga, Ilmu
Pengetahuan dan Teknologi (MEXT), Jepang. Tidak ada pendanaan eksternal tambahan diterima
untuk penelitian ini. Penyandang dana tidak memiliki peran dalam desain penelitian,
pengumpulan data dan analisis, keputusan untuk mempublikasikan, atau penyusunan naskah.
Niat bersaing : Penulis menyatakan tidak ada niat bersaing
E-mail: paradios99@yahoo.co.jp
Pengantar
Empat jenis virus dengue (DENV1-4), mosquito-borne flaviviruses, didistribusikan di
seluruh wilayah tropis dan subtropis di dunia, dimana sekitar 2,5 miliar orang beresiko terinfeksi.
Infeksi dengan salah satu jenis virus ini menyebabkan demam berdarah (DF) dan bentuk yang
lebih parah demam berdarah dengue (DBD), dengan perkiraan 50-100 juta kasus yang
dilaporkan dan 250,000-500,000 kasus setiap tahun, masing-masing [1,2]. Meskipun infeksi
dengan satu jenis DENV melindungi individu dari infeksi berikutnya dengan jenis DENV yang
sama, infeksi kedua dengan tipe DENV berbeda meningkatkan resiko DBD [3].

DENVs masing-masing jenis dikelompokkan menjadi beberapa genotipe [4]. Studi filogenetik
telah mengungkapkan bahwa DENV1 terdiri dari lima genotipe: (I) Asia Tenggara, Cina, dan
Afrika Timur; (II) Thailand; (III) sylvatic (Malaysia); (IV) Kepulauan Pasifik Barat dan
Australia;
dan (V) Amerika, Afrika Barat dan Asia [5,6]. Studi ini menunjukkan gerakan geografis DENVs,
perbedaan di daerah tertentu dan hubungan antara genotipe tertentu dan keparahan penyakit [710]. Perpindahan jenis DENV, genotype dan clades telah terjadi di negara-negara dengueendemik [11-15], mungkin diprakarsai oleh kasus impor [16,17]. Selain itu, laporan sebelumnya
menunjukkan bahwa pemindahan telah dikaitkan dengan perubahan kejadian penyakit dan
keparahan [14,15,18]. Dengan demikian sangat penting bahwa pengawasan molekul DENVs
yang beredar dilakukan di negara-negara endemik DBD untuk memprediksi dampak penyakit
terkait.
Indonesia telah mengalami sekitar 100.000 kasus DF dan DHF dalam beberapa tahun
terakhir [19]. Tercatat dengue pertama di Indonesia terjadi di Pulau Jawa (Jakarta dan Surabaya)
pada tahun 1968 [20,21]. Meskipun semua jenis DENV yang diisolasi dari pasien di kota
metropolitan Jakarta pada 1973-1974 [22], Survei epidemiologi molekul peredaran virus di
Indonesia masih terbatas. DENV3 telah menjadi endemik utama DENV di Jakarta selama 20
tahun terakhir [19,23]. Di kota terbesar kedua di Indonesia, Surabaya (dengan populasi 3 juta
orang yang tinggal di sekitar 300 km2), hanya dua survei epidemiologi peredaran DENVs yang
telah dilakukan dan dipublikasikan. Laporan pertama menunjukkan bahwa 80% dari desa di
Surabaya dianggap daerah dengue endemis pada tahun 1999 [24], tapi studi ini tidak melibatkan
analisis laboratorium seperti isolasi virus dan typing. Analisis typing pertama dilakukan antara
tahun 2003 dan 2005 dan mengungkapkan bahwa DENV2 domina dari 25 pasien, 20 (80%)
terinfeksi dengan
DENV2, 4 (16%) dengan DENV3 dan 1 (4%) dengan DENV4 [25]. (Data ini terdapat dalam
tulisan tesis yang tidak diterbitkan di Indonesia; sehingga membatasi aksesibilitas.) Namun, tidak
ada penelitian yang dilakukan tentang peredaran DENVs di Surabaya lima tahun terakhir. Di
sini, kami melaporkan bahwa DENV dominan bergeser dari DENV2 ke DENV1 di Surabaya
antara Oktober dan November 2008, diikuti oleh pergeseran genotipe DENV1 dari IV ke I antara
bulan April dan September 2009.