Saluran pencernaan memiliki 4 lapisan, yaitu (dari dalam menuju ke luar) : 1.

Lapisan mukosa Lapisan ini terbagi menjadi 3 : a. Membran mukosa Berperan sebagai lapisan pelindung. Di bagian tertentu, lapisan ini dapat berubah fungsi untuk sekresi dan absorpsi. Pada lapisan ini mengandung, kelenjar eksokrin (sekresi asam lambung), endokrin (sekresi hormon), dan sel epithelial (untuk mengabsorbsi nutrisi). b. Lamina propia Merupakan jaringan ikat yang tipis. Disini juga terdapat GALT (gut-associated lymphoid tissue)/nodulus limfatikus (limfonodulus) yang penting untuk system imun pada saluran pencernaan. c. Mukosa muskularis Lapisan otot polos yang tipis. 2. Lapisan submukosa Merupakan jaringan ikat yang tebal yang berfungsi untuk keelastisan dan distensi (kemampuan untuk mengembang/menggembung). Di lapisan ini juga mengandung pembuluh darah dan nodus limfatikus (limfonodus) yang akan bercabang ke lapisan mukosa dan lapisan mukulus externa. Pada lapisan ini juga tedapat saraf yang disebut submucosal plexus. 3. Lapisan mukulus externa Merupakan lapisan otot polos utama. Dibagi menjadi 2 lapisan : a. Lapisan sirkular (bagian dalam) : kontraksi pada bagian ini akan membuat diameter lumen mengecil. b. Lapisan Longitudinal (bagian luar) : kontraksi pada bagian ini akan membuat saluran pencernaan memendek. Diantara 2 lapisan ini terdapat serabut saraf yang disebut myenteric plexus. 4. Lapisan serosa Merupakan lapisan yang terdiri dari cairan serosa yang berfungsi untuk memperhalus gesekan antara saluran pencernaan atau pada viscera. Kemudian lapisan serosa ini akan berlanjut menjadi mesenterika dimana fungsinya adalah untuk mengikat saluran pencernaan, sehingga saluran pencernaan tidak akan bergeser.